同一天，光绪帝又自书了《病原》：“腰胯筋络酸跳，疼痛增重，牵及小腹两旁皆作跳痛。早晨洗面手不能举，腰不能俯，所有上下阶及行动坐立卧起，咳嗽用为时皆牵震作痛，早间初起时尤重，甚至呼吸皆觉费力。屡用补肾除湿之药，非但无效，且近来每晚间睡时偶有心跳惊醒之候，宜另设法医治。”可见，此时的光绪帝全身剧痛，呼吸困难，举步维艰，已病入膏肓了。
进入十月，光绪帝的病已露险象。
杜钟骏在《德宗请脉记》中记载：“十月×日夜间，内务府忽派人来说：‘皇上病重，堂官叫来请你上去请脉。’予未及洗脸，匆匆上车，行至前门，一骑飞来云：‘速去！速去！’行未久，又来一骑，皆内务府三堂官派来催促者也。及至内务公所，周君景涛已经请脉下来。云：‘皇上病重。’坐未久，内务府大臣增崇引子至瀛台，皇上坐炕右，前放半桌，以一手托腮，一手仰放桌上，予即按脉。良久，皇上气促口臭，带哭声而言曰：‘头班之药服了无效。问他又无决断之语，你有何法救我？’予曰：‘臣两月未请脉，皇上大便如何？’皇上曰；‘九日不解，痰多气急心空。’……请脉看舌毕，因问曰：‘皇上还有别话吩咐否？’谕曰：‘无别话。’遂退出房门外，皇上招手复令前谕未尽病状，后退出至军机处拟方。予案中有实实虚虚，恐有猝脱之语。继大臣曰：‘你此案如何这样写法，不怕皇上骇怕么？’予曰：‘此病不出四日，必有危险。予此来未能尽技为皇上愈病，已属惭愧。到了病坏尚看不出，何以自解？公等不令写原无不可，但此后变出非常，予不负责，不能不预言。’”很明显，光绪帝已迫近死期了。
光绪帝驾崩当天的情况，杜钟骏的《德宗请脉记》记载详细：“至十九日夜，与同事诸君均被促起，但闻宫内电话传出预备宾天仪式，疑为已经驾崩。宫门之外，文武自军机以次守卫森严。次早六钟，宫门开，仍在军机处伺候，寂无消息。但见内监纷纭，而未悉确实信息。至日午，继大臣来言曰：‘诸位老爷们久候，予为到奏事处一探消息，何时请脉。’良久，来漫言曰：‘奏事处云，皇上今日没有言语。你们大人们做主，我何能做主。你们诸位老爷们且坐坐罢。’未久，两内监来传请脉。于是，子与周景涛、施焕、吕用宾四人同入。予在前先入，皇上卧御床上。其床如民间之床，无外罩，有搭板，铺毡如上。皇上瞑目。予方以手按脉，瞿然惊寤，口目鼻忽然俱动，盖肝风为之也。予甚恐虑其一厥而绝，即退出。周、施、吕次第请脉毕，同回至军机处。予对内务三公曰：‘今晚必不能过，可无须开方。’内务三公曰：‘急须开方，无论如何写法均可。’于是，书危在眉睫，拟生脉散药，未进，至申刻而龙驭上宾矣。”光绪帝死于十月二十一日酉刻（午后5时-7时），而不是申刻。杜钟骏记错了。此时光绪帝年仅38岁。
其实在此之前的十月二十一日子刻，光绪帝已进入弥留状态。当即由张仲元、全顺、忠勋等御医诊视，脉案记载如下：“十月二十一日子刻张仲元、全顺、忠勋请得皇上脉息如丝欲绝。肢冷，气陷，二目上翻，神识已迷，牙齿紧闭，势已将脱。谨勉拟生脉饮，以尽血忱：人参一钱，麦冬三钱，五味子一钱。水煎灌服。”
而后杜钟骏、周景涛二人亦入宫诊视。杜所书之脉案：“十月二十一日，臣钟骏请得皇上脉左三部细微欲绝，右三部若有若无。喘逆气短，目瞪上视，口不能语，呛逆作恶。肾元不纳，上迫于肺，其势岌岌欲脱。”光绪帝此时只剩一息游丝了。
十月二十一日酉正二刻三分，光绪帝“龙驭上宾”。
朱金甫、周文泉认为：“光绪帝自病重至临终之时，其症状演变属进行性加剧，而无特殊或异常症状出现。其临终时的证候表现，乃是病情恶化之结果。因之，笔者认为光绪帝是死于疾病。” 我认为，他们根据确凿无误的档案所作出的结论是很有道理的。
