华北人民政府积极参加了新中国中央政府的筹建工作。1949年4月，华北政府在北平开会商议了该政府组织机构并入中央人民政府的问题，10月底，华北政府的历史使命结束。周恩来受命组阁后，根据当时干部短缺的情况，决定以华北政府作为中央政府的基本框架，政务院下属的内务部、财政部、交通部、农业部等部门皆是在华北人民政府各部的基础上建立起来的。
从1948年10月起，周恩来已同一些民主党派代表商讨筹建新的政治协商性组织，开始思考起草该组织的共同纲领问题。按照中共中央的最初设想，成立中央人民政府的步骤是先召开新政治协商会议，讨论并实现召集人民代表大会，再由人民代表大会选举产生中央政府。10月8日中共中央向在哈尔滨的民主人士发出征求意见稿《关于新的政治协商会议诸问题（草案）》，提出：“新政协所应讨论和实现的有两项重要问题：一为共同纲领问题；一为如何建立中华人民民主共和国临时中央政府问题。关于共同纲领，提议由新政协筹备会起草，目前可交换有关纲领的各方意见，中共中央已在准备一个草案。”在讨论过程中，民主人士章伯钧、蔡廷锴提出，新政协即等于临时人民代表会议，即可产生临时中央政府，现在对内对外均需要。中共中央赞成并接受了这一意见。同年11月3日，周恩来在为中共中央起草致高岗、李富春的电文中指出：“依据目前形势的发展，临时中央人民政府有很大可能不需经全国临时人民代表大会，即经由新政协会议产生。”
这一中央政府产生程序的变化及时反映在由中共草拟的《中国人民民主革命纲领草稿》第二稿中。《纲领草稿》中规定：由新政协直接选举临时中央政府。周恩来对第二稿进行修改时，把第32条“由新的政治协商会议选举中央临时政府”更为明确地表述为：“由新的政治协商会议选举中华人民民主共和国临时人民政府主席、副主席及人民政府委员，组成人民政府委员会，对内主持国家大计”。随着中国军事、政治形势的变化，特别是1949年初三大战役胜利后，华北、东北、山东等各大解放区连成一片，组建新中国中央政府的工作急需加紧进行。中共中央对成立中央政府的计划作了修改，决定由新政协代行人民代表大会的职责，直接产生中央政府。
既然中共中央已决定由新政协代行全国人大职权，产生临时中央政府。那么，新政协会议的性质与职权如何界定？临时中央政府产生后，政协会议在国家政治生活中发挥什么作用？作为中共党内长期领导统战工作并直接负责新政协筹备事项的周恩来及时回答了这些将对新中国中央政权机构的组成和运行产生重要影响的问题。
1949年1月16日，周恩来在民主人士座谈会上谈到：“我们希望从新政协产生出中央政府。政协是中国人民的统一战线组织，可以作为组织形式长期保存下来，将来有些大问题可在政协会议谈。在没有召开全国人民代表大会之前，政协可存在；有了人代会，政协成为参谋部。”
1949年初，中国人民解放军已取得了辽沈、淮海、平津三大战略决战的胜利，南京国民党政权濒临崩溃。当年春天中共政要齐聚西柏坡，毛泽东、周恩来一边思考着如何“宜将剩勇追穷寇”，一边精心筹划着即将建立的全国政权的雏形，逐渐绘成了清晰的蓝图。
