公元1281年5月3日，东路军从高丽合浦出发，并于月底袭击了对马岛和一歧岛。原先计划是，东路军与江南军与6月15日在一歧岛汇合，然后再进行下一轮攻击。但是，立功心切的东路军没有依原计划行事，而是在6月初朝博多湾进军。由于有石墙的阻碍，东路军无法登陆，于是，他们占领了滋贺岛。
日军勇敢地进行了反击。他们利用小船追击元军战船，并通过堤道展开了攻击。竹崎季长再次参与战斗，这一次，他是作为肥后国的前锋出战。最终，在6月15日之前，东路军放弃了滋贺岛，退兵至一歧岛。
江南军方面也出师不利。军队尚未出发，主帅阿剌罕就病了，结果，阿剌海任命阿塔海总领军事。
而阵前换帅乃兵家大忌，它意味着将帅之间、将领之间的固有关系被改变。新上任的主帅自然会偏向他以前亲自指挥的军队，因而会让指挥其他军队的将领感到不快，激化原先就存在的嫌隙，进而影响到战局。
军队于6月中旬从庆元（今宁波）、定海启航，直到7月才与东路军在平户岛会合，会师后前往博多湾。7月底，征日大军抵达肥前国附近的高岛，他们在这里与日军进行了激烈的交战。
据日本史料记载，7月30日夜晚，正当元军要发起最后攻势之时，又一场飓风袭击了博多湾。绝大部分元军船只都被巨浪打翻，死于飓风的士卒不计其数。而元军将领之间的矛盾，也在这个时候被激化。
在遭遇飓风袭击之后，元军将领本仍想讨论攻伐之事，但是，万户侯万德彪、招讨王国佐、水手总管陆文政等人不听指挥，各自逃命而去。右丞范文虎等诸将也各自“择好船乘之，弃士卒十余万于山下（五龙山）”。8月7日，这批被丢弃的士卒遭到日本军队的袭击，“尽死”，余下两三万人被日军掳走。两天后，被掳走的这两三万人到达八角岛，日军在这里杀死了全部的蒙古人、高丽人和汉人，只留下南宋新附军的性命，日军认为新附军是“唐人”，所以“不杀之而奴之”。[1]
明代宋濂等人认为，元军将领之所以弃军逃命，是因为他们“议事不相下”，即不能达成一致意见。据《元史》载，被丢弃的10万元军，只逃回来三个人。而据日本史料，元军损失了69％到90％左右，总计超过10万人死亡。由于这年是俊宇多天皇弘安四年，所以，日本史称这场战役为“弘安之役”。
日军将这次胜利再次归功于“神风”。实际上，与“天灾”相比，征日军队更是败于“人祸”，比如，忽必烈明知将帅不和，却不作相应调整，过于相信军队战斗力，而征日军队的成分也过于复杂，被征服的高丽军、汉人军及南宋新附军都有异心，不可能死心塌地为蒙古人卖命。
[1]汉人和新附军分别指的是金人和南宋降兵，这是站在元朝立场上的称呼。“唐人”则是当时日本人对原南宋子民的称呼。
3.流产的征伐
忽必烈并未因此而放弃征日。
“弘安之役”惨败后的第二个月，即公元1281年10月，元朝在高丽金州等处设置镇边万户府，以印侯为镇边万户，并赐予虎符以官印，以张舜龙为宣武将军，担任镇边管军总管，“以控制日本。”[1]次月，忽必烈下诏，命令回国比较晚的征日军队分别戍守沿海地区。
公元1282年7月，高丽国王王賰主动向岳父忽必烈提出，要自行制造战船150艘，帮助元朝征讨日本。两个月后，忽必烈命令平滦、高丽、耽罗以及扬州、隆兴、泉州共制造大小船只3000艘。
11月，忽必烈听从中书省大臣的建议，在长江以北的重罪犯人中，“除谋反大逆，杀祖父母、父母，妻杀夫，奴杀主，因奸杀夫并正典刑外”，将其余重罪犯集中到扬州，把他们充实到江南征日军中。
12月，忽必烈将范文虎等人管辖的300艘战船交给阿剌海统领，并再次任命阿剌海为征东行省丞相，任命高丽国王王賰为左丞相，同时下令枢密院召集军官谋划征东事宜。
公元1283年正月，忽必烈命令准备征讨日本的军粮，“令高丽国备二十万石”，并从五卫军中抽调两万人以征讨日本。五卫军是忽必烈设置的侍卫亲军，由亲军都指挥使统辖。“五卫”象征着东南西北中五方。[2]除此之外，忽必烈还“命右丞阇里帖木儿及万户三十五人、蒙古军习舟师者二千人、探马赤万人、习水战者五百人征日本”。4月，忽必烈下令将大都所造回回炮，以及回回炮匠张林等人交付征东行省，
[1]郑麟趾：《高丽史》卷二十九，《世家》第二十九。
[2]《元史》卷九十九，《兵志二》。
