太元二十一年（公元396年），东晋宫廷发生政变，孝武帝被杀，太子司马德宗继位，是为安帝。皇帝暴死，在其时是一件大事，但司马道子要的只是权势，对此事根本不加过问，而借安帝登基之机抢到了摄政的高位。
安帝是个哑巴，是一个连冷热都分不清的白痴，司马道子自然可以为所欲为了。司马道子的心腹王国宝、王绪兄弟也得到了高官厚禄，作威作福，贪污受贿，难以计数。他们又说动司马道子裁撤王恭和殷仲堪的兵权。孝武帝在位之时，因为要防范司马道子权势过盛，任命皇后兄王恭为平北将军，镇京口（今江苏镇江市），控制北府兵；以振威将军殷仲堪为荆州刺史，都督荆益宁三州军事，分了司马道子的兵权。又引王恂为尚书仆射，王雅为太子太傅，分了道子的行政权和决策权。当时司马道子对孝武帝寸土不让，以王国宝为中书令兼中领军（中央禁军将领），参与机要和执掌武官铨选，又引王绪为心腹，深相结纳坐镇历阳的庾楷，引为外援，以此来对抗孝武帝。这样，司马道子与王恭分别形成两大集团，互相攻讦。这时要裁撤王恭和殷仲堪的兵权，自然会引起他们的反对，无异于引火烧身。王恭早就心怀不满，此时正好找到借口，遣使游说殷仲堪，以讨王国宝为名，联合兴兵。隆安六年（公元397年）四月，王恭首先发难。司马道子听说两镇联兵，六神无主，只好杀了王国宝和王绪二人，求王恭退兵。两人一死，王恭已无借口，只好暂时作罢。
王国宝死后，司马道子举荐谯王司马尚之和司马休之兄弟为心腹，密商对策。司马尚之劝说司马道子说：“地方势力强盛，宰相的势力就会减小，应当暗中树立羽翼，以便来保护自己。”司马道子深以为然。于是，在司马尚之的建议下，司马道子以王恂为江州刺史以防备王恭，并且割庾楷管辖的四郡归王恂节制。这一来引起了麻烦。庾楷本来结党于司马道子，是道子强有力的外援，万万没想到道子竟会拿他开刀，一怒之下，派遣儿子去游说王恭再次起兵。上次王恭没有敢大动干戈，原因之一就是担心庾楷兵马太盛，威胁到其侧背，现在庾楷自己送上门来，自然求之不得，立刻知会殷仲堪与桓玄，自为盟主，约期在隆安二年再次进兵，会攻建康。
司马元显时年16岁，正是意气风发的时候。他自告奋勇，要求讨伐王恭。他慷慨地对父亲说：“去年不讨伐王恭，才有现在的事。如今若是再满足他的胃口，宰相的灾难就不太远了。”他自荐为征讨都督。司马道子日夜饮酒，见儿子主动请缨，就把军权交给了元显。司马元显虽然年少，但却聪明多智，果敢敏锐。他命令卫将军王恂、右将军谢琰对付王恭，司马尚之对付庾楷，企图利用谢琰与北府兵的关系，瓦解北府兵的战斗力。
王恭桀骜不驯，手握北府劲旅。可是他既不知兵，又不会用人，军权全交给大将刘牢之等人，而且平时又不恤士卒，因此刘牢之等人对他早已恨之入骨。司马元显抓住了这一点，派密使游说刘牢之，答应事成之后，把王恭的名号授给他。于是刘牢之阵前倒戈，杀死了王恭。
司马尚之进军也颇顺利，打败了庾楷，接任豫州刺史，但不久就被桓玄和杨期的部队打败。桓、杨的军队进围建康，京城面临威胁。司马元显急命刘牢之人卫京师。刘牢之能征惯战，在淝水之战中享有很大的威名，桓玄由此而生怯心。司马道子又采纳了桓修的意见，发表桓玄为江州刺史，杨期为雍州刺史，而贬殷仲堪为广州刺史，由桓修接任其职务，企图以此收买桓、杨二人。此举果然奏效，桓、杨二人拒绝殷仲堪的号令，准备和道子联手。但殷仲堪也老谋深算，他一知道朝廷的任命，马上退回寻阳（今江西九江），命令桓玄和杨佳期也回撤，如不听命，他一回江陵，就将他们所统帅的士兵家属全部杀掉。此计非常毒辣，桓、杨所部军心不稳，再不回撤，军队就会哗变，只好服从殷仲堪的命令。此后，三人互换人质，共推桓玄为盟主，和朝廷讨价还价。司马道子和元显也知道刘牢之绝不会为他们卖命，就趁此收回成命，一场祸乱暂告平稳。