1949年3月5日至13日，中共中央在西柏坡举行了七届二中全会。会议批准了召开有别于国民政府的新的政治协商会议及成立民主联合政府的建议，着重讨论了新形势下中国共产党的工作重心由乡村转移到城市的问题。毛泽东、周恩来等中共领导人清醒地认识到：“从现在起，重新开始了由城市到乡村，由城市领导乡村的时期。毫无疑问，城乡必须兼顾，必须使城市和乡村、工人和农民、工业和农业密切地联结起来。决不可以丢掉乡村，仅顾城市，如果这样想，那是完全错误的。但是党的工作重心必须放在城市。”而“管理和建设城市的中心关键是恢复和发展工业生产，第一是公营企业的生产，第二是私营企业的生产，第三是手工业生产。城市中的其他工作，例如党的组织工作，政权机关的建设工作，工会工作和各种民众团体的工作，治安工作，文化教育工作等，都应当为恢复和发展工业生产这一个中心工作而服务。”会议号召“全党同志用全力学习工业生产的技术和管理方法，学习和生产有密切联系的商业工作、银行工作和其他工作。”并且发出警告说：如果我党在生产工作上无知，不能很快地学会生产工作，不能使生产事业尽可能迅速地恢复和发展，获得确实的成绩，首先使工人生活有所改善，并使一般人民的生活有所改善，那么，党和人民就将不能维持政权，就会站不住脚，就会要失败。
在西柏坡期间，周恩来审阅修改了《关于新的政治协商会议诸问题的协议》、《新政治协商会议筹备会组织条例（草案）》、《参加新政协筹备会各单位民主人士候选人名单》、《中华人民共和国政府组织大纲（草案）》、《中国人民民主革命纲领（草案）》等重要文件，积极筹划着建立一个共产党领导下的多党合作的民主的新型国家政权。
周恩来对政治协商会议性质、职权及与国家政权的关系的主要思考是：第一，就政协会议的组织结构来说，它不仅是一种会议，并且要设有执行机构和日常办事机构。所以政协组织法草案中规定有中国人民政协全体会议；全体会议闭幕时，设立全国委员会，全国委员会要选出常务委员会主持日常工作。第二，全国政协代行全国人大职权的范围包括：制定具有临时宪法性质的新民主主义纲领；制定中央人民政府组织法；选举中央人民政府委员会，并付之以行使国家权力的职权。第三，就政协与国家政权机构的关系来说，“它的全体会议在选出全国委员会后，它和国家政权机构就无直接关系。全国委员会是革命统一战线的组织，不是国家政权的最高组织。它还要保证执行中国人民政协全体会议的决议及其自身的决议，这是中国革命条件所产生的一种特殊的统一战线的形式”。
为加速新政协的筹备工作，周恩来同各界民主人士商定成立新政协筹备会。在新政协筹备会召开期间，周恩来身兼数职，担任筹备会常务委员会副主任，全面领导筹备会各项工作；担任筹备会第三小组组长，负责主持起草《共同纲领》；并担任筹备会的中共党组干事会书记，确保中共对筹备会的领导。为保证筹备会各项工作的顺利展开和中共对政协筹备会的领导，毛泽东、周恩来等中共领导人在筹备政协会议过程中采取了三项措施：
其一，在安排筹备会委员时要使中共党员占有优势。这一点在1949年７月刘少奇率领中共代表团访苏期间给斯大林的报告中谈得很清楚，他指出，现在政协筹备会已组成，共有筹备委员134人，其中党员43人，肯定跟我们前进的进步人士48人，中间人士43人，其中中间偏右者只有16人，在进步人士中有15个秘密党员。
共产党对政协筹备会可保障绝对的领导。
其二，在筹备会常委会及工作小组中要使中共居于领导地位。新政协筹备会成立了由21人组成的常务委员会，毛泽东为常委会主任，周恩来、李济深、沈钧儒、郭沫若、陈叔通为副主任，李维汉为秘书长。常务委员中有中共党员７人。在下设的6个工作小组中，有3个小组的主要负责人都是中共党员。
