母种是一级种，是生产其他菌种类型的原始种。母种一般以玻璃试管作为容器，菌丝生长在斜面培养基上，因此又叫试管种。母种要求纯度高、质量好，一般生产单位均从有信誉的科研单位购置母种，然后再转管扩大培养。
优良平菇母种的特征：在同一种培养基上具有原菌株的菌落形态特征，无病虫杂菌感染，菌丝洁白、浓密、粗壮、生长整齐、有光泽、匍匐状、气生菌丝发达，多的可布满试管空间，不产生色素，爬壁能力强。接种块周围无菌丝稀疏区。菌丝生长较快，适宜条件下在马铃薯琼脂培养基上7～10天可长满，低温保存能产生珊瑚状子实体原基。耐高温，短时间在34℃下正常生长。菌龄掌握在菌丝刚长满斜面即用于扩接原种或继代培养。
有些菌株在28℃以上培养或培养时间过长时，气生菌丝顶端会变成橘红色或分泌浅黄色的液体，对生产原种无影响，但不能再转管扩大培养。有些菌株气生菌丝过多，形成很厚的菌被，将试管壁包满的是老化或多次转管的菌种，不宜使用。