以色列利（Raphael Israeli）《穆斯林在中国：文化对峙研究》（Muslims in China：A Study in Cultural Confrontation）。③这是他在加利福尼亚大学博士论文的基础上出版的。该书以社会学理论分析了中国穆斯林少数民族与中国主体民族汉族的关系。在论述这种关系时，作者使用了“主体文化”和“客体文化”的概念来揭示这一矛盾运动。在描述中国伊斯兰教的历史时，作者将它置于整个伊斯兰教世界中讨论，特别是将其与南亚次大陆的伊斯兰教作比较分析，以及中国伊斯兰教与中国封建政权和中国其他宗教，尤其是白莲教与清朝政府的关系作比较分析研究。④因此，探讨清季回民起义中的族群因素，他的研究是必须要借鉴的。作者的《19世纪中国的穆斯林起义》（The Muslim Revival in 19th Century China）及《满洲治下的中国穆斯林》（The Muslims under the Manchu Reign in China）①等文章，均已收入他的上述著作。
龙戴维（David G.Atwill）《中国苏丹国：伊斯兰、族群与潘泰判乱》（The Chinese Sultanate：Islam，Ethnicity，and the Panthay Rebellion）②，这部著作是在其博士论文Rebellion South of the Clouds：Ethnic Insurgency，Muslim Yunnanese，and the Panthay Rebellion的基础上写成的。作者认为云南的潘泰叛乱很大程度上是被汉民的反回暴力激起的，其间交织了当地的政治管理问题、多族群的历史现实及回民的内部张力的共同作用，而不是因为回民天生就具有反叛或“圣战”的愿望。无疑，作者使用“族群冲突”的研究视角大大突破了传统的研究结论。奥班夫人也指出，作者这样的论述，相当忽略了回民起义所具有的中国传统民变的特点。③此外，这部著作是关于中国回民起义史研究中大量使用传教士文献的第一部作品，这些文献多为法语著成，原因在于清末云贵及临近的印度支那半岛是法国的势力范围，在此活动的也主要是法国传教士。无疑，研究西北回民起义，龙戴维研究云南回民起义的方法和结论具有一定的借鉴意义。
除此之外，台湾学者蔡源林（Tsai，Yuan-Lin）的《晚期中华帝国的儒家正统和穆斯林反抗》（Confucian orthodoxy vs.Muslim resistance in late imperial China），天普大学（Temple University ）1997年博士学位论文，是研究云南回民起义的专题论文。作者比较注意汉—回冲突的历史发展和云南回民起义中的汉回冲突因素。他还针对马德新、杜文秀、马如龙等云南回民领袖在族群冲突中所起的作用进行了个案研究。
王建平在瑞典隆德大学留学期间，从更久远的视角对云南回民历史进行了研究，于1996年以英文写出了他的博士学位论文《和谐和冲突：对云南回回社团的历史透视》（Concord and Conflict：The Hui Communities of Yunnan Society in a Historical Perspective）金浩东（Kim Hodong）1986年哈佛大学的博士论文《中国中亚喀什葛尔酋长国的穆斯林反叛，1864-1877》（The Muslim Rebellion of the Kashgar Emirate in Chinese Central Asia，1864-1877），在此基础上他写出了著名的《中国的圣战：中国中亚的穆斯林反叛及政权》（Holy War in China：The Muslim Rebellion and State in Chinese Central Asia，1866-1877）。①主要研究的则是新疆南路的穆斯林起义及阿古柏政权在新疆的历史问题。还有朱文长（Chu Wen-chang）的《中国西北穆斯林反叛》（The Moslem Rebellion in Northwest China，1862-1878：A study of government minority policy）②是基于清政府政策对于回民起义影响的研究。
