从金田起义到攻占南京，仅用了两年多时间而已。而从武昌东下攻取南京，全程五百八十九公里，沿途十多座军事重镇，包括行军作战，总共只花了四十天，速度之快令人不可思议。然而，正是这势如破竹的背后，潜伏着诸多当时无法逆料的危机。
1851年3月23日，金田起义不过两个多月，在局势不甚明朗，前途一片迷惘之际，洪秀全就在东乡登极称王（天王），此后将这一天称为“登极节”，作为太平天国的六大节日之一，每年都要庆祝一番。9月25日攻占永安城后，更是颁布诏令，规定“小功有小赏，大功有大封”。12月17日，洪秀全举行封王大典，发布封王诏令：封杨秀清为东王，萧朝贵为西王，冯云山为南王，韦昌辉为北王，石达开为翼王，“以上所封各王，俱受东王节制”。过早封王，不仅树大招风，而且形成封建等级制度，带来腐化堕落、贪图享乐、追名逐利的负面效应。如果洪秀全能像朱元璋那样懂得一点韬光养晦之术，就会学学他的“高筑墙，广积粮，缓称王”政治策略，太平天国的结局必然有所改观。
洪秀全在一项移营动员令中曾明确提出建立“小天堂”的理念，至于具体建在哪里，太平天国高层领导人存在着一定的分歧，洪秀全的指向不明，颇有走一步看一步的味道；石达开在贵县训练教徒时高呼“一打南京，二打北京”；杨秀清的目光，则紧紧盯着南京（金陵）。当太平军在湖南益阳获得数千条民船，建立水营之后，领导层似乎达成了“专意金陵，据为根本”的志向。占据武昌之后，关于下一步的攻略计划，领导层又有过一番讨论与动摇，部分将领认为应该“遣兵道襄樊，北犯中原”，洪秀全也有将“小天堂”建在中原之意。而以杨秀清为代表的大部分将领则坚持东进，他们认为“金陵天府，饶富贵，宜踞为根本，徐图进取”。也就是说，先攻下南京作为大本营，然后再慢慢图谋发展。两种进攻方略，孰优孰劣，一时还真难判定。而实际结果是，太平军据守南京后不仅偏安一隅，难有大的发展作为，而且建立的“小天堂”长期成为一个无以摆脱的沉重包袱，最后遭致城破国亡的悲惨命运。
如果太平军挥师北上，以所向披靡之势迅速占领北京，不论当时的清朝统治者、冷眼旁观的西方观察家，还是后来研究太平天国的学者，都持赞同与肯定观点。太平天国奠都南京后派出一支仅有两万多人的北伐队伍，便能横扫江苏、安徽、河南、山西、直隶等地，行程数千公里，曾一度逼进距北京三百余里的保定，使得咸丰帝惊慌失措，一面加强京城防备，一面作好弃守逃跑的准备。如果没有定都南京的延宕，不给清军以喘息机会，数十万太平大军全力以赴直捣京城，真可谓囊中取物也。
令人遗憾的是，太平军不仅未能乘势攻取北京，而在进军南京之时，又忽略了武昌的重要战略地位，竟将它主动放弃，全军顺江东下。如果太平军分出一部分兵力守城，并不影响攻略南京。只要守住武昌，就可拥有武昌至南京的千里地带，以享有米粮仓之称的江汉平原之粮食，不仅可以保障天京的后勤供给，还能在版图上割裂清朝统治的完整性：“北兵不能渡江而南，两湖、两广、三江、闽浙之兵，不能渡江而北，章奏不克上达，朝命不能下宣。”一招不慎，错失良机，给日后带来许多意想不到的麻烦与损失。
就在太平军东下占领南京之时，各路清军也分头逼来，建立江北大营与江南大营，对南京形成夹击合围之势。因此，建都南京后首要军事任务，就是解除清廷南北两大军事营垒的威胁，将其彻底荡平，收到一劳永逸之效。而实际情形是，天京长期遭受清廷江南、江北大营困扰，每当太平天国有所作为之时，它们就在大本营牵制捣乱。太平天国从1853年建都天京，到1864年覆亡为止，清廷这一强大的军事压力与威胁一直相伴始终。
