如果说灵州一带为湘军收复的话，宁夏府河西地区则为金顺、张曜（广东陆路提督）两军平定。同治十年四月十六日，最后一个回民军据点纳闸（亦称纳家闸）在“良回”纳玉润、沈天禄里应外合下，被署宁夏将军金顺率军攻破。金、张率军入边三年以来，擒斩数万回民，杀马万选、赫壮图等领袖，纳闸一战复杀4000余回民。②战后，在河西三县（宁夏、宁朔、平罗），官府经过查访、“受害汉民指名控其罪状，”官军按册点验，查获马强、米万银、纳玉标、牛大科等457名曾经起义的回民，“即行正法”③。北路回事遂平。
两年后（1873），马万选、纳万元其子仅一岁或六岁左右，被官方“照叛逆子孙不知谋逆情事律，监禁及岁，解交内务府办理，以绝逆种而杜后患。”④之后，对于宁灵各支力量又采取了迁移安置的善后措施。官府朝廷通过这种中世纪式的缺乏人道与公平的镇乱措施，恢复了在宁灵地区的统治，此后北路的地方治理虽然略有改善，但仍然没有脱离传统政治治理的窠臼。
整个同治年间，宁、灵是西北最主要的大战场，回军汉团的冲突、官军的镇压、溃勇流民的焚掠，使整个地区大遭摧破。慕寿祺曰：“宁夏在同治兵燹以前，人烟辐凑，商旅往来，塞北江南，为甘肃第一繁盛地，自经兵劫，化为邱墟。周余黎民靡有孑遗。至是烟烽净扫，流亡渐归。张曜办善后事宜，实地调查，前后殉难官绅商民众等约有30万之多。乃开会追悼，以慰忠魂。”⑤
同治十年二月二十二日，继任西宁办事大臣豫师的奏折指出，“金积堡为全甘要害，全力注此，其余暂示羁縻。金积得手，如振衣挈领，次第可迎刃而下，甘省军务始有了期。”①以此，解决河州、狄道、西宁、肃州等地的回民起义，渐次列入清之军政日程。
四、河狄地区的回民起义
甘肃河狄地区可能是中国最具边缘意义的区域。这里不仅是整个中华帝国的边缘世界，生活于此的各族群也从来都是中国大社会的边缘。而且，包括汉、回、藏、撒拉、蒙古等在内的每一族群都是其他族群的他者，每一族群都是其他族群的边缘。
河狄民风强健，甲于西北；回民（包括回、撒拉、东乡）风习犷悍。《平回志》称，“甘肃自省垣及所隶府厅州县，大半参居回民，同（河——本书注）州回尤悖骜不畏法。”撒拉回、东乡回等更是如此。仍《平回志》：“州大东乡山溪深险，林木箐密。回巢其中，以劫夺为耕作。每秋获登场，三五成群，公掠民稻，囊橐而去，民不敢较。远近商旅尤受其害。”②他们习于枪马，精于骑射，“河州回民颇勤俭，故较殷实，平时多置枪御匪，暇时射猎，其枪多不离身。常有赴亲友处，负枪于背，跃马而行，遇飞鸟而过，背枪击之，无不击落。”③是以河狄地区的穆斯林之善战悍勇更强于陕西回民和灵州回民。左宗棠感叹“河回嗜利轻生，性善剽掠。无事时，即常骑马远出钞掠。变乱十年，未受惩创，更无畏忌。此等嗜乱之民，非创巨痛深，固难望其永久贴服也。”④
大概自明末以来，河狄回民便开始影响到地方局势，《夏河县志》谓“万历以后，渐有回乱，河州一地竟成清代甘肃省之乱源，此则明代之失计也。”①入清以后，回民往往由于内部的教争而引发官方的干预，又将斗争的矛头指向官方，夺地戕城，导致朝廷镇压。在这个过程中，各起事件的缘由都与非穆斯林的汉、藏、蒙等族无关，但起义之后，非穆斯林各族又无不受到冲击。这样的事件以乾隆四十六年（1781）苏四十三之变和光绪二十一年（1895）河湟起义为代表。
然而咸同河狄回民起义的原因，则是由于陕西回民起义的影响，回汉矛盾加剧所致。②总体来讲，河狄回民“与狄、河汉民本无深仇。”河狄回汉冲突的原因与模式与陕西也并不相同。但陕西回民起义后，甘肃各地的民族关系随之日趋紧张，回汉冲突渐次不断。恩麟奏称，“近因各处回民多事，汉民传言见回不留，洮河一带不准回民过渡。回民每过汉村，汉民必多方刁难盘诘，搜攫资财，以致回民怀恨逞愤，纠众报复，不法之徒，乘乱肆抢，伊等头人，不能约束。”③汉民故意刁难回民的事件发生过多起，且挑衅的对象主要是赴陕支援的河狄回民，原因则是掠夺财物。汉民因有团练，肆意挑衅，渐渐惹起大祸。
