光绪帝被幽禁于瀛台。他成了慈禧太后的十足的傀儡。他深知，他的生命完全操纵在慈禧太后的手里。珍妃之死，使得他更加了解到了慈禧太后的心肠之狠和手段之毒。于是，他便韬光养晦，以图东山再起。他终于病崩了。
她得知光绪帝确切的死亡消息的前一天，便开始立醇王之子溥仪为嗣，命醇王为监国摄政王。
慈禧以一天之差，离世界而去。
第一、光绪驾崩
光绪帝于光绪三十四年十月二十一日（1908年11月14日）崩逝于中南海瀛台的涵元殿。其实，自光绪二十四年（1898年）戊戌政变后，光绪帝就成了慈禧太后的一个十足的傀儡。召见臣工时，他只有陪坐的份儿，被剥夺了任何发言权。只是在慈禧命他问话时，他才说上一二句不关痛痒的话，且声音极低，有时需太后重复，臣子方能听见。对此，吴永有极为形象的记载：“先相对数分钟，均不发一言。太后徐徐开口曰：‘皇帝，你可问话。’乃始问：‘外间安静否？年岁丰熟否？’凡历数百次，只此两语，即一日数见亦如之。二语以外，更不加一字。其声极轻细，几如蝇蚊，非久习殆不可闻。” 他这样做，一方面固然是怯于慈禧的淫威，另一方面也不排除他是有意在韬光养晦，以求有朝一日，东山再起。因此，他在慈禧面前表现出来的是忠顺、木讷，好像对政治已完全失去了兴趣。这是他深自愧悔呢，还是韬光养晦？或者二者兼而有之，则不得而知了。
光绪帝死后，不到24小时，慈禧太后亦宾天。即不到24小时，两宫相继死去。而且，光绪帝在先。这就使人们自然地产生了诸多疑忌。联想到他们之间十几年的恩恩怨怨，人们不禁要问，为什么这么巧合？是不是其中有鬼？因此，私家记载便生出了种种猜测，其中一种说法是光绪帝是被毒死的。
而其凶手又说法不一。
第一是袁世凯。
袁世凯因戊戌政变告密有功，颇受慈禧及荣禄的赏识。李鸿章病逝后，袁世凯被任命为署直隶总督兼北洋大臣，接了李鸿章的班。光绪二十八年五月又实授直隶总督兼北洋大臣，以后又兼商务大臣、电政大臣及会办练兵事务大臣。袁世凯又训练出了北洋六镇新军，兵力骤增至九万余人，形成了以他为首脑的北洋军事政治集团。因其势力急剧膨胀，遭到满洲亲贵的疑忌，慈禧亦担心其尾大不掉，酿成后患。为此，于光绪三十三年七月二十七日（1907年9月4日）免去其直隶总督兼北洋大臣职务，授为外务部尚书、军机大臣。其目的是剪除其令人担忧的兵权。但不管怎么说，袁世凯仍隐握兵权。袁世凯虽然官运旺达，如日中天，但是，他有一个最大的心病，即他深知，因戊戌政变，光绪帝是对他切齿痛恨的。吴永根据亲眼所见的记载，是很有说服力的。他记道；“宫监对于皇上，殊不甚为意，虽称之为万岁爷，实际不啻为彼辈播弄傀儡。德宗亦萎靡无仪表，暇中每与诸监坐地作玩耍，尤好于纸上画成大头长身各式鬼形无数，仍拉杂扯碎之；有时或画成一龟，于背上填写项城姓名，粘之壁间，以小竹弓向之射击，既复取下剪碎之，令片片作蝴蝶飞。盖其蓄恨于项城至深，几以此为常课。” 这里生动逼真地画出了光绪帝对袁世凯的仇视。光绪帝如此痛恨袁世凯，袁世凯自然心中有数。如果光绪帝死于慈禧太后之后，袁世凯就有被光绪帝杀头的可能。为此，由袁世凯主谋暗害光绪帝也是极有可能的。当时人就有这种猜测。宣统帝溥仪在《我的前半生》里写道：“我还听见一个叫李长安的老太监说起光绪之死的疑案。照他说，光绪在死的前一天还是好好的，只是因为用了一剂药就坏了，后来才知道这剂药是袁世凯使人送来的。” 细分析这段话，溥仪是听老太监说的，老太监是听别人说的。因此，这段话不能作为凭据。
