董卓刚进洛阳时，步卒骑兵不过3千。他恐怕因为兵少别人不顺服，便用虚张声势之计，迷惑人们耳目。他命城内的军队趁夜潜出城门，第二天打着旌旗，呜锣击鼓，从四面城门进入城中，并宣称：又有关西兵马进入京城。就这样接连四、五日，人们不知虚实，都说董卓的兵马多得不可胜数。
董卓入京后，首先吞并了原属何进及其弟国骑将军何苗所辖的军队，又收买吕布，杀了执金吾丁原，并吞了他所辖的军队。这样，董卓的兵力大大加强，京都的兵权都操纵在董卓手中。
骑都尉太山鲍信，看见董卓怀有异志。居心险恶，曾劝袁绍趁其刚入洛阳，士卒疲惫之时击捕董卓，袁绍是个有谋而不能善断的人，惧怕董卓，终不敢动兵。后来董卓找袁绍商议废灵帝，立陈留王为帝。袁绍不敢直言反对，便托辞说：“废立是国家大事，应当与太傅商量。”此时的太傅正是袁绍的叔父袁隗。董卓当即恶狠狠地说：“刘氏的种不值得再留下！”袁绍听后并不回声，便引佩刀长揖而别，逃奔冀州去了。
典军校尉曹操，手中也掌握一部分军队。董卓任他为骁骑校尉，以示表彰，并要同他共商大事。曹操机敏过人，看到董卓凶狠，残忍，鲁莽专横，不得人心，定然不会长久，决定不与他共事，便改姓易名，偷偷溜走。
董卓没有动用一兵一卒，轻而易举地逼走了袁、曹，扫掉了这两个挟帝擅权的障碍。中平六年九月，董卓迫不及待地在朝堂大会群臣，商议废帝大事。董卓宣布：“当今皇帝昏弱无能，不能尊奉先帝教训、安定社稷、为天下之主。我要效仿商朝的伊尹、本朝霍光的做法，立陈留王为帝，如何？”尚书卢植当即表示反对，说：“按《尚书》记载，太甲无道，被尹尹放逐；昌邑王有罪过，被霍光废掉，而今皇上正年富力强，行为没有过失，不能拿前事做比附。”董卓听了勃然大怒，宣布罢会，并要杀卢植。因有侍中蔡邕相劝方得免。董卓看到废帝还有障碍，人们对何太后还寄有希望，于是第二天又召集群臣上殿议会，宣布说：“何太后逼死永乐太后，背逆妇姑之礼，失掉孝顺之德。天子年幼无知，软弱怯懦，不称君位，从前伊尹放逐太甲帝，霍光废掉昌邑王，都记载在典籍之中，大家都认为他们做得对。今天，太后应当像太甲那样被放逐，皇帝应当像昌邑王那样被废掉。陈留王有仁德，有孝行，应当马上尊奉为皇帝。”在坐群臣无人敢言。这样，一切都按董卓的意愿行事，将少帝废为弘农王，立9岁的陈留王刘协为帝，是为献帝。
为了笼络人心，掩饰一下自己野蛮、凶残的面目，在废立之后，董卓马上昭雪在宦官、外戚、士大夫争权斗争中，被宦官陷害、打击的党人陈蕃、窦武等的冤枉，皆恢复其爵位，并任用周毖、伍琼、郑泰、苟爽等很有名声的士大夫，召回遭宦官打击、逃亡在外的著名大儒蔡邕，任为侍中。不久，董卓杀了被废为弘农王的少帝，毒死何太后。通过这一系列的阴谋活动，摧垮了外戚何氏的势力，从此董卓入朝不趋，佩剑上殿，威慑朝野，实现了“挟天子以令诸侯”的美梦。