1950年8月25日，周恩来主持政务院第47次政务会议，批准成立了地质工作计划指导委员会，并任命李四光为主任委员。9月1日，周恩来在政务院第48次政务会议上作了关于设立政务院华北事务部的说明，他指出：在华北五省二市上面不需要设立大行政区机构，但需要设立华北事务部这样一个幕僚性的工作机构，为政务院一个直属单位，负责联系、调查、帮助政务院对五省二市的领导。9月5日，中央人民政府委员会第9次会议通过了《关于增设中央人民政府人事部及中央人民政府华北事务部的决议》，决定：（1）在政务院下增设人事部，加强干部管理，负责办理干部的审核和提请任命手续，并任命安子文为人事部部长；（2）在政务院下增设华北事务部，为政务院的幕僚机关，负责处理华北地区五省二市一般性的事务和公文研究以及检查政府法令在该地区执行情况，并任命刘澜涛为华北事务部部长。
1950年11月6日，中央行政体制进一步调整，中央人民政府委员会撤销了办公厅，其原有职权移交政务院负责办理。12月26日，中央人民政府委员会第10次会议，通过《关于结束中央人民政府食品工业部的决议》，指出：食品工业部无单独设置的必要，应立即结束，该部所管辖糖、烟、油脂及粮食加工业务，均归轻工业部办理，渔业部分归农业部办理。
1951年11月，政务院提请中央人民委员会第13次会议通过决议，将林垦部改名为林业部。对此，周恩来在向中央人民政府委员会所作报告中指出：移民开垦是属于直接发展农业生产的范围，林垦部改名后，垦务工作移交农业部主管。
1951年12月28日，政务院第117次政务会议，决定撤销华北事务部，成立政务院华北行政委员会，任命刘澜涛为主任。华北行政委员会的职权稍大于华北事务部，设主任1人，副主任2至3人，委员若干人，由主任、副主任及委员若干人组成常务委员会，下设工业、农业水利、财政、贸易、民政、文教、公安等7个局及财政经济计划委员会和最高人民法院华北分院，并在秘书长领导下设办公厅，编制不超过1000人。
在国家政权草创阶段，由于任务繁重、经验不足，以致在各级政府机构建立过程中，出现了上层机构层次重叠、分工不清、人浮于事的现象；而基层政权中又缺乏必需的职能部门和领导干部，特别在经济建设和文化建设等部门，有“头重脚轻”的现象出现。1951年12月7日，周恩来主持召开了政务院第114次会议，会议原则通过《政务院关于调整机构紧缩编制的决定（草案）》。周恩来指示应从“紧缩编制、调整机构、减少层次、精简人员”入手，来健全各级人民政府组织，以达到提高政府工作效率和加强国家各种建设的目的。
政务院《关于调整机构紧缩编制的决定》对中央及各地方国家机关的机构设置与人员编制做了新的原则规定：（1）调整紧缩上层，合理充实下层。中央、大行政区两级编制员额减少20%至25%，省一级编制员额减少10%至15%，精简后的编制员额充实到县、基层和新建单位；（2）精简机构，调整关系，首先合并分工不清和性质相近的机构。中央、大行政区和省的财政经济委员会的办公机构和计划机构实行合并；中央情报总署取消，其工作并入外交部；海关总署划归中央贸易部领导；中央新闻总署取消，其业务分别并入政务院文化教育委员会和中央出版总署；中央财政部所属的盐务总局归中央轻工业部领导，运销部分归中央贸易部统一办理；（3）精简机构，减少层次。中央和大行政区各部的机构，一般只设部、司、科三级；省（市）各厅（局）的机构，一般只设厅（局）、科两级；省辖市以下，一般只设科不设局；（4）明确规定干部与勤杂人员的比例。中央和大行政区为8比1，省（市）为8比1到9比1，地区行署、县、区公所为9比1到10比1；（5）要求划分清楚企业、事业机构和行政机构的编制和开支；（6）严格编制纪律。