尽管袁世凯有作案的动机，但迄今为止没有发现任何确凿的证据。因此，不能指认袁世凯是谋害光绪帝的凶手。
第二是李莲英。
李莲英（1848-1911年），原名李英泰，字灵杰，道号乐元，入宫后赐名李连英，后被误写为李莲英。道光二十八年十月十七日（1848年11月12日）李莲英生于直隶河间府大城县李家村。家境贫寒，兄弟五人，李莲英行二。李家村紧靠在子牙河边上，是个十年九涝的低洼地带。只要小雨连绵，便颗粒无收。因为穷，这里许多人家便把孩子送去当太监。清宫里的太监大多是这一带人。李莲英的父亲李玉，因生活无着，就携带全家迁到北京。先在西直门外开了个熟生皮子的作坊，叫永德堂李皮作坊。人称皮硝李。后来全家搬到海甸大有村定居。咸丰四年（1854年）7岁净身。咸丰六年（1856年）9岁进宫。入宫后分到懿贵妃名下，在储秀宫当了一名小太监。李莲英机警聪敏，很得慈禧好感。咸丰十年（1860年）12岁，英法联军火烧圆明园，随驾去热河。咸丰十一年（1861年）13岁，咸丰帝死，随两宫太后返京。有人说，在辛酉政变中李莲英给慈禧与奕传递密信，因而立了大功。慈禧把这样重大的使命交给一个13岁的小孩子去完成，这是不可能的。同治六年（1867年）19岁，被封为二总管。同治八年（1869年）22岁，安德海被杀，李莲英晋封为大总管。一个22岁的青年便得此殊荣，不能不说，李莲英有非同常人之处。这正如《李莲英墓葬碑文》所记：“此掖廷人破格之举，自开国以来未有若是之光荣者也。”慈禧还竟然不顾祖制，亲赐李莲英二品顶戴，贵穿黄马褂。李莲英深得慈禧宠幸，权倾朝野，炙手可热。更有甚者，慈禧不顾舆论反对，居然于光绪十二年（1886年）亲派李莲英以监军的身份，同醇亲王奕、北洋大臣李鸿章一起去视察北洋海军。9月，奕、李鸿章、李莲英查阅了旅顺、威海卫、烟台等处炮台及水陆操练。《李莲英墓葬碑文》记道：“当醇邸观兵海口，公从之，维持左右。”这就开创了有清以来太监干政的恶劣先例。但是，李莲英城府很深。他深知，太监干政是违犯清朝祖制的，有杀头的危险，而且安德海便是前车之鉴。为此，他在出行前，便把二品顶戴换成了四品顶戴。因清朝祖制太监最高不得过四品。而且，据《宫女谈往录》载，在海船上，他不住给他专门准备的仅次于七王爷的豪华的客舱，而是住在七王爷的套间里。同时，不同任何官员接触。平时只是在奕身边站班侍候，低眉敛目，不置一词，自认为是太后派来伺候七王爷的。晚上，亲自动手给七王爷奕洗脚。就这样，一行下来，他反而博得了奕和李鸿章的好感。
作为大太监，李莲英并没忘乎所以。他如同走钢丝，始终小心行事，瞻前顾后，不敢恃宠而骄。
但是，因李莲英为慈禧之宠监，人们便猜测光绪帝衔恨李莲英。传说在慈禧患病时，李莲英为保全自己，同慈禧合谋毒杀了光绪帝。慈禧御前女官德龄在《瀛台泣血记》里写道：“万恶的李莲英眼看太后的寿命已经不久，自己的靠山，快要发生问题了，便暗自着急起来。他想与其待光绪掌了权来和自己算账，不如还让自己先下手的好。经过了几度的筹思，他的毒计便决定了。‘近来奴婢听许多人说，万岁爷的身子很不好。’凑某一个机会，他就悄悄地向太后说，语气是非常的奸猾。