1963年上半年，国务院的机构精简工作进入尾声。3月15日，周恩来在中南海怀仁堂作《关于中央精简工作的报告》，总结两年来精简工作的成绩，要求在精简工作的扫尾阶段，力争超额完成精简任务。他强调指出：“精简必须限期完成，以利今年八月起逐步调整工资，为第三个五年计划打下新的发展基础。”7月31日，中共中央批转中央精简小组《关于精简任务完成情况和结束精简工作的意见的报告》。《报告》宣布，全国性的精简工作基本结束。从1961年1月算起，到1963年6月底，全国职工减少1887万人，城镇人口减少2600万人，吃商品粮人数减少2800万人。
随着精简机构、下放干部和压缩城市人口工作的完成和国家发展战略的重新布局，1963年起国务院又陆续增设机构，再度开始膨胀。1963年5月25日，第二届全国人大常委会第97次会议批准国务院设立第四机械工业部，这次会议还批准国务院设立国家物资管理总局、外文出版发行事业局、全国物价委员会和国家编制委员会，作为国务院的直属机构。9月28日，第二届全国人大常委会第102次会议批准国务院设立第五机械工业部和第六机械工业部。11月9日，第二届全国人大常委会第106次会议批准国务院设立中国农业银行。
1963年下半年后，国务院各口先后成立发展规划委员会或规划小组，以加强对计划经济管理体制尤其是对当时基础薄弱的农业经济的管理和改革。最先成立的是工业发展规划委员会、农业发展和农业技术改革规划委员会，分别由薄一波、谭震林负责。
国务院各口规划小组的成立，加强了政府管理职能，完善了工作规划和程序，同时也增加了工作人员和编制。当时不但是国务院所属部门设立了发展规划委员会或规划小组，各省、市、自治区政府也相应增设了规划小组及其工作人员和编制。
1964年中央政府的机构和人员继续膨胀。当年6月9日，第二届全国人大常委会第119次会议批准国务院撤销对外经济联络总局，同时决定设立对外经济联络委员会。7月22日，第二届人大常委会第124次会议决定：将教育部再次分为高等教育部和教育部，同时批准设立国家海洋局、中国旅行游览事业管理局和国务院科学技术干部局，作为国务院的直属机构。同年11月5日，第二届全国人大常委会第129次会议决定设立物资管理部，批准国务院撤销国家物资管理总局。
截至1964年底，国务院共设置工作部门77个，相比于1959年第二届国务院成立之时的60个工作部门，净增的机构总数为17个。其中增加的部委机关主要是第三、第四、第五、第六机械工业部，主要涉及国防工业；其余增加的则主要为国务院的直属机构。这表明国务院主管专门行政业务的机构数量在不断增加，职能范围有所扩大，分工越来越细，主管的行业更具专业性和系统性。
从20世纪50年代起，中国的行政管理体制变化就呈现出膨胀-精简-再膨胀-再精简的特点，这与中国政府职能设定的不成熟不合理有密切关系。无论是50年代从二级政府体制改为一级政府体制，还是60年代初在特殊国际国内背景下进行的行政管理机构的调整，不但没有改变原先政府职能大包大揽的弊病，反而强化了原有的管理职能。从计划到资金，从原料到生产、从流通到使用，事无巨细，各个环节完全由中央政府包办，政府只能通过增设机构来处理大量繁多的具体事务。这种中央高度集中的管理体制虽然不符合现代政府职能要求和小政府、大社会模式的行政机构设置，但是与当时中国的计划经济体制、行政管理机制和国家发展战略相适应。
三、60年代中前期国务院机构变动的社会背景分析
第二届国务院期间（1959年4月-1965年1月），其所属机构变化较大，这种变动主要集中在国防工业部门、农业部门和司法监察部门。前两个部门不论从机构设置还是人力物力财力各方面皆得到有力的支持和加强，后一个部门的机构设置和职能被明显地弱化，前两个部门特别是国防工业部门的增加与当时中国的战略布局和政治经济形势发展密切相关。