政务院《关于调整机构紧缩编制的决定》颁布后，中央政府及各级地方政府机构都不同程度地开展了精兵简政工作。周恩来对精简编制的原则做出特别说明：政府机构总的人数不能超过所规定的编制员额，“但不是一律机械地减，而是采取合理调整的办法，该减的减，该加的还要加些”。精简编制的重点是：（1）“调整紧缩上层，合理充实下层”；（2）“合并重叠和性质相同的机构”；（3）“政委、文委、财委只设到省（市）”。以政务院政法委及其联系、指导机构的整编情况为例。政务院政治法律委员会、最高人民法院、最高人民检察院、司法部、法制委员会等五机关于1952年初成立了联合办公机构，实行合署办公，司法部内部机构改为首长办公室、司法行政组、干部训练组，编制减为106名。
总的来说，政务院这一阶段的机构调整和第一次精兵简政工作，基本上都是从政府工作的实际需要出发，对新中国成立初期机构设置的不适宜之处进行局部调整；从程序上来说，均是遵循《中央人民政府组织法》的规定，由政务院总理提请中央人民政府委员会决议增加、减少或合并相关机构。周恩来领导下政务院采取的一系列措施，使新中国成立初期的编制管理和精兵简政工作取得了一定成效。
第二节 周恩来领导下政务院工作的开展
一、指导建立新中国各级人民政权
政务院及其下属各机构组建完毕后，在周恩来亲自领导下迅速开始运转，作为新中国最高国家行政机关，统一管理国家各项行政事务。周恩来领导政务院各部门首先致力于解决的几件重大而急迫的政务工作，即建立健全地方各级政权、迅速恢复和发展国民经济、巩固国防，以及作为主权国家开展对外交往。
1949年中国共产党领导建立的新生人民政权虽然在军事上连连取得决定性胜利，但面临的政治形势仍很严峻。当时国民党仍然有上百万军队盘踞在西南、华南等地区进行负隅顽抗；在新解放区，国民党溃逃时遗留下来的大批残余力量，同当地反共势力和土匪武装相勾结，以各种方式进行捣乱破坏，妄图颠覆各地新生的人民政权。据外国学者分析：“1949年，共产党人所面临的政治任务，不是将旧的国家机器的碎片重新粘合在一起，而是建立一个全新的政治机构。共产党人不得不在极端落后的经济条件下从事这一工作，因为这个国家只拥有最原始的交通运输系统；在这个土地上，强大的传统的地方势力和地方观念顽强地阻碍着现代民族意识的发展，而在经济生活中居支配地位的前资本主义形式只为民族统一提供了最脆弱的物质基础。”为迅速建立健全各级人民政权，周恩来领导政务院集中抓了三项工作：首先，逐步建立起大行政区-省-市-县-区-乡（行政村）的纵向行政体制。
新中国伊始，由于各地解放时间不同、地区差异较大，中央政府直接管理省和省以下地区的条件尚不具备，全国被划分为华北、东北、西北、华东、中南、西南六大行政区。在6大行政区中，东北已经建立东北人民政府；华北人民政府撤销后，所辖五省二市归政务院直接管辖；其余4个行政区正在建立军政委员会。关于将大行政区设为一级政权的必要性和设立后是否会妨碍统一的问题，周恩来认为：“在目前情况下，大行政区应该成为一级政权组织，由它领导一个大的地区的工作。这个地区，在经济、政治、民族等方面有许多共同点，在军事上是连成一片的，绝不会因为有大行政区这一级而成为不统一。中国是一个大国，地大人多，经济发展不平衡，必须在经济发展的条件下，才能逐渐走向完全的统一。政权组织的划分，要既有利于国家统一，又有利于因地制宜。不能只强调一面。要在统一政策领导下因地制宜，在因地制宜的发展中求统一。这样的因地制宜，不但不妨碍统一，而且为进一步的统一创造了条件。只有这样，才能迅速获得战争的完全胜利，医治战争创伤，完成全国的土地改革，以及恢复与发展生产。”
1949年12月政务院第11次会议通过了《大行政区人民政府委员会组织通则》。
《通则》规定：各大行政区人民政府委员会是各该区所辖省（市）高一级的地方政权机关，并为中央人民政府政务院领导地方工作的代表机关。大行政区政府领导着所辖各省、自治区、直辖市人民政府的工作，享有广泛的行政权、人事权以及拟定与地方政务有关的暂行法令条例的权力，在管理当地经济事务方面负有主要责任。
