冬瓜产量高，栽培范围广，每年秋收高峰时期往往价格猛跌。但通过冬瓜贮藏的方法，可延长冬瓜销售供应期，淡季上市保值增值。贮藏的方法多样，其中窖藏是简便易行、贮藏时间较长的一种。
（1）适宜的贮藏条件。适宜温度为10℃～15℃，相对湿度为70％～75％，且通风良好。冬瓜不耐低温贮藏，低于10℃往往会发生冷害；但贮存温度过高，则易滋生病原菌，贮存期不长。在适宜温度条件下，冬瓜可保存数月。
（2）贮瓜的准备。冬瓜含水量较高，嫩瓜及过分成熟的瓜都不宜贮藏，所以贮藏的冬瓜要求九成熟。以晚熟、大果型、无损伤、无病害、无蜡粉的青皮冬瓜较耐贮藏。冬瓜在入库之前要严防雨淋、霜冻。一般选择天气凉爽的早晨采收，要留3～5厘米的瓜秧，用剪刀剪摘。
（3）贮窑的准备。贮藏窑库建造多以半地下方式，即窑室高约3.6米，地表上、下面各建造1.8米，四周设有窑库窗，前后左右对开，以便于通风、换气。贮藏窑的大小根据所贮冬瓜的数量决定。在准备进行冬瓜入库前2～3天应全面进行库内消毒灭菌处理，具体方法是：以高锰酸钾烟雾熏蒸窑库密闭处理以后，把库温降至13℃，再将需要贮藏的冬瓜入库。
（4）冬瓜的摆放。选择已经过严格挑选的大小一致、整齐、无破损的成熟冬瓜于库内堆放或架贮，最好使用架藏，单层摆放。
（5）贮藏的管理。冬瓜入贮24小时以后，待瓜温降至13℃左右时，用蔬菜保鲜烟雾剂熏蒸处理，用量为每立方米5克。保鲜剂处理后，要将库温定至13℃～15℃，相对湿度70％左右。为防止贮藏库过度潮湿，可在地面撒一层石灰粉。冬瓜刚入库时，应注意加强通风，以利散热降温和排除潮气。只要库外温度不超过15℃，就要连续不断地通风；若外界气温高，每天只在清晨和傍晚通风。当气温低于10℃时要注意保温，绝不能使库温低于10℃。贮藏2个月后，要进行第二次保鲜剂（果蔬烟雾剂）处理，用量仍然是每立方米5克，这样可大大增强防腐保鲜效果。
（6）剔除病瓜。贮藏期间要经常检查，随时将松软、发霉腐烂的冬瓜捡出地窖，防止病菌传播。同时将病冬瓜周围的冬瓜捡出单独存放，并做好消毒处理。