由于马化龙在战争中区别对待陕西回民，善后迁至甘肃的陕西回民后代追述起来，对他颇有微词。甚而直言他本意即是想做皇帝，“照壁上画的是百鸟朝凤，因此为清朝皇帝所忌。”还说他还铸过货币；④或说“马化龙在金积堡宁灵厅筑皇城，改元称帝，把同治元年改为‘成正’元年。”⑤但是这个追述是弄错了，实际改元“成正”的应是穆生花（见下一小节）。因此形成结论谓“陕西官逼回反，马化龙借事生端。”⑥陕回后代作这样的追述显然带有相当的偏见。并非智识分子的老百姓总是倾向于认为凡是造反，目的就是要当皇帝，却没有考虑其他的可能性。
先是，金积堡有旧城，马化龙据之，“附合者日益重，旧城几不能容，佥议筑新城。化龙许可。或议城周围地基须占九里三方，足以壮观瞻。化龙阻之。曰：‘吾本念经人，遭逢乱世。为众推戴，不得不维持桑梓。苟延残喘矣。俟东南军务平定。甘肃重见天日，必有贤明长官主持西北大局，届时吾即投诚，当一个太平百姓，于愿足矣。岂以此地为安乐窝乎？’乃照旧城加倍，共三里有，筑以土。”之后马化龙又在堡城内西南隅建住宅一区，共三院。其实就规制而言与西北富家院落相似，但“无意识穷民欲纵化龙于炉火之上，谓金銮宝殿。”⑦
马化龙在面对同教而不同派的陕西回民、占据绝对优势的清军、地方上难以信任的汉民以及他领导下一意求战的新教回民，为求自保，委曲求全，既向清军求抚，又屡抚屡战。清人对马化龙言行不一、看似矛盾的行为有如下污辱性的评价：一方面，肯定马化龙“颇有贼才、贼智、贼胆。其用兵也，布阵设防，悉中机宜。”因此认为他如果破釜沉舟，不难成就大业，“马化龙果趁此时，结连狄河，号召党类，南困秦陇、北攻延榆，夏元昊之业，不难骤建。”但马化龙却并不这样做，反而屡向官府求抚投诚，“乃计不出此，一则投诚于杨宫保、再则投诚于穆将军。区区保守一金积，几如驽马恋栈豆，则又何故？”另一方面，认为如果马化龙的确明了形势，一心投诚，为清廷平灭起义，也不难建立功勋，“然则马化龙果能度德量力，观变沉机，知贼之必不可为而真有投诚之心，则何不誓众出师，力剿陕回，为异日以功抵罪之计。且以主制客，以强攻弱，以饱待饥，不世之勋名，指日可定。……然而马化龙又不出此。”①
显然，在同治年间，马化龙不可能将西北汉回人民团结起来，他甚至没有将新教回民与陕西回民完全团结起来，在这种情势下，单靠新教一方，在外部强大的官方军力压境之下，不可能建立大业。然而出于族教认同，虽与陕西回民矛盾重重，却也不可能替官方剿灭陕西回民军，因此他只能“进退无据，欲罢不能，”②有文人污称“军兴以来，作贼而不专心致志者，在汉贼则有苗沛霖，在回贼则有马化龙。”③在伊斯兰教、穆斯林和中国化之间，类似马化龙这样的英雄人物势难作出截然的选择，而只能在各方压力下，寻求利益的最大化。
然而当时几方面的原因最终造成他的悲剧命运。一者刘松山等军将大批阵亡，湘军自刘锦棠上下群思复仇。①二来清军平定西北将近十年，攻下金积堡才算是第一战功，清廷上下也思从重办理以儆效尤。除此之外，马化龙所领导的新教的“原罪”，被官员郑重其事地无限夸大。左宗棠一言新教久怀不轨，图谋变乱，“窃甘肃回乱，虽由陕回构衅牵连而起，实则新教久怀不轨，无陕回牵连亦不能保其不变。适因汉回结怨，得所借口以迫胁其族类，其变乃益速。”②二言新教本为邪教，乱世惑民，必须禁绝，“然新教之所以必宜断绝者，为其自托神灵，妄言祝福，行为诡僻，足以诱惑愚回，俾令甘心役使，同陷大逆而不知，加以显戮而不悔，一如白莲、清香、无为、圆顿诸邪教之足以酿乱阶而祸天下也。”③三则故意夸大马化龙以新教占据灵州地区的意图，“臣维逆回马化漋，踞金积奥区，倡行新教，煽惑愚民，久怀不轨之心，世济其恶。以逆案言之，则乾隆四十五年、四十九年以后第三案；以舆地考之，则唐之灵武、宋之西夏、明之河套皆其故土也。”④经过以上铺陈，左宗棠最后的结论是“新教绝而回族安，关陇可保百年无事也。”⑤在以上几种因素的作用下，马化龙最终被清廷凌迟处死，此一惨事则在清廷与西北回民的民族宗教关系史上，又记下了血色浓重的一笔。
（三）穆生花