成功来得太顺太快，洪秀全、杨秀清等一班领导人被胜利冲昏了头脑，自我意识开始膨胀，以为“依揆情势，须俟三两月之间，灭尽妖清”。于是，在清廷不堪一击，胜利指日可待的欢歌声中，太平天国过于轻敌，仅只派出两万多人的北伐队伍，不足一万人的西征兵力，就想消灭尚有数十万之众的清军，从而夺取全国政权，简直乐观到了天真的地步，结果铸成一系列无法挽回的军事错误。
北伐失利，请求增援，洪秀全、杨秀清派出的援军又只一万余人。尽管太平军斗志昂扬、英勇善战，但数量太少，与清军几乎不成比例，无疑虎口投食。因此，北伐部队全军覆没在所难免。而西征军的情况也不美妙，后来虽不断增援，兵力达到四万，在湖北、湖南、江西、安徽等广阔战场取得了不少局部胜利，但就总体而言，也没有达到预期的战略目的。
北伐失败，西征失利，严重消耗了太平军的精锐部队与有生力量。1864年7月22日，李秀成兵败被俘，在《自述》中将北伐列为“误国之首”。
如果说洪秀全走向反清之路，最初动机不够纯粹，但当他超越个人恩怨之后，以建立人间天国为使命，便具有了为公不凡的性质与气概。他与太平天国其他领袖人物，也确曾以大无畏的反叛精神，进行过一番刻意改造现实的努力，但结果却总是背道而驰，令人慨叹深思不已。
太平天国是一个集宗教、军事、政治于一体的统治集团，先有宗教，尔后建立军队，由军队在血与火的攻伐中开辟根据地，从而建立世俗政权。
早在上帝会时，洪秀全就提出了“天下多男人，尽是兄弟之辈；天下多女子，尽是姊妹之群”的主张。金田团营，意味着宗教与军事合一。太平将士，特别是高级将领，都是举家入营，有的甚至全族团营，男女老幼随大部队一同行动。男女严格分营，即使夫妻也要分开，丈夫入男营，妻子归女营，小孩随母亲。一家人七日方能见面一次，哪怕这一周一次的见面，也有人监视，谈话要高声，不能私语，一切透明而公开，不存在任何个人隐私。分营制于起义之初，不仅便于调度，易于管理，适应当时的军事需要，也可保障家属安全，使得将士安心征战，还体现了天国兄弟姐妹相互平等、一视同仁的原则。上帝会早期成员以客家人居多，骨干成员洪秀全、杨秀清、萧朝贵、韦昌辉、石达开等都是清一色的客家人。客家人属中原移民，吃苦耐劳，耕读传家，女不裹脚。起事之地广西偏远闭塞，理学教化未能深入，底层妇女也不裹脚，被人称为“大脚蛮婆”。因此，最早团营的妇女少有生理束缚，她们与男人一样，也能挥刀舞枪，顽强地投入战斗。
太平军占领天京后，这一战时模式不仅严格执行，还掀起了分男行女行，入男馆女馆的高潮。上帝会认为两性关系不纯洁，必须严厉禁止，《天条书》第七条便是“不可奸淫”，而建立的军队政权更是将其绝对化，哪怕是正常的夫妻关系，也属禁止之列，带有浓厚的禁欲主义色彩。
而贵为天王的洪秀全以及其他诸王，与普通将士则形成鲜明对比。金田起义时，洪秀全就有十五名美妃；一年后的广西永安围城战时，已增至三十六人；在湖南道州，洪秀全又接纳何贡生“进献”的美女四人；攻占武昌，选民女“有殊色者六十人”；定都南京后，据有关资料统计，天王府内计有嫔妃一千一百六十九人，又因太平天国不设太监，所以府内另有一千二百名服役“女官”，二者相加，也就是说，天王府内共有两千三百六十九名女人供洪秀全一人驱使。当时的清咸丰帝总共也只有十八名嫔妃，还被人称为有声色犬马之癖。相形之下，王洪秀全可就比他“风光”多了。其他各王也拥有妻子多人，他们认为占有女人越多，就越显高贵。为了掩人耳目自圆其说，体现所谓男女平等的观念，太平天国诸王将便将所占女人改换名称，不再有妻妾之分，而是统一称妻。洪秀全的妻子多得连他自己也分辨不清，便以数码为序进行编号。他自称“天王洪日”，即太阳，那么妻子便是月亮了。他眼里的男女平等，就是将不可胜数的妻子统统称为月亮，封为“月宫”。
