由于“大跃进”造成了国民经济的严重困难，60年代初党中央和国务院果断地实行了“调整、巩固、充实、提高”的方针。周恩来为克服全国性粮食短缺殚精竭虑，他千方百计地调配粮食，狠抓农业生产，尽力压缩城市人口，精简机构，下放干部。在周恩来等人的努力下，1962年后国民经济基本上得到了恢复，开始了新的发展。这一时期周恩来还负责领导了国防科技尖端武器的研制和大规模的三线建设，并开始尝试对行政管理体制和企业经营体制进行初步改革。国务院在全国试办了12个工业、交通托拉斯，探索工业管理体制改革的道路。
60年代中前期国务院的机构设置也相应进行了调整。先后分设了国防工业的第三、第四、第五、第六、第七机械工业部和国务院国防工业办公室；恢复和增设了物资管理、建筑材料工业、第二轻工业、高等教育等四个部和对外经济联络委员会；恢复和增设了九个直属机构。随着国民经济的恢复发展和中央对地方权力的上收，政府管理职能不断扩张，1963年后我国行政机关的数量又重新开始膨胀。为了改变权力过于分散和管理混乱的状况，中央政府采取了高度集中的管理模式，上收了一批下放的民用企业和全部国防工业企业的管理权。并且，中央重新成立了华北、东北、华东、中南、西南、西北六个大区党的领导机构，国务院各部门先后成立政治部，以加强党对行政事务的领导。
1964年底到1965年初，召开了第三届全国人大，周恩来受命再次承建了新一届中央政府。他提出了建设四个现代化的奋斗目标，并在1965年对国务院行政机构做了调整，按照毛泽东意见成立了“小计委”，撤销了国务院总理办公室。可惜，周恩来关于行政体制改革的探索很快被1966年爆发的“文化大革命”打断了。
第一节 60年代中前期政府机构的压缩与膨胀
一、周恩来与困难时期政府机构的精简与压缩
“大跃进”不仅造成了国民经济的衰退和工农业的巨大损失，而且带来了政府管理部门增多，城镇人口激增等一系列问题。在1960年到1962年中国经济最困难的时期，作为国务院总理的周恩来做的一项主要工作就是压缩城市人口，精简行政机构和下放机构人员。
1960年中国经济陷入了最困难的局面，城镇人口的激增也带来了粮食严重短缺等严峻的社会问题。据统计：1957年全国职工人数是2450万人，1960年猛增到5000万人，工资总额也由156.4亿元增加到263.2亿元。与此同时，农村劳动力减少了2300万人。持续猛增的城镇人口使国家财政开始连年出现巨额赤字，1958年为21.8亿元，1959年为65.8亿元，1960年高达81.8亿元。银行大量增加信贷和发行货币，社会购买力由1957年的488亿元猛增到1960年的716.7亿元，大大超出社会商品供应量。
为了克服严重的经济困难，解决粮食严重短缺问题，周恩来领导国务院从1960年起开始，在大幅度精简城镇职工的同时，调整压缩政府机构，大量精简国家机构的工作人员。1960年9月14日，中共中央在批转的《关于中央各部门机构编制情况和精简意见的报告》中指出：当前中央各部门机构臃肿、人浮于事、组织不纯、浪费人力的现象十分惊人。1957年中央各部门人员为25.3万，现在已经增加到41.1万人。此次精简，拟将任务重复和不合理的机构进行适当的合并和调整，精简人员的指标为行政部门15%-20%，事业单位20%-35%。该报告还指出：所有的部门都大力实行紧缩机构和精简人员，不仅是反官僚主义的一个重要措施，而且可以加强各条战线的工作。
20世纪60年代初，周恩来的很多工作放在了精简职工、下放干部，压缩城市人口上。他认为：“这个事情是领导的决心，也是全民的决心，震动极大，几乎要震动我们全民的生活。不是一个简单的事情，要意识到这个问题。”1960年9月28日，周恩来在出席中共中央书记处会议时就提出要劳逸结合、勤俭建国，整顿干部作风。1960年10月17日，周恩来亲自在中直机关、中央国家机关、北京市机关十七级以上的党员干部和军队少校以上的党员干部会议上作精简机构、下放干部的动员报告。他分析了当时困难产生的原因，指出精简下去的人员的流向是充实基层和加强农业生产。强调要缩短基本建设战线，合并机构、下放干部、深入基层；整顿人民公社，把劳力推向农业，把农业生产搞好。
