制作熏制的水产品原料一般采用鲜鱼，特殊情况下冻鱼和盐藏鱼也可做原料。且原料大多采用含脂肪量较高的鱼类，但也不宜太高，一般冷熏的原料鱼含脂量为7％～10％，温熏的为10％～15％。常用的熏制方法主要有以下六种。
（1）冷熏法。冷熏法是将熏室的温度控制在蛋白质不产生热凝固的温度区（40℃以下），进行较长时间熏制的方法。这是一种烟熏与干燥（实际上还包括腌制）相结合的方法。为了防止熏制期间的变质，采用盐溶液盐渍，产品的保藏期与产品盐浸程度、熏制的时间、脱水的程度等因素有关。主要冷熏的鱼类为：鲑鳟类和鲱鱼、鳕鱼类及远东多线鱼等。
（2）温熏法。熏室温度控制在较高的温度（30℃～80℃），进行较短时间（3～8小时）熏制的方法为温熏法，目的是使制品具有特有的风味。在60℃以上温度区加热时，原料肉的蛋白质将产生热凝固，可常温或低温保藏。保藏期的长短与鱼的种类、产品的含盐量等有关，但一般不应超过7天。温熏的主要原料有鲑鱼、鳟鱼、鲱鱼、鳕鱼、秋刀鱼、沙丁鱼、鳗鲡、鱿鱼、章鱼等。
（3）热熏法（调味熏制）。热熏的熏制温度较高，一般为120℃～140℃，熏制时间为2～4小时。制品水分含量较高，保藏期短，保藏期与鱼的种类、产品的含盐量等有关。
（4）液熏法。液熏法就是利用熏液代替木材进行熏制的过程。熏液主要是以天然植物（如枣核、山楂核）为原料，经干馏、提纯精制而成。液熏熏制的产品的保质期可根据各参数的变化（产品的水分含量、产品的含盐量、产品的熏制程度等）而长短不一，一般为7～60天不等。
（5）电熏法。将食品以每两个组成一对，通以高压电流，食品成为电极产生电晕放电。带电的熏烟即被有效地吸附于鱼体表面，达到熏制的效果。但由于食品的尖突部位易于沉淀熏烟成分，设备运行费用也过高，故电熏法尚未普及。
（6）注射熏制。注射熏制是近几年发展起来的新型熏制方法。注射熏制主要是以注射的方式将熏液注射到鱼肉中，并随即进行电加热过程。