如前文所述，同治元年夏，同为新教高层的穆生花与马化龙长子马耀邦、王大桂共议起义，在莲花城作军事部署。马重雍先生的回忆文章说，“因回民中世传‘十回保朱’的故事（常遇春、胡大海、沐英、铁铉等十人都是明初勋臣），对明代重用回人有好感，遂以扶清抗明作起义的宣传，所用文书，都以崇祯纪年，不用同治年号；”⑥同治二年（1863）正月，穆生花攻下固原城后，有湖南人柳某前来投军，生花用为谋主，言听计从。①这位柳师爷据说出身秀才，还是太平军扶王陈得才派来的。在柳师爷的建议下，为了师出有名，穆生花自称“抗清扶明平南王”，②建号“成正”，在平凉成立了“成正国”，定同治二年为成正元年，遥尊马化龙为最高首领。但马化龙却拒绝接受拥戴，穆生花只得取消国号。③这个情况在陕西回民后代带有偏见的追述中被混淆了，口述材料说“马化龙在金积堡宁灵厅筑皇城，改元称帝，把同治元年改为‘成正’元年。”④显然是不对的。
由此，穆生花大概是西北回民起义后最早称“王”的人物。然而此举昙花一现，反而引起教主马化龙家族的不满，导致他的行动难以得到灵州支援。之后，同治二年八月攻陷平凉，三年四月即被清军击败，北走金积，他称王为时既短，作为有限。他的起义不能摆脱汉化、中国化的影响，他并没有建立伊斯兰属性的宗教政权的想法，这都使他领导的起义不能摆脱传统民变的固有内容和框架局限。
（四）孙玉宝
孙玉宝是陕西长安城南人，出身于屠户。同治二年在凤翔府另有孙毓宝，据说与马成功“均甘省豪家回”，⑤显然与孙玉宝并非一人。在陕西作战期间，孙氏可能仅是回军分支的头目，董志原的陕回十八大营元帅，也没有他的名目。⑥如前文所述，他军纪严格，号令分明，所至多胜，“而降服之人民畏如雷霆，爱如父母，呼为元帅而不敢名。”⑦由此，他的军中应有相当多的“降服”的汉民。他本人是乡野的、靠近城镇居住的、更加华化的下层回民，他的起义远不能跳脱出传统民变的窠臼与局限。
同治三年（1864）八月孙玉宝攻占固原，期间，有传述认为清军为诱孙玉宝投诚而封之为“正西王”。①此说显为误传，清初为羁縻而封吴三桂等人为王，以致兵连祸结。以孙玉宝势小力弱，不足以要封王来笼络他。而且封王是只有皇帝才有的大权，地方清军将领或官府不可能如此擅作主张。因此雷正绾奏称“孙义保在固原僭称大汉正西王，伪封节度、总制、元帅等官”，②较为可信。文献中将孙玉宝写作义保、义宝，应仅为音讹。如果所指分别是两人，在史料中却找不到同为陕回首领、势力相近、名字也相近的人物。孙氏以回民而自任“大汉”之正西王，伊斯兰教和穆斯林的元素完全是剥离的，所为与穆生花几无二致，是在中国大社会的背景下，传统民变的又一次发动而已。但孙氏既非人多势重，没有得到同侪的一致拥护。同治四年（1865）二月，雷正绾军进固原，孙本人“自杀家小”，③后撤至黑城子，于三月二十六日为清军委骁骑校永恰布所刺杀。④
（五）妥明
如果考察西北汉语穆斯林反清的伊斯兰教特点，最合适的对象莫过于新疆的妥明一部。其原因在于，正是妥明，在远离清统治的中心区域，建立了异于传统民变的、以伊斯兰教号召的、但又使用了中国式指称的军事政治实体。
妥明，字得璘，西宁妥家沟人，或说“妥得璘本河州著名首逆”。⑤他曾经游历过金积、河湟一带，与哲合忍耶、虎夫耶都有联系。谭吴铁为《中国伊斯兰百科全书》撰写的条目甚至认为身为东乡人的妥明本身就是虎非耶门宦新疆吐鲁番东道堂创始人，同治元年前就到了新疆，从叶尔羌道堂取得了哈里发（Khalifah，即教务代理人）的传教资格，并在乌鲁木齐地区形成一个较有影响的门宦。①回民起义后他到索焕章处，“焕章师事之，相与谋乱。”②同治三年（1864），“六月，焕章反，杀布冲及其家属，陷汉城，推妥明为清真王，称清真二千八百九十三年。”③在这里，“清真”既强调着“伊斯兰”的专属性，但它同时又是华化的、汉语化的概念指称。而所谓“清真二千八百九十三年（2893）”，似乎指希吉拉（Hijrah）历，但日期全然不符。按同治三年合公历1864年，时为伊斯兰历1280年，则清真2893年完全不对，可能是妥氏自拟的年号；由于暂无其他材料佐证，似不能做过多联想。当然也不能排除文人误记。
