垂帘听政名义上是两宫主政，但大清王朝的实际统治者、主宰者唯有慈禧一人。在长达二十年的共同主政期间，慈安与慈禧只在两件事上有过不快：一次是慈安命令山东巡抚丁宝桢诛杀慈禧宠爱的太监安德海；另一次是同治帝挑选皇后时，慈安与同治帝绑在一块，与慈禧唱反调，选中了她不喜欢的阿鲁特氏。此外，便无任何重大分歧与争执的记载，两人一直保持着相当融洽和谐的关系，这在中国古代后宫史上也极其少见。于是就有人发挥想象，说这种长期的平衡关系，主要是慈禧慑于咸丰帝临死前留给慈安太后的一纸诏书，他担心慈禧以子为贵、擅权跋扈、难以控制，命慈安在关键时刻亮出密诏，制服慈禧，将其处死。所以慈禧一直小心翼翼不敢躐等，虽长慈安两岁，但仍严守嫡庶之分称她为“姐姐”，一应政事明知慈安没有异议，事先也要请示一番，“恂恂不敢失礼”。其实，这正是慈禧的虚伪狡猾之处，是她工于心计的表现，所谓如达摩克利斯利剑般悬于头顶的密诏纯属子虚乌有。
然而，就在她们俩相安无事二十年之后的一天夜间，慈安突然身亡。
先是慈禧患血崩病卧床不起，这时的皇帝已由同治变为更加年幼的光绪，一应政事只得听由慈安一人打点。等到慈禧病愈之时，前一天还在召见军机大臣处理国事，身体并无半点异样的慈安却于二十四小时内暴病而卒。当然，清廷留下的官方记录只能是“正常病死”；而以民间视角观之，神秘的死亡与慈禧机诈、阴柔、残忍的个性结合在一起，自然要生发出许许多多的想象、猜测、怀疑与推论。于是，就有了慈禧逼迫慈安“吞鼻烟壶自尽”与慈禧暗下毒药杀死慈安这两个不同“版本”的传说。
到底是正常死亡，还是慈禧谋杀？专家、学者对此进行过许多合理的研究、分析与解释，大多认为慈禧没有必要毒死慈安，也就是说不具备充分的“作案”动机。但是，也没有无可争议的确凿凭据予以证伪，难以彻底驱散迷雾、解开疑团、廓清事实。
不论慈安属何种死亡，总之是对晚清的影响相当之大。尽管慈安清心寡欲不闻政事，也少有政治谋略与手腕，但只要她在世一天，就能多多少少地对慈禧构成一种无形的威胁与潜在的压力，不得不心存几分顾虑与忌惮。慈安逝世，哪怕木偶般的“摆设”也不复存在，纱帘后长期一左一右的并排格局变成了舍我其谁的唯一，直到此时，慈禧才真正实现了高高在上、唯我独尊的“远大理想”。
在中华帝国的版图上，慈禧就是主宰，就是真理，就是一切，只要愿意，她可以不受任何约束地为所欲为。
然而，她尚不能做到癞子打伞——无法无天的地步！
自哥伦布航海大发现以后，整个世界便不以个人意志为转移地向近代化、一体化过渡，封闭了几千年的古代中国被裹挟着不可避免地卷入其中，先进与腐朽、文明与野蛮、侵略与抗争进行着一场场血与火的殊死搏斗。作为满清帝国的主宰者、决策者与“发言人”，慈禧个人的一举一动关乎近代中国的发展进程与走向，受到西方列强的高度重视，只要不合乎他们所认可的标准与要求，就要对其进行规范与约束。
慈禧固执地以为，我在自己的国土行事，并没招你惹你，洋人凭什么多管闲事？据德龄《御苑兰馨记》所载，外国使节对中国内政的干涉常使得慈禧怒火中烧：“他们凭什么要对不起我呀？这又不是他们的国家，他们根本管不了我们的家事！我罚我的百姓还罚不起吗？我派到国外的外交大臣要是也批评他们的国事，他们的政府能喜欢吗……他们不喜欢我们的生活方式，但我们只要自己喜欢好了。他们不喜欢尽管可以离开，我们又从没有去请他们来。”举一个类似的例子，就好比家长惩罚自己的孩子，将他打得死去活来，邻居出面劝解，甚至呵斥、阻止，家长会觉得我毒打自己的孩子是天经地义的事情，外人凭什么指手画脚、说三道四、横加干预？对此，我们不能以粗暴干涉之类的语汇简单界定，这里面涉及教育方法、自由人权等许多复杂的问题，并非三言两语所能道清。
