2.吴万善著《清代西北回民起义研究》（兰州大学出版社，1991）。本书是1949年后回民起义史观下大陆学界研究西北陕甘宁青新数省回民起义的代表性著作。在论述起义发生之原因时，将之归结为“清统治者施行反动民族政策的结果”。②他的研究还认为回民起义是“直接由回汉冲突发展起来的，不论同、渭，还是二华，都先由回汉械斗开始。”起义的性质“带有回汉相杀的悲剧色彩。”对于当时的回汉械斗和仇杀现象，也已注意到，“在起义中虽也发生过回、汉之间的械斗，但这是清统治者施行民族压迫、挑拨政策造成的”③等观点，但这些论述都最后归结到阶级斗争的理论范畴之中，难以跳脱出固有的价值判断窠臼。
3.邵宏谟、韩敏：《陕西回民起义史》（陕西人民出版社，1992）。这本专著专论陕西回民起义，研究十分详尽，一些历史细节问题考证非常清楚，配有多幅绘制清晰的地图，把相关的阴历年月日全部换算为公历年月日，按照年代顺序论述，清楚明了，一目了然。但这部专门研究回汉冲突最烈的陕西回民起义的专著，在回汉族群冲突和斗争方面却着墨最少，几乎达到了惜墨如金的地步。如第二部分“陕西回民起义的兴起”，说的是回民起义的原因和经过，这当然离不开官府的歧视和汉民的仇视，作者在这方面叙述较多，但又特别指出“这里所说的‘汉民’、‘汉人’是指地主团练，绝非汉族劳动人民。”①可谓是强制性的将“回汉冲突”嵌入“回民反抗压迫”的史论。第三部分“横扫八百里秦川”，主要是叙述了回民组织起义并开始反攻的阶段。在这个阶段，回民攻城破寨，报复焚掠是很严重的，但本书却完全忽略不论。据马长寿先生主编之《同治年间陕西回民起义调查记录》一书记载，回民军攻打最烈、攻下后报复最烈的省城西北20里六村堡之战，在《陕西回民起义史》仅说“当晚，回民起义军挖通地道，攻破了六村堡”一语即作完结，对其他事件及其意义不提一语。此外种种，无需赘论。
4.丁焕章、刘钦斌著：《中国西北回民起义斗争史》（中国科学文化出版社，2003）本书所论迄清初至民国，是另一部全面的西北回民起义史著作，共577页，书中附有地图10张，封面注明了“全国高协组织教材研究与编写委员会审定”的字样。作为选用教材，本书体例严谨，层次分明。本书既是阶级分析方法下的农民起义研究，也确凿无疑地将回民的武装斗争史在中国革命斗争视角下加以解读。此书史实明确，论述分明，层次清楚，对于回民起义期间的一些民族冲突、回民内部斗争的史实也有客观的评述。
5.韩敏：《清代同治年间陕西回民起义史》（陕西人民出版社，2006）。此书分十一部分，按作者介绍，一、六、七部分中采用了作者与另一学者邵宏谟先生合作的《陕西回民起义史》的原稿并作了修改与补充，其他部分则为新作。本书仍未在大的研究方法上有所突破，对回民起义过程中的族群冲突问题也几无着墨，只是对前期研究作了进一步的细化与补充。
6.冯增烈、李登弟、张志杰主编：《清代同治年间陕西回民起义研究》，三秦出版社，1990年。本书是不多的专门与回民起义史有关的学术论文集汇编。集中反映了陕西回民起义中的一些有争议的问题，包括人物（如白彦虎）的评价问题。其中许多文章的观点针锋相对，但不乏学术价值和参考意义。
7.霍维洮著《近代西北回族社会组织化进程研究》（宁夏人民出版社，2000）。本书是长时段的专题性研究，所论实际涉及清初至民国的回族处于世俗国家统治下和自身宗教性族群意识之间所处境遇的变化；从回民自身的组织化（或自治化）的要求和发展角度，对有清一代回民起义发生的原因及回民起义过程中的一些特殊社会政治现象进行了富有启发性的考察。