自同治元年陕西回民起义伊始，河狄回民即已入陕支援，《甘宁青史略》载“狄河奸回闻陕西回乱，暗相结约，三五为群，潜赴临渭，为之帮伙。”④同年八月河回自陕归来时，文献称“劫掠充足，驮运妇女行李纷纷还归。”道经省城（即兰州），为兵役捕获十九人，尽被诛杀。①道经皋兰、金县交界之羊寨马坡，“被团练盘诘严紧，自度力不能敌，将妇女行李抛弃，空身而逃，狄河皋兰金县汉回自是积怨渐深焉。”②
十月，狄道发生回汉“争渡起衅”事件，此事也与赴陕参战的河州回民有关。据《平回志》，“狄道州洮河沿甘崔二姓，家口数百，号强武庄，当回出入要冲。每河州大东乡回行劫归，两家辄率佃丁邀截，回畏其强，不敢抗。至是陕西回乱，阑入陕境行劫归，过洮河沿，二家复截夺之。”③河狄回民赴陕掠夺作战，理应由官府处理。但民团自以为有官府支持，为掠夺财物，而挑起了与回民的冲突。这样的事件，“官”或“国家机器”的因素始终在产生着影响。事情导致“回遂约大东乡回数百来复仇。”甘、崔两姓后被攻破庄院，男女被杀数百口。护理总督恩麟一味安抚，“回见官不出，益无忌，肆杀掠于庚王川等处。”汉民遂兴团防御，“数日间，得万余人，然与回战，辄失利。于是河狄各回皆蠢动矣。”④此次回汉争斗，成为河狄回民揭竿而起的导火索。
洮河争渡没有得到很好处理，导致十二月狄道新田堡汉绅潘麻五等“纠众齐团，倡言洗灭回教，各庄难民希图报复，多往附合，其众不下五六千人”。东乡回众于是“闻风复聚，共图抵御。”汉团首先过河烧杀回庄三处，“群回闻之，驰往救护，”大败民团，焚掠新田堡。河州北塬民团与河州汉民亦与回民争斗，互有杀伤。这时城里狱中的回民囚犯乘间商同反狱，于是狄道知州崔国锦会同游击马世勋击杀回囚78人。回众大哗，群起攻城。⑤
河州回民教派众多，行动不一，起义先后亦不同。西、南、北各乡及附郭八方花寺门宦、太子寺红门门宦、西乡毕家场门宦及临洮门宦乱事均渐蔓延。①花寺门宦的高层马永瑞、马永琳及阿訇马占鳌，②白庄门宦的掌教马悟真、穆夫提门宦的马福堂、胡门门宦的马万有以及马海宴、马千龄、闵殿臣等人都成为起义回民的领导人物。而马占鳌则最终成为河州回民共同拥戴的领袖。
河州回民起义后，即开始攻城。据文献称，同治二年（1863）春正月，河州“附郭八方回及四乡回皆叛，贼酋马永琳、马永瑞謴众扑城。南关商民二百余家入城弗及者，屠戮无遗。”③二年二月，先前拦截回民的羊寨亦被攻破。④三年（1864），“赵桂芳现署巩昌府，城内回民2000余人，俱为汉民杀尽。河州城内回民，因汉人不容，已搬出城。”⑤此事引起回民军报复。三年十月初三，河州在经过十个月的围困之后，粮饷断绝，终于为起义回民攻破，据张集馨说，“把守西门马福，与逆回通。马世勋两署河州中协，禁汉兵汉民，不用守城，城遂破，后又署理，其袒护彼族尤昔。……河州城里十余万人，无一存者，房屋未留一间。当其被围日久，熏鼠煮革，析骸易子，惨无天日，真浩劫也。”⑥但此说故意夸大其词，按左宗棠的奏稿，兵民死者只不过一万多人，其余都强迫改信了伊斯兰教。⑦马占鳌又将河州文武官员护送出城，⑧未予加害，为他以后投降官军、善后未遭清军报复留下了余地。
二年（1863）二月十一日，洮州回民起义，屡败汉团，六月初九日东乡民团败于三角石，死483人。三年（1864）六月十二日西南乡民团败于马昌沟，死700余人。两次战斗，乡团均大败。三年八月，河州回军攻洮州，破着逊堡，杀土司杨绣春、贡生杨登名一门十四口及百姓300余人，破水磨川堡，杀百十人。五年（1866）正月二十六日，曹克忠至洮收抚回民。但十月十五日，回民复起，“大杀城民。”①回民受抚后，缺乏制度保障，民族仇恨没有化解，屡屡复起的情况在固原等地也发生过。