其三，在新政协筹备会中专门成立了中共党组干事会及常委会，以确保中共在新政协筹备工作政策上的一致。周恩来亲自拟定了21人组成的党组干事会成员名单，具体分工如下：周恩来、林伯渠、李维汉、齐燕铭负责党派工作；陈云、薄一波负责财经工作；董必武、陈绍禹负责政法工作；聂荣臻、叶剑英、罗瑞卿负责军事工作；胡乔木、徐冰、周扬、钱俊瑞、廖承志负责文教工作；李立三、蔡畅、冯文彬负责工青妇工作；连贯、杨静仁负责农民、少数民族和华侨工作。干事会以周恩来、林伯渠、李维汉、徐冰、李立三五人为常委，周恩来为书记。按照规定：凡关于政治性及政策性的问题，必须事先向所属党组提出，经过党组讨论或经党组负责同志同意后始得向党外提出；对于党组的一切决定，应坚决执行；同时在工作中发现的各种问题，也应及时向所属党组报告。
三、周恩来亲自主持召开新政协筹备会议
第一届中国人民政治协商会议的成功召开，与周恩来的辛勤付出有着密不可分的关系。他不仅对人民政协进行了理论思考，更重要的是亲自主持和参与了人民政协的发起、筹备、正式开会等各项工作。在中国人民政治协商会议正式召开之前，按照之前的协商规定，先召开筹备会议就政协参加单位与代表、重要文献的起草等问题进行讨论。在此期间，周恩来领导了筹备会的工作，他的工作主要有两个方面：
第一是主持筹备会和筹备会常务委员会的会议；第二是主持制定《共同纲领》。两项工作的任务都非常重，他是筹备会上最繁忙、最辛苦的一位领导人。
1949年6月11日新政治协商会议筹备会预备会议召开，会上各方代表商定参加新政协筹备会的单位为23个，共134人，并确定筹备会常务委员会人选等。
6月15日，新政治协商会议筹备会第一次全体会议在中南海勤政殿召开，周恩来担任大会临时主席并致开幕词。次日，周恩来在新政协筹备会第一次全体会议上作关于《新政治协商会议筹备会组织条例（草案）》的解释报告和草案第八条关于表决问题的说明，指出筹备会的主要任务是协商确定参加正式会议的各单位和代表人数，决定召开正式会议的时间、地点、议程，拟定新政治协商会议组织条例草案，起草共同纲领，起草成立政府方案，协商政府领导人选。并说明起草共同纲领是六七两月份一件繁重的工作。过去中共方面起草过一两次，因为当时战争正在猛烈进行中，因此重点在“动员全国人民力量，支持战争”上面；而现在“我们的纲领不能不转向建设方面”，“重点要摆在我们共同努力，来建设一个新民主主义的新中国”。同时强调：这次会议期间，“凡是重大的议案不光在会场提出”，而是早在提出之前就“有协商的”。“协商这两个字非常好。”会议修正并通过了《新政治协商会议筹备会组织条例》，通过了新政协筹备会常务委员会名单，周恩来当选为新政协筹备会常务委员。
当天晚上，周恩来主持新政协筹备会常务委员会第一次会议，会议推选毛泽东为常务委员会主任，周恩来、李济深、沈钧儒、郭沫若、陈叔通为副主任，李维汉为秘书长。为加快推进各项准备工作，会议决定在常务委员会领导下设六个工作小组，分别完成以下任务：拟定参加新政协的单位及代表人数；起草新政协组织条例；起草共同纲领；起草政府方案；起草宣言和拟定国旗国徽国歌方案。周恩来被推举为第三小组组长，负责主持起草新政协的共同纲领。
6月19日，周恩来主持新政协筹备会全体会议，李维汉代表第一小组向会议报告关于参加新政治协商会议的单位及其代表名额规定的说明，会议通过了《关于参加新政治协商会议的单位及其代表名额的规定》。周恩来在会上就无党派民主人士的称谓与实质问题作说明，指出无党派民主人士是在中国革命的历史条件下发展形成的，因为国民党反动统治对民主运动的严重压迫，许多民主人士在从事民主运动的时候只能采取单枪匹马的形式，他们虽然没有结成政党或者组织，但他们实际上领导和联系着很大一批民主人士。因此，严格和正确地说，无党派民主人士是“没有党派组织的有党派性的民主人士”。随后，第一次全体会议闭幕，筹备工作继续由筹备会常务委员会和它所领导的六个小组分别承担起来。