以前出海的时候只不过是两三艘船、几百号人；现在变成了巨舰大炮和两三千名水手及士兵；舰队的指挥官也由从前经验丰富的航海家变成了现在企图从海上得到财富和荣耀的贵族阶级。向前、再向前；征服、再征服。非洲东海岸的莫桑比克等地成为了葡萄牙的殖民地；印度次大陆的西岸也冒出了无数的碉堡和教堂。马六甲、帝汶、中国、日本，葡萄牙人将整个东方的贸易网都掌握在了手里。
得到了来自东方的财富之后，国王曼努埃尔开始变得挥霍无度起来。用来自印度的黄金，他在里斯本建造了一座庞大而豪华的修道院：
杰洛尼莫许修道院。这座修道院的完工标志着新的建筑式样的出现。
这种建筑风格的装饰以海洋为主题，窗户周围和廊柱上雕刻着海浪、贝壳、远航的船只、航海仪器、远方奇异的海洋生物和植物等等。因为这种建筑风格始于曼努埃尔统治时期，所以被称为“曼努埃尔风格”。
今天这座修道院里面安放着四个人的遗体：第一个到达印度的航海家瓦斯科·达·伽马；撰写史诗歌颂葡萄牙人远航事业的葡萄牙文艺复兴时代最伟大的诗人路易斯·德·卡蒙斯；十九世纪葡萄牙作家、史学家亚历山大·艾尔库拉诺；以及二十世纪葡萄牙文坛上最伟大的诗人费尔南多·佩索阿。
国王还改变了若昂二世时期对犹太人相对宽容的政策，下令所有犹太人必须改信天主教。这批被迫改变信仰的犹太人被称为“新基督徒”，他们的悲惨经历成为几个世纪以来葡萄牙文学的主要题材之一。
伟大的荷兰数学家、哲学家，犹太人斯宾若沙的父母当初就是从葡萄牙逃难来到的荷兰。但是另一方面，在前任国王若昂二世的遗孀莱奥若尔的倡导下，于1498年在里斯本成立了以救助穷困为目的的慈善堂，并很快推广至帝国的每一片殖民地。该系统成为了现代社会保障系统的前身。澳门的慈善堂至今还在新马路市政厅广场上。
1521年幸运儿曼努埃尔去世了，葬在了杰罗尼莫修道院。他一生没有做过什么值得大加称赞的伟事，同样也没有做过遭人嫌恶的丑事，颇为意外的当上了国王，然后平淡并且安逸的死去，也不失为一件幸运的事。
热爱冒险的卡布拉尔
佩德罗·阿尔瓦雷斯·卡布拉尔作为一名葡萄牙航海家，他被普遍认为是最早到达发巴西的人。他出生在葡萄牙的贝尔蒙特，曾经被任命为葡萄牙王室参事。卡布拉尔于1520年逝世，埋葬在葡萄牙圣塔伦的一个修道院里。
达·伽马发现印度的消息一传开，整个葡萄牙都激动起来了。国王曼努埃尔一世甚至写信给西班牙国王和女王，自称他已击败西班牙首先到达了印度，他还称自己为“几内亚之君主，征服、航海之君主，与埃塞俄比亚、阿拉伯、波斯及印度贸易之君主”，欣喜之情溢于言表。1500年曼努埃尔国王很快装备了一支庞大的舰队，由13艘船只和1500名船员组成，任命贵族佩德罗·阿尔瓦雷斯·卡布拉尔。
舰队各船船长中有很多经验丰富的航海家，如巴托洛梅乌·迪亚士，佩罗·瓦斯德·卡梅尼亚，桑乔·德·托瓦尔，和尼古劳·科埃略，后者是达·伽马首航印度时的领航员。这次航行的目的是继续瓦斯科·达·伽马到印度海路的探测，与印度建立永久性的贸易关系，并引入基督教到每一处，如果必要可使用武力征服印度，控制香料贸易。
