1513年2月进行的占领亚丁的行动不那么顺利，因为地形不熟，加之准备不足，缺乏淡水，而且航行所必须的天气情况也不利，要么没风要么是暴风雨，所以葡萄牙摧毁了停泊在亚丁的船只，炮轰了亚丁城后就撤离了。
经过一年的准备，1515年2月，阿尔布克尔克率领27艘大船，1500名葡萄牙人士兵和几百名土著人又重新开始了军事行动。他有三个目的：占领霍尔木兹，重新占领亚丁，如果有可能从陆路去摧毁麦加。
在霍尔木兹，被波斯人控制的国王慑于阿尔布克尔克的武力和残酷的名声投降了，国王缴纳了1.25万金谢拉芬，归还了葡萄牙的要塞，另外还亲自在宫殿中升起了葡萄牙旗帜。阿尔布克尔克帮助国王摆脱了波斯人的控制，并留下了一支强大的军队驻扎。
阿尔布克尔克一面建立在印度洋上的霸权，一面又派人向东去探索真正的香料群岛——摩鹿加群岛。摩鹿加群岛，旧称马鲁古群岛，位于今天印度尼西亚群岛东北部，面积7.4万平方公里，由大约1000个小岛组成，气候炎热潮湿，适于香料作物的生长，这里生产的香料，香味浓郁，质地优良。
1511年，安东尼奥·德·阿布雷乌率领3艘船侦察摩鹿加群岛，在完成任务返航时，一艘船触礁沉没，船长弗朗西斯科·塞尔旺获救，被带到了摩鹿加群岛的特尔纳特岛，后来他担任了苏丹顾问。塞尔旺设法使苏丹与葡萄牙结盟，1521年，葡萄牙在此修建了炮台等军事设施，后来又步步推进，1522年占领雅加达，1545年又在万丹建立了贸易中心。并且在1562年和1564年，安汶和特尔纳特先后成了葡萄牙的属地。这样葡萄牙终于完全控制了香料群岛，在东方建立起了以果阿、霍尔木兹和马六甲为核心的东方贸易网络。
此时的西班牙借助麦哲伦的环球航行，通过南美洲南部也到达了亚洲。面对香料群岛，西班牙人垂涎三尺。由于没有计算摩鹿加群岛地理坐标的可靠方法（这一问题直到18世纪才解决），葡萄牙和西班牙都声称根据《托尔德西拉斯条约》摩鹿加群岛在自己的势力范围内。两国开始了激烈争夺，为此还爆发了小规模冲突，即使教皇出面调解也没有什么作用。直到1529年，由于同英国和法国作战，陷入了财政危机，西班牙不得不向葡萄牙贷款，并同意了葡萄牙提出的放弃争议群岛一切权利的条件。1529年4月，两国签订了《萨拉戈萨条约》，西班牙放弃了对摩鹿加群岛的主张，并接受了两国在东方的分界线，即在摩鹿加群岛以东17度的子午线。
阿尔布克尔克一生的结局是痛苦和不体面的。尽管阿尔布克尔克不断地为葡萄牙在亚洲的事业建立功勋，但国内的政治形势却日益对他不利，有谣言说他怀有巨大的野心，想当果阿总督，把亚洲变成他的私人领地。这些谣言被他的对手利用，国王听信了谗言，任命与他有私仇的洛波·苏亚雷斯·德·阿尔贝加里亚为印度总督。听到这个消息后，本已染病的他一病不起，1515年12月就在返回果阿的船上死去了，年仅53岁。
其实，阿尔布克尔克有一个宏伟的计划，但是死前都没有实现。
在他死时仅有亚丁没有攻占，但问题在于葡萄牙的国力太弱了，实行这样的计划有些力不从心。本来后面的总督是有机会补救的，但他们的才能都远远不及阿尔布克尔克。1516年，在国王的一再要求下，苏亚雷斯率领由37艘战船和1800人组成了庞大舰队向亚丁出发，但由于指挥官的无能和恶劣天气的影响，行动失败了，这支舰队的大部分船只沉没，一半的人因各种原因死去。苏亚雷斯在亚洲做的唯一一件有影响的事是在锡兰的科伦坡修建了一个要塞，并强迫锡兰国王纳贡。
