皇驾归期在即，奕在紧张地准备着。热河的肃顺看轻了奕党人。有一次，他对军机章京曹毓瑛说：“若所行事，我审之稔矣。回銮后再究其是非可耳。” 即是说，等回京后再找你算账。曹毓瑛表面服从，但“暗以诸人骄蹇状报” 。奕得到情报后，立即在军事上作了部署。他把两宫太后的旨意密传给了步军统领仁寿、统神机营都统德木楚克札布及前锋护军统领存诚、恒祺。同时，发出密信，告胜保迎驾。又密示钦差大臣袁甲三、陕西巡抚瑛棨在吊唁折中，写上“两宫听政同篡先帝遗烈”的话。肃顺等阅后感到得到了封疆大吏的支持，愈发“心满志得”。
顾命八大臣以为大权在握，处在控握全国最高领导权的狂热的兴奋之中，弹冠相庆，互道珍摄。他们认为“事势大局已定，似不致另生枝节”，“循此不改，且有蒸蒸日上之势” 。这虽是肃顺一党的某军机章京密札里的话，足可以代表肃顺党人的观点。这说明他们对整个局势缺乏足够的分析。当然，他们之中的某些人也有不同。如郑亲王端华“有郁郁意”，对形势有忧虑感。杜翰也在致王祖源信中说：“默考时局，变故正多。”他担心会出现汉代吕后、唐代武则天式的女强权人物。不过，他们不起主导作用。起主导作用的肃顺却轻视政敌。这就为他们遭到突然袭击埋下了祸根。
第七、两宫掌权
九月二十三日（10月26日），咸丰帝的灵柩启行回京。临行之前，内廷各妃嫔来到两宫太后前辞行。两宫太后流着眼泪说道：“若曹幸自脱，我母子未知命在何所，得还京师相见否？” 凄凄惨惨，哀哀切切，真真假假，虚虚实实。她们感到前途险恶，吉凶未卜。
回程的队伍分两路。一路是两宫太后和幼帝的队伍，由间道先行，载垣、端华、景寿、穆荫各大臣扈从；另一路是梓宫队伍，自大路后发，由肃顺、仁寿、奕、陈孚恩、宋晋等扈从。睿亲王仁寿、醇郡王奕负有监视肃顺的使命。这样安排对两宫太后是非常有利的，为她们适时发动政变创造了难得的契机。《十叶野闻》记道：“时慈禧既得慈安之助力，而来恭王等之强有力者，知势已占胜，遂命舁帝榇启行，疾趋京师，欲先一日抵京，发肃顺等之罪。” 看起来，先一日到达京师，是慈禧太后的主意。
当天，早晨行启灵礼。两宫太后和幼帝到梓宫前奠酒。辰时（早7时-9时），两宫太后和幼帝目送梓宫出热河行宫的丽正门，然后乘轿至喀拉河屯传膳，稍坐一会，等梓宫至芦殿，升服，幼帝乘轿至梓宫前奠奶茶。 启灵礼后，这一路就急匆匆地往北京进发了。
两宫太后的担心不是没有道理的，路上并不平静。据说，肃顺害怕慈禧先到京师于己不利，曾密令怡亲王载垣的侍卫兵在护送后妃途中，将慈禧等“杀之”。但是，胜保的迎驾，以及“荣禄以兵队至，预防其变，肃顺等遂不敢动” 。
经五天行程，于二十八日，两宫太后和幼帝一行抵达京郊石槽，立即“召见恭王” 。
二十九日未正一刻（13时-15时），慈安太后同幼帝同乘黑布轿在前，慈禧太后单乘黑布轿在后，到达北京德胜门外。留京的全体文武大臣，均身着缟素，翻穿珠补褂先期排班在道边跪迎。心事重重的两宫太后在接受了他们的请安之后，便急速入城回宫，未及休息，于昨日召对后又迫不及待地单独召见奕。这是两次极为重要的召见。《翁文恭公日记》特加一笔：“恭邸前日昨日均召对。” 这两次召见，两宫及奕共同分析了政治形势，沟通了双方信息，商议了政变步骤，敲定了发动时间。其中心议题是如何抓住战机，突然出击。
三十日（11月2日），两宫太后召见恭亲王奕及大学士桂良、周祖培、贾桢、侍郎文祥等。这些大臣都是奕党人。两宫太后边痛哭流涕，边“缕述三奸欺藐之状” 。《翁文恭公日记》记道：“闻周相国（按指周祖培）昨日召对时，两宫历数载垣、端华、肃顺三人种种欺罔跋扈状，真堪发指。” 这说明，依照与奕商定的计划，两宫首先发难，表明政治态度，矛头直指顾命八大臣，尤其为首的载垣、端华和肃顺等三人。
