至景寿身为国戚，缄默不言，穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛于载垣等窃夺政柄，不能力争，均属辜恩溺职。穆荫在军机大臣上行走最久，班次在前，情节尤重。该王、大臣等拟请将景寿、穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛革职，发往新疆效力赎罪，均属咎有应得。准以载垣等凶焰方张，受其钳制，均有难与争衡之势，其不能振作，尚有可原。御前大臣景寿，著即革职，加恩仍留公爵并额驸品级，免其发遣。兵部尚书穆荫，著即革职，加恩改为发往军台效力赎罪。吏部左侍郎匡源、署礼部右侍郎杜翰、太仆寺卿焦佑瀛，均著即行革职，加恩免其发遣。钦此。
这道谕旨，首先昭示了以载垣、端华、肃顺为首的赞襄政务八大臣的几大罪状，其次说明了对八大臣定罪的过程，最后公布了对八大臣惩处的决定。这是两宫太后和奕集团对肃顺集团主要政敌组织处理的最高的也是最终的决策。谕旨的公布说明了对顾命八大臣处理已经基本结束。
罪状分两部分，一部分是载垣、端华、肃顺三人共同的。有三条：
第一条，假传谕旨，造作赞襄名目，并无令其赞襄政务之谕。
第二条，诸事并不请旨，擅自主持，不尊两宫太后之面谕。
第三条，反对垂帘，当面咆哮，目无君上。且言不可召见亲王。
这三条，以第一条为最严重。但是，这不是历史事实。当时咸丰帝确实曾传谕旨命载垣、端华、肃顺等八位王大臣“尽心辅弼，赞襄一切政务”。档案记载，言之凿凿。后来御史钟佩贤请将载垣等所谓伪造擅改的谕旨尽行销除。但两宫太后担心如果一旦销毁，“又恐无以示将来而惩罪案” ，因此，原件保留了下来。至于抗拒垂帘，是合乎清代祖制的。“因清代家法，不许母后专政，凡冲主御极，若顺治时之摄政王，康熙时之辅政大臣，均未有垂帘之事。” 所以，顾命八大臣反对两宫太后垂帘不应构成罪状。以上两条，全是罗织罪名，以置载垣，端华、肃顺于死地。
另一部分罪状是单指肃顺。所谓擅坐御位，擅用御物，出入自由，挑拨两宫等罪状，其实是欲加之罪，何患无辞？这是鸡蛋里挑骨头，是必欲置肃顺于死地而后快。
当天，载垣、端华自缢而死。肃顺也被押赴刑场。薛福成记道：“肃顺以科场、钞票两案，无辜受害者尤多，都人士闻将杀肃顺，交口称快。其怨家皆驾车载酒，驰赴西市观之。肃顺身肥面白，以大丧故，白袍白靴，反接置牛车上。过骡马市大街，儿童欢呼曰：‘肃顺亦有今日乎！’或拾瓦砾泥土掷之。顷之，面目遂模糊不可辨云。将行刑，肃顺肆口大骂，其悖逆之声，皆为人臣子者所不忍闻。又不肯跪，刽子手以大铁柄敲之，乃跪下，盖两胫已折矣。遂斩之。” 这三人成了这次政变的牺牲品。
御前大臣景寿，著即革职，加恩仍留公爵并额驸品级，免其发遣。兵部尚书穆荫，著即革职，加恩改为发往军台效力赎罪，吏部左侍郎匡源、署礼部右侍郎杜翰、太仆寺卿焦佑瀛，均著即行革职，加恩免其发遣。对这五人，基本上是从宽处理的。
此外，又处分了吏部尚书陈孚恩、吏部右侍郎黄宗汉。陈孚恩与肃党关系密切，咸丰帝死后，在京满汉大臣中只命陈孚恩一人赴热河行在奔丧。查抄肃顺家产内，发现不少陈孚恩亲笔书函，中有暗昧不明之语。可见，陈孚恩是肃顺一党的心腹。黄宗汉在咸丰帝召见时力阻回銮，咸丰帝梓宫回京时，他又力阻，意在迎合载垣等。因此，谕旨将陈孚恩、黄宗汉均予革职，永不叙用。同时查抄陈孚恩的家产，将其发往新疆效力赎罪，并收回道光帝为陈孚恩的御书“清正良臣”的匾额，收回咸丰帝为黄宗汉的御书“忠勤正直”的匾额。侍郎刘昆，侍郎成琦，太仆寺少卿德克津太，候补京堂富绩，因与载垣等或来往密切，或由其保举为官，或拜认师生，因此均行革职。
此外，又处置了同肃顺交结较密的总管太监杜双奎、袁添喜、王喜庆三人等及太监张保桂、刘二寿等。
这时北京的气氛相当紧张。与肃顺等有正当来往的王公大臣们也感到压力很大。甚至连睿亲王仁寿和醇郡王奕也连忙上一奏折，意在表明自己清白。十月二十一日，睿亲王仁寿和醇郡王奕等七位王大臣上一《奏前议郊祀配典并非附会载垣之意折》 ，说明了他们前一奏折和现在奏折有矛盾之处是受陈孚恩的蒙蔽，并不是有意附会载垣。从中不难看出，当时查办之激烈，气氛之紧张，甚至连仁寿、奕这样的奕党人也要加以剖白了。当然，这是他们的多虑。事实上，慈禧在谕旨中一再申明要讲政策，不兴大狱，十月七日谕旨对载垣等三人所属诸臣说明：“何能与之绝无干涉，以后朕惟以宽大为心，不咎既往。尔诸臣亦毋许再以查办党援等事纷纷陈奏，致启讦告诬陷之风。” 在十月十八日的从重惩办太监杜双奎的谕旨上再次申明：“此外自无庸再事诛求，以昭宽大。”