洋人的不时干涉弄得慈禧权威受挫、颜面受损，而西方列强又过于强大，她不得不忍气吞声，将怨恨压在心头。一直隐忍，长期压抑，发展到最后，慈禧终于在忍无可忍的情形下“拍案而起”，来了一个总爆发，丧失判断能力与个人理智地作出震惊中外的决定——同时向西方十一国列强宣战，要将所有洋人赶尽杀绝！
慈禧走向歇斯底里的狂怒失控状态，使得中华民族差点陷入亡国灭种的万劫不复深渊，这是一系列有着连锁反应的因果链，外力与内因多重合力长期作用的结果。
第二次鸦片战争时期，英法联军进军北京，慈禧极力劝阻咸丰帝逃奔热河，要他留在京城抗战到底；于英法谈判代表巴夏礼，她也极力主张杀掉；清廷与英法议和，签订《北京条约》时，慈禧“深以为耻，劝帝开衅端”……从慈禧早期的这些反应与表现来看，居于深宫的她虽熟谙政治权谋，但对西方的认识，仍跳不出传统的“蛮夷”观念，对清朝的综合国力及西方各国的情况根本就不了解，在很大程度上带有想当然及情绪化的味道，这种外交基调对执掌实权后的慈禧影响至深。
慈禧在辛酉政变中成为清廷的实际掌权者，因积极支持洋务的开明派代表人物奕訢与她为难，慈禧突如其来地对他作出革去一切差使的决定，洋人对此极为不满，处处干涉。1884年她五十岁生日之时，本想上上下下地庆祝一番，结果中法战争爆发，搅了她的好事，虽然耗银十一万两置办许多行头砌末，可哪里还有什么心情过生日？好不容易熬过十年，等到六十寿辰之时，六十花甲，一个十分吉利的圆满数字，这回无论如何要举国同庆了。两年前就专门成立了生日庆典处，慈禧要将六十寿诞搞成一个全国性的大型活动，以颐和园为中心举行盛大典礼，从紫禁城到颐和园分设六十处景点，建造各种形式的龙棚、经坛、戏台、牌楼和亭座，每处预算耗银四万两。正当庆典紧锣密鼓地准备之时，没想到向来就不放在眼里的岛国日本也来凑热闹，竟敢跑上门来与堂堂的大清帝国叫板。
慈禧怒不可遏，洋人一直欺负咱们因为实在打不过人家就算了，可一个小小日本也想占便宜，岂非不自量力挨揙欠揍吗？慈禧一气之下，就想好好地教训教训日本这龟孙子养的，“不准有示弱语”。清廷积弊，没想到军队也积弱得不堪一击，无论是海战还是陆战，频频传来的消息除了失利，就是失败。眼看胜利无望，如若继续下去，战事旷日持久，必将影响六大庆典。慈禧心中，个人寿诞比国家战争更为重要，是满清朝廷压倒一切的头等大事。其实，日人开战，正是觑准了慈禧的要害与软肋：“今年慈圣庆典，华必忍让。”果不其然，慈禧一旦发现战争影响庆典的“苗头”，态度急转，由主战很快变为主和。为此，常有史家扼腕叹息，如果不是慈禧太后的六旬庆典从中作梗“捣蛋”，上下一心，集全国人力、物力、财力与日决一死战，鹿死谁手，还真难逆料。于是，战争的结局及此后的东亚势力格局，或许就此全面改写。
中日之战的失败耻辱彻底震醒了国人沉睡的迷梦，康有为、梁启超等人振臂一呼，一场学习、仿效西方的戊戌维新变法以前所未有的激进姿态亮相于十九世纪末的中国历史舞台。于维新变法这样牵一发而动全身的大事，没有当时已经“退居二线”的慈禧首肯，半步都不可能前行。但她于改革变法是有条件的，那就是“凡所实行之新政，但不违背祖宗大法，无损满洲权势，即不阻止”。还是因为权力，已经亲政的光绪帝基于急于求成的良好心愿，不顾一切地违反慈禧订立的二品以上官员由她任免的权力游戏规则，罢免了阻挠改革的属一二品大员的礼部六堂官，任命杨锐、刘光第、林旭、谭嗣同“在军机章京行走，参与新政事家”。此后，光绪又一而再、再而三地向慈禧的权力挑战。他请开懋勤殿以架空军机处，改变过去的施政体制，另立一个由维新派人士控制的新的权力机构，以达到架空慈禧的目的。