周祖培老谋深算，此时已得到奕的“讽示”，心中有数，便直言奏道：“何不重治其罪？”
两宫太后明知故问：“彼为赞襄王大臣，可径予治罪乎？”
周祖培立上一计：“皇太后可降旨先令解任，再予拿问。”
两宫太后心想，正合吾意，急答：“善。”
这时，两宫太后便拿出由奕于九月十八日在热河拟就的谕旨，交给奕，当众宣示，全文如下：
咸丰十一年九月十八日，内阁奉上谕：
谕王公百官等：上年海疆不靖，京师戒严，总由在事之王、大臣等筹画乖方所致。载垣等复不能尽心和议，徒以诱获英国使臣以塞己责，以致失信于各国。淀园被扰，我皇考巡幸热河，实圣心万不得已之苦衷也。嗣经总理各国事务衙门王、大臣等，将各国应办事宜妥为经理，都城内外安谧如常，皇考屡召王、大臣议回銮之旨，而载垣、端华、肃顺朋比为奸，总以外国情形反覆，力排众论。皇考宵旰焦劳，更兼口外严寒，以致圣体违和，竟于本年七月十七日龙驭上宾。朕抢地呼天，五内如焚。追思载垣等从前蒙蔽之罪，非朕一人痛恨，实天下臣民所痛恨者也。朕御极之初，即欲重治其罪。惟思伊等系顾命之臣，故暂行宽免，以观后效。孰意八月十一日，朕召见载垣等八人，因御史董元醇敬陈管见一折，内称，请皇太后暂时权理朝政，俟数年后朕能亲裁庶务，再行归政；又请于亲王中简派一二人，令其辅弼；又请在大臣中简派一二人，充朕师傅之任。以上三端，深合朕意。虽我朝向无皇太后垂帘之仪，朕受皇考大行皇帝付托之重，惟以国计民生为念，岂能拘守常例？此所谓事贵从权。特面谕载垣等，著照所请传旨。该王、大臣奏对时，哓哓置辩，已无人臣之礼，拟旨时又阳奉阴违，擅自改写，作为朕旨颁行，是诚何心？且载垣等每以不敢专擅为词，此非专擅之实迹乎？总因朕冲龄，皇太后不能深悉国事，任伊等欺蒙，能尽欺天下乎？此皆伊等辜负皇考深思，朕若再事姑容，何以仰对在天之灵？又何以服天下公论？载垣、端华、肃顺著即解任，景寿、穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛著退出军机处。派恭亲王会同大学士、六部、九卿、翰、詹、科、道将伊等应得之咎，分别轻重，按律秉公具奏。至皇太后应如何垂帘之仪，著一并会议具奏。特谕。钦此。
这道谕旨实是两层意思。第一层是解除赞襄政务王大臣的职务。为此，宣布了他们的三大罪状：（一）筹画乖方，失信各国，咸丰帝被迫巡幸热河；（二）三奸交结，为阻回銮，致使咸丰帝圣体违和，龙驭上宾；（三）阳奉阴违，擅改谕旨，反对垂帘。因此，将载垣、端华、肃顺解任，命景寿等五人退出军机处。第二层是命奕会议两宫太后如何垂帘。谕旨已明白宣布“虽我朝向无皇太后垂帘之仪”，但是“岂能拘守常例”？强调“事贵从权”，即要面对现实。规矩是人制定的。老祖宗没有这样做，不等于我慈禧不能做。
谕旨是在赞襄政务王大臣不在场的情况下宣布的。刚宣读完，载垣、端华就闯入宫内，一见奕等王大臣都在内，颇感意外，大声质问道：“外廷臣子，何得擅入？”奕冷静地答道：“皇上有诏。”载垣、端华竟然说两宫太后“不应召见”奕等。两宫太后极为愤怒，立命传下另一谕旨，当然，这都是事先准备好了的，谕旨如下：
咸丰十一年九月三十日，奉上谕：
