打退了两次元军来袭之后，镰仓幕府仍未放松警戒。“异国警固番役”的制度仍在继续。与此同时，幕府重拾攻打高丽的计划。从现有史料上看，尽管幕府抽调了九州北部三个州的御家人，使其与来自大和州和山城州的武士组成了专门的入侵军队，攻打高丽的计划却并没有执行。
在这个过程中，幕府利用元军入侵的威胁加强了自身的权威。它至少从中央朝廷获得了两项特权：其一，允许它对九州和西部本州的山阴州的公有和私有住宅抽取军粮税；其二，它有权从非幕府领地上征募武士。
因此，北条氏在幕府内部的独裁地位得到加强。而在此之前，镰仓幕府在原则上是由有实力的御家人联合执权。公元1285年，担任守护职务的北条氏家族的成员，已由之前的2人发展到了33人，占全部60名守护的半数以上。“得宗专制”情况的出现，激化了得宗家的家臣“御内人”与原来的幕府御家人之间的矛盾。
公元1285年11月，代表御家人的安达泰盛等人，与代表北条得宗御内人的平赖纲之间，爆发了一场军事冲突，日本史称之为“霜月骚动”。最终，安达泰盛家族和许多参加骚动的御家人的势力都被消灭。尽管在“霜月骚动”之后，镰仓幕府的势力得到进一步扩张，它却标志着镰仓体系走向衰弱。
除了因独裁的加强而导致内部矛盾升温以外，导致镰仓幕府走向衰弱的另一个原因，是他们的分配制度。
由于原则上秉承家产分散继承的制度，日本武士的领地愈分愈小。到了镰仓幕府的中期以后，很多御家人的生活都陷入了困境。他们无法适应货币经济的发展，只能靠出卖或典当土地维持生计，出现了大批因丧失领地而没落的御家人。
元军的入侵导致御家人的生活更加困难。原因在于，他们非但不能像内战时期一样，可以通过没收敌人的领地来获得回报，而且还承担了抵御元军入侵的成本。因此，御家人对镰仓幕府感到十分失望。
对于这个问题的危险性，镰仓幕府虽有认识，却没有找到解决之道。幕府出台的政策是，禁止御家人典当或出卖领地。这个政策显然不可能有效。公元1297年，幕府又发布永仁德政令：御家人因贫困而转卖的土地可由原主无偿收回；御家人所欠债务一概取消，不用偿还；御家人的债主不得就债务问题向幕府申诉。但是，因为遭到御家人的债权人的强烈反对，这项德政令实行了一年就被迫终止。
幕府还改革了武士的继承制度，以前的分散继承变成了单独继承，武士的全部领地由嫡长子继承。这项制度导致武士的其他儿子重视地缘关系甚于血缘关系。于是，守护在各地的势力变得强大起来。
在此之前，镰仓幕府的人事制度规定，御家人直接从属于幕府，守护虽是各国最有权力的御家人，有权指挥其他御家人，分配军事动员和维持治安的任务，但与其他御家人之间并无主从关系。可是到了镰仓时代末期，因为无法从本家族获得收入，各地包括御家人在内的武士，逐渐同守护结成了主从关系。
于是，镰仓幕府在元军入侵后出现了两个趋势：御内人与御家人之前矛盾的激化；御家人逐渐成为守护的附庸。随着御家人制度的瓦解，镰仓幕府逐渐被孤立，最终在公元1333年宣告灭亡。
日本早稻田大学历史学家依田憙家在《简明日本通史》一书中写道：
元军来袭是日本有史以来第一次遭到来自外国的进攻，而两次均因暴风而使敌人蒙受巨大的损失，因此而在日本人当中产生了人为“日本是神国”的感念，这种概念一直到以后很长的时期都产生了影响。[1]
[1]依田憙家：《简明日本通史》，上海远东出版社，2003年出版。