他准备聘用富有经验的外国政治家作顾问参与变法，召见日本前首相、明治维新元老伊藤博文。守旧派对此一片恐慌，认为“伊藤果用，则祖宗所传之天下，不啻拱手让人”……慈禧认为光绪的改革步子走得太快太远，一些事情做得出格过头，在短短的三个月时间就发布了二十七道重要诏书，最为关键的是，触及了她的地位，挑战她的实权，危及她的利益。慈禧先是冷眼旁观，“由他去办，俟办不出模样再说。”然后将光绪身边的得力干将撤职，使其成为真正意义上的“孤家寡人”，一点点地束缚他的手脚，最后决定重新“出山”，训政收权。慈禧虽为女人，却有着稳、准、狠的铁腕手段与凌厉风格，由她一手培养起来的光绪皇帝根本就不是她的对手，而维新派领袖康有为、梁启超等一班书生与她相比也非同一重量级别的“选手”。于是，慈禧一出手，光绪的权力立时被收回，维新派不是被抓就是出逃，顿时分崩离解。仅仅一百零三天的戊戌变法就此中途夭折，所有已经推行和即将推行的变法措施全部“冻结”终止。
一场轰轰烈烈的维新变法运动就这样无可挽回地失败了，而另一个影响中国近代历史进程的关键人物袁世凯却由此脱颖而出。维新派领袖看准了小站练兵成功、拥有七千多名新建陆军的袁世凯，决定用其对付守旧派，光绪下旨将他破格提拔为正二品级别的候补侍郎。一天深夜，谭嗣同在康有为等人的推举下拜访袁世凯，出示光绪密诏，命他诛杀直隶总督兼北洋大臣荣禄，带兵包围颐和园控制慈禧。一个众所周知的事实，就是袁世凯口头应允，而暗地里却出卖光绪，投靠慈禧太后。
然而，这又是一段显得扑朔迷离的历史，近来据专家根据大量文档、史实考证，袁世凯在没有卖身投靠之前，慈禧就已行动，将光绪从养心殿移居瀛台控制起来。袁世凯在慈禧已然警觉、荣禄预作防范的情况下，以驻防天津的区区七千兵力攻取北京围困颐和园捕杀太后，无疑以卵击石，对率兵举事不得不慎之又慎。夹在名正言顺的皇帝与执掌实权的太后之间，也真让袁世凯左右为难、举棋不定。其实，就当时的情形而言，袁世凯除了遵旨率兵举事惨遭失败、出卖光绪投靠慈禧这两条路外，还有第三种方案可供选择，那就是两边都不得罪，装聋作哑，没事似的像过去的老样子继续“埋头苦干”，光绪不会供出袁世凯，谭嗣同等维新派领袖肯定也不会出卖他。事实也正是如此，哪怕面对慈禧的严厉审问与呵斥，光绪帝一直都没有承认所谓的密诏之事，这也成了戊戌政变中一桩无法考证的悬案。
然而，袁世凯最终选择了背叛光绪。其实他走的是一着险棋，皇帝是名正言顺的主子，出卖光绪，一切利害关系姑且不论，仅在道德层面，便将自己变成了一名小人。时至今日，所有档案材料都已解密，各种史实相互证明，袁世凯的主动告密，的确发生在戊戌政变之后。然而，正是他的告密——“围园劫后说”使得慈禧咬牙切齿，怒不可遏，她一辈子都在耍弄别人，没想到由她一手扶植、培养的光绪帝却胆敢向她发难，且欲置她于死地。政变由此向前推进了一大步，慈禧的目的不再仅仅局限于收权主政，而是变本加厉地严惩不贷、否定一切。她立即下令处死捕获的戊戌六君子，缉捕康有为、梁启超等在逃的新党中坚人物，将移居瀛台的光绪帝囚禁起来，将侍奉光绪的二十多名太监不是处死就是从军，无一幸免。做完这一切，慈禧犹不解恨，索性一不做二不休，准备将光绪帝废掉。