1511年，一艘葡萄牙商船将50名黑奴从西非贩运到圣多明哥出售，从此开始了长达四个世纪的“大西洋奴隶贸易”。一个黑奴在非洲约值70~100法郎，远过重洋可卖到1000~2000法郎，利润率高达1000%~3000%。殖民者在西非海岸构筑了近50座囚奴堡，其中有一段海岸就称为“奴隶海岸”。在这里，6.25平方米的囚室里往往要关押15~20名奴隶，一个强壮的奴隶只能换一桶酒，而一个儿童只值一面镜子。奴隶上船后都关在底舱里，在大西洋上航行两三个月，凡有重病的往海里一扔了事，约有近一半的奴隶在途中死去。在捕捉和贩运中死去的黑奴人数约为实际卖到美洲黑奴人数的五倍。罪恶的奴隶贸易使非洲丧失了不下一亿的精壮劳动力（男子比女子多一倍，男子一般为10~35岁，女子一般为10~25岁），相当于1800年非洲人口的总和，使非洲成了一个“黑暗的大陆”。
16世纪三四十年代是葡萄牙殖民者最猖獗的时期，他们占领殖民据点，驻扎军队，建城堡，设商店，垄断了从欧洲到远东的全部贸易，用镜子、别针、玻璃球等廉价的手工品骗取亚非居民的宝石、珍珠、象牙等贵重物品。他们一旦发现有其他国家的商船出现，就没收船只，把船员抛入大海。当达·伽马东航回国后，葡萄牙曾派一只船队远征印度。这只船队被赤道洋流冲到南美洲的巴西海洋，葡萄牙就宣布巴西为葡萄牙的殖民地。
在东南亚，他们占领了马六甲、科伦坡、爪哇、苏门答腊和摩鹿加群岛，强占了多年来梦寐以求的“香料之国”；在中国，葡萄牙殖民者于1535年买通明朝都指挥黄庄，以税纳保金两万为条件，请求移泊濠镜（即澳门），1553年以商船货物因被风暴浸湿要求晾晒为由，在濠镜筑茅舍居住，1557年竟私自筑城架炮设官，澳门沦为它的殖民地；在日本，他们于1548年在九州建立了第一个亚洲商站。
葡萄牙的海外探险和殖民征服是在封建王室的控制下，以贵族为主体，利用商人的贪欲和航海人才的技术而进行的，并且在征服过程中都举着“传播基督文明”的旗帜，采用暴力征服的手段，抢劫掠夺殖民地的财富。葡萄牙在征服中很大程度上保留了中世纪的封建主义残余，因此我们看到更多的是一种血腥的暴力、直接的抢劫以及赤裸裸的争夺。
印度洋上的“霸主”
“我是最伟大的人，把地球踩在脚下！我财大气粗，拥有无限权势；我是权帐，王冠和王位，能事大地和海洋颤抖！我的威名远扬，家喻户晓，我就是葡萄牙，我比整个世界更大！”这首诗贴切地反映了15、16世纪时葡萄牙飞快的崛起与强大，它称霸全球，以自己的意志主导了人类历史上第一次的“全球化”。
哥伦布发现新大陆深深地刺激了若昂国王，现在葡萄牙的专属权利又得到了条约保障，因此到印度的探险准备进一步加快。若昂二世任命瓦斯科·达·伽马为舰队的指挥官。达·伽马，约1460年生于葡萄牙阿加特省，与达·伽马很相熟的威尼斯驻葡萄牙使节马塞尔说他生性暴烈。根据迪亚士的建议，达·伽马采用了船身较圆、更轻便更牢固的大船以利于远洋航行。1495年若昂二世英年早逝，他的侄子曼努埃尔继位。这时朝中有人提出终止探险，因为这会激化与欧洲香料贸易的垄断者威尼斯的矛盾。曼努埃尔不为所动，下令继续作探险准备。
1497年7月8日，经过长达10年的准备，达·伽马率领探险队伍出发了，世界历史上伟大的一页开始了。这支队伍由4艘船组成，共有船员170人，大部分是奴隶，其中还有死囚，另外还包括翻译、牧师和军人。队伍中有军人说明它不仅仅是一支探险队，还是一支战斗队。曼努埃尔授权达·伽马，到了东方，拥有作为大使、商人和士兵的自由，随机应变，需要什么身份就用什么身份。曼努埃尔指示达·伽马，他此行的目的是“宣传基督教义”和“取得东方财富”，事实上达·伽马本身就是圣地亚哥骑士团的首领，国王还专门赠送了一面锦旗，上面有基督骑士的标志，说明这次航行受到罗马天主教皇的批准并得到上帝的庇护。