河州回军的一大特色是四出攻战。三年（1864）九月，河回以少胜多，攻陷渭源县。九月十六日，河回大至。邑令张大榕无计守御，城中有北直隶回民夏子龙、虎二等献计向围城回军送币纳款，以求城安。十七日，回军借口城内有团练，要登城看视。缒上城池后，即开枪攻城，城遂陷，损失惨重。次年三月，陕西回军又扰及县境，“相继蹂躏，搜焚山谷，民罔孑遗。”②虽然此前同治二年邑南官堡镇100多户回民受到文生杨三、廪生盛麻率领乡团攻击，但回民胜而乡团败，回民伤亡不多，事件也不算很大。因而同治三年后回军攻击渭源县，并非出于报复，而是为了抢夺钱粮、解决后勤。民众软弱与官府无能在其中表现无遗。
四年冬至五年春，兰州一带粮尽，不仅发生衙署标兵哗变事件，而且三月以来，河州回军与陕西回军互相联络，四处加紧攻掠。县志记载，到三月二十八日为止，“焚掠十余日，戕数千余人，自袖川以西百余里民居神祠俱烬。”③巩昌历久不闻风鹤之惊，防守松懈，卒于八月二十一日夜为河狄、巩昌回民联军攻破。慕寿祺谓“回匪大肆焚杀，而陇西十余万生灵尽作釜中之鱼，岂不哀哉。”④
由族群冲突引发的河狄回民起义，几乎摧毁了晚清在兰州、河州、狄道一隅的国家统治。河狄回军强迫汉民随教，成为清代中国回民起义的独特现象。同治十一年，英勇善战的河狄回军却在大战取胜后，在马占鳌的率领下向左宗棠为首的官军投降，此后成为清廷平定西北的得力助手，但河狄回民社会却也因此得以完善留存。
五、西宁府属的回民起义
清之西宁府隶甘肃省，辖西宁、碾伯、大通三县，贵德、循化、巴燕戎格、丹噶尔四厅。官员奏称“西宁为极边要区，羌戎错杂，汉民以外，则有蒙古、野番、熟番、汉回、撒回、喇嘛土民，种类既繁，拊循治理稍有失当，枝节丛生。”①咸丰八年三月，总督乐斌奏“循化厅属街子工撒拉回民韩朶四因族人韩冲等在该厅城内涉讼滋事，经兵役查拿，纠众拒捕，聚集千馀人围绕城垣，烧毁桥梁。”②在这件事的处理过程中，官府便借用了回民“乡约”、花寺教主马复源的影响力。事毕，清廷赏加复源“总约”、五品顶戴、蓝翎的职衔。③这件事进入行政事例之中，对同治时期处理西宁局势的官府产生了非常重要的影响。
同治西北各地回民起义的原因，多少均与回汉冲突有关，但只有西宁地区的起义是由回民内部的教争引发的。教争的双方为虎夫耶学派最大的两个分支门宦：花寺和穆夫提。恩麟奏称：
乾隆四十六年后禁止添建礼拜寺，回民人口不断增加、教派持续分化，但不同派别的回民仍然不得不在同一清真寺内礼拜，对双方矛盾的产生与激化提供了机会与场合。而在官方层面，缺乏预防回民教争的策略。正如上文所说，朝廷压制回民伊斯兰教，导致回民社会内部的紧张，这种内部张力最终必然转向对官府朝廷的攻击。
据载，清代穆夫提的“大会”回民有吸烟饮酒的习俗（原文如此），①老教阁底穆、花寺等视此举有违教规，故皆仇视之。从咸丰八九年（1858-1860）开始，双方便屡次在巴燕戎格、丹噶尔械斗。咸丰十年（1860）正月，巴燕戎格厅东山各庄撒拉回民与丹噶尔厅城回民因争寺启衅。②十月，花寺门下撒拉人马尕三（马文义）率教众攻打西宁南川穆夫提。花寺首领马桂源“迎合社会心理，藉办教为名，将大会中人压死于石磊下者百余名。”③由于犷悍的撒拉人多遵信花寺一派，各起教争事件便总是由他们带头挑起，西宁办事大臣玉通奏称“花寺回子藉有撒拉同教相助，动辄聚众逞凶。”④且在教争中，花寺借助撒拉回民的力量，也总是占有优势，这导致同治时期的西宁一隅实际被花寺门宦长期控制。
回民内部争教，掌握主动的花寺及撒拉回民在将斗争目标指向同教不同派的穆夫提回民时，同时不例外地也波及到汉、藏等族。当时官员奏折屡称“回匪由奴士等乘机抢掠，势甚猖狂。”“查循化厅属撒拉回民与大墩坪汉民挟嫌聚众械斗，相持不下，扰及附近居民。”巴燕戎格撒拉回民与西宁小南川的汉族民团也挟嫌报复。①咸丰十一年十月，西宁、碾伯二县“士民总谓回民必须尽行剿灭，碾伯县民团无端将巴燕戎格打牲回民杀毙三人，并与番僧勾结，称欲净洗米拉沟回民。该回众闻风忿恨，遂纠集循化八工撒匪与西宁碾伯两县团民互相争斗，各毙多命。”②这类规模不大的回民与汉、藏的械斗事件在咸同之际受回民教争的影响集中发生，对日渐紧张的西宁局势起了推波助澜的作用。