新中国中央行政体制初步建立后立即开始运转，政务院在周恩来领导下制定和实行了政务会议制度与基本工作条例，很快完成了编制审定工作，并在1951年进行了第一次精兵简政。当时，中共对国家政权的领导主要是通过中共领导人在中央政府内担任重要行政职务以及在中央政府内成立党委和党组的方式进行的。周恩来作为政务院党组干事会书记对中共执政后如何处理党政关系提出了正确的主张。然而，1953年为加强党对于政府工作的直接和全面的领导，中央人民政府党组干事会被撤销。随着全国政治经济形势的迅速发展，特别是第一个五年计划的编制和实施，为加强计划经济体制下的集中管理，从1952年下半年起，中共中央对政府机构进行了初步调整，增设了与政务院平行的国家计划委员会，将各大行政区的主要领导人调入中央任职，调整了中央经济部门管理方式和负责人，确立了中央人民政府向中央请示报告制度。对地方政权也做出了相应调整，先是将各大区人民政府或军政委员会改为中央人民政府行政委员会，随后又撤销了各大行政区。与此同时，新的经济管理体制也确立起来。经过初步调整，中央行政体制在组织结构、职权范围及运作方式等方面均发生了不同于此前的变化。
第一节 政务院内部机构的建设与正式运转
一、政务会议制度的实行和基本工作条例的制定
政务会议制度的实行是政务院建成后正式运转的重要标志之一。新中国成立初期中央人民政府和政务院定期召开多种形式、不同规模的会议也是实现其对各部门工作统一领导的主要方式之一。
根据《中央人民政府组织法》第10条规定：中央人民政府委员会作为最高国家权力机关应定期召开中央人民政府委员会的会议，一般情况下两个月举行一次，由主席负责召集。中央人民政府主席根据需要，或有三分之一以上的中央人民政府委员的请求，或政务院的请求，得提前或延期召开会议。
政务院中最重要的会议是政务会议，一般情况下政务会议每周举行一次，由总理负责召集。总理根据需要，或有三分之一以上的政务委员的请求，得提前或延期召开会议。政务院的会议，须有政务委员过半数的出席始得开会，须有出席政务委员过半数的同意始得通过决议。关于政务会议的组成和任务，周恩来在《关于政务院的成立和政府机关的组织与干部问题》报告中作了专门说明：“政务院的政务会议，通过决议和命令，研究和决定日常的重要工作。会议由总理、副总理、秘书长、政务委员等21人组成，这便于议事和工作；政务会议成员加上各委、部、会、院、署、行的主要负责人参加，成为政务院的扩大政务会议，共有40多人，讨论一般政策，报告一般工作。”
据统计，从1949年10月到1954年9月政务院直接领导国家政务工作的五年中，共召开政务会议224次，符合《中央人民政府组织法》关于政务会议每周举行一次的规定。这些会议，周恩来除不在北京或者有其他特别重要事情外，每次都亲自主持或参加。
在实际工作中，政务会议成为处理政务、通过决议、实行集体领导的主要形式，所有重大决策问题，都要提到会议上讨论，集体做出决定。政务院对相关人员的任免，一般均经政务院政务会议通过，政务院总理得视需要先行核定，但事后须向政务会议报告。1949年11月25日，周恩来主持政务院第七次会议，讨论政务院及所属机构任免工作人员暂行办法，要求各部、会、院、署、行的负责工作人员的任免，先由所属各委研究，经政务院人事局办理，提交政务会议通过；地方政府负责的工作人员的任免，由内务部办理，提交政务会议通过。周恩来在会上指出：“工作人员任免应该由会议决定，政务院各部门任免工作人员后，呈请政务院备案，不需呈请政务院总理批准。”
除正式的政务会议外，周恩来还依据工作需要，组织多种形式的小型会议，如汇报会、座谈会、工作会、碰头会等，集体讨论研究问题。这些会议或者为正式会议决策进行准备，或者对已经决定的事项进行检查和具体落实，或者研究处理各部门请示的具体问题，在政务院日常工作中发挥了重要作用。同时，政务院自成立之日起还建立了事务汇报会议制度，由政务院秘书长召集，参加会议者为各委秘书长或副秘书长，各部、会、院、署、行办公厅主任或副主任。