前因载垣、端华、肃顺等三人种种跋扈不臣，朕于热河行宫命醇郡王奕缮就谕旨，将载垣等三人解任。兹于本日特旨召见恭亲王，带同大学士桂良、周祖培、军机大臣户部左侍郎文祥，乃载垣等肆言不应召见外臣，擅行拦阻。其肆无忌惮，何所底止！前旨仅于解任，实不足以蔽辜。著恭亲王奕、桂良、周祖培、文祥即行传旨：将载垣、端华、肃顺革去爵职拿问，交宗人府会同大学士、九卿、翰、詹、科、道严行议罪。钦此。
因阻拦两宫太后召见，而罪加一等，由原来的解任而升为夺去爵职拿问，并交宗人府严行议罪。
恭王捧诏宣示，载垣、端华二人厉声质问：“我辈未入，诏从何来？”恭王将头轻轻一摆，示意侍卫将他们二人拿下。二人大声喝道：“谁敢者！”侍卫数人上前摘去二人冠带，拥出隆宗门。他们还看随从和肩舆在不在，人家告诉他们早就驱散了。二人知道大势已去，被押在了宗人府。
事不宜迟，与此同时，又下一道谕旨：
咸丰十一年九月三十日，奉旨：
著派睿亲王仁寿、醇郡王奕将肃顺即行拿问，酌派妥员押解来京，交宗人府听候议罪。钦此。
肃顺护送梓宫的队伍慢悠悠地才走到密云县。监视肃顺的仁寿和奕在接到谕旨后，连夜率兵砸毁大门闯入院内，听到肃顺在卧室内的詈骂声，又毁其卧室门，见肃顺正拥两个小妾在床上，就将肃顺捆将起来，肃顺骂道：“悔不早治此贱婢！” 把肃顺也押在了宗人府。肃顺看到载垣、端华，瞪大眼睛斥责道：“若早从吾言，何至有今日！”二人说：“事已至此，复何言！”载垣埋怨端华道：“吾之罪名，皆听汝言成之。” 肃顺早就策划去掉慈禧，但二人不同意。结果被慈禧所算计。吴相湘评道：“是肃顺殆早有去慈禧之计，未及行，而为人先所乘耶。”
两宫，主要是慈禧，和奕发动的这场惊心动魄的宫廷政变暂告结束。她们和他胜利了。其胜利有种种客观因素，但从主观上讲，行动之神速，策划之周密，间不容发，急如闪电，“尤有疾雷不及掩耳之势”，则是起了重大作用的。
第八、不兴大狱
两宫太后在奕集团的紧密配合下，一举击败了肃顺集团，取得了政变的决定性胜利，掌握了国家的最高统治权力。当务之急，是稳定人心，控制大局。这就必须奖励功臣，惩罚政敌。
控制大局的第一步是尽快组成新的领导班子，以免造成权力真空。新的领导班子的组成和奖励有功之臣是结合在一起的。
首先要奖励的是恭亲王奕。奕在这次政变中，运筹帷幄，弛张有度，上下联络，左右周旋，是个掌握政变进程的核心人物。而慈禧初涉政坛，缺乏经验，但她慧眼识人，胆略兼备，对奕，她用而不疑，付以重托，使奕放开手脚地去谋划，终使政变成功。这次政变，慈禧设谋在先，慈安听命于后。萧一山评道：“凡此皆那拉氏之谋，而元后但赞成之而已。” 慈禧与奕，配合之默契，堪称珠联璧合。因之，对奕，十月一日连发两道谕旨，一是授予议政王兼军机大臣，一是补授宗人府宗令。十月二日又连发两道谕旨，一是补授总管内务府大臣，一是著管理宗人府银库。两天之内，连发四谕。奕得到了除两宫太后和幼帝以外的几个最重要的职务。其中尤其是议政王这一头衔，使他明显地凌驾于其他诸王之上，成为两宫太后和幼帝之下的第一人。而宗人府位居内阁、六部之上，宗令是宗人府最高长官，是管理皇族内部事务的要职。宗令有权赏罚皇族成员。这就赋予了奕名正言顺地处分载垣、端华和肃顺的特权。总管内务府大臣是管理宫廷事务的最高长官，因接近皇帝，掌握实权。
其次要奖赏的是这次政变的有功人员。发布上谕，任命大学士桂良、户部尚书沈兆霖、户部右侍郎宝鋆，均著在军机大臣上行走。原为军机大臣的户部左侍郎文祥，仍在军机大臣上行走。而在这次政变中功劳卓著的鸿胪寺少卿曹毓瑛，著在军机大臣上学习行走。这样以恭亲王奕为首的新的军机处组成了。