太平天国从广西一路打到南京，沿途征掳了不少女子，这些女子与早期女营将士一个最大区别，就是均有不同程度的裹脚。因此，女营的战斗力渐次丧失，除两广妇女外，大多只能做一些背米负盐、担水搓麻、收割稻麦、抬砖运土之类的活路。据统计，南京女馆中妇女人数最多时高达十四万，她们的生活起居受到严格管制，没有半点自由，生理遭到压抑，人性受到扭曲，不满与逃跑时有发生。
民众起初对太平天国抱以热忱欢迎的态度，曾有民谣颂道：“洪杨到，百姓笑，白发公公放鞭炮。三岁孩童扶马鞍，乡里大哥吹号角。”当太平天国不仅对将士及其家属实行分营制，对普通民众也按军营方式管理之后，老百姓实在难以忍受苛刻的天条约束，不由得成批逃亡。太平军进入南京时原有百姓八十万，九个月后，仅剩十五万，其中妇女十一万，老弱男子四万。也就是说，行动方便的男子差不多都跑了。
后来，男女分馆的负面作用越来越大，洪秀全不得不下令取消女馆制，准许男女配偶，并设立媒官专门管理。于是，新的规定“出台”了：凡男女十五岁以上至五十岁皆可“报名指配”，丞相许配女十人，国宗可配八人，其他职务“以次递减”，无职者也可配女一名，由媒官“掣签指婚”。在这一乱点鸳鸯谱的抽签制下，出现了“有老夫得女妻，童子获衰妇者”，且不准更换调配，于是，“贞女节妇自裁者，数千余辈，女馆遂空。”面对这种人为制造的婚姻悲剧，躲在深宫里的洪秀全很有可能并不知情；即使知之，恐怕也打动不了贵为天王的洪秀全的铁石心肠；即使打动，为时已晚，也于事无补。
太平天国的另一重大举措，就是实行圣库制，天下一切财物，“皆天父所有，全应解归圣库。”起义之初，大多会众就是冲着“公平”二字投奔而来，一切财物归公，然后平均分配。奠都南京后，圣库制更是得到了认真切实的贯彻执行，太平军士除大官外，士兵军佐藏银但凡超过五两，一律杀头；民间也不能私藏金银粮食，金银存在水西门灯笼巷的天朝圣库，粮食屯于丰备仓、复成仓、贡院三处。所有百姓都按太平军的军事化模式进行管理，按性别、年龄、特长、职业等分别编入诸匠营、百工营、女营、绣锦营、牌尾馆（或曰老民残废馆），然后一律实行不同等级，仅能够解决温饱的供给制度。
可普通军士百姓生产出来的物质，节衣缩食省下的财富，并没有成为天朝储备，而是供洪秀全、杨秀清、韦昌辉、石达开、李秀成等少数王侯挥霍享受。洪秀全刚刚进入南京，就开始大规模修建金碧辉煌的天王宫。不久被一场大火吞噬，又拆除明朝宫殿，利用其建材重新修造，竟比以前更加奢华。其他诸王也都建有王府，东王府周围六七里许，内有五层高楼。因太平天国没有设置中央政务机构，而由天王宫及诸王府分别行使权力，因此各王府的官员、杂役格外庞大。除洪秀全而外，杨秀清总揽行政军事大权，东王府的官员杂役多达3564人。北王韦昌辉、翼王石达开所修王府规模虽小于天王、东王，但府内均设有六部，只是官阶有所降低，人数相对减少而已。这些成百上千名官员，真正从事政务者极少，大多都是服侍的差役。比如杨秀清出门参加一个迎神赛会，前赴后涌的仪仗队伍就多达数千人。由此可见，圣库制的设立，就是榨取军士血汗，聚敛百姓财富，专为高层领导服务，正所谓“破万人之财，聚一人之财”。