在政务院的机构设置及人事安排基本就绪后，周恩来即要求各部门立即着手制定基本工作条例，以使政务院各项工作的开展有章可循。他在主持召开政务院第一次政务扩大会议时就强调指出：“政务院既已成立，各部门就应制定各自简要的工作条例和组织条例，这样，一方面可以不约束大家的积极性与创造性，同时又可以约束自由主义。”具体办法是先由政务院拟定若干原则，再由各专门小组或各部门自拟，报政务院核准后，可先试行若干时期，再送请中央人民政府委员会批准。
新中国成立后的半年时间内，政务院陆续制定并颁布了一系列政府组织通则和部门组织条例，政务院制定和实施的政府组织通则主要有：《政务院及所属各机关组织通则》、《大行政区人民政府委员会组织通则》、《省人民政府组织通则》、《市人民政府组织通则》、《县人民政府组织通则》。部门组织条例包括两类，一类是政务院及所属部门组织条例，另一类是地方部门组织条例，政务院及所属部门的组织条例主要有：《政务院指导接收工作委员会工作条例》、《政务院组织条例》、《政务院关于任免工作人员的暂行办法》、《政务院人民监察委员会试行组织条例》、《海关总署试行组织条例》等。这些通则和条例规定了政务院及地方各级人民政府的职权、上下级政府之间的关系、各部门的机构设置等重要问题，为政务院工作的迅速展开和进入轨道奠定了基础。
在这一系列政府组织通则和部门组织条例中最主要的是《政务院及其所属机关组织通则》。该通则于1949年12月在政务院第9次政务会议上通过，经中央人民政府委员会第4次会议批准，对政务院内设机关组建的基本问题做出了如下主要规定：
（1）关于政务院各机关的内部设置：各机关得设办公厅；为分掌业务，得设司或处；厅、司或处以下得设处或科。其工作有半独立性质者得设局。其工作有特定性质者得设室（如参事室、会计室、资料室）、组（如财经组、文教组）、所（如研究所）或会（如高等教育委员会）。
（2）关于各级别人员的任免权限：除各委秘书长副秘书长及其他同级人员由政务院提请中央人民政府委员会批准任免外，厅主任、司长、局长、处长、室主任与其副职及其他与以上各职同级人员，均由政务院任免。厅、司、局、处、室以下之处长、室主任、科长与其副职及其他工作人员，由各机关首长任免，并报告政务院备案。
周恩来特别重视在各机关建立会议制度的必要性，他在审阅该组织通则时特别加上了“各机关应实行会议制度”一条，如委务会议、部务会议、会务会议、院务会议等。此外，政务院所属各部门，亦得分别设各项工作会议。
总之，新中国第一届中央人民政府成立后，政务院作为最高国家行政机关，在周恩来总理的亲自领导下，依据《共同纲领》和《中央人民政府组织法》，在中央行政机构设置、人事安排、编制管理及法规制度建设等方面开展了有条不紊的工作，使政务院的各项工作迅速步入正轨，整个国家机器迅速组建完成并开始运转。
二、政务院的编制审定与编制管理措施
行政机构与人员的编制工作是国家政权建设的一个重要内容，它通常是指政府组织机构的设置及其人员数量的定额和职务的分配。新中国诞生后，政府的编制管理工作由中央“统一领导、统一管理，即中共中央和中央人民政府决定全国编制工作的大政方针，安排中央及地方各级人民政府、党派、人民团体的编制员额。机构编制管理的日常工作由政务院及其下属的相关部门负责，并与各大行政区协同工作。
新中国诞生之初，政务院及其各部门主要负责人员数量包括：政务院总理1人、副总理4人、政务委员15人、秘书长1人、副秘书长5人；4个委员会的主任、副主任、委员共170人；30个部、会、院、署、行的正副职负责人共175人，总计371人。政务院及所属单位的编制总人数原拟会超出3万人，经审查后将编制总人数控制在19575人。就全国干部总体规模而言，1949年建国时，全国除军事系统外共有各种干部72万人，到1952年9月总数已发展到275万人，增长了约4倍。