光绪帝确实是死于疾病。
第二、立嗣溥仪
光绪三十四年十月初十日（1908年11月3日）慈禧在皇宫内庆贺她的74岁大寿。她自认为莺歌燕舞，海内升平，很是志得意满。西藏的达赖喇嘛又特意向慈禧祝贺，慈禧更是喜形于色。她特颁懿旨，赐居雍和宫，加封其为诚顺赞化西天大善自在佛。 白天，慈禧参加为她举行的祝寿庆典。晚上，她又兴致勃勃地出席在西苑颐年殿的演戏祝贺。直到戏散，她才回到仪鸾殿就寝。
在这之前，慈禧已患慢性腹泻之病。这几日，又吃了些不易消化的乳酪果饼，腹泻又加剧了。据《内起居注》记载，自十月十六至十九日，慈禧没有政务活动。这说明慈禧病情加重了。这时，她感到光绪帝病情已露危象，应该考虑立嗣问题了。
据说，在此期间，慈禧曾秘密召见军机大臣世续和张之洞，征询为光绪帝立嗣问题。
其实慈禧早已心中有数，她不过是做做样子罢了。慈禧询问为光绪帝立嗣谁更合适。世续、张之洞心中暗道，如果再立一个小孩子，又会造成另一个皇太后垂帘，于国不利。
于是，合词奏道：“国有长君，社稷之福，不如径立载沣。”他们推荐醇亲王奕之子，时年25岁的载沣。载沣已被任命为军机大臣。
慈禧悲悲切切地答道：“卿言诚是。然不为穆宗立后，终无以对死者。今立溥仪，仍令载沣主持国政，是公义私情两无所憾也。”慈禧综合了他们的建白，和盘端出了自己的看法。即立载沣之子为嗣，由载沣主政。
张之洞反应敏锐，知道慈禧定下的事是不能轻易改变的，不如顺着好：“然则宜正其名。”名不正则言不顺，应该先给载沣一个名分。
慈禧虚心求教：“古有之乎？”
张之洞毕竟胸中有数，顺利答道：“前明有监国之号，国初有摄政王之名，皆可援以为例。”
慈禧很快作出决策，果断地说：“善，可两用之。”即载沣可任命为监国摄政王。
张之洞看看火候到了，急忙进一言：“皇帝临御三十余载，不可使无后。古有兼之制，似可仿行。”兼，即一个皇帝同时兼做两个皇帝的继承人。即溥仪既是同治帝载淳的继承人，又是光绪帝载湉的继承人。吴可读尸谏就是为此。
慈禧极为明敏，她完全洞悉张之洞谏言的本意。这时她不忙于回答，而是默不作声，反复思索。过了好一会，她紧盯着张之洞说：“凡事不必泥古。此事姑从所请，可即拟旨以进。” 慈禧同意了张之洞的建议。
在这之前，慈禧派庆亲王奕劻到东陵恭送佛像，因达赖说佛像放在东陵可以驱邪，为太后治病。同时，庆王亦可顺道视察东陵工程进展情况。因此，庆王没有能够参与为光绪帝立嗣的谋划。等他回京后，这已经成为事实了。庆王只得顺水推舟表示同意了。
慈禧当机立断，于十月二十日（11月13日）连发三道上谕。
第一道：
上不豫。谕内阁。朕钦奉慈禧端佑康颐昭豫庄诚寿恭钦献崇熙皇太后懿旨：醇亲王载沣之子溥仪著在宫内教养，并在上书房读书。
第二道：
又谕。朕钦奉皇太后懿旨：醇亲王载沣授为摄政王。
第三道：
谕军机大臣等。朝会大典、常朝班次，摄政王著在诸王之前。
事情发展迅速。第二天光绪帝便死去了：
“上疾大渐，酉刻，崩于瀛台之涵元殿。”
慈禧又连发三道懿旨。
第一道：
钦奉慈禧端佑康熙昭豫庄诚寿恭钦献崇熙皇太后懿旨：摄政王载沣之子溥仪著入承大统为嗣皇帝。
第二道：
又钦奉皇太后懿旨。前因穆宗毅皇帝未有储贰，曾于同治十三年十二月初五日降旨，大行皇帝生有皇子，即承祧穆宗毅皇帝为嗣。现在大行皇帝龙驭上宾，亦未有储贰，不得已以摄政王载沣之子溥仪承继毅皇帝为嗣，并兼承大行皇帝之祧。
第三道：
又钦奉皇太后懿旨，现值时事多艰，嗣皇帝尚在冲龄，正宜专心典学。著摄政王载沣为监国。所有军国政事，悉秉承予之训示，裁度施行。俟嗣皇帝年岁渐长，学业有成，再由嗣皇帝亲裁政事。