11月22日，达·伽马绕过了好望角。12月10日，船队越过了迪亚士立的最后一根石柱。1498年1月25日，他们到达了今天莫桑比克的克利马内河口，在这里他们俘获了一个叫达亚内的孟买人，从中得到了许多关于莫桑比克的情报，在这期间，由于食物腐败、饮水缺乏，不少人得了坏血病，船只也需要维修，所以达·伽马下令在此休整了一个多月。
3月2日，他们到达了莫桑比克岛，东非当时文明程度已比较高，这里的物质文化如果不比葡萄牙优越，也至少可以和它比美，但这里并没有统一的国家，有的只是许多的城邦国家，它们很早就与印度人、波斯人、阿拉伯人有贸易联系，政治权力都掌握在穆斯林手里。但为了更多地从贸易中获利，这些城邦国家之间互相敌视，葡萄牙人充分利用了这一点，不仅在东非站稳脚跟，甚至在后来蹂躏了它。
在蒙巴萨，葡萄牙受到了袭击，差一点全军覆没，但在马林迪，葡萄牙人的到来受到了热烈欢迎，马林迪苏丹还送给他们羊、丁香、小茴香、豆蔻、胡椒、生姜等大量礼品，穆斯林欢迎基督徒的原因在于两地苏丹有世仇，马林迪苏丹想借助外力打击对手，事实上，葡萄牙之所以能在这一带站住脚正是靠与马林迪的结盟。马林迪苏丹甚至还提供了一个真正能把他们带到印度的向导，当时的葡萄牙虽然知道通过阿拉伯海可以到达印度，但印度洋上的风向变化频繁，暗礁、浅滩众多，航路他们并不熟悉，没有向导带路，谁知道葡萄牙还要摸索多久才能到达印度。
1498年5月20日，依靠向导的帮助，达·伽马顺利到达印度西海岸的卡利卡特，也就是科维良在报告中所讲的主要港口之一。他们在这里居然遇上了一个会讲葡萄牙语的北非穆斯林，这位穆斯林一上船大声说：你们真幸运，真幸运！这里的红宝石、绿宝石多得很，你们真应该感谢造物主带你们来到如此富庶的国家！经过80多年的探索，经历4位国王的不懈努力，葡萄牙舰队终于到达了东方，开辟了东方航线，从此之后，葡萄牙走上了一条建立商业帝国的道路。
当时的印度还只是一个地理名词，北部由莫卧儿帝国统治，南部分布着许多小国家，这些小国家之间也为了争夺利益最大化、打击竞争对手而争相拉拢达·伽马，从而让葡萄牙人渔翁得利。
卡利卡特是西海岸的一个古老的小王国，统治者叫沙末林，意思是山和海的主人。达·伽马在上岸后作为葡萄牙使节进见了沙末林，表示葡萄牙国王派他来是为了作沙末林的兄弟和朋友。葡萄牙人受到了隆重欢迎。达·伽马的到来使垄断香料贸易的穆斯林商人感到了威胁。这些商人经营香料贸易的路线有两条：把香料经波斯湾、伊拉克运到阿勒颇，或经红海、苏伊士到埃及的亚里山大，然后都和威尼斯人进行贸易，再由后者运往欧洲各地。凭此，他们赚取了高额利润。
葡萄牙人的到来意味着，另有一条不受他们控制的新航路出现了，他们再也不能赚得和以前一样多的钱了。这时，达·伽马在东非滥杀当地人的恶行传到了卡利卡特。这些商人就警告沙末林说，达·伽马的到来不是为了交朋友，而是为了侦察，进而进行侵略。但沙末林听而不闻，实际上他是幻想达·伽马会扩大卡利卡特的贸易，增加他的收入，又幻想借助于达·伽马的重型武器和舰船以增强自己的武装力量，所以还是自出搬运费，把远征队的货物运到城里去，允许达·伽马在市内开设商店，进行自由买卖。但这些大商人有着巨大的影响力，达·伽马还是被迫于8月29号离开卡利卡特，到附近的坎那诺装满了香料和宝石，并带走了6名人质，还在这里竖立了“帕德劳”标柱，并发誓要报复。
他们用了3个多月才越过阿拉伯海，由于热病和坏血病，许多船员死亡，最后不得不把圣拉斐尔号抛弃烧毁。达·伽马带着剩下的不足1/3的人和两条船返回。为了救治病重的哥哥保罗，达·伽马在亚速尔群岛停了下来，这是葡萄牙人的一个基地，贝里尔号先期于7月10日返回里斯本。保罗最后还是不治身亡了，达·伽马于9月回到里斯本。虽然损失重大，但达·伽马从印度带回来的胡椒和肉桂价值相当于他远征总花费的60倍。整个葡萄牙都轰动起来了，因为达·伽马到达的是真正的东方，是欧洲人想象中黄金遍地的地方，而不是哥伦布发现的荒凉的“印度”，虽然带回来的东西不多，但前途十分光明，大量的财富就在前方闪闪发光，向葡萄牙招着手。从此，葡萄牙的探险时代结束，开发时代来临。