1961年5月21日至6月12日，中共中央在北京举行工作会议。会议制定了《关于减少城镇人口和压缩城镇粮食销量的九条办法》，规定3年内减少城镇人口2千万以上，本年内减少1千万。1961年8月1日，周恩来为中共中央转发了安子文所写的《关于精简职工、减少城镇人口工作中几个问题的简报》，提出了需要注意和解决的问题：计划要落实；速度要加快；中央直属企业的精简工作要赶上去；要坚持把工作做细。到1961年底，职工减少了827万，城镇人口减少了1000万左右。
1961年12月20日至1962年1月10日，周恩来出席了中共中央在北京召开的工作会议。他在大会上作当前形势和1962年工作的报告，他提出1962年的八项工作是：（一）放下架子，不管生产、基建、事业、企业，都要精兵简政；（二）坚决减人；（三）争取农业增产；（四）保证木、煤、钢、矿、运这五件工业上最迫切的事；（五）清理物资；（六）保证市场；（七）贯彻各种政策、条例（包括农业、工业、学校、商业等各种具体的规章制度）；（八）建立新秩序。
1962年2月7日，周恩来在扩大的中央工作会议闭幕会上，再次指出：1962年是国民经济计划以调整为主的关键年。要坚决精简机构，压缩城镇人口，精简职工人数，减少粮食供应。这是克服当前困难的最重要的一着，也是调整工作的一个重要环节。精兵必先简政，党、政机关和企业、事业单位，首先要裁并机构。要“拆庙子”，同时要“搬菩萨”。
同年2月21日周恩来亲自修改了《中央精简小组关于各级国家机关、党派、人民团体精简的建议》稿，提出：全国国家机关原有职工268万余人，拟精简94万余人，占原有人数的35%。关于中央、省（自治区、直辖市）、地（专）、市、县、公社等各级国家机构的精简数字，“每个省、自治区、直辖市，根据各地具体情况可以保留在编制外的一定比例的机动人数，但至多不许超过1%。”修改后的文件强调：
各级国家机关的机构设置，应当从实际需要出发，因时因地制宜，只求工作任务归口，不强调上下对口，不强求组织形式一致；应当加强业务管理部门，一般不设临时办公机构。
翌日，周恩来出席了中央书记处会议，会上周恩来对行政、工业、基本建设、农林水、财贸、文教、外交、军事、政法等方面的精简工作提出了自己的设想和安排。他指出：“当前重点应放在制订并实施上半年计划上面，这样可以在上半年减人七百万的基础上下半年再减六百万。”同时，他还提议由杨尚昆、习仲勋、谢富治、张启龙、高云屏、马文瑞、章夷白七人组成中央精简小组，由杨尚昆主持工作，童小鹏任秘书长，他要直接过问这项工作。会议认为：目前各级国家机关，党派、人民团体中机构庞大、人多政繁的现象，十分严重。这种情况不利于国民经济的全面调整，不利于克服当前困难，不利于克服官僚主义和分散主义。因此，必须彻底精兵简政。会议还决定成立由谭震林任组长的国家机关编制小组。
4月17日，周恩来召集国务院扩大会议，再次就精简问题讲话指出：政府工作中，当前首要任务是抓精兵简政工作。采取的方针是裁并单位（包括中央和地方），精简人员，统一调整，合理安置。办法是就地调查，依靠群众，党政带头，条块对口，一致行动。周恩来还就人员安置提出十条具体措施。
