然而，随着中国政治、经济形势的快速发展，各大区的中央人民政府行政委员会成立不到两年就被撤销了。1954年6月，在召开第一届全国人民代表大会前夕，中共中央对中央政府组织结构再次做出调整。中央人民政府委员会第32次会议正式通过《关于撤销大区一级行政机构和合并若干省、市建制的决定》。决定指出：国家计划经济的建设，要求进一步加强中央集中统一的领导。为了中央直接领导省市以便于更能切实地了解下面的情况，减少组织层次，增加工作效率，克服官僚主义；为了节约干部加强中央和供给厂矿企业的需要，并适当地加强省、市的领导，撤销大区一级的行政机构，是完全必要和适时的。与此同时，中共中央的派出机构也作了重大调整，自革命战争年代延续下来的六个中央局也相应撤销。
各大区中央人民政府行政委员会和中央局的撤销，使中央人民政府的组织结构和职权范围再次发生变化。随着大行政区党政机构的撤销，自新中国成立以来形成的由大行政区一级机构代表中央领导和监督地方政府的过渡状态正式宣告结束。中央政府加强了对省市等各级地方政府的直接领导，中共中央亦加强了对省、自治区、直辖市党委的直接领导。
三、中央人民政府向党中央请示报告制度的确立
中国共产党在成为执政党以前，即在党内及军队内建立起了严格的请示报告制度。1949年中央人民政府成立后，政务院及其所属各部门也执行了向中央的请示报告制度。但是毛泽东对政务院对此项制度的执行情况并不满意。特别是由薄一波主持的新税制改革引起毛泽东的更加不满，加深了毛泽东认为政府工作中存在分散主义的看法。
针对这一情况，周恩来多次召开会议，就政务院各部门向中共中央进行报告一事进行检查督促。1952年8月9日，周恩来就一些部门未认真执行政务院关于所属部门定期向中共中央作报告的制度一事，以政务院党组干事会书记名义向各委分党组干事会、各部门党组小组发出通知，强调各部门必须严格执行定期报告制度，并重新规定了报告办法：（1）每两月作一次综合报告，应由党组负责人执笔，内容以执行中央政策、业务进行情况为主，千字为限；（2）重要问题作请示报告或专题报告，专题报告以简短及时为原则，字数不限；（3）专业会议后作简况报告；（4）各业务部门的业务情况按月或按旬统计报告。1953年2月，周恩来还根据年初毛泽东认为政府工作存在分散主义的意见，主持召开了关于加强政府各部门向党中央请示报告和做好分工的座谈会。
为确保中共对于政府工作集中、统一、全面、直接的领导。1953年3月10日中共中央做出《关于加强中央人民政府系统各部门向中央请示报告制度及加强中央对于政府工作领导的决定》。决定指出：为了使政府工作避免脱离党中央领导的危险，今后政府工作中一切主要的和重要的方针、政策、计划和重大事项，必须经过党中央的讨论和决定或批准，以加强中共中央对政府工作的直接领导。为在中央人民政府各部门迅速建立起向中央及中央主席的请示报告制度，该决定还就中央政府系统各部门向中央请示报告制度的原则、方式、报告内容及责任分工等做出了明确、细致而严格的规定：
第一，关于请示报告制度的原则。决定规定：今后政府工作中一切主要的和重要的方针、政策、计划和重大事项，均须事先请示中央，并经过中央讨论和决定或批准以后，始得执行；政府各部门对于中央的决议和指示的执行情况及工作中的重大问题，均须定期地和及时地向中央报告或请示，以便能取得中央经常的、直接的领导。
第二，关于请示报告制度的方式和内容。决定规定：所有政府各部门向中央的报告，应严格区分为请求批示或报告两种性质。属于请示性质的，须严格遵守每一请示只限一个专题的原则，并在报告中注明请求批示及请求何人或何机关批示；属于报告性质的，一律不要写“请求指示”的字样，中央一般对此类报告不作批示，如涉及需要请示的问题，须将该问题另作专题请示，不得混淆。
政府各部门可采取多种形式向中央反映情况，主要包括：（1）定期综合报告，一般应每两周一次，报告必须有内容，要能说明工作中的大事情和带政策性的问题，力戒琐碎；（2）某些重大问题或带专门性质的问题应向中央作专题报告，时间不限，字数不宜过长；（3）编印定期或不定期的简报或情报，内容须经过选择和整理，以反映能够看得出问题的，特别是新的问题的材料为主，宜短不宜长；（4）将会议所讨论的或所决定的重要事项，用最简明的文字记录出来上报；（5）经常有计划、有目的地反映某些带统计性质的、必要的数字资料；（6）为了便于了解和考察各种会议情况，政务院各委和不属于各委的其他政府部门，可于每月月底将下月份准备召开专业会议的情况，列成简表报告中央。
第三，关于请示报告制度的责任分工。决定规定：今后政务院各委和不属于各委的其他政府部门一切主要的和重要的工作均应分别向中央直接请示报告，并对政府工作中直接向中央负责的六方面人员进行了明确分工：（1）国家计划工作，由高岗负责；（2）政法工作（包括公安、检察和法院工作），由董必武、彭真、罗瑞卿负责；（3）财经工作，由陈云、薄一波、邓子恢、李富春、曾山、贾拓夫、叶季壮负责；（4）文教工作，由习仲勋负责；（5）外交工作（包括对外贸局、对外经济、文化联络和侨务工作），由周恩来负责；（6）其他不属于前述五个范围的工作（包括监察、民族、人事工作等），由邓小平负责。
按照规定，如属于两个部门以上而又不同隶于一个委员会的事项，则经由政务院负责同志向中央请示报告；如是政府主席直接交办的事项，应直接向主席请示报告；如应向中央请示报告的事项而竟未向中央提出，则最后经手的政府负责同志应负主要责任。
此后不久，中共中央又对国家计划工作和财经工作方面所确定的政府领导人的分工做出部分调整，在国家计划和财经方面对中央负责的政府领导人由此前的8人增加为10人。毛泽东曾批示：“凡政府方面要经中央批准的事件，请小平多管一些。”中央人民政府向中央请示报告制度确立后，政务院处理事项的范围和程序被严格限制。首先，政务院所属各委、部、会、院、署、行直接提请政务院批示或办理的事项，除例行事务外，凡属涉及方针、政策、计划的事项，均应限于中央已经讨论和决定了的问题，或是中央已经批准的计划或批准的原则范围之内的问题。政务院负责人员如发现此类事项仍必须向中央请示报告，应立即向中央请示报告；纯属政府日常业务的工作，则仍按政府系统的办公手续处理。其次，所有政府各部门召开的专业会议，凡属性质重要而不是解决纯业务性或技术性质问题的专业会议，均应执行事先报告并经过中央批准始得召开的原则。如属于有关全局的、政策性质重大的结论，则须提请中央批准后，始得向到会人员宣布。