促进物种灭绝
外来入侵物种通过竞争或占据本地物种的生态位，排挤本地物种，成为优势种群，使本地物种的生存受到影响甚至导致本地物种灭绝。在全世界濒危物种名录中的植物，大约有35％～46％是由外来生物入侵引起的。最新的研究表明，生物入侵已成为导致物种濒危和灭绝的第二位因素，仅次于生态环境的丧失。
我国1979年从美国引进了具有固沙促淤的互花米草，在福建沿海等地试种之后大规模推广。由于缺少天敌，互花米草在整个福建等地沿海地区大量蔓延，已成为沿海海滩的霸主，互花米草入侵海岸湿地导致鱼类、贝类因缺乏食物大量死亡，水产养殖业遭受致命创伤，而食物链断裂又直接影响了以小鱼为食的鸟类的生存。沿海滩涂大片红树林的死亡就是互花米草造成的恶果。
黑鱼，学名黑鳢，俗称为乌鱼。在中国，这只是一种普通的淡水鱼。但被无意带入美国后，引起不小的恐慌，甚至被称之为“地狱鱼”。由于黑鱼生性凶猛，大量捕食美国河流中的鱼类，而且繁殖力强，挤占本地水域中其他肉食鱼类的食物资源，使当地肉食性鱼类受到威胁。据美国媒体的报道，在黑鱼灾害最严重的马里兰州，一些河流中原本繁盛的鲑鱼已经绝迹。
扰乱生态秩序
在自然界长期的进化过程中，生物之间相互制约、相互协调，将各自的种群限制在特定的栖息环境，形成了稳定的生态平衡。这种关系在一定的地域内是相对稳定的，但如果遭到“外来生物”的干扰，脆弱的平衡就会被破坏。外来入侵物种给当地生态系统带来灾难性影响包括：外来入侵物种抢占本地物种的生态位，导致本地物种失去生存资源而萎缩甚至是物种灭绝，从而改变生态系统的物种组成；外来入侵物种通过形成大面积优势群落，降低物种多样性，使依赖于当地物种多样性生存的其他物种没有适宜的栖息环境，使整个生态系统食物链结构被破坏，最终结果是生物多样性被破坏，物种单一化；外来入侵物种改变环境条件和资源的利用方式，使生态系统的能量流动、物质循环等功能受到影响，而结构与功能相对应，原本平衡的生态系统物种结构被破坏后，系统失衡，原本的生态功能丧失，如调节气候、保持土壤、涵养水分、维持营养物质循环、净化环境、维持生态的稳定等生态功能丧失，从而导致一系列的生态安全问题。
给人类和动植物健康带来危害
画家笔下的欧洲鼠疫图生物入侵不仅仅侵占本地物种的生态位，而且常常产生有毒有害物质，或者入侵者本身就是病毒，严重影响当地人类和其他动植物的健康。
近几年来，严重影响国际经济的口蹄疫、疯牛病、禽流感等都是典型的生物入侵。进入21世纪，一系列的疫病开始在世界各地肆虐。首先是口蹄疫危机的爆发，在2001年一年内，英国共发现病例2030起，其间共有400多万头牲畜被屠宰，政府甚至动用了军队参与屠宰和掩埋。2005年5月我国北京、山东、江苏等地部分地区相继发生了亚洲I型口蹄疫疫情，政府及时启动防控口蹄疫应急预案，封锁疫区，扑杀牲畜，严格消毒，加强疫情监测，疫情才得到有效控制。2002年口蹄疫风波刚结束，欧洲乃至整个世界又陷入到疯牛病漩涡中。疯牛病是人畜共患的疾病，到2002年2月，全球发现疯牛病死亡者为114例，患者121例，目前疯牛病的死亡率是100％。有专家认为，到2020年，疯牛病患者可达几十万人，有可能威胁人类生存。2004～2005年，人禽共患的禽流感再次让人类恐慌，2005年7月到11月，全世界已有超过1.4亿只家禽染病死亡或遭扑杀，造成的经济损失高达100亿美元。世界卫生组织证实有125人染上禽流感，其中64人死亡。