1500年3月9日卡布拉尔的舰队从里斯本出发。卡布拉尔按照达·伽马的建议，即在非洲西南部热带海域航行时，不再沿海航行，而是向西南方驶入大西洋深处，然后再往南行驶。但在实际航行中，卡布拉尔的舰队在通过佛得角群岛后，遇到强烈风暴（其中有一艘船遭遇风暴后直接返航了），又被赤道洋流推到了较远的海域。换言之，他们把这个往西南航行的弧圈划得太大了，以至他们进入了一个未知的海域。
4月22日船员们看到了陆地（即现在的巴西东海岸的帕斯夸尔山）。4月23日卡布拉尔在海岸登陆，舰队并于4月25日全部驶入港口，卡布拉尔给这里起名叫维拉克鲁兹。
卡布拉尔认为，新发现的陆地在《托尔德西拉斯条约》中所划定的分界线东部，这一发现应归葡萄牙所有。于是他在岸边竖起刻有葡萄牙王室徽章的十字架，宣布该地区为葡王所有，并立即派出一位船长安德烈·贡萨尔维斯回葡萄牙报告这一重要消息。1500年4月22日便成为了正式发现巴西的日期。
后来，葡萄牙人在海岸附近的热带森林中发现了可以提炼贵重的红色染料的树木，并将它定名为“Pau—brasil”。于是他们逐渐把这个地方也叫作“Brasil”（葡萄牙语Brasil，英语Brazil），并沿用至今，其中文音译为“巴西”。
休整后，船队向东航行。在经过好望角时，船队中有4艘船在风暴中失事。船员全部遇难，其中有航海家巴托洛梅乌·迪亚士，他曾闯过了印度航线的最艰险的道路，但最终他还是没能到达真正的印度。
风暴吹散了船队，其中一艘由船长迭戈·迪亚士（巴托洛梅乌·迪亚士的兄弟）为船长的船迷了路，风暴把他们吹离了非洲东海岸。8月10日，他们发现了一个岛屿，迪亚士把此岛命名为圣劳伦斯（源是古罗马人物，七执事之一），后来被称为马达加斯加。
卡布拉尔则率领余下的船只继续向印度航行。7月16日到达索法拉，7月20日到达莫桑比克。在莫桑比克，卡布拉尔受到当地热情招待。7月26日，卡布拉尔来到基卢瓦（今坦桑尼亚林迪港附近）。
8月2日，卡布拉尔到达马林迪，在这里，他找了一个阿拉伯领航员，以帮助他们到达印度。
1500年9月13日，卡布拉尔的船队终于抵达卡利卡特，这是当时著名的贸易中心，中国古籍中称为“古里”，郑和船队曾多次到达这里，约比达·伽马早了80年。
现在卡利卡特的情况对葡萄牙人来说非常糟糕，因为葡萄牙人在卡利卡特设立商站收购香料的行为损害了当地穆斯林大商人的利益，商人们威胁沙末林（卡利卡特的君王）说如果不采取措施，他们就到别的港口进行贸易，沙末林就得不到税收。卡布拉尔则给沙末林施加压力，要求给予优先进货的权利，并且在他们没满载以前，穆斯林商人不得进货，不得开船。后来，他动用武力洗劫了一艘穆斯林商船。
这引起了众怒，导致了1500年12月16日的商站事件，穆斯林商人袭击了商站，有53名葡萄牙人被打死。卡布拉尔非常愤怒，于是派舰队炮轰了卡利卡特城，从凌晨一直打到深夜，并且洗劫在港口内的商船，杀害了无辜船民600人。这加深了葡萄牙与当地居民和穆斯林的长期仇恨。但是卡布拉尔的行为受到与沙末林有世仇的附近的柯钦、坎纳诺尔等小邦的欢迎，他们邀请卡布拉尔到他们的港口，卖给他们大批的香料，还与卡布拉尔签订了贸易条约。
葡萄牙人充分利用了柯钦和卡利卡特的矛盾，在印度沿海建立了永久性的贸易据点和武装据点。这样，在东非海岸发生过的事又一次上演了，葡萄牙又一次利用当地人的分裂达到了自己的目的。
