岳飞被解除了兵权后，秦桧怕他还会再坏自己的事。绍兴十一年（1141年）8月初，秦桧党羽、御史中丞何铸与殿中侍御史罗汝楫上章弹劾岳飞爵高禄厚、志满意得，藐视朝廷、目无君主，要高宗对岳飞“速赐处分，作就闲饲，以为不忠之戒”。
秦桧把副本交给岳飞，逼迫他辞去枢密副使之职。
然而这仍不能使秦桧罢手，他下了至死方休的决心。10月，秦桧又勾结贪功嫉贤的张俊，收买了岳飞的部将王俊，指使王俊诬告岳飞的长子岳云及其部将张宪谋反，把二人逮捕下狱。接着，又派人到庐山把岳飞骗至临安，以谋反罪下狱，由御史中丞何铸负责审讯。何铸曾受秦桧指使弹劾过岳飞，可当他真正面对这位精忠报国、凛然不屈的英雄时，听他义正词严地谴责秦桧的卖国罪行时，终于被岳飞的一身正气所慑服。他掉过头来开始同秦桧据理力争，为岳飞辩解不白之冤。秦桧恼羞成怒，撤掉何铸，改用万俟内占继续审理。
岳飞被关入大理专狱后，韩世忠对这种无端的陷害恨之入骨。他质问秦桧：“王俊告发岳飞有谋反之意，相国可曾查到了真凭实据？”面对这咄咄逼人的质问，秦桧半晌无言，许久才奸笑道：“莫须有（也许有吧）。”韩世忠听后愤愤说道：“‘莫须有’的罪证怎么使天下人信服呢？”
这真是欲加之罪，何患无辞！然而岳飞面对如此卑劣的行径和一系列惨不忍睹的严刑逼供却从未屈服，拒绝在所谓的“供状”上画押。
朝野上下的正义呼声使秦桧寝食不安，他深感事情拖延越久，自己越难下手。他白天黑夜在房间里走来走去，那群无耻的党羽也紧张地盯着他紧皱的两眉、阴鸷的双眼。他终于停下来，挥手做了一个“砍”的手势。
绍兴十一年十二月二十九日（1142年1月28日），正是旧历除夕的前一天，杭州城的百姓忙忙碌碌地准备迎接新的一年，祈盼着来年的安康，从此不再妻离子散，不再国破家亡。然而就在这一天，岳飞被押上了风波亭。他北望中原，感慨万分，禁不住奋笔疾书“天日昭昭！天日昭昭！”八个大字，英勇就义。
一代忠臣良将就这样被秦桧以“莫须有”的罪名陷害致死。岳飞被害后，秦桧仿佛扫除了前进途中的最大障碍，从此眼前便是一马平川了。