很快地，大喜过望的曼努埃尔派出了另一支远征队，这一次的任务不是探险，而是征服印度，控制香料贸易。1500年3月9日，庞大的舰队出发了，它包含有13艘船和1200人，占当时葡萄牙总人口的1‰，虽然与郑和船队的规模不能比，但对照以前的探险少则一条船，多则四条船的规模，可以说是空前的，也反映出国王志在必得的雄心壮志。舰队的指挥官是毫无航海经验的贵族佩德罗·阿尔瓦雷斯·卡布拉尔，发现好望角的迪亚士担任其中一条船的船长。卡布拉尔受命告知卡利卡特的王公关于基督徒与穆斯林之间的世仇。这种世仇使得每个天主教国王都负有对神圣信仰的敌人进行战争的责任。舰队根据达·伽马的建议，远离非洲西南海岸，绕一个弧形向西南方向前进。
但这个弧形绕得有点太大了，以至他们到达了南美大陆东部隆起的地方，巴西就这样被发现了。卡布拉尔派一艘船回去报信，余下的船继续航程。在好望角附近，他们遇到了大风暴，有4艘船被毁，船上人员全部遇难，其中包括迪亚士，迪亚士曾闯过了印度航线的最艰险的道路，但最终他还是没能到达真正的印度。
1500年9月，卡布拉尔到达卡利卡特，途中他们还发现了马达加斯加。卡利卡特，是当时著名的贸易中心，中国古籍中称为“古里”，郑和船队曾多次到达这里，约比达·伽马早80年。现在的情况对葡萄牙人来说非常糟糕，他们在卡利卡特设立商站收购香料的行为损害了当地穆斯林大商人的利益，他们威胁沙末林说如果不采取措施，他们就到别的港口进行贸易，沙末林就得不到税收。卡布拉尔则给沙末林施加压力，要求给予优先进货的权利，并且在他们没满载以前，穆斯林商人不得进货，不得开船。后来，他动用武力洗劫了一艘穆斯林商船。这引起了众怒，导致了1500年12月16日的商站事件，穆斯林大商人袭击了商站，有53名葡萄牙人被打死。卡布拉尔非常愤怒，不分青红皂白地炮轰卡利卡特城，从凌晨一直打到深夜，并且洗劫在港口内的商船，杀害了无辜船民600人。这加深了葡萄牙与当地居民和穆斯林的长期仇恨。但是卡布拉尔的行为受到与沙末林有世仇的附近的柯钦、坎纳诺尔等小邦的欢迎，他们邀请卡布拉尔到他们的港口，卖给他们大批的香料。葡萄牙人充分利用了柯钦和卡利卡特的矛盾，在印度沿海建立了永久性的贸易据点和武装据点。这样，在东非海岸发生过的事又一次上演了，葡萄牙又一次利用当地人的分裂达到了自己的目的。
在卡布拉尔还未返回葡萄牙的时候，国王又派出了一支船队奔向印度，从此开始了一年一度的远征印度。1501年7月底，卡布拉尔回到了葡萄牙，在这次航程中，尽管他们损失了6艘船和许多人员，但他们的赢利超过了总花费的2倍。这是一次成功的航行，意味着阿拉伯人和威尼斯人对香料贸易的垄断已经被打破，更重要的是葡萄牙还留下了据点，为下一步控制香料贸易做好了准备。
1502年，已被任命为印度洋海军司令的达·伽马又一次率队出征了，这一次是真正的出征，他的舰队由20艘船组成，其中的15艘装备有重炮，其目的也是在东非和印度的西南海岸建立起葡萄牙的统治。
在今天坦桑尼亚南部港口基卢瓦，达·伽马要求当地的苏丹上船来商谈和平友好通商条件，但却背信弃义地扣留了他，然后以摧毁基卢瓦相威胁，强迫他每年向葡萄牙进贡。
舰队继续北上，在坎纳诺尔附近他们遇到了一艘装满从麦加返回的穆斯林朝觐者的船，船上共有380多人，包括许多妇女和儿童。这艘船毫无抵抗地投降了，为了替在商站事件中死亡的葡萄牙人报仇，达·伽马在洗劫了船上所有人的财物和船上装载的货物后，下令把所有的人关进船舱然后放火烧船，有的人受不了炙烤，满身是火地跳入大海中。但达·伽马不为所动，几天之后船才被完全烧毁，仅有20名男童生还，他们被达·伽马送回葡萄牙，要他们皈依基督教。