但他们与庚子年间的义和团有明显的不同。19世纪末叶，列强对中国的侵略有增无已，伴随着政治、军事、经济的侵略，在文化方面，外国教会的势力在华也迅速扩展。这就给外国教会比较多的山东、直隶等省的人民以很大的威胁。山东巡抚毓贤奏称：“东省教民不和由来已久，从前平民贱视教民，迨后彼强我弱，教民日见鸱张，横行乡里，鱼肉良民，断无虐待教民之事。” 农民把对列强的不满集中地发泄在外国教堂、教民及洋人身上，这就形成了爱国的反洋教斗争。义和拳先后打出“助清灭洋”、“保清灭洋”、“兴清灭洋”、“顺清灭洋”、“扶清灭洋”的旗帜，说明他们把斗争的矛头直指洋人。
这正对了仇视洋人的慈禧的心思。
法国作家、法兰西学院院士佩雷菲特先生说：“为了挽救王朝，慈禧利用了仇外情绪。” 于是，慈禧改变了对义和团的策略。
第四、改剿为抚
义和团初起山东时，慈禧太后是主剿的。因为当时的义和团还处于自发的初期阶段，力量不大，没有形成强大的势头，因此，慈禧太后没有注意到它。为了镇压义和团，她连续撤换了三任主抚的山东巡抚——李秉衡、张汝梅和毓贤。最后任命袁世凯为山东巡抚，袁世凯用他的新建陆军镇压了义和团。
慈禧太后曾于光绪二十五年十月二十六日（1899年11月28日）发布上谕：
谕军机大臣等，近闻山东地方，有大刀会、红拳会各种名目，多系不逞之徒，借闹教为名，结党横行，欺压良善，地方文武弹压缉捕，俱不得力。巡抚毓贤，又固执成见，以为与教民为难者，即系良民，不免意存偏袒。似此因循日久，必致滋生事端。该抚身任封圻，遇事总须持平办理，消患未萌。
这道上谕，严厉地申斥了山东巡抚毓贤，又明确地点明了红拳会等多系不逞之徒，应着力进行“弹压缉捕”，以便“消患未萌”。
但终因毓贤镇压不力，所以只过了八天，即于十一月四日（12月6日）便将毓贤调走，由袁世凯代替了他。
山东义和团被袁世凯血腥镇压下去了。
然而，当义和团在直隶地区出现后，慈禧太后的主剿态度发生了微妙的变化。这一变化的显著标志，是她在光绪二十六年五月初十日（1900年6月6日）所发的上谕。谕称：
谕内阁。西人传教，历有年所，该教士无非劝人为善，而教民等亦从无恃教滋事，故尔民教均克相安，各行其道。近来各省教堂林立，教民繁多，遂有不逞之徒，溷迹其间，教士亦难遍查其优劣。而该匪徒借入教为名，欺压平民，武断乡里，谅亦非教士所愿。至义和拳会，在嘉庆年问，亦曾例禁。近因其练艺保身，守护乡里，并未滋生事端，是以屡降谕旨，饬令各地方官，妥为弹压。无论其会不会，但论其匪不匪。如有借端滋事，即应严拿惩办。是教民、拳民，均为国家赤子，朝廷一视同仁，不分教、会。
这里的“无论其会不会，但论其匪不匪”，意在指明要区分开会与匪，不能把会都视为匪。而且一再申明“教民、拳民，均为国家赤子”。
由“不逞之徒”变为“国家赤子”，这是慈禧太后对义和团的看法在策略上的一个重大变化。
慈禧太后的这一变化，英国驻华公使窦纳乐爵士看得很清楚。他在1900年6月7日致英国外交大臣索尔兹伯理侯爵的电文里说：
上述上谕也许表明朝廷中存在的互相冲突的意见之间的一个妥协。总的语气是令人极不满意的，尽管效果可能是良好的，如果真正采取严厉措施的话。总的宽大语气，没有提及传教士被杀害的事，以及拿基督教徒的错误行为替义知拳的行动辩护，所有这些都是该上谕中的危险因素。
第二天，他又发一电：
我上一份电报中所报告的那道上谕，已经产生很坏的效果。对拳民操练不加禁止。他们现在在满洲贵族的住宅和庙产中公开进行操练。
这位聪明的英国爵士从这道上谕的字里行间敏感地发现了慈禧太后对义和团态度的转变，即由主剿变为主抚。
慈禧太后欲利用义和团来打击洋人。
第五、决意宣战