而最得人心之举是烧毁从肃顺家中查抄来的账目及书信。十月二十九日谕旨再次申明：
因思载垣、端华、肃顺权势薰灼，肃顺管理处所尤多，凡内外大小臣工赠答书函，均恐难与拒绝，当兹政令维新，务从宽大。自今以后，诸臣其各涤虑洗心，为国宣力。朕自当开诚相待，一秉大公，断不咎其既往，稍有猜疑。所有此次查抄肃顺家产内账目书信备件，著议政王、军机大臣即在军机处公所公同监视焚毁，毋庸呈览，以示宽厚和平，礼待臣工至意。
这一出人意料的举动产生了极好的反响，变人人自危为个个感恩。两宫太后，尤其是慈禧的大政治家风度可见一斑。
总之，这一大的政变，处理得十分圆满。原顾命八王大臣，处死三人，处分五人；与其关系密切的处理了陈孚恩等六人，太监五人，共计十九人。这与肃顺办理之戊午科场案动辄处分牵连数百人，不可同日而语。政变从发动到处理完毕，也只约一个月时间。时间之短促，也足令人吃惊。《慈禧外纪》评：“慈禧恢廓大度，出之以宽恕。训政之初，即定为首者之罪，其余一概不问，以免株连，因之人人称颂，以得宽大美名。” 这是符合当时实际的。又说：“揣太后之意，苟己之目的达，地位固，则不妨示以宽容。即如载垣一案，太后深知载垣不得京中大员之助，决不能如此胆大。但太后虽明知同谋者多，苟非罪状大著，公然抗逆，则宁藏铁腕于剪绒手套之中，而不施行于外。因之遂得仁慈圣母之名，京中人民，尤称颂不已。太后性情，宽严并施，此等美称，实非溢誉也。” 慈禧因处理得法，得到了朝野的称颂。她一箭双雕，既夺得了大权，又博得了美名。她的真实的面孔被姣美的外貌暂时掩盖起来。但未来的政治体制取何种形式则是她最关心的。
第九、一次垂帘
垂帘听政，紧握皇权，是慈禧追求的目标，也是这次政变要达到的目的。
某军机章京在《热河密札》中把太后钤印和八大臣赞襄政务的政治体制美化为“垂帘辅政，兼而有之”，似乎这一政治体制已经实现了太后垂帘听政了。
邓之诚也这样认为：“既已看折（咸丰十一年十月初五日谕云，载垣等言臣系赞襄皇上，不能听命于皇太后，即请皇太后看折亦为多事），召见军机（咸丰十一年九月三十日谕云，特召见载垣等八人），且以朱代笔（吴庆坻《焦廊脞录》一云，凡应用朱笔以印代之，母后用御赏印，印起；上用同道堂印，印讫），即无异垂帘。所不同者惟不召见外臣（咸丰十一年九月三十日谕云，载垣等肆言不应召见外臣，擅行拦阻），是何必争，观董疏皆以别简亲王与垂帘并请，始悟所争在此不在彼矣。” 就是说，两太后原先就已垂帘，政变所要解决的不是太后垂帘的问题，而是别简亲王辅政。
两宫太后真的原先就实现了垂帘了吗？不是的。垂帘与否不是看形式，而是看实质，即看权力真正掌握在谁的手里。当时的权力完全控制在八大臣手中，两太后只是钤印的傀儡而已。两太后只有垂帘之名，而无听政之实。因此，既不是什么“兼而有之”，也不是什么“无异垂帘”，而是八大臣代行皇权。对这种被人操纵、任人摆布的政治体制，两宫太后，尤其是慈禧，是极不满意的。她们想实行控握皇权的真正的垂帘听政。
慈禧借董元醇上疏之机作了顽强的抗争。但由于她们驻跸热河，远离京师，处在肃党包围之中，孤儿寡母，身单力薄，斗不过八大臣，不得不暂时屈从。但是，她们须臾不曾忘记此事，静待时机，以求一逞。
此时，在恭亲王奕的策划下，统带重兵的胜保和资深重臣大学士贾桢等各上一奏折。九月二十八日胜保上一“奏请皇太后亲理大政并简近支亲王辅政折”，内称：“为今之计：非皇太后亲理万机，召对群臣，无以通下情而正国体；非另简近支亲王佐理庶务，尽心匡弼，不足以振纲纪而顺人心。” 九月三十日，大学士贾桢、大学士周祖培、户部尚书沈兆霖、刑部尚书赵光上一“奏清皇太后亲操政权以振纲纪折”，内称：“为今计之，正宜皇太后敷中宫之德化，操出治之威权，使臣工有所禀承，命令有所咨决，不居垂帘之虚名，而收听政之实效。”
一外一内，一武一文，内外结合，文武兼备，造成了中外臣工共同吁请皇太后垂帘听政的声势。
顺理成章，水到渠成，两宫太后借皇帝名义于贾桢等上疏的同日向内阁明发一上谕：
本日据贾桢、周祖培、沈兆霖、赵光奏政权请操之自上并皇太后召见臣工礼节及一切办事章程，请饬廷臣会议，并据胜保奏请皇太后亲理大政并另简近支亲王辅政各一折。著王、大臣、大学士、六部、九卿、翰、詹、科、道，将应如何酌古准今，折衷定议之处，即行妥议以闻。钦此。
就是说，慈禧正式谕令王、大臣会议商定如何垂帘听政，并把结果据实速报。