在对一些部委做出调整的同时，周恩来还提出关于改进国务院外事办公室工作的建议。1965年2月他提出国务院外办应担负以下六项任务：（1）协助中央外事小组研究对外工作的战略计划和战略部署。（2）对外事口各部门涉外工作中不合中央政策或口径前后不一致之处，应予指出，请其重议，以统一政策口径。（3）对各部门的外事工作，要分轻重缓急，要有统筹安排，加以综合平衡。（4）要组织各部门协作，以一个部门为主，别的部门参加配合。（5）凡需要送陈毅、周恩来审批的重要文件，外办要加以审核。（6）要负责检查重点工作的执行情况，有时可以出去看看。周恩来认为现在的国务院外办应该根据“解放”、“提高”的方针，进行改组，适当精简机构，提高干部质量，逐步创造条件来适应上述六项任务的要求。为此，必须从大量日常的行政性事务工作中解放出来，要超脱，要抓大不抓小；对涉外工作，要抓重点而不是打杂；所管的各项具体工作，凡是能下放的，都要下放；要轮换一批较强的有外事斗争经验的干部到外办；而且中央外事小组要经常开会，讨论战略方针、战略部署，也讨论一个时期可以预见到的问题。同时要成立中央外事政治部，设立秘书室，各部门送陈毅、周恩来审批的外事文件都要经外办转递。1965年周恩来对中央行政机构的改革和调整还有一个重要的举措，就是撤销了国务院总理办公室。该办公室最早设立于1949年政务院成立时期，由政务院副秘书长齐燕铭分管，副主任是李琦，下设综合组、财经组、外事组、秘书组和行政组。
办公室的主要工作职责是负责行政上的调度、协调等；服务的对象是周恩来总理和几位副总理以及秘书长。在业务上，包括主任、组长在内，每个人都各管一方，直接同总理周恩来联系。政务院改为国务院后，总理办公室的秘书人数最多时曾达到20余人。1957年后，总理办公室的人员陆续被调出支援各条战线，1958年减至10余人，由统战部秘书长童小鹏任办公室主任，许明任副主任。
1964年12月周恩来出席中共中央政治局会议时曾提到：“主席经常跟我讲，你那个办公室搞那么多秘书干什么？我现在想通了要跟周荣鑫（周荣鑫时任国务院秘书长）合并。原来的那些秘书有的退回外交部，有的退回总参。我现在有12个人，6、7个人下乡，还剩一半，还不行，要做个彻底革命派，把那个办公室不要了。”
为了适应当时提出的“机关革命化”的要求，周恩来考虑，“机关革命化”首先就要从国务院各部门抓起，而抓国务院系统的精简，首先要从自己身边开始。于是，他考虑决定在国务院机构中取消总理办公室这一建制。随后，在第三届人大一次会议通过了有关决议，撤销总理办公室。童小鹏主任调中央办公厅；许明副主任任国务院副秘书；顾明到国家计委当副主任。总理办公室撤销后，改称总理值班室，只留有六个秘书。到“文化大革命”时期，总理值班室也被撤销。
1965年周恩来对国务院机构及其工作职能的调整，反映了他试图对国家行政管理体制进行改革和探索。可惜，这一探索进程被1966年兴起的“文革”打断了。在这场政治大动乱中，国务院的许多机构和大批干部受到冲击，已经顾不上行政体制的改革和调整。当年只有教育部门在非正常的状态下进行了变动。7月23日，根据中共中央《关于高等教育部和教育部合并为教育部的通知》，将原高等教育部和教育部合并为教育部。截至1966年底，国务院设置的工作部门虽然仍有78个，但大部分部门工作基本处于瘫痪、半瘫痪状态。
四、60年代中前期党政关系的变动趋势
60年代中前期，我国党政关系的一个明显变动趋势就是以党代政现象的加强，地方政府的财权和行政管理权被不断收回到中共中央。
鉴于“大跃进”中权力下放引起的混乱局面，为了进一步加强党对全国政治、经济工作的领导，1960年9月，中共中央政治局决定重新成立六个中央局，作为中共中央在各大区的派出机构，以加强对6个地区的各项工作的领导。中央分别任命了各大局的书记：陶铸被任命为中南局第一书记；宋任穷被任命为东北局第一书记；李井泉被任命为西南局第一书记；刘澜涛被任命为西北局第一书记；李雪峰被任命为华北局第一书记；柯庆施被任命为华东局第一书记。
在各中共中央局设立之后，相应设立同级政府派出机构，各大区的中共中央局直接包揽了各大区的政治、经济、文化等各项事务，同时直接领导各大区所辖省、市、自治区的党、政、群机关的工作。各省、市、自治区的政府事务要先经各中央局，然后转中共中央决定，各大区的行政事务直接报中共中央决定。