近几年来，基于当代国际国内政治意识形态的变迁、回族社会宗教的发展、民族问题研究的突破以及新的学术理论和学术研究方法的涌现，一些透露出可贵信息及研究有所突破的论文相继见诸于学术刊物。如杨永福继硕士论文《云南杜文秀起义与甘肃回民起义比较研究》之后，相继发表了《晚清云南、甘肃回民起义的政治主张和口号比较之我见》（《文山师范高等专科学校学报》2003年3期）、《咸同之际滇、陇回汉民族关系与回民起义》（《兰州大学学报》2002年3期）、《反清割据与自我管理：杜文秀起义与甘肃回民起义的政治目标》（《文山师范高等专科学校学报》2004年2期）等论文，对相关问题的探讨进入了一个新的深度。杨志娟有博士论文《晚清民国西北回族社会群体研究》（兰州大学，2003年）之外，又发表《清同治年间陕甘人口骤减原因探析》（《民族研究》2003年2期），正面探讨了同治回民起义的人口损失问题。此外任念文博士论文《西北与中原：从晚清西北回民起义透视中原王朝对西北边疆的治理》（华东师范大学，2003年）则从陕甘回民起义所引发的西北边疆社会的诸多历史现象为出发点，探讨晚清近代以来中原政府与边疆的种种问题。
（三）台湾学者的研究
因所处社会环境、政治制度不同，国民党政府去台后的台湾学者对于清末西北回民史的诠释，较少受意识形态支配，社会和当局的敏感性和关注度也较低，多可以跳出价值判断的视野。出身于青海回民社会并参与马家军阀历史活动的高文远先生著有《清代西北回民之反清运动》，王树槐著有《咸同云南回民事变》、张中复著有《清代西北回民事变》，其研究方法虽然颇有不同，但都立论持平，富有学术价值。
1.张中复：《清代西北回民事变：社会文化适应与民族认同的省思》（联经，2001）①张是文化人类学和民族学学者，他的研究倾向于运用社会学和人类学方法，因而相应地缺乏历史学的考证和史料的分析，较多地引用已有的研究结论和已编成的史料集。在进行此研究时，因其个人身份及社会环境较少制约，所以能够比较客观地反思“回民起义”史观，指出回民事变中的回汉分族对立与冲突现象、回民事变所反映的回族的历史意识和民族认同的内涵，在同类通史性的西北回民事变史研究中开创了先河。但是此书的立论尚有需细加商榷的地方。
（1）没有区分作为汉语“回民”与突厥语系的“回部”的分野，而是一概置入“回民”范畴。“回部”穆斯林的族性特征、在清代政治管理和文化框架内的定位、反清及起事的原因、“社会文化适应”与“民族认同”等均与“汉语回民”存在极大差异，因此需要进行单独的研究。在这个前提下，作者第五章第三节“圣战观与回变的关联性”就尤为显得突兀。有清一代，西北以汉语“回民”为主的一系列反清事件，有各种各样的原因，但“圣战”这一具有当代后殖民主义色彩的定义几乎未曾出现过。正如奥班夫人（Fran Aubin）针对金浩东（Kim Hodong）研究阿古柏入侵新疆的著作②所指出的，“传统的在此起作用的因素并非宗教而是叛变，这部开创性的著作的主体最终是一部政治史。因而书名所谓的‘圣战’（jihād），就应有所保留地使用。”③这个观点对于反省张氏的结论一定程度上也是适用的。
（2）张著虽指出主流社会看视回民的“夷狄观”，但仅从回民的角度着手进行考察，着眼的是回民的社会文化适应与民族认同，对以汉民为代表的大社会对回民的认知与观感、汉民的军事化及回民起义期间的汉民社会不是研究的主题，从而缺乏凌驾于汉、回两种社会之上的更广泛的文化制度视野。
（3）张著中，族群冲突不是主要的论述层面，所以言而不尽，言而不深。回汉在“族性”方面的相互差异与回汉的冲突问题，回汉冲突的具体过程、阶段、地域范围，回民内部的“亚族群”、包括地域、教派之争等问题几乎没有涉及，对这方面的史料的分析与研究不够深入。实际上，若就族群冲突而言，并不是张著的研究课题，其内容自然是相当简略的。
2.高文远：《清末西北回民之反清运动》。本书于1988年由台湾学海出版社首先出版了繁体字版。1998年1月在其子高翘的代理下，由宁夏人民出版社引进，出版了简体字版。作者本人是回族，祖籍青海西宁，1911年出生，与青海马家军事集团关系密切，亲自见证了许多西北回民运动的历史事件。本书史料罗列齐全，颇具说服力。但同一史料多处引用，“往往形成材料的排比与堆砌，在一定程度上掩没了观点，影响行文的阐述，这不能不说是该书美中不足之处。”①本书又往往以乾隆年间的事件或民国时期的文牍来论证同治年间的回民起义，或以云南回民来比对、概括西北回民的反抗，因而常有题不应义之感。而且作者以回族人士论述回民历史，不免重回轻汉；关于回民军与太平军、捻军“早已汇合”②的结论也嫌主观。