妥明称王后，于乌鲁木齐南梁建筑王宫，大封元帅，据《平回志》，“于是妥明自据乌城，而降索贼（索焕章——本书注）为散头目，使据吐鲁番。复以马升、马官、马太、马仲为伪元帅，移檄伪封关内马四为肃州元帅，马朵三（马尕三——本书注）为西宁元帅，马彦龙为河州元帅，马化漋为宁夏元帅。”④妥明大封元帅，颇有自大之意。当时凡肃州、西宁、宁夏各方回军无不雄霸一方，彼此并不听命。河州以马占鳌为首，马彦龙只是小头目，也被封为与其他各地回民领袖并称的“元帅”，河回对此举不以为然，可以想见。虽然如此，妥明之封，只限“汉回”，并没有大封“缠回”。这表明他仍然明了自己的势力所限，也仍然远不能跳脱出“中国”的文化制度背景。
积极与各处回民军联络，是妥明集团的一大特色。同治九年二月下旬某日，甘肃玉门县属黄花营地方的民勇在堵截一支回民军时，捡获奏折公文一包，“伪文札”十九件。其中有“妥得璘、索焕章分行肃州、甘州、西宁、萨拉、固原、河州、花寺、太子寺、碾伯、米拉沟等处回匪头目”。⑤但是从实际情况看，这些举动产生的效果有限。
同治九年（1870）十月，阿古柏攻下吐鲁番后，兵锋随即指向乌鲁木齐，妥明败降。阿古柏指派吐鲁番守将马忠充当乌鲁木齐阿奇木伯克，总管一切事务，妥明则被拘管，①他的“清真王”也不被当回事，干脆予以撤销。在此种情形之下，妥明势力衰退，不得不与一直敌对的徐学功民团联合，但与阿古柏军屡战屡败，被迫退往马纳斯，不久即吞药自尽。他的清真王国也如同镜花水月，烟消云散。
总而言之，通过考察西北回民起义后建立的自我管理的政治军事实体，可以发现他们对“中国”的政治的、文化的、国家的认同，从中国中心世界向边缘世界，呈射线式的向外扩展；愈到外缘，其伊斯兰的异质性愈加明显，其中国化的特性则渐次减弱。关中腹地的回民军拥戴马百龄当“真龙天子”（尽管只是传闻），稍西的固原，先后有穆生花和孙玉宝称王，仍然是完全中国化的，以中国为中心。更西北的马化龙则自封官号，掌控强大的新教回民军事集团，长期支配着西北一隅的局势。而远至新疆这样一个传统中国的边缘区域，说汉语的、原籍甘肃的客回妥明却不惮建立以伊斯兰为号召的“王国”，至少在政治认同上，颇有剥离中国化的趋势。然而举凡汉语化的“清真”、“王”、分封的“元帅”，与汉民民团的合作，都使新疆北路的这一支边缘势力仍然牵连于传统中国的大文化背景，不能脱离。
①参见孔飞力的研究，他将晚清时期东南中国的地方武装（正统的、异端的）置于“中华帝国晚期的叛乱及其敌人”的视角下进行分析。
①Marshall Broomhall：Islam in China：A Neglected Problem.p158.
②孔飞力：《叫魂》，页43。
①马长寿主编：《同治年间陕西回民起义历史调查记录》，页48。
②邵宏谟、韩敏：《陕西回民起义史》，页35。
③郑士范：《旧雨集》，《陕西回民起义资料》，页173。
④郑士范：《旧雨集》，《陕西回民起义资料》，页173。
①参见本书第三章第二节（二）“团练大臣张芾”部分的讨论。
②《穆宗毅皇帝实录》（一），卷二十八，同治元年五月中，页五。中华书局《清史录》影印本，第四十五册。
③李启讷：《忧愤疾书》，载张崇善等编《华阴县续志》，卷七“艺文志·书”，页七十三。
④马重雍：《清同治初穆生花起事始末》，《甘肃文史资料选辑》，第1辑（修订重印），页9－10。
⑤马长寿主编：《同治年间陕西回民起义历史调查记录》，页429。
⑥李启讷：《忧愤疾书》，载张崇善等编《华阴县续志》，卷七“艺文志·书”，页七十三。
⑦曾毓瑜：《征西纪略》卷一，《四民起义》三册，页24。
⑧李启讷：《忧愤疾书》，载张崇善等编《华阴县续志》，卷七“艺文志·书”，页七十三。
①东阿居士：《秦难见闻记》，《陕西回民起义资料》，页123。
②郑士范：《旧雨集》，《陕西回民起义资料》，页172。
③马长寿主编：《同治年间陕西回民起义历史调查记录》，页322。
④上谕，《方略》，册三，卷二十九，页十八。