慈禧欲用拳民对付洋人，但对拳民尚不摸底，因此，她于光绪二十五年五月初九日（1900年6月5日）派刑部尚书赵舒翘到京畿一带，名为宣布上谕，实则暗查拳民。五月初十日（6月6日）又派大学士刚毅赴保定，察看拳民。赵舒翘“见其皆市井无赖，乞匄穷民，殊不足用” 。回京途中，赵刚相遇。他们面见慈禧，猜测慈禧的意图，没有报告实情，反而振振有词地说：“义民无他心，可恃。” 这样回答，正合慈禧的心意。
慈禧决意向洋人宣战。为此，她召开了四次御前会议。
第一次御前会议是五月二十日（6月16日）午刻召开的。是日，慈禧及光绪帝在仪鸾殿东室召见王大臣六部九卿，约百余人，室中跪满，后至者跪于槛外。恽毓鼎亦在其中。因此，他在《崇陵传信录》中的记载应是可信的。
光绪帝一反往日默不作声的惯例，首先发话。他“诘责诸臣，不能弹压乱民，色甚厉” 。侍读学士刘永亨膝行而前，斗胆奏道：“臣顷见董福祥，欲请上旨，令其驱逐乱民。”话没说完，端王载漪指点着厉声高叫道：“好！此即失人心第一法！”刘永亨吓了一跳，不敢再吱声。慈禧默默地观察着，先不表态。太常寺卿袁昶在槛外高声呼叫道：“臣袁昶有话上奏！”光绪帝命其进殿，袁昶忧心忡忡地说道：“衅不可开。纵容乱民，稍至不可收拾。他日内讧外患，相随而至，国何以堪？”接着又说：“拳实乱民，万不可恃。就令有邪术，自古及今，断无仗此成事者。”慷慨欷歔，声震殿瓦。慈禧太后恶狠狠地瞪着他，质问道：“法术不足恃，岂人心亦不足恃乎？今日中国积弱已极，所仗者人心耳，若并人心而失之，何以立国？”说罢面向众臣，提高腔调道：“今京城扰乱，洋人有调兵之说，将何以处之？尔等有何见识？各摅所见，从速奏来。”
群臣纷纷奏对，有说应该剿杀的，有说应该招抚的，有说应该速止洋兵的，有说应该调兵保护的。众说纷纭，莫衷一是。
侍读学士朱祖谋冒死直问太后：“皇太后信乱民敌西洋，不知欲传何人办此大事？”慈禧气愤地答道：“我恃董福祥。”朱祖谋急切地应道：“董福祥第一不可恃。”竟敢如此顶撞，慈禧当即大怒，变了声调地问道：“汝何姓名？”朱祖谋答；“臣为翰林院侍读学士朱祖谋。”碰着这样不怕死的家伙，慈禧也无可奈何。
从以上的一问一答中，我们可以体味出当时殿廷辩论的激烈。第一次御前会议只是摆出了问题，但没有解决。
第二次御前会议是五月二十一日（6月17日）申刻召开的。慈禧召见大学士、六部、九卿于仪鸾殿。慈禧先假惺惺地说道：“皇帝意在和，不欲用兵。余心乱矣。今日廷论，可尽为上言。”兵部尚书徐用仪不赞成用兵：“用兵非中国之利，且衅不可自我先。”又辩论了一会儿，看着时机已届成熟，慈禧亮出底牌道：“顷得洋人照会四条：一，指明一地，令中国皇帝居住；二，代收各省钱粮；三，代掌天下兵权。……今日衅开自彼，国亡在目前，若竟敢手让之，我死无面目见列圣。等亡也，一战而亡，不犹愈乎？”群臣纷纷磕头说：“臣等愿效死力。”慈禧见此情景，又预留地步地高声说道：“今日之事，诸大臣均闻之矣。我为江山社稷，不得已而宣战，顾事未可知。有如战之后，江山社稷仍不保，诸公今日皆在此，当知我苦心，勿归咎予一人，谓皇太后送祖宗三百年天下。”群臣又磕头说道：“臣等同心报国。”
就这样，群臣屈服于慈禧的淫威，通过了向洋人宣战一事。
退下殿来，有人问荣禄，照会四条，为何宣布三条？荣禄答道，另一条是勒令皇太后归政，“太后讳言之”。众臣大悟。但照会是从哪个渠道交来的，人们仍心存疑虑。问总理衙门，他们不知怎么回事。问北洋督臣裕禄，答复无此事。后来才知道是江苏粮道罗嘉杰得到的消息，密告荣禄，荣禄密报慈禧。慈禧极为愤恨，决意开战。其实，照会是假的。
以后于二十二日、二十三日又连续召开了两次御前会议，太后决定宣战。
五月二十五日（6月21日）慈禧太后正式向各国宣战。宣战诏书曰：