‘奴婢愿意去瞧瞧他看，或者可以使他的身体好起来。’他这一串说话的深意，当时太后究竟有没有听清楚，实在没有人敢断定了。但为稍存忠厚起见，我们不妨姑且说她因为病中精神恍惚，所以没有窥测到李莲英的真意。就在李莲英说过这一番话的第二天，光绪便好端端地也害起厉害的病来了。当下少不得就召御医进宫诊视，无奈他们谁都想不到其中会有下毒的阴谋。诊下他的脉，一个也说不出是什么病症。只得随便煮一些开胃安神的药让他喝喝，只有光绪自己心里是明白的。他料定必是给李莲英在饮食中下了毒，存心要谋杀他。但李莲英究竟下了什么毒呢？应该怎样才解救得转，他就无法可想了。那时只有一个人是可以救他的，那就是太后。可惜太后到底不曾出来干涉。于是她就在无形中帮助李莲英达到了目的。” 胡思敬在《国闻备乘》里说：“德宗先孝钦一日崩，天下事未有如是之巧。外间纷传李莲英与孝钦有密谋。予遍询内廷人员，皆畏罪不敢言。” 他们的记载都是耳闻，而非亲见。这就不能作为直接证据。我们进一步思索，也找不到光绪帝仇恨李莲英的动机。尽管野史记载李莲英如何苛待光绪帝，但实际情况并非如此。因为李莲英身为太监，他自知是个地位卑下的奴才。他既怕得罪太后，又怕开罪皇帝。因此，他在光绪帝面前始终是诚惶诚恐的。这是在预留地步。慈禧洞烛其心。为此，李莲英曾一度宠衰。只是李莲英仍像没事儿似的示之以诚，才逐渐恢复了原来的地位。总之，说李莲英谋害光绪帝只是人们的一种猜测，实在拿不出任何确凿的证据。
第三是崔玉贵。
崔玉贵为慈禧御前的首领太监，也深得慈禧宠幸。八国联军攻入北京，慈禧在逃跑前命崔玉贵将珍妃从软禁之地北三所提出来，然后扔到井里。珍妃是光绪帝之爱妃。崔玉贵是杀害珍妃的刽子手。回銮后，慈禧为取悦西方列强，便着意改变自己的形象，放风说本不想杀害珍妃，而是崔玉贵误听懿旨，擅自所为，并将其逐出宫去。后来风声小了，又将他召回宫中。崔玉贵自知，如果光绪帝亲政，他是逃不过一刀的。人们也是这样分析的。自然，他便成了杀害光绪帝的嫌疑犯之一。但是，任何人也拿不出像样的证据。
第四是奕劻。
胡思敬在《国闻备乘》里记道：“迨奕劻荐商部郎中力钧入宫，进利剂，遂泄泻不止。次日，钧再入视，上怒目视之，不敢言。钧惧，遂托疾不往。谓恐他日加以大逆之名，卖己以谢天下也。” 奕劻为什么无缘无故要谋害光绪帝呢？这显然是道听途说。
第五是慈禧。
恽毓鼎在《崇陵传信录》里记道：“时太后病泄泻数日矣。有谮上者，谓帝闻太后病。有喜色。太后怒曰：‘我不能先尔死！’”既然如此，慈禧似乎就命人将光绪帝先行谋害。但细究原委，这仍然是一种传说，无法指实。
以上人们传说的五名凶手，充其量也只是令人怀疑的嫌疑犯。因为没有任何使人信服的理由证明他们是真正的凶手。
我们知道，如得不到慈禧太后的指令或默许，任何人也是不敢对光绪帝下毒手的。谋害皇帝是大逆不道，要祸灭九族的。即便某些人有这种图谋，也是不敢轻易出手的。
那么，慈禧是不是一定要杀掉光绪帝呢？种种迹象表明，慈禧虽然痛恨光绪帝在戊戌政变期间的叛逆行为，但经义和团事件、仓皇西狩及顺利回銮这样历史的大震荡，也许是光绪帝的养晦之计起了作用，也许是慈禧年事已高，反正他们之间的关系有所缓和。“太后常劝勉皇帝鼓励精神，有顾恤之意。”“太后此时，知皇帝已无反对太后意旨之心也。帝病亟，太后戒饬太监，以后帝来请安时，不可使久候于外。又命令议国政时，免他跪地迎送之礼。” 慈禧这样做也许是故意给别人看的。但不管怎么说，慈禧自信是完全可以驾驭光绪帝的。她同样自信是完全可以活过光绪帝的。鉴于此，她为什么非要害死光绪帝呢？