对于干部队伍的组成与特点，周恩来在政务院第74次会议上讲话指出：“这是世界上最大的一支干部队伍。这支队伍中，既有老干部，也有新干部，还有留用人员；有专门技术的人很少，绝大多数是一般干部；有的虽然有斗争经验、政治水平高，但文化水平低，有的是政治水平差，有极少数的，政治上还不可靠。”为了适应新中国成立初期巩固政权、恢复生产、建设国防等各方面工作对干部人员的大量需求，针对干部队伍的特点，政务院采取了相应的编制管理措施。
一是成立政务院及各地编制管理机构。1949年12月，政务院及其所属单位机构编制审查委员会成立，负责审查政务院各行政部门以及直属企事业单位的机构和编制的初步审核事项，政务委员章乃器担任该委员会主任。1950年3月，政务院第22次政务会议决定成立全国编制委员会，以薄一波为主任，聂荣臻为副主任。全国编制委员会主要负责全国地方编制管理工作，其办事机构设在财政部，各大行政区、各省和一些大城市皆分设编制委员会。政府及企业部门编外及多余人员，均由全国各地编制委员会统一调配使用。各部门各企业如需增添人员，在经过相关机关批准后，必先向全国编制委员会请求调配。
1950年9月人事部成立后，政务院及其所属单位机构编制审查委员会的日常事务，转由人事部承担。1951年12月7日，政务院第114次政务会议决定，全国编制委员会的日常工作，也由财政部划归人事部承担，在人事部二局设立编制科，同时规定省（市）以上均设立编制委员会，具体工作由人事部门办理。
二是制定人员编制管理方面的规范性文件。政务院于1950年6月13日公布了《关于统一全国各级人民政府、党派、群众团体员额暂行编制草案》，对地方各级政府及党派群团组织的机构设置与人员编制做出了明确规定。周恩来就核定各级编制员额发布政务院令指出：（1）鉴于全国各地工作发展的不平衡，此编制草案只作为统一编制的一般标准，各地各工作部门得视具体情况加以适当调剂；（2）各级人民政府对于已参加各级政府工作的残疾军人和妇女干部，应予以合理照顾，不应借口紧缩编制，随意编掉，不作合理处置；（3）对编制以外人员不准擅自遣散，应缮具名册并将处理办法和步骤报经各大行政区及政务院各直属省市的编制委员会批准后执行，并报政务院备案。
三是及时总结和推广机关整编经验。1950年上半年，《人民日报》陆续发表关于政务院政法委员会整编机关经验的报道，为中央人民政府各单位及地方各级政府机构提供参考。政法委整编机关的经验包括：第一，将来在政府机关中必须有精细的分工，但从国家目前财力、人力以及现有工作实际情况来说，并不立刻需要而且也不可能建立起十分完备的政府机构，也不可能立刻采取十分细密的分工。必须区别业务的轻重缓急，有重点地设置机构和编配干部。机关内部层次不宜太多，并要适当地注意干部的机动使用。这也是防止机关官僚主义作风蔓延的一个办法。第二，组织机关的方法，要尽量多配备各机关业务方面的工作人员，减少行政事务方面的工作人员。现在有些机关的行政事务人员的编制还是过大，必须力求缩减。第三，整编机关应与整顿机关工作作风和整顿机关学习制度相结合。
通过采取一系列措施，政务院的编制管理工作取得了一定成效。截至1950年底，各级政府机关行政人员整编工作告一段落，初步核实了人数，统一了编制，调整了人员机构。
三、政务院机构的局部调整与第一次精兵简政
新中国第一届中央政府是在华北人民政府组织机构基础上扩充而成的。随着国家政治、经济、文化等各方面的迅速发展，政务院对内部机构进行了局部调整，根据实际工作需要，增设、撤销了一些部门，并对一些部门的职权范围进行了重新分配。1949年11月21日周恩来在对中央政府机关工作人员的讲话中明确指出：“人民政府一切工作都在草创中，没有前例可援。我们根据需要创立的许多机构，并不完备，应该根据实际情况做些变更。我们不要像旧官僚那样，不用脑子，只是墨守成规、按部就班地办事。这在封建社会叫‘循吏’。新政府的工作人员不仅要完成政府所决定的工作，还要负责改进这个机构。人民政府不仅要求工作人员有积极性，并且要求有创造性。我们不怕人家提意见，而是欢迎提意见。”