1501年1月16日，卡布拉尔开始返航。1501年6月23日，卡布拉尔的船队回到了葡萄牙，在这次航程中，尽管他们损失了6艘船和许多人员，但卖掉运回的香料后，他们的赢利超过了总花费的2倍。
这是一次成功的航行，不仅发现了巴西，为葡萄牙以后在拉丁美洲赢得了一个巨大的落脚点，还发现了马达加斯加岛。这次航行还意味着阿拉伯人和威尼斯人对香料贸易的垄断已经被打破，更重要的是葡萄牙还在在印度南部等地设置商站，并建立了正式的贸易关系，为下一步控制香料贸易做好了准备。
卡布拉尔的航行事迹虽比不上达·伽马、迪亚士等航海开创者，但是他并没有给航行过的国家带来不可挽回灾难，而且带回来的财富利润也非常多，这位航海家同样值得我们铭记。
“东方凯撒”阿尔布克尔克
阿方索·德·阿尔布克尔克在当时被人们称为“东方凯撒”，由此可见他在人们心中威严的形象。他是一名葡萄牙军人，任职葡属印度殖民地总督。他在殖民地实行独特的军事和政治活动，最终形成了在印度洋的葡萄牙殖民帝国，他是一个军事天才，依靠策略成功征服了世界。
阿尔梅达控制了整个东非海岸的与阿拉伯和印度的贸易，还把柯钦变成了葡萄牙在印度的贸易中心。阿尔梅达虽然在印度洋开创了不错的局面，但他的政策将葡萄牙人的活动仅仅局限于印度洋沿岸，显得有些保守，而且葡萄牙人在印度的据点的安全很大程度上依赖于与当地人的合作，否则只留下小部队看守据点，大部队回国，很容易被敌人乘虚而入。
第二任印度总督阿尔布克尔克改变了阿尔梅达的保守政策，他设计了把穆斯林从香料运输中完全排挤出去，控制3500英里印度洋洋面的宏伟计划。果阿是印度西南海岸仅次于卡利卡特的一大商业中心，阿尔布克尔克到任的第一个行动就是攻占果阿。由于果阿的穆斯林统治者对印度教徒的残暴统治，阿尔布克尔克的行动得到了果阿非穆斯林的积极配合，加上果阿当时军力薄弱，因此葡萄牙人很快于1510年3月夺取了果阿。
两个月后，由于穆斯林大批军队的到来，阿尔布克尔克弃城而去。
但在10月初他集结大军再次攻占了果阿，并下令屠城，杀死所有的摩尔人，总共有6000多男子、妇女和儿童惨死。年底，阿尔布克尔克将总督府迁到这里，从此，果阿就成了葡萄牙在东方进行殖民活动的中心，直到1961年才由印度政府收回。阿尔布克尔克的行动震慑了周围的小邦，他们纷纷表示对葡萄牙的臣服。1512年，阿尔布克尔克与新沙末林签订协议，在卡利卡特修建了一个要塞。他后来又设立了一系列的要塞，确立了对这一带主要港口的控制。从此，通往印度各地海岸的主要航道都处在葡萄牙人的控制之下。
控制印度洋并不等于控制一切，阿尔布克尔克要实现控制印度洋出入口，彻底垄断香料贸易的宏伟计划，就需要做到三点：攻占马六甲，控制东部入口；占领亚丁，控制红海入口；夺取霍尔木兹，控制波斯湾入口。马六甲的得名源自于阿拉伯人，意思是集合各商贾的市场，中国人则叫它满剌加。马六甲具有重要的战略地位，就航海线路而言，马六甲是东西交通的必经之路，拥有马六甲既可以把印度人和阿拉伯人排除出亚欧贸易航线，又可以控制通往南中国海和香料群岛的航线；马六甲还是当时亚洲进行香料贸易的主要贸易中心，方圆数千平方公里以内的商业和贸易活动必须经过它，控制马六甲可以牢牢把握东西方贸易的主动权。这时的马六甲还主要掌握在穆斯林人手中。
