八月四日，陕回首领孙玉宝率4000余人，由静宁经张易堡攻占固原。此为固原第二次被攻陷。《平回志》记载，陷城后，“孙义保（即孙玉宝――本书注）在固原僭称大汉正西王，伪封节度、总制、元帅等官”。⑤四年（1865）二月，清军再攻固原，回军元帅马得功战死，孙玉宝撤至黑城子。三月十五日，清军攻黑城子，孙玉宝又北撤，途次战死。七月，雷正绾军被金积堡回军击败于强家沙窝，其部下总兵雷恒、李启高、胡大贵等哗变，与回民军联合攻克固原。这是固原第三次被攻陷。同治五年（1866），固原为白彦虎从董志原派兵占领，是为第四次破城。①五年正月，官军克复固原，“是役殄戮计四五千”。②
在这种反复攻伐的过程中，固原一线的地方社会大遭摧破，同治三年十月，张集馨奏“查固原距盐茶相隔几二百余里，沿途村堡无一汉民。”③汉民或被杀或逃亡，回民或起义或被裹，只剩下回民军、官军纵横往来。
穆部回军出于报复而进攻，但并非所有回军都是如此。平凉属华亭县回民在同治元年也揭竿而起。《华亭县志》谓“初，土回叛变，尚爱乡土，不甚惨毒”，因此虽屡与乡团战，但出于乡土之情，又与汉民无仇，故对华亭县辖境没有造成大的破坏。但这种局面没有持续很久。二年十一月，陕西回军入境后，因遭际惨毒，又无乡土情谊，因而“无所顾惜，焚杀惨于土回十倍，华亭从此坵墟。”④当陕西回军败退至今宁夏境内，同样的情况更屡次发生。
同治四年（1865）正月，清军攻破固原萧（硝）河城。《平回志》称“萧河城回民苏上达斋其马匹军械，领閤城人民来营求抚。汉民一百六十余庄具保：‘上达实为良善，被莲花城贼裹胁，无计投诚。且汉民衣食乏缺，皆仰给回民，愿合辞具保。'”⑤据说苏上达乃是早先投降清军的王大桂的旧部。⑥在投诚清军的回民头目张保隆的带领下，固原“城外西北远近回村向听张保漋约束，保护汉民村落极多。”⑦回民首领的作为，表明东路回民在非常时期，积极维持族群和解的努力。官方将这种情形纳入善后抚葺事宜的考虑，对于盐固回民的评价较为积极：“盐固一带回族虽与汉民杂处，尚称良懦，不比莲花城之木三，则灵州之马化漋，戕官据城，罪在不赦。”⑧
总体而言，陇东地区既受西迁的陕西回民军的袭扰，又受本境起义回民行动的影响，加之团练、官军的勒索，在各种武装集团的袭扰和此起彼伏的军事行动的破坏下，导致“甘省焚掠之残，几于赤地千里。平凉残破固不待言，即泾州、隆德、静宁、会宁、安定等处附郭村庄亦尽成焦土。”①这便是民族/族群矛盾与冲突所造成的严重历史后果，足以给后人深刻的警示。
三、宁灵一带的回民起义
宁夏府是北路军政中心，下辖灵州，农业发达，交通便利。最主要的回民力量是哲合忍耶新教集团，到清末时已发展了一个多世纪。继前两辈穆勒什德马明心、穆宪章之后，教权转归灵州马世系，经马达天、马以德，已传至第五辈马化龙，灵州金积堡②成为哲派的中心和根本重地。马化龙领导着由上而下团结一致、信徒众多、财力充足的强大群体。因前四辈教主都被官方所杀或迫害致死，“提着血衣进天堂”、为教门而死即得“舍西德”③的思想对教众的影响极大，这种思想在外部压力下极易强化，也极易使新教回民把斗争目标转向敌对族群或官府朝廷。同时长期以来，新教难以获得合法性认可，持续维持着武装对抗外部压迫的心理倾向性。④在团体的固结和宗教的激励下，灵州回民成为清末强大的回民集团。宁、灵、固、平回民起义后，以灵州为中心，领导权渐归哲合忍耶所把握，而在哲派中具有绝对权威的马化龙集大权于一身，成为甘肃北路首屈一指的回民领袖；哲合忍耶集团则成为清末西北回民起义的中坚。
宁夏平原灌溉农业发达，人口众多；如同陕西一样，杂居的回汉双方也常因细故械斗，这类事件最终依赖官方介入解决，处置事务的官员却普遍处置不公。据《平回志》载，“……宁夏一路，其始回民懦而汉民强，遇事则凌轹之。以闻于官，多置不问。回积忿深，往往与汉民相仇杀，互有死伤。越在边陲，格于上闻。官吏既袒汉民，又以回之易与也，辄任意出入其法。回杀汉者抵死，汉杀回者令偿敛葬银二十四两。于是回滋不服。”①同治初，“宁夏汉回互斗，汉民团练以备回。”当时宁夏地方官员的意见并不一致，署宁夏道候云登对回民态度强硬，“督办颇切。”掌握实权的宁夏将军庆昀则力持抚议，“而严勒汉民散团防，缴军械。”②