台湾国立政治大学民族所培养了一批对中国穆斯林、伊斯兰史有独到研究的学者，早在1976年，在李学智指导下，林椿东完成了《清季新疆回乱之研究》。1997年在林长宽指导下阳惠贞有硕士论文《同治年间（1862-1873）陕甘穆斯林（回民）起事研究》；同年唐屹指导郑月理作了《清代中期西北穆斯林的新旧教冲突》的研究。但我尚未找到这些学位论文原文及后续发表的研究成果。
（四）国外学者的研究
早在19世纪下半叶，西方传教士、外交官和探险家对中国的穆斯林社会就进行了深入广泛的探察与研究。在众多的研究中，内地会传教士海思波（Marshall Broomhall）的具有里程碑意义的巨作《伊斯兰在中国：被忽略的问题》（Islam in China：A Neglected Problem）的第一部分“历史回顾”（“Historical”）中，专门以“东干判乱”（The Tungan Rebellion）为题叙述了西北回民起义，同时此书也提到了贝尔的两篇载于1896年一月和七月的《亚细亚季刊》（The Asiatic Quarterly Review）的文章，但是并没给出文章名。①另一位长期在西北活动的内地会传教士安献今（G.Findlay Andrew）早在1921年就发表了《中国西北的新月地带》（The Crescent in North-West China），介绍了西北门宦和回民起义的问题②。长期活动于西北的圣母圣心会，及后来继之而起的圣言会亦有大量关于西北穆斯林的文章存世。其中是否有涉及回民起义的，尚需在占有资料、掌握英、法、德诸语言的前提下继续研究。以圣言会在西北的活动为主题，何乐文（Bianca Horlemann）撰写了《圣言会在甘肃青海与新疆，1922-1953：书目说明》（The Divine Word Missionaries in Gansu，Qinghai and Xinjiang，1922–1953：A Bibliographic Note）③一文，其中第五部分“材料来源”（“Source material”）一节列举了圣言会已刊、未刊的刊物、著作、文章、档案等，但其中并无直接涉及回民起义的。这一时期的很多文章涉及清末回民起义问题，与西方列强企图瓜分中国、蚕食中国边疆有关。④对于回民起义史的研究，这类传教士文献与下文要提到的日语调查、研究资料，无疑是极富价值的域外第三方文献，但是学者即使经历艰难的资料搜集工作之后，还需掌握法、德、意、拉丁、日等语言，才能继续使用这类文献。而这正是长期以来国内回族学界所缺乏的，也是本书企望而难以达到的目标。
李普曼（Jonathan N.Lipman）于1981年出版了其博士学位论文The Border World of Gansu，1895-1935。①作者后来在此基础上写成他的名著《熟悉的陌生人：中国西北穆斯林史》（Familiar Strangers：A History of Muslims in Northwest China.）②本书研究的跨度自伊斯兰教入唐一直延续到1936年，内容既涉及回民起义也括及马家军阀，因而它并不是研究回民起义的专门著作。但是作为完全的“他者”的研究，本书的许多结论影响深远，极具学术参考价值。正如其题目所示，李普曼先生着重从地理上的边缘性出发，认为西北穆斯林形成所谓“熟悉的陌生人”的族群定位，这种定位决定了他们如何与周围民族相处、冲突、反叛及形成独特的族群历史。李普曼的此部规模不算巨大的著作，跨度达千年，因而许多问题仍有继续深入探讨的必要。