朱元璋在世时，他的太子朱标去世了，朱元璋没有把皇位传给其他儿子，而是传给了朱标的儿子，也就是自己的孙子朱允炆。朱允炆年号建文，所以一般称他为建文帝。
朱允炆继位当年，他的叔叔燕王朱棣就举兵造反，兵锋直指南京。建文四年（1402年）六月，燕王朱棣经过四年的“靖难之役”，也就是夺取侄子朱允炆皇位的战争，率军打进南京皇宫。建文帝朱允炆的下落呢？活，不见人；死，不见尸。这也成为明宫六百年来一桩历史疑案。
这是怎么回事呢？故事要从一个神秘的“盒子”说起。
燕王朱棣攻入南京皇宫后，第一件大事就是寻找建文帝的下落。他派兵四处搜查，又派人找太监询问，却找不到建文帝的踪影。这时，有人从灰烬里找到一具烧焦的尸体，朱棣立即上前大声说：“你这小子无知，至于走上绝路吗？！”也就是认定这具尸体就是建文帝，他已经烧死了。当时，没有DNA检测，怎么知道并证明这就是建文帝的遗体呢？就连《明史·恭闵帝本纪》对这件事也是含含糊糊，记载了三种说法：一说“都城陷，宫中火起，帝不知所终”；二说燕王遣中使在火中找出帝、后尸体，八天后埋葬了；三说“或云帝由地道出亡”，就是建文帝由地道逃走了。三种说法，互相矛盾。
那么，这位二十六岁的建文帝是死于皇宫火中还是逃出皇宫了呢？如逃出皇宫，他逃出去以后干什么呢？最后归宿在哪里？
这个疑案直到今天还没有破解，众说纷纭，仍是个历史疑案。以下介绍其中一种说法。
建文帝得知燕王已经兵临城下，慌了手脚，不知所措。翰林院编修程济出了一个主意：“不如逃出宫去。”怎么逃呢？少监王钺说：“当年高皇帝朱元璋去世前，留下一个盒子，说如果遇到大难，就拿出来，盒子收藏在奉先殿的左偏殿。”大臣们都说：“赶紧取过来！”不久，王钺取来一个红色铁皮盒，两把锁，灌了铅。程济砸碎铁盒，发现三张度牒，也就是三张和尚“身份证”：一张给应文，一张给应能，一张给应贤。袈裟、帽鞋、剃刀，一应俱备，另有白金十锭。
建文帝说：“这是老天安排的！”程济当即给皇帝剃发。建文帝持应文和尚的度牒；吴王教授杨应能自愿剃发随亡，持应能度牒；监察御史叶希贤说：“我的名字有‘贤’字，无疑就是应贤。”也剃发，持应贤和尚度牒。
盒子里还有一封红笔写的信，说：“应文从鬼门出去，其他人沿着水关御沟出去，黄昏时，相会在神乐观的西房。”
建文帝顿时悲痛大哭，急命点火烧毁宫殿，趁乱逃出皇宫。
逃出皇宫后，往哪里逃呢？建文帝本来想逃往云南，投奔黔宁王沐英后代家中。有一位名叫史彬的说：“往来名胜，东西南北，都是我们的家。”意思是哪里安全就去哪里吧。从此建文帝一行东躲西藏，南奔北逃，颠沛流离，朝不保夕。他们先后奔波于云贵高山野岭，两粤峡谷江河，四川高原丛林，江苏偏僻寺庙，浙江荒野道观，还有陕西等地。他们穿着袈裟，捧着陶钵，昼不得食，夜不得宿。
建文帝最大的享受，就是偶尔到原属下家里暂避，比如今苏州吴江史彬家。他先后去过四次。
第一次，建文帝刚逃出宫不久，史彬全家既恭敬又惊吓，接待逃亡的建文帝一行，把他住的小院改名为水月观，建文帝还亲笔撰文。刚住几天，礼部行文州县，严查建文帝下落。建文帝一行仓促星散，另行逃亡。
第二次到史彬家，建文帝着破衣烂衫，黑瘦憔悴，不堪入目，住留三天，匆匆离去。
中间有个插曲。工部尚书严震直奉使安南，竟然在云南山里的路上与建文帝相遇，两人相对而泣。建文帝说：“何以处我？”（你将怎么处置我？）严震直回答：“上从便，臣自有处。”（您随便，我自有办法。）后来，严震直吞金自杀。
建文帝在云南白龙山搭个草庵，非常狼狈，见史彬来看他，就问：“你们有没有带来地方特产？”因为史彬是苏州人，从小在南京长大的建文帝很喜欢史彬带来的苏州特产，吃过之后，建文帝说：“不食此味，已三年矣！”
第三次，永乐二十二年（1424年），建文帝与史彬在旅店相遇，史彬告诉他，朱棣已经死于榆木川，建文帝很高兴，就和史彬一同来到史彬家。
第四次，又过了十年，宣德九年（1434年）五月，建文帝再到史彬家，这时史彬已死，建文帝悲悼了很久才离去。
到正统五年（1440年），建文帝已经在外颠沛流离三十八年，从二十六岁的青年成为六十四岁的老人。当年抢夺他皇位的叔叔永乐帝及其儿子洪熙帝、孙子宣德帝都已去世，在位皇帝是建文帝的侄孙正统皇帝了。所以他下定决心，要回到宫里养老。
这个消息传到皇宫，御史秘密报告明英宗正统皇帝。皇帝派曾经侍奉过建文帝的太监吴亮秘密探望。建文帝见到吴亮就问：“你是吴亮耶？”吴亮答：“不是。”建文帝说：“我以前到便殿，你伺候进餐，掉了一片鹅肉在地上，你手里拿着壶不方便，就用嘴把鹅肉舔掉，我说的对不对？”吴亮跪在地上痛哭。建文帝左脚趾有一个黑痣，吴亮找到这颗黑痣，更加证明此人就是建文帝。吴亮哭得抬不起头来，退下后自缢而死。这样，正统皇帝就把建文帝迎进西内宫殿（今北海公园西南处）。宫中人都称呼他为老佛爷，他以高寿终。
上面这段明朝建文帝按照朱元璋留下的神秘盒子的指引逃亡三十八年的故事，真像神话传说，但又不无依据，所以说这是皇宫秘闻：建文帝朱允炆的传奇。
总之，永乐帝在位二十二年间，一直在竭力寻找建文帝的下落。他派郑和下西洋的一个目的，便是寻找建文帝。后来派户科给事中胡濙（yíng）出巡各地，实际上遍行天下州、郡、乡、邑，秘密找寻建文帝。胡濙到永乐二十一年（1423年）才回京。当时永乐帝北征，胡濙一直追到宣府（今河北宣化），朱棣已经睡下，听说胡濙来到，急忙起身召见，两人谈到漏下四鼓，到后半夜胡濙才离开。朱棣北征回来后，就不再追查建文帝的下落。八个月后，朱棣去世。朱棣在位二十二年，也找了建文帝二十二年。
史学家说，很可能胡濙知道了建文帝朱允炆的下落，说他已经死了，或者不会给朱棣带来威胁。而朱棣如此执着地暗中寻访建文帝的下落，也从侧面证明了建文帝当年可能没有烧死在宫中。
那么，明朝当初的首都和皇宫都在南京，为什么要迁到北京呢？