这三道懿旨，既宣布溥仪继位，又宣布溥仪兼祧同治帝，同时宣布载沣为监国摄政王。而这里最重要的一句话是“所有军国政事，悉秉承予之训示，裁度施行”。说明此时的慈禧仍然坚信自己会像从前一样大权独揽、隐握朝纲的。她完全没有想到自己会很快地撒手人寰。基于此，她没有必要害死光绪帝。
立嗣溥仪的经过，载沣的日记很有参考价值。现抄录如下：
二十日。上疾大渐。上朝，奉旨派载沣恭代批折，钦此。庆王到京，午同诣皇后仪鸾殿，面承召见。钦奉懿旨：醇亲王载沣著授为摄政王。又面承懿旨：醇亲王载沣之子溥仪著在宫内教养，并在上书房读书，钦此。叩辞至再，未邀俞允，即命携之入宫。万分无法，不敢再辞。钦遵于申刻由府携溥仪入宫。又蒙召见，告知已将溥仪交在隆裕皇后宫中教养，钦此。即谨退出，往谒庆邸。
二十一日。癸酉酉刻，大臣载沣跪闻皇上崩于瀛台。亥刻，大臣同庆王（庆亲王奕劻）、世相（世续）、鹿协揆（鹿传霖）、张相（张之洞）、袁尚书（袁世凯）、增大臣崇诣福昌殿。仰蒙皇太后召见，面承懿旨：摄政王载沣之子溥仪入承大统为嗣皇帝，钦此。又面承懿旨：前因穆宗毅皇帝未有储贰，曾于同治十三年十二月初五日降旨，大行皇帝即承继穆宗毅皇帝为嗣。现在大行皇帝龙驭上宾，亦未有储贰，不得已从摄政王载沣之子溥仪承继穆宗毅皇帝为嗣，并兼承大行皇帝之祧。钦此。又面承懿旨：现在时势多艰，嗣皇帝尚在冲龄，正宜专心典学，著摄政王载沣监国。所有军国政事，悉秉予之训示裁度施行。俟嗣皇帝年岁渐长，学业有成，再由嗣皇帝亲裁政事，钦此。是日住于西苑军机处。
以上日记应是真实可信的，即慈禧立嗣是在两天之内完成并宣诏于全部军机大臣的。
慈禧为什么要选择溥仪为嗣皇帝呢？这和溥仪的出身是密不可分的。溥仪的祖父醇亲王奕，是咸丰皇帝的七弟，父亲载沣是奕的第五子。奕有四位福晋，生了七子三女，第一子和第三、四子早殇，第二子载湉当了光绪皇帝，因此载沣就承继了醇亲王位。溥仪是载沣的长子。从血统上看，他是道光皇帝的曾孙，是奕的嫡孙，光绪帝的亲侄儿。
溥仪的亲生母亲瓜尔佳氏，是荣禄的女儿。从小就在宫里，慈禧很宠爱她。载沣和她的婚事，是慈禧钦定的。
溥仪是慈禧太后亲妹夫奕的孙子，又是她最宠任的军机大臣荣禄的外孙。关系如此密切，慈禧选择他为继承人就不足为怪了。
溥仪是在光绪三十四年十月二十日（1908年11月13日）被隆重迎入宫的。
第三、慈禧崩逝
慈禧平时患有肠胃之病，但身体素质很好，不影响她的政务活动。《慈禧外纪》记道：“虽以七十之高年，而毫不呈衰状者也。然此外亦无大病，精神仍好，言语如昔，仍每日勤劳国政。太后常自言能享高寿。” 这个记载是符合实际情况的。
但是自光绪三十四年六月以后，慈禧的身体突然不适。到了九月，即增加了腹泻症。以后腹泻病久治不愈，且愈发严重。自十月初六日（10月30日）起，太医院院使张仲元为慈禧主治。当日的脉案是：“十月初六日，张仲元、李德源、戴家瑜请得皇太后脉息左关弦缓，右寸关较前稍平。肠胃未和，寅卯辰连水泻三次，身肢力软。总由肺不制节，水走肠间，脾运迟慢，是以食后艚杂等症未减。” “身肢力软”，说明慈禧身体消耗很大，已十分衰弱。
十月初十日（11月3日）是慈禧的74岁寿辰。连续庆贺六天，慈禧必亲自到场。这对慈禧的病情影响更大。
十月十四日（11月7日），慈禧的病情明显加剧。由名医吕用宾入诊，其脉案云：“皇太后六脉均见数象，寸口微浮。头痛目倦，心中食蓸辣难受，烦躁不安，口渴舌干，咳嗽，时而恶寒发热。种种病情，皆由胃气不降，表感不清，湿热蕴结所致。”