宁、灵回民的起义，与北上的陕西、固原回民的发动有关。据庆昀的奏折，“宁郡起义之由，缘陕省西同两府逆回倡乱，分遣匪党勾结，甘省固原灵州之回到处蠢动。”③同治元年七月初，“又宁夏府属之灵州有回民数百入境，声称由陕避难而来。”同时，灵州回民“近闻有买马置械之事”，④已在准备起义。据史料称，其间，马化龙“与宁夏武生纳清泰、平罗县武举郝文选……结为死党”，⑤实际稳固了北路起义回民的军事联盟。
同治元年（1862）八月，平凉府属盐茶厅平远所（今预望城）把总马兆元（沅，回民）首先举旗，之后，邻近的灵州属同心城、金积堡，宁夏属通昌、通贵，平罗县属宝丰、石嘴山等处回民相继而起。据《方略》称，马化龙“与伪军事周文灿、保文彪等纠集马兆元、王阿訇、周发、周连登等于九月间围攻灵州。”⑥其间普遍发生了起义回民与汉团械斗的事件。据庆昀奏称，在石嘴山，“该处回民带领汉民迎入该教礼拜寺，而回匪中之阿浑喝称见汉不留，回众始行恣杀。”①
北路回民起义的过程中，马化龙实际上成为领袖，尽管纳清泰、马兆元等人并非新教回民，也并非马化龙直系属下。
宁夏府城的回民领袖马万选、纳万元等率领的回民军于二年（1863）十月二十四日很轻易地便攻下宁夏城。《平定关陇纪略》称，城陷后，“侯云登被戕最酷，城中汉民屠戮罄尽。”②左宗棠的奏稿也提到“陷郡邑城池，戕害官吏，惨杀汉民至三十余万之多。”③但此说均为故意夸大之辞。据当时城内生存下来的人回忆，“官弁兵民杀死无数，而于正街铺户，则令其闭门安居，未曾加戮。”④可见被杀的多为官吏士兵之类，这些人因保卫城池，与回民作战甚烈，以致城破后遭到报复。侯云登之被杀，即出于此种原因。恩麟的奏折交代了前后原委，“有汉团王添德自称道署衙役，带领二三百人烧杀回庄，因而回众报复，疑为该道（即侯云登——本书注）指使。”“并因前次剿办灵州平罗回匪，深得汉团之力，未肯遽行遣散，于是回民深怨侯云登。”⑤这个过程颇具代表性，团练攻击回民，回民报复团练，便同时也报复与团练有联系的官员，官员代表着朝廷，对官员的攻击，实际便无异于对抗官府朝廷。
宁夏城陷后第二天，灵州亦陷，“次日，灵州回闻风而起，州城遂相继陷。”⑥攻守之余，“城中民人死者二万余。”此后，宁灵地区便长期处于哲合忍耶控制之下。庆昀奏称，当时“灵州一带回匪万余，平罗一带回匪数千。马化漋以灵州之金积堡为老巢，郝文选等以平罗县纳家闸为老巢”。但马化龙被认为“实为宁夏一带逆首。”⑦
马化龙虽是宁灵回民的领袖人物，但他重于领导而非实战，且他贵为新教领袖，向以教化服人而非滥施武力。从种种记载来看，马化龙积极采取措施稳固地方局势，宁夏城陷后保护商铺的命令即出自于他，据当时人回忆，“第三日传呼王爷入城……马化龙身坐大轿，拥卫多人，驰入公署，随闻传谕各铺户，照常生理，不许惊疑。”①据载，宁、灵城陷后，回民军的报复相当有限，“城内衙署民房均尚完好，回汉民人亦俱安堵。”②这与当时陕甘的其他被陷城镇的遭遇颇不同。
据《甘宁青史略》称，“马化龙欲守灵州以堡障金积堡，并以政治手腕收拾人心，以马占魁声望素符汉回信仰，乃令其知灵州事。濒行，授以六字诀，首曰：少杀人……又曰重农事。”马占魁视事后，“恢复秩序，禁止烧杀，久之汉人稍稍归矣。”③同治八年（1869）八月，刘松山克服灵州城，向汉民父老问起“回酋”之待民若何，“佥曰：前州牧马占魁虽非朝廷所命，而情关桑梓，事有便于民者试行之。”刘松山本人亦认为“及入其境，则桑麻遍野，进其城，则街市整齐。伪知州马殿魁人亦忠厚，在此维持秩序，煞费苦心。”因此“赦占魁从逆罪，令归金积堡谕马化龙速降。”④