1509年，葡萄牙人曾经到达过马六甲，由于受到了当地人的猛烈袭击，所以他们撤退了，但有一些人被俘。1511年7月1日，阿尔布克尔克率领一支由18艘舰船、1200名葡萄牙士兵及200多名马尔巴拉援兵组成的舰队到达马六甲，提出了释放战俘、进行赔偿以及割让一块土地来修建要塞的要求。当时的马六甲是一个10万人的城市，由3万马来人和爪哇人守卫着，另外还有许多战船，几千门火炮，双方兵力悬殊，因此当地苏丹拒绝了葡萄牙人的要求。7月24日，葡萄牙人的第一次攻击没有成功，8月10日又进行了第二次攻击，经过一个星期的激战，葡萄牙攻占了马六甲，然后照例进行了屠城，把马来人杀了个干净，但对与马来人有矛盾的印度人、缅甸人和爪哇人则不动分毫，这也是阿尔布克尔克扩大统一面，缩小打击面的聪明之处。
马六甲是中国重要藩属国，但直到1520年，马六甲苏丹派人向中国求救，明武宗才知道这件事。葡萄牙人用武力占领马六甲是对当时朝贡体系、一种以中国为主导的“自古昔帝王，居中国而治四夷”的东亚国际秩序的直接威胁。《明会典》上所载63个朝贡国有2/3位于马六甲以西，一旦失去马六甲则意味着朝贡体系有动摇、瓦解的危险。明武宗本应帮助马六甲苏丹击败葡萄牙人，但当时的明朝已没有了初时的积极进取，马六甲虽然重要，但毕竟只是中国的外围藩属国，它的丢失并不影响中国自身的安危，所以当时喜欢葡萄牙的武宗也没有采取什么措施。
1521年3月武宗驾崩，4月世宗也就是嘉靖皇帝继位，马六甲苏丹又遣使来求救。明朝与葡萄牙交涉，要求葡萄牙归还马六甲，否则扣押使团直到归还马六甲为止。尽管当时明朝的国力比葡萄牙要强大许多，但在东南亚一带并没有军事存在，这种毫无力度的交涉又有什么用呢？葡萄牙曾经为了一个没有什么经济利益的休达连亲王也舍得由于穆斯林的刻意避让，休达在葡萄牙人手中没有发挥贸易中心的作用。
1437年，为了增加休达的价值，亨利王子与他的兄弟费尔南多进攻摩洛哥丹吉尔，失败后，费尔南多被摩尔人扣为人质以作为归还休达的条件，但出于利益考虑葡萄牙并没有交还休达，费尔南多最后死于摩尔人的土牢中，直到1471年他的遗骸才被几个摩尔人贵族俘虏交换回国。，面对一个富饶的马六甲，他们又怎么会把区区一个使团放在眼里呢？
明朝命令同是藩属国的暹罗派兵救援，但暹罗始终对明朝支持本是它属地的马六甲独立耿耿于怀，而且由于葡萄牙有效的外交活动，所以按兵不动，甚至认为葡萄牙攻占马六甲是给它帮了忙。此后葡萄牙统治了马六甲130年，直到1641年被荷兰人赶走。
阿尔布克尔克在此修建了坚固的要塞，把它变成了葡萄牙的在这一带的统治中心和重要支撑点，在此长驻有军队，包括舰队和陆军。
占领马六甲对葡萄牙在亚洲的殖民活动具有无可估量的重大影响。葡萄牙人攻占马六甲吸引了附近一些小国如苏门答腊、爪哇的侯国等的归顺，也取得了与马来人有矛盾的商人，主要是泰米尔人和克林人的支持，而正是通过克林人，葡萄牙才能与孟加拉湾的其他地区和东南亚以及远东的其他小国签订贸易协议。此后葡萄牙人逐步设立了一系列的据点要塞，构成了在东南亚的殖民网络。
占领马六甲为葡萄牙带来了巨大的经济利益，马六甲成为了“葡萄牙王冠上的珍珠”，“葡萄牙的财富与远比其大和其人口多的王国的财富相比，也毫不逊色”。这一时期成了“葡萄牙历史上最富裕的时期”。