周恩来亲自审定了大行政区人民政府和军政委员会的主席、副主席、委员人选，经政务院提请中央人民政府任命。
其次，迅速组织各地群众召开地方各界人民代表会议。根据《共同纲领》第14条的规定：在普选的地方人民代表大会召开以前，由地方各界人民代表会议逐步地代行人民代表大会的职权。凡在军事行动已经完全结束、土地改革已经彻底实现、各界人民已有充分组织的地方，即应实行普选，召开地方的人民代表大会。地方各界人民代表会议成为解放初期人民参政的一种重要形式，其代表由推选、邀请、商定及选举等方式产生。在地方各级人民代表大会召开之前，它先是地方各级人民政府传达政策、联系群众的协议机关，后曾代行地方各级人民代表大会的职权。在各界人民代表会议休会期间，设各界人民代表会议协商委员会，协助人民政府实行各界人民代表会议的决议。
周恩来和毛泽东等中共中央领导人对地方各界人民代表会议极为重视。新中国成立前，周恩来在为中共中央起草的《关于新解放城市中组织各界代表会的指示》中即指出：“考验我们能否管理好城市的决定力量是党的政策掌握了群众，党所领导的人民代表会议是我们的组织武器，而各界代表会可看作是人民代表会议的雏形。”新中国成立之初，鉴于各地实行普选的条件尚不具备，周恩来提出“各界人民代表会议是解放初期人民革命政权联系群众、组织党员群众的最好方法”。毛泽东也对召开各界人民代表会议做出一系列重要指示，他指出：“人民政府的一切重要工作都应交人民代表会议讨论，并做出决定。必须使出席人民代表会议的代表们有充分的发言权。”1949年底至1950年，政务院先后制定并通过了省、市、县、区、乡（行政村）各界人民代表会议组织通则，详细规定了各界人民代表会议召开的基本原则和政策方法。
最后，迅速建立地方各级人民政权机关。在周恩来主持下，1950年政务会议先后通过了大行政区、省、市、县、区、乡人民政府组织通则，具体规定了各级人民政府的职权范围以及上下级之间的领导关系。例如，《省人民政府组织通则》第1条规定：省人民行使政权的机关为省人民代表大会（或省各界人民代表会议）和省人民政府。在省人民代表大会闭会期间，省人民政府即为省的行使政权的机关。省人民政府委员会为省一级的地方政权机关，受主管大行政区人民政府委员会（或军政委员会）的直接领导；在不设大行政区人民政府的地区，省人民政府委员会受中央人民政府政务院的直接领导。周恩来亲自审定了省级人民政府领导人选，经政务会议讨论决定后，报请中央人民政府任命。
在以周恩来为首的中央人民政府政务院领导下，到1950年底全国已经成立了1个大行政区人民政府和1个中央直属的自治区人民政府，4个大行政区军政委员会，28个省人民政府，9个相当于省的行政区人民行政公署，12个中央和大行政区直辖的市人民政府，67个省辖的市人民政府，2087个县人民政府。在各级人民政府中，有些已经是人民代表会议选举出来的，有的市和县已经召集了人民代表大会；已经有1707个县、36个蒙古族自治旗，都召集了各界人民代表会议；大部分的区乡和村都召集了人民代表大会、人民代表会议或农民代表会议。
二、领导迅速恢复和发展国民经济
新中国诞生之际面临着极为严峻的经济形势。由于连年战乱，加之国民党政府统治无能，遂使生产萎缩、交通梗阻、民生困苦、失业众多，特别是原国民党政府在大陆政权崩溃前滥发纸币，造成通货膨胀，物价飞涨，投机猖獗，市场混乱，大批工厂企业倒闭，大量工人商人失业。据统计，与历史上最高工业产量相比，1949年全国生铁降了10.9%，钢材降了17.8%，煤降了44.5%，电力降了72.6%，水泥降了30.9%，纯碱降了62.9%，棉纱降了72.4%，棉布降了72.6%，糖降了39.6%。工业总产值下降50%，重工业下降70%，轻工业下降30%。这种状况决定了新中国中央政府成立后必须将迅速恢复和发展国民经济作为首要任务。因而，在新中国第一届中央行政体制的设置上，必然要相应地突出政府的经济管理职能，加强政府经济主管部门和人员的配备。