马化龙在战乱之余，也积极调和汉回矛盾、搭救民众性命。慕寿祺曰：“马化龙虽叛踞金积，多历年所，而宅心慈善，视汉民如一家，民心皆为之倾向焉。……汲汲焉以收拾人心为急务。”⑤同治七年（1868）二月，“时金积堡城中食料缺乏，汉人入山抓‘发'，归家后涤净少调面粉便可充饥。穷民纷纷出城。或恐其逃，请禁之。马化龙曰：民自求食，何禁为。悉听其便。”⑥穆图善奏折也称，抚局期间，七年闰四月，马化龙会同灵州兵役“将著名刁匪马白哇、马晶中、马举擒获解送宁夏郡城，分别斩首枭示”；六月，马化龙又将“暗中结盟谋为不轨之杨生魁、冯学礼、白天凤等一百馀人歼死，解散馀党，救出被胁良民甚多”。①
总体而言，回民军控制了宁灵局势之后，有意调和民族矛盾，各地普遍形成了族群和解的局面。灵属韦州堡有苏兆明者，“暗地维持，有谓恐汉民反噬，当先剪除者，兆明阳奉阴违，并私地给粮以赒其饥。”但是这样跳脱族类之见、调和民族矛盾的人物，在清军入甘后，“乃竟疑为兆元党而戮之也。”②
同治四年底，宁灵回民军与继任宁夏将军穆图善为首的官府达成抚议，宁灵一带“汉民相信日深，陆续归籍者难以数计。今已数年，汉回交相贸易，和好如初。”③在同治四年至八年（1865-1869）的抚议阶段，宁夏府属地方的权力实际上归新教掌握，马化龙也以“马朝清”的名字和“副将”的职衔在官员的奏文中知名。④但是在这种局势中，回民并没有完全把清廷权力从宁灵消灭或驱逐，宁灵的官员和护卫军队仍然存在，但断绝朝廷粮饷，反而仰仗新教回民集团的供养。刘松山后称：“灵州甘回素听马化龙之命，地方公事及徵收钱粮，向皆马化龙主持，在城文武各官薪粮亦皆由马化龙发给，回眾藐视官长，不受约束。”⑤张集馨对此很不满，批评“甘肃自回祸以来，专意主抚，屡受其愚弄，而不改弦更张，岂非气数。……宁夏和祥至礼拜寺行香挂红，给以功服，许以官职，而迄不就抚。甚至宁夏县彭庆章以女嫁回，甘心事逆。……武营平日素不操兵，又因营中兵弁多半回人，恐一发不制，故摇尾乞怜，希图无事。文员又以地瘠民贫，兵饷无所筹画，希冀逆回就抚，籍得苟安，而总未为国家久远计也。”⑥而马化龙甚至经常向名存实亡、仰人鼻息的宁夏官府示弱求抚。起义回民虽然取得控制权，但不能消除朝廷要收复失地的威胁，不得不屈与委蛇，寻求各种时机以实现自保，取得利益的最大化。
八年（1869）八月，湘军复灵州，但九月十三日，灵州城再次为回民攻占，城中汉民遭到报复。①当时，绥远城将军定安疏报，刘松山一军在灵州城内不分良莠，肆行杀戮，以致降回复叛，报复汉民。刘松山因此遭革职处分。但当时湘人主军，最后呈送朝廷的调查结论认为刘松山忠勇性成，“惟不知地方情形，轻进贻误，实未尝杀回一人。定安谓松山肆行杀戮，致回民复叛，袭踞灵州各情，则皆传闻之辞耳。”②朝廷正值用兵之际，也有意对湘军示以安抚，最终置之不问。
九年（1870）十一月，金积堡回民军终于战败。十六日马化龙亲赴刘锦棠营濠外，愿以一人抵罪，死无所憾。清军在金积堡损失大将刘松山，其他提督、总兵等高级将领在内被杀31名，③左宗棠谓，“仆十余年剿发平捻，所部伤亡之多，无逾此役者。”④加上作战艰苦，清军自刘锦棠上下群思报复，“诸将士怒其久抗颜行，群思缚而磔之，以报私仇而雪公愤。⑤马化龙的“新教”身份更成为某种“原罪”。他带领新老教回民于同治二年（1863）就攻陷了宁、灵等官府统治的中心城镇，在官员和朝廷的角度，无疑是罪魁祸首。清军又于金积堡中掘出私藏军械，⑥更成诛杀的理由。但回民若在降前藏械，战事正紧，不用而藏，宁有此理？马化龙已赴清军营中，回军藏械何用？此事颇存疑点，但从左宗棠到清廷，以老湘军作战辛苦，勋劳卓著，竟不约而同，一概不问。十年（1871）正月十三日之后，刘锦棠、徐文秀、雷正绾、金运昌等于金积、平凉先后提马化龙、马耀邦眷属家人、哲派高层、回民将领共计100余人，或“凌迟处死”，或“概予骈诛。”家内未成年男丁如马五十六、马五十九等被解交内务府阉割，家内女眷则给官兵为奴。①