首先，为克服粮食短缺的严峻困难，中央加大了对农业生产领域的重视和投入，增设了相关管理机构。“大跃进”运动造成1960年、1961年全国性粮食短缺。为了克服严重的经济困难，周恩来殚精竭虑，日夜操劳，在统一调配全国粮食、批准进口一批粮食以解燃眉之急、压缩城市人口、减少人均粮食定量、精简政府机构和干部的同时，号召全党和全国人民重新重视农业建设问题，力主国家加大对农业的投入，在国务院增设了农业管理机构，在国家资金分配上，增加了农业部门特别是水利建设部门的投资，增加了重工业部门特别是燃料、电力、冶金、化工和其他为农业服务的工业部门的投资，努力促进农村经济的发展。
周恩来对农业经济的发展是非常重视的，早在1959年6月8日他就指出：“要用各种力量抓农业生产，从省委起都要把重点放在农业，中央也要腾出手来抓农业。”同时他还建议“减少工业部门的投资，增加农业、林业和地方交通的投资。”1962年11月19日，周恩来在接见参加农业机械部、农业部、第一机械工业部召开的全国性会议的代表时指出：“在以农业为基础，工业为主导的总方针下，农业发展的方向就是机械化。农机、一机、化工等工业部门以及水利、手工业等部门，都必须解决如何与农业部门相结合这一大问题。因此，农业部门一方面要研究机械化问题，一方面要研究改良农具。”
60年代初，《人民日报》陆续发表了《关于实现我国农业机械化的若干问题》；《用更大的力量发展水产业》；《将强大电力伸向农村，培训数以千计的积淀排灌技术人员》；《水利建设和稳产高产田》等社论，明确表示国家十分重视农村经济的发展和农业机械化建设，将改变优先发展重工业的经济布局，1963年1月3日召开的全国工业交通会议做出决定：坚决把工业转到以农业为基础的轨道上来。同年11月至12月间举行的第二届全国人民代表大会第四次会议上，审查批准了《关于1963年国民经济计划执行情况和1964年国民经济计划草案的报告》等文件，会议提出，1964年应当进一步贯彻执行以农业为基础、以工业为主导的发展国民经济的总方针。
并提出了争取农业生产更好的收成、加强基础工业、农田水利建设和国防工业的建设等几项任务。
在50年代全国农村所进行的大规模农田水利建设的基础上，60年代初国务院继续扩大农田水利建设规模、加快改造土壤和农业现代化建设，国家投资建设的水利工程项目有73个；全国开垦荒地共达17735000亩；农业机械拖拉机站计划增加拖拉机1457台；许多农业合作社为促进农业生产的发展，购置了新式农具和排水灌溉机械。
在调整重、轻、农之间的比例关系，加大对农业的投资，加快农业现代化建设的同时，周恩来对国务院相关领导机构做了调整。在1959年第二届国务院组建后不久，就增设了农业机械部，1963年又设立了农业银行。
如果说60年代初农业投入的增加和农业管理部门的调整与克服国内经济困难紧密相关的话，那么国防工业的加强和“三线”建设的大规模展开及其相关领导机构的增设就与当时的国际形势变化和毛泽东的对外战略调整密切相关。随着中苏关系的破裂和美国对越南的入侵，毛泽东对国际形势做出了新的判断，他认为新的世界大战的危险依然存在，中国必须做好应战准备，必须加快国防尖端武器的研制和国防工业建设，同时他还提议开展大规模的“三线”建设。周恩来作为国务院总理，认真地执行了毛泽东为首的党中央做出的战略决定，他亲自领导了国防尖端工业建设和“大三线”建设，并对国务院的相关领导机构做了相应调整。
1960年9月13日，根据周恩来的提议，第二届全国人民代表大会常务委员会第29次会议决定将第一机械工业部主管的航空、兵器、坦克、无线电、造船工业划出，成立国务院第三机械部，由张连奎任部长。