日本学者对中国伊斯兰教史、中国回族史的研究有极其杰出而又影响深远的成就。与中国不同，日本只在20世纪以来才产生极少数的伊斯兰教的信仰者，远没有形成大规模的具有影响力的穆斯林群体，因而日本学者对伊斯兰教的研究几乎完全是处于“他者”的角度进行的。在众多的研究中国伊斯兰教和回族史的学者中，从事回民起义研究的，中田吉信是有成就的第一人。他有专题文章《同治年间的陕甘回乱》③《伊寧事変と新彊の民族運動》④。1986年以后，又连续发表了总计几十篇、数百页的有关回民史研究的论文，这些文章大部分刊载于1986—1994年的《就实女子大学史学论集》上。黑岩高在研究《17-18世紀甘粛におけるス-フィ-教団と回民社会》⑤的基础上，又有研究陕西关中回汉关系及回民起义的专题论文《械闘と謡言：十九世紀の陝西·渭河流域に見る漢·回関係と回民蜂起》，①认为渭河流域回民起义受到谣言刺激的模式同时适合分析普遍发生于中国的民变原因。他的另一篇论文《〈学〉と〈教〉：回民蜂起に見る清代ムスリム社会の地域性》②，则是从地域区隔的角度研究回民起义。此外的相关研究还有：
田村和彦：《国家からみた歴史，民間からみた歴史——中国同治年間における陝西回民蜂起をめぐる記述と記憶》（平成17年度歴史学研究助成成果報告），载《財団法人福武学術文化振興財団歴史学·地理学助成報告書》，2006年度，页51-57。
杨海英：《十九世紀モンゴル史における「回民反乱」―歴史の書き方と「生き方の歴史」のあいだ》，国立民族学博物館研究報告，日本大阪：国立民族学博物館，2002年。
片岡一忠：《光緒二十一、二十二年の甘粛の回民反乱について》，载《大阪教育大学紀要》，1978年27卷2期，页53-77；
——《刑案資料よりみたる清朝の回民政策》，载《史学研究》，1977年卷136，页1-24；
——《刑案資料よりみたる清朝の回民政策？補説》，载《歴史研究》1983年卷21，页137-145；
——《“清朝の回民政策”の再検討——清実録記事を中心に》，载《歴史研究》1976年卷13，页59-79；
——《清末雲南回民運動の起因に関する一考察》载《広島大学文学部紀要》1975年卷34，页119-132
——《咸豊·同治期貴州省西南部における回族の反乱について》，载《歴史研究》1983年卷21，页21-45。
神戸輝夫：《清代後期の雲南回民運動について》，载《東洋史研究》1970年卷29第2-3期，页118-146；
——《雲南鉱山と回民起義》，载《大分大学教育学部研究紀要》，1982年卷6第2期，页94-83；
——《雲南回民起義の指導者馬如竜について》，载《大分大学教育学部研究紀要》，1981年卷6期1，页52-39；
——《騰越における回民起義》，载《大分大学教育学部研究紀要》，1981卷5第6期，页15-29；
——《雲南回民起義に関する調査資料——騰越における回民起義を中心に》，载《大分大学教育学部研究紀要》，1990年卷12第2期，266-253；
——《清代後期貴州省西路における回族起義について》，载《大分大学教育学部研究紀要》，1979年5卷4期，页62-50
今永清二：《清末中国における民衆運動の一形態——いわゆる雲南の回民反乱(19世紀における民衆闘争の位相<；シンポジウム>；)》，载《史学研究》，1976年卷131，页21~38。
华立：《乾隆朝の新教回民弾圧と新疆への波及》，载《東アジア研究》，2006年卷45，页79-92。
新免康：《十九世紀後半におけるトルコ系ムスリムの反乱と清朝(<；シンポジウム>；中国のなかのイスラーム)(第九三回史学会大会報告記事)》，载《史學雜誌》，1995年卷104第12期。
但是限于语言限制，对于此类研究的进一步细致评述尚需来者。