阿尔布克尔不愧“东方凯撒”这个称号，他不仅征服了果阿和马六甲，他还控制了东方航路，并且提出建筑要塞、安置移民等措施，为葡萄牙王国在东方的霸权奠定了基础。他一生的伟绩值得后世为之传颂。
“第一个拥抱地球的人”
麦哲伦是世界上第一位驾船环绕地球的人，首次在阿根廷、智利之间开辟了麦哲伦海峡，接着探险横穿太平洋到达亚洲菲律宾群岛，又创造了环绕地球新航线的新奇迹。人们因此亲切地称他为“第一个拥抱地球的人”。
1480年，麦哲伦出生在葡萄牙北部波尔图一个破落的骑士家庭里，属于四级贵族子弟。他的父亲叫路易·德·麦哲伦，是个小贵族，母亲叫阿尔达·梅斯桂塔。他10岁时进王宫服役，16岁进入国家航海事务厅。麦哲伦年轻时就对航海十分神往，年轻时的梦想为他今后环航地球提供了强大的精神支柱。
1505年参加葡萄牙海军去印度作战。虽然葡萄牙在非洲东海岸及印度西海岸作战胜利，从而打破了印度洋上的穆斯林势力，也从阿拉伯人手中夺取了海上贸易控制点，但没能控制马六甲，其成就还欠完美。为此，1511年参加攻占马六甲之役。东方的财富经过马六甲流入西方世界的港埠，葡萄牙因控制了马六甲海峡，掌握了通往马来西亚海域与港口的钥匙。但还需要向香料群岛、产生财富的摩鹿加群岛探险。因此于1511年12月作一次侦察航行，到达班达岛后，带了一批香料于1512年回里斯本，次年随军攻打摩洛哥要塞阿萨莫尔，因受伤成终身跛脚。1514年回国后两次上奏国王要求晋级和增加年金，均被拒绝。
1517年麦哲伦偕同宇宙学者法菜罗去西班牙，放弃葡萄牙国籍，转为西班牙国王查理一世服务。他坚信地球是圆形的，并猜测在这片大海的东面，是哥伦布发现的美洲大陆。他下定决心一定要做一次环球探航。
麦哲伦向西班牙国王提出要去寻找一条通往摩鹿加群岛的西航路，即从大西洋穿越太平洋到达摩鹿加群岛的航路。此议获西班牙国王查理一世（即后来神圣罗马帝国皇帝查理五世）的同意，双方达成协议，国王答应从新发现的领土中，拨出1/20给麦哲伦。麦哲伦的环球航行的计划得到西班牙国王的批准，与他签署了远洋探航协定。
他于1518年出任远征船队队长，前往为西班牙开辟新的通往摩鹿加的路线。麦哲伦自信能发现一条从大西洋通往南面的海的海峡。
1519年9月20日，麦哲伦率领五条船和270名水手的船队出发了。船队在大西洋中航行了70天，11月29日到达巴西海岸。由于这里是葡萄牙的领地，所以麦哲伦告诉船员们一定要小心，不要被葡萄牙人发现，因为根据1494年双方签定的《托尔德西里亚斯条约》
规定谁也不得进入和占领对方分的领土。第二年1月10日，船队来到了一个无边无际的大海湾。船员们以为到了美洲的尽头，可以顺利进入新的大洋，但是经过实地调查，那只不过是一个河口，即现在乌拉圭的拉普拉塔河。
3月底，南美进入隆冬季节，于是麦哲伦率船队驶入圣胡安港准备过冬。由于天气寒冻，粮食短缺，船员情绪十分颓丧。船员内部发生叛乱，三个船长联合反对麦哲伦，不服从麦哲伦的指挥，责令麦哲伦去谈判。麦哲伦便派人假意去送一封同意谈判的信，并趁机刺杀了叛乱的船长官员。
不久，麦哲伦在圣胡安港发现了大量的海鸟、鱼类还有淡水，饮食问题终于得到解决。麦哲伦还发现附近还有当地的原住居民，这些人体格高大，身披兽皮；他们的鞋子也很特别，他们把湿润的兽皮套在脚上，上至膝盖。雨雪天就在外面再套一双大皮靴。麦哲伦把他们称为“大脚人”，并以欺骗的方法逮捕了两个“大脚人”，并戴上脚镣手铐关在船舱里，作为献给西班牙国王的礼物。