1961年3月，为了保证国防工业部门建设任务的完成，周恩来提出在国家经济委员会中增设管理设备的专职机构，负责组织设备的生产和调度，以适应各国防工业部门的需要。还指定孙志远、范慕韩、刘西尧、谢北一、汪道涵组成五人小组，负责研究和处理有关国防工业各部门基本建设和科学研究、试制和排队调度问题；指定张爱萍负责调查和组织国家的现有技术力量，以便使有限的技术力量能够得到比较合理的安排和集中使用来解决真正关键性的问题。同年10月5日，为加强对国防工业的统一领导，密切各有关方面的联系，周恩来与贺龙、聂荣臻商议成立一个国防工业办公室，并在当日起草了给中共中央的建议报告，明确提出该机构的任务是：对常规武器、国防尖端的科学研究、生产、建设和干部培养等工作进行统筹规划、全面安排，组织执行和督促检查等，建议由罗瑞卿任办公室主任。11月8日，毛泽东和中共中央批准了这一报告，正式决定成立国防工业办公室。
1962年、1963年两年，为加强对国防尖端武器的研制和国防工业的领导，又相继成立了一些新的领导机构。1962年10月30日，罗瑞卿向中共中央提出了《关于成立加强对原子能工业领导的中央十五人委员会的建议》，《建议》提出“最好是总理抓总”。经毛泽东和中共中央批准后，11月17日，周恩来主持召开中央专门委员会第一次会议。会议根据中央关于加强原子能事业领导的决定，在中共中央直接领导下，正式成立中央专委会。以周恩来为主任，由贺龙、李富春、李先念、薄一波、陆定一、聂荣臻、罗瑞卿、赵尔陆、张爱萍、王鹤寿、刘杰、孙志远、段君毅、高扬共15人组成，这个委员会中包括了7位副总理，7位政府部长。如此强有力的领导阵容，显示了中共中央和国务院对国防科技尖端事业的重视。
同年12月5日，周恩来在出席中共中央书记处会议中又专门讨论了有关国防工业的问题，同意罗瑞卿关于国防工业的总的估计和看法。会议决定：国防科技研究机构和国防生产部门的关系，可维持现状不变，今后主要是从加强它们的协作中，使它们的关系协调起来；成立第四机械工业部。主要目的是为了加速无线电工业的发展，适应国防建设和国民经济建设的迫切需要，把无线电工业从第三机械工业部分出来，单独成立无线电工业部，对外称第四机械工业部。翌年5月25日第二届全国人大常委会第97次会议批准国务院设立第四机械工业部，部长由王诤担任。
1963年9月28日，为加强对国防工业的领导，第二届全国人大常委会第102次会议继续批准国务院设立第五机械工业部和第六机械工业部。中共中央、国务院《关于成立第五机械工业部、第六机械工业部的通知》中指出，为了进一步加强国防工业的管理，适应国家建设发展的需要，国家决定将兵器工厂、造船工业从第三机械工业部分出来，再成立两个机械工业部，第三机械工业部主管航空工业所属企业，部长由孙志远担任；第五机械工业部主管兵器局、坦克局所属企业，部长由邱创成担任；第六机械工业部主管造船工业所属企业，部长为方强。
1964年后，根据毛泽东的提议，我国开始了大规模的“三线”建设。这项涉及面很广的艰巨工作，由周恩来总理亲自牵头领导，国务院副总理李富春等协助周恩来处理“三线”建设的日常工作。1965年，为加强对整个“三线”建设的领导，中共中央和国务院批准成立西南、西北、中南“三线”建设委员会，先后任命李井泉为西南“三线”建设委员会主任，程子华、阎秀峰为副主任（后增补彭德怀、钱敏为副主任）；刘澜涛为西北三线建设委员会主任；王任重为中南“三线”建设委员会主任。
60年代中前期，在周恩来亲自领导下国防工业办公室的设立、中央专门委员会的成立和第三、第四、第五、第六机械工业部的成立。充分体现了中共中央和国务院对国防科技尖端事业和国防基础工业的高度重视，为国家发展战略调整、现代化国防工业建设和“三线”建设的大规模展开做好了组织上和干部上的保证。
第二节 周恩来在严峻岁月中的行政建树
一、周恩来对极左政策的调整与竭力克服粮荒
周恩来对农业问题一贯是很重视的。早在1959年6月8日，他在同河北省委领导谈话时就指出，从省委起都要把重点放在农业，中央也要腾出手来抓农业，他认为应该增加农业、林业、地方交通的投资。1959年的庐山会议期间，周恩来特别指出1960年的任务是在确保农业发展的条件下，放低工业速度，把农业放在第一位。可惜，周恩来这些正确的意见没有被采纳。大跃进带来的严重经济恶果很快在60年代初显现出来。