20世纪60年代初，周恩来亲自领导的这次机构精简与50年代的机构调整和压缩相比，主要不同之处在于，以往中央政府机构的调整主要是减少部委级机构，在省级政府中主要是减少厅、局机关。1960年至1962年这次调整则主要减少了国务院的二、三级机构，即在中央政府中调整压缩各部、委所属的司局机关，在地方各级政府减少处、科机关。而且，这次从中央到地方的机构调整，在合并、撤销机构的同时特别进行了人员的精简。1960年9月至1961年6月仅9个月的时间，中央各部委共撤销、合并了89个司局级机构，精简了15%；中央各部委的直属事业机构合并了11个，精简了16%。同期，中央各部门在京单位减少了8万余人，占原有总人数的33%。其中行政部门减少1.5万人，占原有人数的24%。
周恩来亲自领导的这次精兵简政工作，使城镇人口在短时间内大规模被转移到农村，不但减少了国家的财政负担，充实了工农业生产第一线，对克服国民经济的严重困难起到了重要作用；而且在调整和精简机构的同时，开始注重编制的管理工作，显示出国家具有的强大动员能力和社会整合能力。1962年12月，国务院编制委员会发布了《关于地方各级国家机关机构编制（草稿）》，供各地参照执行。翌年7月22日，国务院又发布了《关于编制管理的暂行办法（草稿）》，规定国家编制分为行政、事业、企业三种。凡国家机关、党派、人民团体的编制，由行政经费开支。
国家机关编制管理在集中统一的原则下，实行统一领导、分级管理。省、自治区、直辖市厅局一级机构的变更，由国务院批准。通过这种编制管理方式，中国社会愈加呈现出政治整合代替社会整合的态势。
二、1963年后国务院机构的再度膨胀
60年代最初几年，合并、撤销了一部分政府机构，压缩、下放了一批政府工作人员和城市职工；但是，1963年后，从中央到地方各级政府机构再次开始膨胀。除国务院所属的部门外，各省、市、自治区人民政府的所属部门也在逐年增加。这次中央行政机构的膨胀主要是由行政管理体制的大收权引起的。一大批在“大跃进”运动中放下去的企、事业单位在60年代初重新收归国务院管理，小部分由省、市、自治区人民委员会管理或代管。由于国务院直属单位的行政管理、生产指挥、物资调度、干部安排等权力都集中到中央主管部门，于是，由中央政府和省、市、自治区政府管理的企、事业单位数量倍增，原有的政府机构无力接应，只能通过增设职能机构来解决这一大批企业、事业单位的管理问题。如高等院校管理权上收后，教育部所管单位骤增，只好又重建高等教育部以领导高等院校。类似这种情况的，还有第二轻工业部、外文出版发行事业局等机构的建立或升格。到60年代中期，第二届国务院所辖机构由组建时的60个，增加到1964年的77个。1965年国民经济调整任务基本完成后，中央各部门直属企业、事业单位由1959年的2400多个增加到10500多个。
从中央政府角度看，与1960-1962年的行政管理体制精简和调整所不同的是，1963年后政府机构的重新膨胀主要集中在国务院所属一级机构（如增设一批部、委和国务院所属的局），而前几年的压缩主要集中在国务院的二级机构（如各部委所属的司、局）。这种变化主要是由于当时国民经济的调整和发展国防尖端工业、建设“大三线”等重大战略部署造成的。国务院根据当时国内外形势发展的要求扩大和加强了政府的管理范围，不得不通过增设机构来处理大量政务。
此外，当时为适应国民经济调整的需要，中央和地方（主要是省、市、自治区）政府还建立了一些临时机构。这些临时机构对政府有关部门的工作曾起到了较好的协调作用。但是，也有相当一部分临时机构的职能、业务与政府的相关部门交叉重叠，增加了处理政务的周转程序和领导层次，降低了行政效率。而且，此后设立临时机构成为一种惯例，临时机构往往变成常设机构，这也成为政府机构膨胀的另一辅因。
1962年，国务院在压缩合并一些行政单位的同时，已经开始根据实际工作需要增加和恢复个别机构。当年4月13日，第二届全国人大常委会第53次会议批准国务院设立中国民用航空总局。5月4日，国务院决定恢复全国供销合作总社。6月8日，第二届全国人大常委会第55次会议批准国务院设立国家房产管理局。