元祐六年（1091），三省要任命李清臣为吏部尚书，苏辙认为不可。宣仁后以“缺官”为由仍想用李清臣等，苏辙谏曰：李清臣等人“非有大恶，但昔与王珪、蔡确辈并进，意思与今日圣政不合”，“使党类互进，恐朝廷自是不安静矣。”就是说，李清臣等是神宗时的新党人物，与如今的政见不合，若加进用，朝廷将不得安宁。宣仁后采纳了苏辙意见，进用李清臣等人之事遂止。
元祐八年九月，宣仁后死，哲宗亲政。太后听政期间，朝政取决于太后，废除新法，不以哲宗为意，哲宗完全处于无权地位。太后一死，礼部尚书杨畏即上疏，请哲宗继承其父神宗的法制，称赞王安石变法，并请求召回章惇、吕惠卿、安焘、李清臣等人。绍圣初，哲宗即启用李清臣为中书舍人，邓润甫为尚书左丞。此二人因久放外任，不得志，心怀不满，于是就向哲宗谈神宗熙宁、元丰年间新法之事以激怒哲宗。此时，正赶上进士廷试，李清臣便撰写策题，有意诋毁元祐之政。对此，苏辙认为是异端邪说，上疏谏陈：“伏见御试策题，历诋近岁行事，有绍复熙宁、元丰之意。”接着又在肯定神宗功德的同时，指出：“至于其他，事有失当，何世无之？父作之于前，子救之于后，前后相继，此则圣人之孝也。”认为神宗做得不对之处，哲宗予以补救，此乃“孝”举，应该坚持，即力主继续实行元祐更化，反对重行新法。并举汉武帝和汉昭帝的例子说事：“汉武帝外事四夷，内兴宫室，财用匮竭，于是修盐铁、榷沽（quègū，酒类专卖）、均输之政，民不堪命，几至大乱。昭帝委任霍光，罢去烦苛，汉室乃定……愿陛下反覆臣言，慎勿轻事改易。若轻变九年已行之事，擢任累岁不用之人，人怀私忿，而以先帝为辞，大事去矣。”
据《宋史·本传》记载：“哲宗览表，以为引汉武方（比）先朝，不悦。落职知汝州。居数月，元丰诸臣皆会于朝，再责知袁州。未至，降朝议大夫，试少府监，分司南京（今河南省商丘市），筠州居住。三年，又责化州别驾，雷州安置，移循州。”其实，哲宗览表“不悦”，苏辙一贬再贬，并非因为他在上表中以汉武比神宗，而在于他反对哲宗起用李清臣、章惇、吕惠卿等神宗旧臣，全盘否定“元祐更化”，复行新法。哲宗要用神宗旧臣再行新法，苏辙坚决反对哲宗“轻变九年已行之事”，即反对哲宗起用新党，这就在执政理念上与皇上发生了根本冲突。加之“元丰诸臣皆会于朝”，“新党”已重新上台执政，苏辙被作为元祐旧党的代表人物被一贬再贬，也就是情理之中的事了。