控制大局的第二步是处罚肃顺集团的有关人员。当时有位少詹事许彭寿上一奏折密陈查办党援。他提出应做的四件事，一是门禁宜加严也，二是产业宜从速查抄也，三是党援宜严密查办也，四是狱囚宜省释也。其核心思想是从严查办肃党的有关人员，从速查抄肃党的家产。但是，慈禧和奕并没有采纳他的奏折中的一切从严的指导思想，而是分清情况，区别对待，宽严结合，不兴大狱。
对首要分子肃顺从严处理。十月二日和三日连发两道上谕，查抄了肃顺在热河和在北京的所有家产。同时慈安和慈禧传下谕旨，命恭亲王奕会同大学士、六部、九卿、翰、詹、科、道会议，对载垣、端华、肃顺如何处置，分别轻重，秉公具奏。因载垣等三人是皇族，要依宗人府条例处置。而宗人府有一条优待皇族的法律，即自王以下至宗室，非叛逆重罪，不拟死刑，不禁刑部。这就给处置载垣等三人带来了困难。因此久议不决。甚至如奕集团的谋士之一李慈铭者，反而趋向减轻对三人的处罚，并劝潘祖荫代为上书，潘祖荫拒绝了他的提议。在这种情况下，熟谙刑律的刑部尚书赵光和其他一些御史抗论，坚决主张以大逆谋反罪，对三人处以极刑。李慈铭记道：“主原议者，刑书赵光，及诸御史也。”这样经几天争论，便统一了认识，于十月六日诸王公大臣共上一道奏折。当日便发下一遭谕旨：
咸丰十一年十月初六日，内阁奉上谕。宗人府会同大学士、六部、九卿、翰、詹、科、道等定拟载垣等罪名，请将载垣、端华、肃顺照大逆律凌迟处死等因一折。载垣、端华、肃顺朋比为好，专擅跋扈，种种情形，均经明降谕旨，示知中外。至载垣、端华、肃顺于七月十七日皇考升遐，即以赞襄政务王、大臣自居，实则我皇考弥留之际，但面谕载垣等立朕为皇太子，并无令其赞襄政务之谕。载垣等乃造作赞襄名目，诸事并不请旨，擅自主持，即两宫皇太后面谕之事，亦敢违阻不行。御史董元醇条奏皇太后垂帘等事宜，载垣等非独擅改谕旨，并于召对时有伊等系赞襄朕躬，不能听命于皇太后，伊等请皇太后看折，亦系多余之语。当面咆哮，目无君上情形，不一而足。且每言亲王等不可召见，意存离间。此载垣、端华、肃顺之罪状也。肃顺擅坐御位，于进内廷当差时，出入自由，目无法纪，擅用行宫内御用器物，于传取应用物件，抗违不遵，并自请分见两宫皇太后，于召对时，词气之间，互有抑扬，意在搆衅。此又肃顺之罪状也。一切罪状，均经母后皇太后、圣母皇太后面谕议政王、军机大臣，逐款开列，传知会议王、大臣等知悉。
兹据该王、大臣等按律拟罪，请将载垣、端华、肃顺凌迟处死，当即召见议政王奕、军机大臣、户部左侍郎文祥、右侍郎宝鋆、鸿胪寺少卿曹毓瑛、惠亲王、惇亲王奕，醇郡王奕、钟郡王奕、孚郡王奕、睿亲王仁寿、大学士贾桢、周祖培、刑部尚书绵森，面询以载垣等罪名，有无一线可原。据该王、大臣等佥称，载垣、端华、肃顺跋扈不臣，均属罪大恶极，于国法无可宽宥，并无异词。朕念载垣等均属宗支，遽以身罹重罪，悉应弃市，能无泪下？惟载垣等前后一切专擅跋扈情形，实属谋危社稷，是皆列祖、列宗之罪人，非独欺凌朕躬为有罪也。在载垣等未尝不自恃为顾命大臣，纵使作恶多端，定邀宽宥。岂知赞襄政务，皇考并无此谕，若不重治其罪，何以仰付皇考付托之重，亦何以饬法纪而示万世？即照该王、大臣等所拟，均即凌迟处死，买属情真罪当。惟国家本有议亲议贵之条。尚可量从末减。姑于万无可贷之中，免其肆市。载垣、端华均著加恩赐令自尽，即派肃亲王华丰、刑部尚书绵森，迅即前往宗人府空室传旨，令其自尽。此为国体起见，非朕之有私于载垣、端华也。至肃顺之悖逆狂谬，较载垣等尤甚，极应凌迟处死，以伸国法而快人心。惟朕心究有所未忍。肃顺著加恩改为斩立决，即派睿亲王仁寿、刑部右侍郎载龄，