其实，光绪帝确实是患病而亡的。
这从朱金甫等著《从清宫医案看光绪帝载湉之死》和《慈禧太后之死》等文可以得出这样的结论。
光绪帝4岁入宫，照顾他的是太监和宫女，得不到亲生父母的细心照料，自幼便体弱多病。在如同铁男人似的慈禧的严苛管教下，光绪帝的身心俱受到不可逆转的戕害。
前文已经提到，光绪二十四年九月初四日（1898年10月18日），法国驻京使馆医官多德福曾赴瀛台为光绪帝治病。光绪帝把自己亲自书写的《病源说略》当面交给了多德福。《病源说略》承认自己有病。多德福听诊后，诊断其为“腰败”。“按西医名曰：腰火长症。”同时指出，光绪帝的遗精之症，因“少腹皮肉既亦虚而无力，不克阻精之妄遗。宜先设法治腰，然后止遗精”。当时的光绪帝虽只有28岁，但已是疾病缠身了。
以后他的病情不仅没有得到控制，反而愈益加重。清宫档案中便存有光绪三十三年（1907年）光绪帝自书的《病原》：“遗精之病将二十年，前数年每月必发十数次，近数年每月不过二三次，且有无梦不举即遗泄之时，冬天较甚。近数年遗泄较少者，并非渐愈，乃系肾经亏损太甚，无力发泄之故……痿弱遗精之故，起初由于昼间一闻锣声即觉心动而自泄，夜间梦寐亦然……腿膝足踝永远发凉……稍感风凉则必头疼体酸，夜间盖被须极严格……其耳鸣脑响亦将近十年。其耳鸣之声，如风雨金鼓杂遝之音，有较远之时，有觉近之时。且近年来耳窍不灵，听话总不真切，盖亦由于下元虚弱，以致虚热时常上溢也。腰腿肩背酸沉，每日须令人按捺……此病亦有十二三年矣……行路之时，步履欠实，若稍一旁观，或手中持物，辄觉足下欹侧荡摇。” 很明显，37岁的光绪帝几乎全身是病。
光绪三十四年（1908年）光绪帝的病情更为严重。宫中御医无计可施，只得征召江苏名医陈秉钧和曹元恒入京诊视。虽经多方调治，效果仍不明显。四月初四日（5月3日）两位名医在会诊的脉案中写道：“皇上脉弦数较减，轻取重按皆虚弱无力。审察病由，耳响作堵，有增无减，足跟作痛，有减无增。现在腰痛不止，上连背部，下及胯间。考腰为肾府，封藏有亏，肝木上升，脾湿下陷。偏于右者，以左属血、右属气，气血不能流贯，风湿两邪，窜经入络。” 从脉象看，病情愈益严重了。
在这种情况下，慈禧再次向全国征求名医。五月初八日（6月6日），慈禧通过军机处向有名的封疆大吏发出急电，催调名医入京。电文曰：“入春以来，皇上圣躬时有欠安。在京名医，诊治无效。希尊处精选名医，资送迅速来京，恭候传诊。”
这次征召来京的名医有吕用宾、周景涛、杜钟骏、施焕、张鹏年等人。其中江苏名医杜钟骏曾著《德宗请脉记》一书，详细记述了他为光绪帝治病的经过。
七月十六日（8月12日），杜钟骏首次在仁寿殿给皇帝请脉。当时，慈禧也在座，以示关怀。
皇上问：“你瞧我脉怎样？”
杜答道：“皇上之脉左尺脉弱，右关脉弦。左尺脉弱先天肾水不足，右关脉弦后天脾土失调。”
皇上问：“予病两三年不愈，何故？”
杜答道：“皇上之病非一朝一夕之故，其所虚者由来渐矣……”
杜钟骏认为光绪帝的病由来已久，不是轻易可以治愈的。