并向元军和高丽军拨付衣甲等装备。
但是，第三次东征日本的计划进展并不顺利。无论是在元朝，还是在高丽，民间反对再次东征的呼声越来越高。
公元1283年5月，御史中丞崔彧上奏说：“江南盗贼相继而起，皆缘拘水手、造海船，民不聊生，日本之役，宜姑止之。江南四省应办军需，宜量民力，勿强以土产所无，凡给物价及民者必以实。召募水手，当从所欲。伺民之气稍苏，我之力粗备，三二年复东征未晚。”[1]
淮西宣慰使、西夏降将之后昂吉儿上奏说：“臣闻兵以气为主，而上下同欲者胜。比者连事外夷，三军屡衄，不足以言气。海内骚然，一遇调发，上下愁怨，非所谓同欲也。请罢兵息民。”[2]
忽必烈没有听从崔彧和昂吉儿的建议。然而，局势的发展越来越证明东征是不明智的。
公元1283年6月，因为对东征带来的沉重负担不满，元朝民间动乱不止，江南一带的起义频频发生。蒙古地方军官请求增兵以镇压内乱。高丽的人民也不断起来反抗元军的占领。两个月后，浙西道宣慰使史弼上奏说，最近因制造征日船只而在民间征税，百姓对此感到困苦，建议皇帝采取宽舒民怨的政策。
为了控制日益扩大的内乱，忽必烈被迫下诏，命令各地放缓制造征讨日本船只的速度，将所扣留的商船都全数返还。而后，征讨日本事宜虽屡次提上日程，但每次都因众臣反对、民怨不止而搁置。
既然军事手段短期难以实施，忽必烈再次试图通过外交手段迫使日本称臣。因为知道日本崇尚佛教，皇帝派遣了南海补陀寺僧人如智等人携带国书出使日本。然
[1]《元史》卷十二，《世祖本纪九》。
[2]《新元史》卷一百六十一，《列传》第五十八。
而，因为在海上遭遇了飓风，如智等人不得不返回。
公元1284年，忽必烈再命如智及江西参知政事王积翁出使日本。但是，因为王积翁虐待船工，他在半路之上被水手杀掉。这次出使也以失败告终。
公元1285年，礼部尚书刘宣上奏说，日本与大陆隔着万里海洋，出师征讨“实为履险”，即便不会遇上飓风，能够顺利抵达彼岸，可是，“倭人徒众猥多，彼兵四集，我师无援，万一不利，欲发救兵，其能飞渡耶？”[1]刘宣还说，三四年来，湖广、江西一带，船只制造和军需粮运之事已使“官民大扰”，广东一带群盗并起，如果不停止征讨日本的计划，“安危系焉！”
刘宣的上奏打动了忽必烈。公元1286年正月，忽必烈“以日本孤远岛夷，重困民力”为由，下诏停止征讨日本，命令有关官员遣散所雇民船。而后又诏谕官民说，日本没有侵犯我朝，现在交趾国（今越南）进犯我朝边界，应该放下征讨日本事宜，专门对付交趾国。
公元1294年，忽必烈去世。成宗铁穆耳（1294—1307年在位）大德二年（1298年），江浙省平章政事也速达儿请求征讨日本。皇帝回答说：“现在不是时候，容朕慢慢考虑。”
次年3月，成宗命妙慈弘济大师、江浙释教总统补陀僧一山一宁（1247—1317年）持国书出使日本。这份国书的语言措辞平和诚恳，没有了暴戾威胁之气。国书写道：
世祖皇帝曾派补陀禅僧如智及王积翁等两奉玺书通好日本，但都因为中途有阻而返回。自朕登基以来，安抚各国，对邻近海内外的国家，没有遗漏的，
[1]《新元史》卷一百八十三，《列传》第八十。
与日本的友好，应当再次互致问候。而今如智已老，补陀僧一山道行素高，所以朕派他前往，并另商舶随行，大概一定能到达……希望日本国王考虑两国友好和安定百姓的事情。[1]
一山一宁抵达日本后，受到北条贞时——北条时宗的继任者——和宇多上皇的高度尊崇。他在日本居住了十余年，并在镰仓、京都等地传授禅宗学说，对日本佛教、艺术、文学有一定影响。日本天皇在其去世后赐以“国师”封号。但是，日本方面并未回复元朝的国书。两国没有建立起官方联系。
自成宗往后，元朝政治日渐腐朽、蒙古贵族内争不息，战乱频频。尽管倭寇已由侵扰高丽转向侵扰中国沿海，元朝已然无力对其进行征伐，只能被动防守。公元1304年4月，成宗朝廷“置千户所，戍定海，以防岁至倭船。”1308年，倭寇屡次侵扰浙江庆元，官军竟然不能敌。自元顺帝至正十八年（1358年）以后，“倭人连寇濒海郡县”。[2]到了明朝，倭寇已成大患。
[1]《元史》卷二十，《成宗本纪三》。
[2]《元史》卷四十六，《顺帝本纪九》。