为加强党对政府的领导，在六大区成立中央局不久，中共中央在政府各部委中成立了政治部。60年代初，首先在铁路系统、交通部直属水运企业、煤炭部直属企业等相继重新建立政治工作部门。从1963年起，在国务院所属的机械工业、国防工业、冶金工业、化学工业、水利电力、基本建设以及科学研究、体育、新闻等部门先后建立起政治工作部门。这种由党的组织兼管行政事务的做法，加重了当时我国行政管理体制上党政不分，以党代政的现象，影响了行政管理机构的正常运转。
1961年1月20日，中共中央颁布《关于调整管理体制的若干暂行规定》，决定调整经济管理体制，主要将财政大权和行政管理权集中到中央。
按照《关于调整管理体制的若干暂行规定》：经济管理的大权应该集中到中央、中央局和省委（直辖市、自治区）三级。在最近两三年内，经济管理大权应更多地集中到中央和中央局；中央各部委直属企业的行政管理、生产指挥、物资调度、干部安排的权力，同归中央主管各部，过去下放的国防工业企业一律收回，全国铁路由铁道部统一管理、指挥；凡属需要在全国范围内组织平衡的重要物资，均由中央统一管理、统一分配；财权必须集中，各级预算收支不许有赤字，货币发行归中央；所有生产、基建、文教、劳动、收购、财务等各项工作都必须执行全国一盘棋，上下一本账的方针，努力完成和超额完成国家计划。1962年4月，中央又发出《关于严格控制财政管理的决定》，实行高度的财政集权。
关于行政管理大权，中央为保证各项方针政策的贯彻执行，必须加强集中统一，将过去下放过多和放得偏低的权力重新上收。按照中央颁布《关于调整管理体制的若干暂行规定》：“1958年以来，各省（市、自治区）和中央各部下放给省、县、公社和企业的人权、财权、商权和公权，放得不适当的，一律收回。”
根据这个规定，国务院各部委直属企业的行政管理、生产指挥、物资调度、干部安排等各方面的权力，重新收归中央和国务院。除了地方的权力向中央集中外，地方各级行政管理权力也实行了层层回收，特别是县、公社和企业的权力有许多集中到了专署和省、市、自治区一级。
60年代中前期我国党政关系的变动，呈现党政一体化格局加强的趋势。当时国务院所领导的各部委的工作，凡涉及方针、政策等重大问题，除国防部经由军委直属中央、民委归中央统战部负责外，其余皆须按照中共中央规定分别经由中央的经济、政法、文教、外事科学等五个小组审阅后报中央核批，有关两个小组以上的问题，由主办小组与有关小组磋商或经总理召集有关会议后再报中央。政府部门的工作绝大部分是根据中共中央下达的文件进行的，只有少数工作是由中共中央和国务院联合下发文件决定的。原属国务院及其所属职能部门和省、市、自治区人民政府的管理权力转向了同级党的领导机关。
本来在我国社会主义政治体制建构中，执政党与国家政权机关的职能应该分开。
应由执政党负责制定大政方针，国家立法机关通过制定一系列法律规范和经济与社会发展的中长期计划将党的大政方针转变为国家意志，再由国家的行政机关具体部署并组织实施计划和决议。但是，中共中央却直接处理了理应属于国务院工作范围内的许多事务，中央各小组、党的各职能部门、国务院所属各部委党组直接指挥国务院各职能部门的工作。这种党政一体化的国家政权体系的构建具有明显的政党推动的特点，政治关系的设定和制度化基本上是执政党主导的结果。在政党主导的国家发展的过程中，其正反两个方面的作用皆不容小觑。它既是党的影响力渗入社会并被民众接纳的过程，也是共产党整合中国社会的过程。它使国家权力机关职能发生转移：其一，它把宪法规定向国家权力机关负责的政府（即国务院）变成了党中央的执行机关，因而党中央取代了国家权力机关；其二，它把本来属于政府的“具体部署”权收归党中央，因而党包办了政府的一部分事务。
60年代中期，中国行政管理权高度集中于党中央的趋向和党政不分的程度日益加深的状况，与当时党内极左思想的蔓延发展和阶级斗争扩大化的错误越来越严重的社会背景密切相关。由于整个行政管理体制的缺陷和思想理论上的错误日益发展，执政党缺乏强有力的制约和平衡，引起全国性大动乱的因素不断积累起来。