除了疯牛病、口蹄疫外，古今中外由于有害生物危害人类健康和农业生物的安全，给人类带来的灾难都是十分沉痛的。公元5世纪下半叶，鼠疫从非洲侵入中东，进而到达欧洲，造成约1亿人死亡。麻疹、天花、淋巴腺鼠疫以及艾滋病严重影响人类健康的疾病，都是生物入侵的恶果。人类对热带雨林地区的开垦，为更多的病毒入侵提供了新的机会，其中包括那些以前只在野生动物身上携带的病毒，使许多新的非洲大蜗牛疾病在人类身上发生，如多年前袭击刚果等地的埃博拉病毒。
生物入侵除了直接导致人与动植物生存环境和健康遭受破坏外，有些外来入侵物种还通过释放有害物质来损害其他物种的健康。原产北美的豚草和三裂叶豚草现分布在我国东北、华北、华东、华中地区的15个省市。豚草的花粉是引起人类花粉过敏症的主要病原体，对人的健康危害很大，可造成过敏性哮喘、鼻炎、皮炎，每年同期复发，病情逐年加重，严重的会并发肺气肿、心脏病乃至死亡，这就是“枯草热”症。紫茎泽兰含有的毒素易引起马、羊的气喘病。
外来生物一旦入侵成功，即在本土快速生长、繁衍，改变本土生态环境，危害本土的生产和生活，造成巨大的经济损失。要彻底根除这些入侵物种极为困难，而且用于控制其危害、扩散蔓延的代价极大，费用极为昂贵。
生物入侵给生态带来的危害主要是通过以下3种方式实现的：1.与农业作物竞争生态位，带来疾病，增加生产成本，减少作物产量，带来直接经济损失。如水花生对水稻、小麦、玉米、红苕和莴苣5种作物全生育期引致的产量损失分别达45％、36％、19％、63％和47％。美洲斑潜蝇寄生在22个科的110种植物上，尤其是使蔬菜瓜果类受害严重，危害面积达100多万平方千米，每年防治斑潜蝇的费用需4.5亿元。松材线虫、湿地松粉蚧、松突圆蚧、美国白蛾、松干蚧等入侵害虫每年使150万平方千米左右的森林受灾。稻水象甲、美洲斑潜蝇、马铃薯甲虫、非洲大蜗牛等入侵害虫每年使140～160万平方千米农田受灾。2.外来入侵物种改变当地生境，带来一系列的间接经济损失，增加社会的生态成本。如水葫芦植株死亡后与泥沙混合沉积水底，抬高河床，使很多河道、池塘、湖泊逐渐出现了沼泽化，有的因此而被废弃，由此对周围气候和自然景观产生不利变化，加剧旱灾、水灾的危害程度；而且水葫芦植株大量吸附重金属等有毒物质，死亡后沉入水底，构成对水体的二次污染。3.治理入侵带来的恶果需要大量的经济支出。逆转生物入侵带来的破坏，修复其生态损害需要相当大的经济支持，而且是一个漫长的过程。20世纪50年代，我国大量引入的水葫芦疯狂繁殖，堵塞河道影响通航，严重破坏江河生态平衡，每年的打捞费用高达5～10亿元，造成经济损失近100亿元。
生态位
生态位是指一个种群在生态系统中，在时间空间上所占据的位置及其与相关种群之间的功能关系与作用。生态位概念不仅指生存空间，它主要强调生物有机体本身在其群落中的机能作用和地位，特别是与其他物种的营养关系。因此，在自然界中，亲缘关系密切、生活需求与习性非常接近的物种，通常分布在不同的地理区域、或在同一地区的不同栖息地中、或者采用其他生活方式以避免竞争。