在周恩来主持下，1949年12月政务院第9次政务会议通过了《政务院及其所属机关组织通则》，中央人民政府委员会第4次会议批准了该通则。《政务院及其所属机关组织通则》主要做出如下规定：
（1）关于政务院各机关的内部设置：各机关得设办公厅；为分掌业务，得设司或处；厅、司或处以下得设处或科。其工作有半独立性质者得设局。其工作有特定性质者得设室（如参事室、会计室、资料室）、组（如财经组、文教组）、所（如研究所）或会（如高等教育委员会）。
（2）关于各级别人员的任免权限：除各委秘书长副秘书长及其他同级人员由政务院提请中央人民政府委员会批准任免外，厅主任、司长、局长、处长、室主任与其副职及其他与以上各职同级人员，均由政务院任免。厅、司、局、处、室以下之处长、室主任、科长与其副职及其他工作人员，由各机关首长任免，并报告政务院备案。
（3）建立各机关的会议制度。周恩来特别重视在各机关建立会议制度的必要性，他在审阅该组织通则时特别加上了“各机关应实行会议制度”一条，如委务会议、部务会议、会务会议、院务会议等。此外，政务院所属各部门，亦得分别设各项工作会议。
周恩来领导制定的《政务院及其所属机关组织通则》，对政务院机关内部设置做出较为具体的规定，统一了行政层级和称谓，并对各级别人员的任免权限做出明确规定，对用人的权限加以制度化设置。这一通则成为政务院开展工作和管理干部的基础。
新中国成立之初，由于各地解放时间不同、地区差异较大，中央政府直接管理省和省以下地区的条件尚不具备，因而大行政区的建立，有利于针对不同地区的不同情况，迅速建立并稳定政权，恢复生产和社会秩序，是当时客观条件的必然要求。
1949年12月16日政务院第11次会议通过了《大行政区人民政府委员会组织通则》，该通则于12月18日公布实施。该通则对大行政区人民政府委员会对上下级的工作关系做出规定，确定委员会由主席一人，副主席若干人，委员若干人组成构成，根据工作需要设立各部门的工作机构，通则还就干部任免，内部机关设置，会议制度等做出规定。
关于《省人民政府组织通则》，是在1950年1月6日政务院第14次会议上通过的，1月7日公布实施。通则规定省人民政府行使政权的机关为省人民代表大会和省人民政府。省人民政府委员会为省一级的地方政权机关，受主管大行政区人民政府委员会（或军政委员会）的直接领导；在不设大行政区人民政府的地区，省人民政府委员会受中央人民政府政务院的直接领导。省人民政府委员会由省人民代表大会选举省人民政府主席一人、副主席若干人及委员若干人组成之，并汇报中央人民政府委员会批准任命。省人民政府委员会的任期为二年，连选得连任。省人民政府委员会在中央人民政府政务院或大行政区人民政府委员会直接领导之下行使职权。通则还就具体的人员任免，职权范围，省人民政府内部机关设置等做出明确规定。
在周恩来的亲自领导下，政务院根据国家政府组织从中央到地方的建制，以组织通则的形式，对从政务院、大行政区、省、市再到县的五级主要政府组织的结构形式逐步加以规范。除此之外，政务院还指导了《大城市区人民政府组织通则》、《区人民政府和区公所组织通则》和《乡（行政村）人民政府组织通则》的制定，这些通则对各级政府在机构设置、职责权限、上下级工作关系、内部机关构成、干部配置、任期等方面有针对性地做出了规定，对不同层级政府机构的设置做了细致的划分，使各级地方政府的行政活动和干部队伍的管理得以初步规范化。
二、建立各级政府的干部人事管理制度
新中国成立初期的干部管理体制沿用了战争时期的做法，即除军队干部实行单独管理外，所有干部均由中央及各级党委组织部门统一调配和任命，政府机构干部的人事管理也在党委控制之下进行。中共中央组织部在《关于政府干部任免手续的通知》中规定：今后凡属中央人民政府或政务院任免范围的干部，在中央人民政府或政务院任免之先，仍需分别按党内管理干部的规定经过审批。属于中央管理范围的干部，由省（市）委报中央局核转中央；属于中央局管理范围的干部，由省（市）委报中央局，俟中央或中央局批准后，再交由同级人民政府人事部门办理提请任免手续。中共中央于1953年11月做出《中央关于加强干部管理工作的决定》，逐步建立了在中央及各级党委统一领导下，在中央及各级党委组织部统一管理下的分部分级管理干部的制度。