在镇压了西班牙船长们发起的叛乱后，阳春8月，麦哲伦率领船队继续出发。10月21日绕过维尔京角时，在南纬52度50分处进入他们要找的海峡（后以麦哲伦的名字命名）。到达淘峡西端时，船队只剩下了3条船。
麦哲伦率领船队沿麦哲伦海峡航行。峡道弯弯曲曲，时宽时窄，两岸山峰耸立，奇幻莫测。海峡两岸的土著居民，欢喜燃烧篝火，白日蓝烟缕缕，夜晚一片通明，好像专门为麦哲伦的到来而安排的仪仗队。麦哲伦高兴极了，他在夜里见到陆地上火光点点，便把海峡南岸的这块陆地命名为“火地”，这就是今日智利的火地岛。
经过20多天艰苦迂回的航行，终于到达海峡的西口，走出了麦哲伦海峡，眼前顿时呈现出一片风平浪静、浩瀚无际的“南海”。后来，在两个月在他们兵分五路四处巡逻寻找小岛或陆地时，装载粮食最多的“圣安东尼奥号”逃走并返回西班牙。
历经100多天的航行，一直没有遭遇到狂风大浪，麦哲伦的心情从来没有这样轻松过，好像上帝帮了他大忙。他就给“南海”起了个吉祥的名字，叫“太平洋”。在这辽阔的太平洋上，看不见陆地，遇不到岛屿，食品成为最关键的难题，100多个日日夜夜里，他们没有吃到一点新鲜食物，酒早已被喝光，只有面包干充饥，后来连面包干也吃完了，只能吃点生了虫的饼干碎屑，这种食物散发出像老鼠屎一样的臭气。船舱里的淡水也越来越浅，最后只能喝带有臭味的变质黄水。
为了活命，连盖在船桁上的牛皮也被充作食物，由于日晒、风吹、雨淋，牛皮硬得像石头一样，要放在海水里浸泡四五天，再放在炭火上烤好久才能食用。有时，他们还吃了木头的锯末粉。
1521年3月，船队终于到达三个有居民的海岛，这些小岛是马里亚纳群岛中的一些岛屿，岛上土著人皮肤黝黑，身材高大，他们赤身露体，然而却戴着棕榈叶编成的帽子。热心的岛民们给他们送来了粮食、水果和蔬菜。船员们获得了99天以来第一次新鲜食品。在惊奇之余，船员们对居民们的热情，无不感到由衷的感激。但由于土人们从未见到过如此壮观的船队，对船上的任何东西都表现出新奇感，于是从船上搬走了一些物品，船员们发觉后，便大声叫嚷起来，把他们当做强盗，还把这个岛屿改名为“强盗岛”。当这些岛民偷走系在船尾的一只救生小艇后，麦哲伦生气极了，他带领一队武装人员登上海岸，开枪打死了7个土著人，放火烧毁了几十间茅屋和几十条小船。
于是在麦哲伦的航行日记上留下很不光彩的一页。
船队再往西行，来到现今的菲律宾群岛。此时，麦哲伦和他的同伴们终于首次完成横渡太平洋的壮举，证实了美洲与亚洲之间存在着一片辽阔的水域。这个水域要比大西洋宽阔得多。哥伦布首次横渡大西洋只用了一个月零几天的时间，而麦哲伦在天气晴和、一路顺风的情况下，横渡太平洋却用了一百多天。
麦哲伦首次横渡太平洋，在地理学和航海史上产生了一场革命。
证明地球表面大部分地区不是陆地，而是海洋，世界各地的海洋不是相互隔离的，而是一个统一的完整水域。这样为后人的航海事业起到了开路先锋的作用。
之后在麦哲伦的船队在菲律宾群岛的马萨瓦登陆，为西班牙在太平洋找到第一个同盟者。在宿务岛，使地方统治者及其官员们皈依天主教。不到两个月之后，4月27日麦哲伦在麦克坦岛上与当地人作战时被杀。麦哲伦死后，只有两条船到达摩鹿加，而只有“维多利亚”号于1522年9月由埃尔卡诺指挥回到西班牙。生还者还有另外17名欧洲人和4名印第安人。埃尔卡诺从太平洋绕好望角回到大西洋，证明地球是圆的。