十月二十一日（11月14日）酉刻，光绪帝崩逝。而此时，慈禧的病情也发生很大变化，显然更加严重了。张仲元、戴家瑜的脉案云：“皇太后脉息左寸关至数不匀，右部仍躁。肝气冲遂，胃燥不清，以致时作咳嗽，顿引胸肋窜痛。口渴舌干，精神异常萎顿，小关防多，胃纳太少。”
十月二十二日（11月15日），张仲元、戴家瑜做出最后诊断：“请得皇太后六脉已绝，于未正三刻升遐。”
光绪三十四年十月二十二日（1908年11月15日）未刻（午后1时-3时），慈禧太后宾天了。
她是死于老与病。
在此之前，即十月二十二日晨，慈禧自觉不好，感到要不久于人世。为此，她连发两道懿旨，以安排后事。
第一道：
谕内阁。朕钦奉慈禧端佑康颐昭豫庄诚寿恭钦奉崇熙太皇太后懿旨：现命摄政王载沣监国。所有应行礼节，著内阁各部院会议具奏。
这就给予了摄政王载沣以监国的名义。
第二道：
又谕。朕钦奉太皇太后懿旨：昨经降旨，特命摄政王为监国。所有军国政事，悉秉承予之训示，裁度施行。现予病势危笃，恐将不起，嗣后军国政事，均由摄政王裁定。遇有重大事件，必须请皇太后懿旨。由摄政王随时面请施行。
这道懿旨表明，慈禧把国家政事的最高决策权全部交给了载沣。但同时又留了个尾巴，遇有重大事件仍必须请示隆裕皇太后裁定。不管怎么说，慈禧已意识到自己到了生命的最后一刻，应该交出政权了。
载沣是慈禧的侄儿兼外甥，隆裕是慈禧的侄女。溥仪既有爱新觉罗的血统，又有叶赫那拉的血统。皇权没有落到其他姓氏的手中。这也许是慈禧的一种自以为是的神机妙算。
慈禧又命起草遗嘱。遗嘱得到她的首肯。她在安详中死去。她死后发表遗诰曰：
予以薄德，只承文宗显皇帝册命，备位宫闱。迨穆宗毅皇帝冲年嗣统，适当寇乱未平，讨伐方殷之际。时则发捻交讧，回苗俶扰，海疆多故，民生凋敝，满目疮痍。予与孝贞显皇后同心抚训，夙夜忧劳。秉承文宗显皇帝遗谟，策励内外臣工暨各路统兵大臣，指授机宜，勤求治理，任贤纳谏，救灾恤民。遂得仰承天庥，削平大难，转为安。及穆宗毅皇帝即世，今大行皇帝入嗣大统，时事愈艰，民生愈困；内忧外患，纷至沓来，不得不再行训政。前年宣布预备立宪诏书，本年颁示预备立宪年限，万几待理，心力俱殚。幸予体气素强，尚可支拄。不期本年夏秋以来，时有不适。政务殷繁，无从静摄。眠食失宜，迁延日久，精力渐惫，犹未敢一日暇逸。本月二十一日，复遭大行皇帝之丧，悲从中来，不能自克，以致病势增剧，遂至弥留。回念五十年来，忧患叠经，兢业之心，无时或释，今举行新政，渐有端倪。嗣皇帝方在冲龄，正资启迪。摄政王及内外诸臣，尚其协力翊赞，固我邦基。嗣皇帝以国事为重，尤宜勉节哀思，孜孜典学。他日光大前谟，有厚望焉。丧服二十七日而除，布告天下，咸使闻知。
这个遗诏是慈禧在神智完全清醒的状态下命军机大臣草拟的。拟后进呈，慈禧阅后，命改定数处，又加入数句。加上的是遗诏中的不得不再行训政之语。慈禧说：“我几次垂帘，不知内情的人，有的认为是我贪图权势。实际情况是形势迫使我不得不这样做。”这种说法明眼人一看便知是言不由衷的。
慈禧临死之前的最后一句话，真是完全出人意料。她说：“以后勿再使妇人预闻国政。此与本朝家法有违，须严加限制。尤须严防，不得令太监擅权。明末之事，可为殷鉴。”
不准妇人执政，不许太监干政，这话如出自他人之口，我们不以为怪，却偏偏出自作为妇人而当政近50年且又宠信太监的慈禧之口，简直是莫名其妙。
慈禧在同治十二年（1873年）就为自己选定了一块墓地，即河北省遵化县西60里的菩陀峪。这个工程浩大、极尽奢华的陵墓，直到慈禧死后才完工，用了35年的时间。
慈禧死后便埋葬于此，至今尸骨犹存。