所谓分部管理，就是按照工作需要，将全体干部划分为九类，在中央及各级党委组织部的统一管理下，由中央及各级党委的各部分部进行管理。具体分类情况如下：（1）军队干部——由军委的总干部部、总政治部和军队中的各级干部部、政治部负责管理；（2）文教工作干部——由党委宣传部负责管理；（3）计划、工业工作干部——由党委的计划、工业部负责管理；（4）财政、贸易工作干部——由党委的财政、贸易工作部负责管理；（5）交通、运输工作干部——由党委的交通、运输部负责管理；（6）农、林、水利工作干部——由党委的农村工作部负责管理；（7）少数民族的党外上层代表人物，宗教界的党外上层代表人物，各民主党派和无党派民主人士，华侨民主人士，工商界代表人物，协商机关、民主党派机关、工商联、佛教协会、伊斯兰协会和回民文化协会的机关干部——由党委统战工作部负责管理；（8）政法工作干部——由党委政法工作部负责管理；（9）党、群工作干部和未包括在上述九类之内的其他工作干部——由党委组织部负责管理。
所谓分级管理，就是在中央及各级党委之间建立分工管理各级干部的制度。凡属担负全国各个方面重要职务的干部均应由中央加以管理，其他干部则由中央局、分局及各级党委分工加以管理。中央及各级党委管理的干部，有很大一部分是互相交叉的，也就是说有很多干部同时由两级或三级党委管理。凡属这种情况的均应由最上级的党委主管，下级党委协助管理，即下级党委应从监督、了解、教育、鉴定等方面来协助上级党委管理这些干部，并可对这些干部的任免、调动提出建议，但任免、调动这些干部的决定权属于最上级的党委。
虽然新中国干部管理总的原则确定的是党管干部的原则，但周恩来在担任政府总理后，还是在职权范围内精心创建了一套各级政府的干部管理制度，并随着形势发展的需要不断调整和完善。在周恩来领导政务院时期，他于1949年11月首先在政务院内设立了直属中央人民政府的人事局，协助中共中央组织部管理政府机关干部。在政务院第五次政务会议通过的《政务院组织条例（草案）》明确规定：政务院于秘书长下设秘书厅、参事室、人事局、预算室。秘书厅设主任一人，副主任二人；参事室设主任一人，副主任二人；人事局设局长一人，副局长二人；预算室设主任一人，副主任一人。此外，政务院得设“专门委员”若干人。条例还具体规定了上述各机构的职权。
周恩来还在政务院政法委员会、财经委员会、文教委员会内都设立了人事处，分别主管本系统的干部，并在内务部设立人事司主管地方人民政府的干部。1950年11月为加强政府系统的干部管理工作，中央人民政府撤销了政务院人事局，以及内务部、政法委员会、财经委员会、文教委员会的人事机构，统一成立了中央人民政府人事部，负责综合管理全国政府机关的干部。此后，中央国家机关各部委、各人民团体以及各级地方人民政府也相继建立了人事管理机构。
在周恩来领导国务院时期，对干部管理机构做了进一步调整和完善。根据1954年12月制定的《中华人民共和国国务院组织法》，撤销了中央人民政府人事部，成立了国务院人事局。周恩来对新成立的国务院人事局的职责范围也做了调整和压缩，职责是主要负责办理国务院任免干部的手续；办理国家机关干部的调配及统计事项；办理国家机关（不包括企、事业单位）工作人员的工资待遇及福利补助事项；办理国家机关、民主党派、人民团体的行政编制事宜。1959年6月在内务部设立了政府机关人事局，负责办理除编制工作以外原国务院人事局管理的各项业务工作。同年7月根据第二届全国人民代表大会常务委员会第四次会议“精简机构”的决定，撤销了国务院人事局。周恩来对国务院干部管理机构的不断调整，适应了当时形势发展和政府管理的实际需要，使得干部管理的机构的职责更加明确，为我国此后干部管理逐渐走向制度化奠定了基础。