我朝二百数十年，深仁厚泽，凡远人来中国者，列祖列宗，罔不待以怀柔。迨道光、咸丰年间，俯准彼等互市，并乞在我国传教。朝廷以其劝人为善，勉允所请。初亦就我范围，讵三十年来，恃我国仁厚，一意拊循，乃益肆枭张，欺凌我国家，侵犯我土地，蹂躏我人民，勒索我财物。朝廷稍加迁就，彼等负其凶横，日甚一日，无所不至。小则欺压平民，大则侮慢神圣。我国赤子，仇怒郁结，人人欲得而甘心。此义勇焚烧教堂、屠杀教民所由来也。朝廷仍不开衅，如前保护者，恐伤我人民耳。故再降旨申禁，保卫使馆，加恤教民。故前日有拳民教民，皆我赤子之谕。原为民教解释宿嫌，朝廷柔服远人，至矣尽矣。乃彼等不知感激，反肆要挟，昨日复公然有杜士立照会，令我退出大沽口炮台，归彼看管，否则以力袭取。危词恫喝，意在肆其猖獗，震动畿辅。平日交邻之道，我未尝失礼于彼，彼自称教化之国，乃无礼横行。专恃兵坚利器，自取决裂如此乎？朕临御将三十年，待百姓如子孙，百姓亦戴朕如天帝。况慈圣中兴宇宙，恩德所被，浃髓沦肌，祖宗凭依，神祇感格，人人忠愤，旷代所无。朕今涕泪以告先庙，慷慨以誓师徒，与其苟且图存，贻羞万古，孰若大张挞伐，一决雌雄？连日召见大小臣工，询谋佥同。近畿及山东等省，义兵同日不期而集者，不下数十万人，至于五尺童子，亦能执干戈以卫社稷。彼尚诈谋，我恃天理；彼凭悍力，我恃人心。无论我国忠信甲胄，礼义干橹，人人敢死；即土地广有二十余省，人民多至四百余兆，何难翦彼凶焰，张国之威？其有同仇敌忾，陷阵冲锋，抑或仗义捐资，助益饷项，朝廷不惜破格懋赏，奖励忠烈；苟其自外生成，临阵退缩，甘心从逆，竟作汉奸，即刻严诛，决无宽贷。尔普天臣庶，其各怀忠义之心，共泄神人之愤，朕有厚望焉。
从此，清廷利用义和团向洋人正式开战了。然而，此次战争除天津方面的战斗外，在北京，主要是清军与拳民共同包围、攻打使馆的战斗。
第六、围攻使馆
进入五月，北京的局势愈益复杂。留居北京的洋人已处在一种被包围的人质状态。这时各国政府决定就地成立联军，以英国海军中将西摩为统帅，内计英兵736人，德兵450人，美兵l00人，俄兵3l5人，法兵158人，奥兵25人，意兵40人，日兵52人，共1876人。 这是由各国海军组成的一支陆战队。
五月十四日（6月10日），西摩联军自天津向北京入侵。但是，他们遭到了清军及拳民的顽强抵抗，受到很大损失，不得不退回天津。
北京的外国人盼望西摩联军到来，但这下落空了。
五月二十四日（6月20日）午后对使馆开始正式进攻。英国驻华公使窦纳乐报告说：“下午四时整，清军从北面和东面开火，主要是对着奥地利和意大利的工事的，于是开始了中国政府军队对北京各国使馆的有组织的进攻。”
攻打使馆的主要是两支部队，一支是荣禄统辖下的董福祥的甘军，另一支是荣禄直接指挥的武卫中军。
荣禄和董福祥不折不扣地执行了慈禧太后进攻使馆的命令。从五月二十四日（6月20日）起至六月十八日（7月14日）止的25天里，这两支很有战斗力的部队猛烈地进攻了使馆。但是，他们的进攻是有所选择的。进攻的重点是肃王府和法使馆，而有意避开了各国公使及其家属集中的英使馆。《庚子使馆被围记》写道：“为予等根据地之英使馆，所受影响至少。”
攻打使馆，但尽可能不伤害公使及其家属的生命，这是慈禧的本意。慈禧这样做是希图把各国公使作为人质，以达到屈辱求和的目的。
直到七月二十日（8月14日），八国联军攻入北京，清军进攻使馆便停止了。
第七、仓皇西狩
七月二十一日（8月15日）天尚未明，心力交瘁的慈禧太后如坐针毡，一夜没睡。载澜神色慌张地驰入宫内，急切地向慈禧奏道：“夷兵要攻东华门了！”
慈禧知道事情极为紧迫，慌忙穿上宫装，欲投水自尽。载澜紧忙拉住她的衣服，中肯地劝说道：“不如且避之，徐为后计。”
慈禧一听，也有道理，便就高下驴。她急忙换上一身青农，打扮成逃难的老妇模样，悲切地边哭边走，头尚未梳。
慈禧忙乱中紧盯着光绪帝。她要光绪帝跟着她一起走。光绪帝仅穿黑纱长衫及黑布战裙。其余行李铺盖一律未及携带。