实际上，如果不以“起义”史观为指归，则任何对中国伊斯兰教史和回族史的研究，都将绕不开清代回民起义，也难以忽略其间的族群冲突问题。因此，日本侵华期间，由满铁的调查机构组织的对中国蒙疆回民的调查材料中，不可能不涉及到清代的回民起义，但是这个课题，需要基于语言能力的进一步研究。
（五）文学类“准研究”
关于回民的文学类作品往往会产生较大的影响和引起较大的争议。1980年代以来，文学中开始有了“回民起义”的主题，其中影响最大的是张承志的《心灵史》。张于1980年代末暂时放弃在北京的生活，到西北黄土高原的乡间从事实地的田野调查研究，在此基础上写成《心灵史》一书。尽管被归类为文艺类图书，但姚大力先生指出，“《心灵史》实际上是一部讨论宗教文化的历史学著作，也是第一部向一般读者专门介绍中国哲合忍耶①事迹的汉文书籍。”“《心灵史》无疑已经以它巨大的社会反响，确立了自己作为现当代中国思想文化史上最重要文献之一的地位。”②其内容因此具有较高的学术参考价值，张中复认为，“《心灵史》以文学形式所表达的内容，却广泛地涉猎到历史学、文献学、宗教学与民族学等领域。张承志以学术的严谨性为出发点，批判传统史书论述的偏颇曲解，且透过田野方式所进行的实证体验，以及深入分析秘传的民间宗教文献，将过去200年来难以勾勒出的哲合忍耶的‘历史图像’（Historical icon）完整地呈现。”“该书不但有中国伊斯兰‘底层史’的研究意义，同时也具备历史民族志的研究价值。”③张另著有《西省暗杀考》，也是围绕哲合忍耶门宦史创作的。
在《心灵史》的影响下，毕业于北京电影学院导演系的萨比格·唐英超创作了长篇小说《大阿訇》（北京，华艺出版社，1989年），主要描写和歌颂哲合忍耶马化龙的事迹；王有泰也创作了历史小说《哲合忍耶》（广州：广州出版社，2001）。另有多人合作写成的《血的启示》（版权不详），是中国文学史上第一部正面反映清末回民起义的长篇历史小说；以及王毅著《血祭（云南回民反清起义）》（上、下集，天马出版有限公司，2007）；郑征《东望长安》（太白文艺出版社，2008）等。这些作品的共同特点均为“正面反映清末回民起义”，在现有的话语环境下，这些著作对回民起义都不仅予以正面的肯定，而且对其历史价值给予几乎无限的拔高。
四、史料及文献分析
（一）基本史料
有清一代编纂的近五十部有关平定内部动乱与对外武功的方略、纪略中，以穆斯林作为主角的，就有十一部。包括《钦定平定准噶尔方略》《钦定兰州纪略》《钦定石峰堡纪略》《钦定平定回疆剿擒逆裔方略》《钦定平定陕甘新疆回匪方略》《钦定平定云南回匪方略》《湘军记》《平回志》《平定关陇纪略》《戡定新疆记》《秦陇回务纪略》等。①而其中涉及清末西北回民起义的后四部，经过程度不同的删节，都收录入白寿彝主编的《回民起义》史料集中。
《回民起义》于1950年代便已完成的史料收辑工作，使之成为回民起义史研究必须接触的第一部史料集。全书共四册，其中前两册辑录了云南回民起义的史料，后两册则集中收录了西北回民起义的史料。其中，易孔昭创编，胡孚骏、刘然亮接编的、最早于光绪十三年（1877）刊印的《平定关陇纪略》十三卷，《回民起义》予以节录，占据了大部分篇幅。白寿彝先生编纂时，因为卷十三的下篇“差不多是颂扬清军战功的一些空话”而完全将之删去不录。实际上这篇“空话”对清军在陕甘的战争规划、粮饷运输及善后举措有相当清晰的总结；在其余十三卷里“也有一些删节。”②至于具体删去了哪些内容，需要一一核对。另所收之《平回志》、魏源《圣武记》之《国朝甘肃再征叛回记》等，均有删节。魏光筹的光绪己亥（元年，1875）刻本《戡定新疆记》亦删削严重，李有棻的序和记录归地、置省、善后的后三卷完全被删，而所收五卷正文，亦有四卷亦有删节。这类情况使所收录的个别史料甚至不堪卒读。虽然此举使学者比较方便研究引用，但细致的研究工作中必须查核原始刊印版本。本书引用《回民起义》辑略的《平定关陇纪略》和《戡定新疆记》的同时，也收集到这两部书的原始刊刻本的影印本，必要时以作核对、补充之用。