周恩来领导政府工作过程中，为加强干部管理工作不但设立了专门的人事管理机构，还签署、颁布和实施了一系列关于人事管理的法规、命令和指示。如1952年6月20日周恩来签署了《政务院关于颁发各级人民政府供给制工作人员津贴标准及工资制工作人员工资标准的通知（草案）》。《通知（草案）》指出：在目前情况下，评定工作人员的津贴和工资应依其现任职务，结合其德、才，并适当地照顾其资历。
担任同一职务的人员，津贴、工资可以不同。同年6月27日周恩来又签署了《中央人民政府政务院关于全国各级人民政府、党派、团体及所属事业单位的国家工作人员实行公费医疗预防的指示》。关于干部的工资待遇，周恩来是根据当时全国的经济发展程度和广大人民群众的生活水平统一考虑的，1952年7月1日他主持召开了政务院第142次政务会议，专门讨论国家工作人员的待遇问题。他在会上指出：
“经过三年经济恢复，我们的收支大体上可接近平衡，因此，现在可以提高工作人员特别是下级工作人员的工资待遇了。调整待遇，变供给制为工资制，是我们的总方针，但要完全实现需要较长时间，不可能是一步登天。国家准备在三年左右使工资制与供给制统一。”
在周恩来领导下，1955年国务院对工资制度、退休制度做出了新的规定，根据“按劳取酬”和“同工同酬”原则，这一年国务院对国家机关工作人员的工资制度进行了改革，第一次统一了全国国家机关工作人员的报酬制度；当年8月由国务院颁布了《关于国家机关工作人员全部实行工资制和改行货币工资制的命令》，决定自1955年7月起，将现有的一部分工作人员所实行的包干制待遇一律改为工资制待遇，并在国家机关及所属事业单位先行废除工资分计算办法，改行货币工资制。同年12月国务院发布了《国家机关工作人员退休处理暂行规定》、《国务院关于颁发国家机关工作人员退休、退职、病假期间待遇等暂行办法和计算工作年限暂行规定的命令》、《国务院关于处理国家机关工作人员退职、退休时计算工作年限的暂行规定》等。《国务院关于处理国家机关工作人员退职、退休时计算工作年限的暂行规定》明确规定了各类国家机关工作人员计算工作年限的具体方式：一、国家机关工作人员（以下简称工作人员）在中华人民共和国国家机关工作的时间，一律计算为工作年限。二、工作人员在中华人民共和国成立以前，参加人民民主革命政权机关工作的时间，应当计算为工作年限。三、工作人员在参加国家机关工作以前，参加下列工作的时间，可以连续计算为工作年限。四、工作人员被抽调参加各种干部学校、训练班学习的时间，或者在革命根据地的抗日军政大学、陕北公学、中国女子大学等学校学习的时间，都可以计算为工作年限。五、工作人员退职或复员后参加工作的，前后工作的时间可以合并计算工作年限。六、起义人员参加国家机关工作的，从起义之日起计算工作年限；曾经资遣回家以后参加国家机关工作的，从参加国家机关工作之日起计算年限。七、新招收的工作人员，试用期间，可以计算为工作年限。
八、工作人员受过开除处分或刑事处分的，应当从重新参加工作之日起计算工作年限；但是情节较轻，并且经过任免机关批准的，他受处分以前工作的时间，也可以合并计算工作年限。九、工作人员的工作年限按周年计算.在计算退职金、退休金时，按周年计算后剩余的月数，超过6个月的，按1年计算；6个月和不满6个月的按半年计算。这些命令和规定对国务院工作人员的人事管理加以了细化，针对了各类工作人员的不同情况做出了不同规定。
周恩来领导国务院时期将政务院时期处于试行阶段的一些人事管理工作规定，通过一段实践后加以调整和完善，以正式的命令、法规的形式颁布实施，已经开始了制度层面的建设。他领导制定和颁布的一系列人事管理的文件，对于新中国人事管理机构建立健全，对于我国人事管理工作基本做到有法可依、有章可循起到了重要作用。在周恩来领导下国务院先后制定和提出了一系列关于人事管理工作的基本原则，逐步出台了包括干部的吸收、录用、调配、培训、奖惩、工资、福利、退休、退职、军队干部转业安置、高等院校大中专毕业生分配派遣等一套比较完整的人事管理制度，从而使新中国的人事管理工作逐渐走向规范化和制度化。