二、周恩来与第三届国务院的正式组成
1965年初第三届国务院的组建，经过周恩来精心筹划，得到了毛泽东批准和全国人大的一致通过。在新一届国务院的16位副总理中，林彪因1959年后代替彭德怀担任国防部长和军委常务副主席，位置前移到副总理中的第一位。新任副总理的有柯庆施、陶铸、谢富治三人。柯庆施当时担任中共华东局第一书记、上海市委书记，陶铸当时担任中共中南局第一书记、广东省委书记，谢富治当时担任公安部长。
而上一届的副总理彭德怀、习仲勋两人因被错误地批判，免去了副总理职务。邓子恢副总理也因受到不公正的指责，改任政协副主席。
周恩来组建的第三届国务院与第二届国务院在副总理的人数上没有变，只是在人选上略有调整。第三届国务院在部委级机构设置上做了较大调整，第二届国务院初期设置了60个工作部门，其中部委39个（有一个还是后增设的），直属机构14个，办公机构6个和1个秘书厅。这一届政府刚组成就设立了46个部委级机构。截至1965年底，国务院共设置工作部门79个，其中部委49个，直属机构22个，办公机构7个和1个秘书厅。与1959年第二届国务院成立初期的机构设置相比较，第三届国务院的机构总数呈上升趋势。
周恩来组建的新一届国务院不但在机构做了较大调整，在各部部长和直属机关的负责人的安排上也有不少变动。新任命的领导人有：二机部由刘杰任部长；四机部由王诤任部长；五机部由邱创成任部长；六机部由方强任部长；七机部由王秉璋任部长；物资管理部由袁宝华任部长；高等教育部由蒋南翔任部长；对外经济委员会由方毅任主任；新设立的全国物价委员会由薛暮桥任主任；第二轻工业部由徐运北任部长。为加强对国防科技尖端事业的领导，周恩来提议以国防部第五研究院为基础，设立第七机械工业部，负责统一管理航天工业的科研、设计、试制、生产和基地建设的工作，以增强对各类航天工业产品的试制生产力量，建立比较完整配套的航天工业体系。部长为王秉璋，副部长是刘有光、钱学森等。
第三届国务院副总理、各部委和直属机构的人事安排与前几届相比，一个明显特点是民主党派在新组建的国务院中继续被边缘化。副总理全是由清一色的共产党干部担任，新增的部委和直属机构领导人皆任命的是经历长期革命考验的中共党员，无一民主人士入选。从第三届国务院领导成员整体构成看，民主人士只有李四光、蒋光鼐、李烛尘、朱学范、傅作义、刘文辉、许德珩、张奚若等人担任部长级职务。这与当时国内越来越“左”的政治思想和社会背景有关，也与中国缺乏民主化的制度保障有关。
三、周恩来与1965年国务院机构的变动
第三届国务院由于1966年爆发的“文化大革命”而受到严重冲击，1966年下半年到1968年，许多副总理、部长和司局长被打倒，许多部委级机构陷于瘫痪半瘫痪状态，所以这届政府正常运转只有一年半左右的时间。受“文化大革命”爆发的影响，第三届全国人大只在1964年底至1965年初召开过一次会议。在这短短的一年多时间里，周恩来对国务院机构职能和结构进行了有益的探索：恢复和增设了一些工业的部委和国务院的一些直属机构，尝试对国家行政管理体制进行改革。
1965年“小计委”的成立是国务院机构调整的最重要的环节。由于毛泽东不满意当时“三五”计划的编制工作，他希望改组甚至取消国家计委，另立机构的想法越来越强烈。1965年初，毛泽东希望撇开国家计委，重新组建一个“计划参谋部”（即“小计委”，下同），主要任务是摆脱计委机关的日常工作，集中到国务院，专心拟定第三个五年计划的方针和任务，研究战略问题。“小计委”由周恩来直接领导，国务院各副总理不干预其工作。
周恩来接到这一任务后，首先开始物色“小计委”的领导人选。第一个被毛泽东和周恩来认定的人是原石油工业部部长余秋里，他曾为我国石油工业建设做过大量工作。接到新任务后余秋里很快进入角色，会同相关人员起草了《关于讨论计划工作革命问题的一些初步设想（草案）》。《草案》提出要改变形而上学的思想方法，改变科学技术的落后状态，改变被动的战略布局。《草案》还明确指出了由余秋里同志负责组织20人左右的计划参谋部，摆脱计委机关的日常工作，集中到国务院，搞长期计划。周恩来约集国务院副总理贺龙、陈毅、李富春、李先念、谭震林、薄一波、罗瑞卿等人对文件进行了三次讨论，并于1965年1月19日上报毛泽东、中央政治局常委和书记处审阅。
对以余秋里为首的小计委的组成，周恩来在给毛泽东的信中是这样介绍的：“要他组织计划参谋部，我几次要他提新人，他提了李人俊和其他几个同志，但他仍主张从计委抽几个人帮他工作。”周恩来最后同意了余秋里的选人原则，实际上，周恩来也并不希望像毛泽东所说的那样完全撇开国家计委另起炉灶。这样就在人事安排上大致与国家计委保持一致，也保证了国民经济计划没有偏离原先计划太远。从1965年2月份起，周恩来多次找余秋里等人共同商议编制长期计划等问题。
除了成立“小计委”外，1965年周恩来还根据工作需要提议增加了一些部委级机构。为了进一步加快国防科技尖端产品的研制和开发，在第三届国务院组建一个月后，周恩来主持召开了中央专门委员会第十次会议，专门讨论了如何促使“两弹”结合、如何统一领导、各方协作、大力协同等问题。在会上周恩来提议：原由十五人组成的专委会要扩大一下，七机部、四机部、五机部等有关人员都要参加，专委会成员要增加吕东（代王鹤寿）、余秋里、袁宝华、王诤、邱创成、方毅、王秉璋。当月，根据周恩来的提议第三届全国人民代表大会常务委员会第三次会议还决定，设立第二轻工业部，原轻工业部改名为第一轻工业部；批准国务院撤销中央手工业管理总局。
3月31日，第三届全国人大常务委员会第五次会议根据周恩来总理提出的议案，决定设立国家基本建设委员会。其基本职能是检查基本建设计划的执行情况，督促各部门、各地区按进度、按计划完成基本建设计划；审查一部分重要城市的城市规划设计等，主任为陈云。同时将建筑工程部分为建筑工程部和建筑材料工业部。建筑材料工业部内设办公厅、计划司、水泥局、玻陶局、非金属矿局、地方材料局、基本建设局、科学技术局、物资供应局和政治局、中监委派驻监查组，由赖际发任部长。
11月3日，中共中央同意中国农业银行党组和中国人民银行党组关于中国农业银行和中国人民银行合并的报告，仍保留中国农业银行的名义，对内只以中国人民银行名义发文，中国农业银行的任务，由中国人民银行继续执行。