麦哲伦的死说法不一，下面这个“麦哲伦企图利用当地部族间的矛盾来达到他的目的，却在一次冲突中被杀害”的版本最为广泛流传。
据说，有一天，麦哲伦船队来到萨马岛附近一个无人居住的小岛上，以便在那里补充一些淡水，并让海员们休整一下。邻近小岛上的居民前来观看西班牙人，用椰子、棕榈酒等换取西班牙人的红帽子和一些小玩物。几天以后，船队向西南航行，在棉兰老岛北面的小岛停泊下来。当地土著人的一只小船向“特立尼达”号船驶来，麦哲伦的一个奴仆恩里克用马来西亚语向小船的桨手们喊话，他们立刻听懂了恩里克的意思。恩里克生在苏门答腊岛，是12年前麦哲伦从马六甲带到欧洲去的。两个小时后，驶来了两只大船，船上坐满了人，当地的头人也来了。恩里克与他们自由地交谈。这时，麦哲伦才恍然大悟，现在（1519年）又来到了说马来语的人们中间，离“香料群岛”已经不远了，他们快要完成人类历史上首次环球航行了。
岛上的头人来到麦哲伦的指挥船上，把船队带到菲律宾中部的宿雾大港口。麦哲伦表示愿意与宿雾岛的首领和好，如果他们承认自己是西班牙国王的属臣，还准备向他们提供军事援助。为了使首领信服西班牙人，麦哲伦在附近进行了一次军事演习。宿雾岛的首领接受了这个建议，一星期后，他携带全家大小和数百名臣民作了洗礼，在短时期内，这个岛和附近岛上的一些居民也都接受了洗礼。
麦哲伦成了这些新基督徒的靠山。为了推行殖民主义的统治，他插手附近小岛首领之间的内讧。夜间，他带领60多人乘三只小船前往小岛，由于水中多礁石，船只不能靠岸，麦哲伦和船员50多人便涉水登陆。不料，反抗的岛民们早已严阵以待，麦哲伦命令火炮手和弓箭手向他们开火，可是攻不进去。接着，岛民向他们猛扑过来，船员们抵挡不住，边打边退，岛民们紧紧追赶。麦哲伦急于解围，下令烧毁这个村庄，以扰乱人心。岛民们见到自己的房子被烧，更加愤怒地追击他们，射来了密集的箭矢，掷来了无数的标枪和石块。当他们得知麦哲伦是船队司令时，攻击更加猛烈，许多人奋不顾身，纷纷向他投来了标枪，或用大斧砍来，麦哲伦就在这场战斗中被砍死。
从1519年9月到1922年9月，麦哲伦和他的船员们，花了整整3年的时间，终于完成人类的第一次环球一周的航行。麦哲伦虽然死去了，但是他对后世航海和科学事业所做的贡献，却是让我们每一个人都不能忘记的。
麦哲伦的突出贡献不在于环球航行本身，而在其大胆的信念和对这一事业的出色指挥。他是第一个从东向西跨太平洋航行的人。他以3个多月的航行，改变了当时流行的观念：从新大陆乘船向西只消几天便可到达东印度。麦哲伦船队的环球航行，用实践证明了地球是一个圆体，不管是从西往东，还是从东往西，毫无疑问，都可以环绕我们这个星球一周回到原地。这在人类历史上，永远是不可磨灭的伟大功勋。
麦哲伦航线被许多人认为是迄今为止世界上最有价值的海洋探险，虽然他得到了后世人的称颂，但在他所生活的年代却饱受苦难与不被理解的难堪之中。在他死后，西班牙对这个战功卓著的外乡人不屑一顾，而葡萄牙人因麦哲伦叛逃出去帮助敌国效力也怀恨在心，甚至有人觉得他客死他乡是罪有应得，所以这位伟大的航海家在两国的地位非常之低，以至于现在的西葡两国都没有专门纪念他的博物馆或者雕像等。