司马元显的野心比他父亲还大。杀王恭，逼退殷仲堪后，他自以为算无遗策，天下智计之士无出其右。恰巧此时司马道子有病，又昏庸沉醉，司马元显知道朝廷对他已经失望，就想夺取父亲的权力。他引张法顺为谋主，乘道子长醉不醒的机会，矫诏解除了道子的官职，自任录尚书事兼任扬州刺史。道子醒来以后，才知道大权已去，却也无可奈何，由此更加嗜酒如命，成日昏醉，干脆把大小事宜，一概托付给元显。当时人们把道子称作东录，元显称为西录。西府车马填门，而东府却门可罗雀。
元显少年得志，大权在握，自然骄横不可一世。他聚敛不已，富过帝王；又自诩德高望重，勒令百官向他跪拜致敬。他性情苛酷，生杀由己，张法顺多次规劝，他都不听。
此时，刘牢之镇京口，控制江淮，殷、桓、杨三人牢牢抓住了荆州、江州等上游地区，元显的号令充其量只能行施于三吴一带。他知道，要真正掌握生杀予夺之权，必须有强大的兵力为后盾。为了组建一支由自己直接指挥的军队，他下令征发三吴的免奴客当兵，名为“乐属”。三吴是以王谢为首的北来士族和吴姓士族盘踞的地区。此举直接危及到他们的利益，引起极大的不满。各级官吏又乘机营私舞弊，贪污勒索，加剧了这一带的社会矛盾。东晋建立以来，财赋主要仰仗三吴地区，这里人民的负担远比其他地区为重。元显此举无疑是火上浇油。不久就爆发了孙恩、卢循领导的暴动。自隆安三年（公元399年）到元兴元年（公元402年），孙恩、卢循败而复起，散而复聚，最后以卢循率余部逃往广州暂告结束。三吴历经四年的战乱，遭到了前所未有的破坏，饥荒十分严重。北来士族也受到空前的打击。东晋王朝赖以生存的根基业已动摇，已经岌岌可危了。
孙恩、卢循刚刚败退，又有一件事让元显大伤脑筋。这时，桓玄、杨期和殷仲堪的三人联盟发生了危机。他们都想独霸荆州。司马元显为了加剧三人的矛盾，促使其互相火并，下令割荆州八郡给桓玄。这使殷、杨二人十分惊慌。隆安三年（公元399年），桓玄利用荆州水灾的机会，一战而消灭了杨期和殷仲堪，独霸长江中下游。同时也频频插手下游事务。
桓玄一面安置亲信，招兵买马。一面又发布檄文，指责时政，声言一切祸乱均由司马道子父子造成，要他们趁早下台。司马元显当然决不会拱手让出大权，就自为统帅，下令讨伐桓玄，以刘牢之为前锋都督。
军队将要出发，桓玄的堂兄骠骑长史桓石生派使者飞报桓玄。桓玄进驻寻阳，传檄京城，宣布司马元显的罪状。不久，又进军至西阳。皇帝身穿戎装在西池给司马元显送行，元显刚刚上船，桓玄已到新亭。司马元显丢下船只退守国子学堂。第二天，在宣阳门外列阵，由于军心不稳，元显的部佐多有逃散。
这时，前锋刘牢之又归降了桓玄，形势更加不妙。元显刚回到宣阳门内，刘牢之的参军张畅之带人追赶，大家一哄而散。司马元显逃进相府，只有张法顺跟随。他向司马道子求计，道子只是对着他哭，毫无办法。桓玄派太傅从事中郎毛泰逮捕司马元显，将他送到新亭，绑在船前，数落他的罪状。司马元显回答：“我为王诞、张法顺所误。”桓玄把他递交廷尉，连同他的六个儿子一起杀掉。桓玄又上奏说：“司马道子饮酒无度，放纵儿子，应当弃市。”朝廷下诏迁道子到安成郡派御史杜竹林看护，杜竹林竟秉承桓玄旨意毒死了司马道子。司马道子死时年仅39岁。据说，皇帝在西堂为之痛哭了三天。
司马道子的一生，除了权力与酒之外，大概没有别的东西可以让他心醉了。他权力欲极盛，却又极为昏庸，才智平平，只知道宠信小人，整日嬉戏。在多事之秋，由这种人执掌相权，可以说是东晋王朝的大不幸。
相比而言，他的儿子司马元显至少显得比他聪明英勇些。在讨伐王恭、殷仲堪的战争中，他颇似“雄姿英发”的少年周郎。只可惜他远没有周瑜的谋略，却有着比周瑜更为狂妄的个性。而且，他窃取父亲的权力，也让人看到了他狡诈冷酷的个性，充其量只能说他是一个狂妄的野心家。
且不论桓玄如何，至少我们可以说。司马氏父子的死，是罪有应得。历史是公正的。