基本内容
原书共二十二正篇。首篇《脏腑经络先后病脉证》篇，属于总论性质，对疾病的病因、病机、预防、诊断、治疗等方面，都以例言的形式，作了原则性的提示，故在全书中具有纲领性的意义。第二篇至第十七篇属于内科范围的疾病。第十八篇属于外科疾病。第十九篇将不便归类的几种疾病合为一篇。第二十篇至二十二篇，专论妇产科疾病。另有三篇是杂疗方和食物禁忌，一般删去不载。
原书二十二正篇，计原文398条，包括40多种疾病，共载方剂205首（其中四首只列方名而未载药味，即杏子汤、黄连粉、藜芦甘草汤、附子汤），用药155味。在治疗方面，除使用药物外，还采用了针灸和饮食调养，并重视药后护理。在剂型方面，既有汤、丸、散、酒的内服药剂，又有熏、洗、坐、敷、滴耳、灌鼻、含舌下等外用药剂。
编写体例
在编写体例方面，原书采用以病分篇，每篇内容以条文形式列出。
对于疾病的分篇，有以数病合为一篇者，亦有一病独立成篇者。其数病合为一篇者，大致有三种情况，主要以病机相同、证候近似或病位相近为依据，例如：痉、湿、暍（yè）三种疾病，都由外邪为患，在初起时多有恶寒发热等表证，故合为一篇；消渴、小便不利、淋病，都与肾或膀胱相关，病位相近，故合为一篇。二是将不便归类的疾病合为一篇，如第十九篇《趺蹶手指臂肿转筋阴狐疝蚘虫病脉证治》篇。三是分科论病，如疮、痈、肠痈、浸淫病皆属外科病证，故合为一篇。这种数病合篇的体例，有利于区别相关病证的异同之处，作出鉴别诊断，以及掌握各种疾病的辨证论治规律。原书一病成篇论述的疾病，如奔豚气、痰饮病、水气病、黄疸病等，除重点论述本病的证治外，尚涉及一些与本病有关的病证，故其论述范围亦较广泛。例如《水气病脉证并治》篇，名“血分”者，尚涉及妇科病证。书中《五脏风寒积聚病脉证并治》篇集中而具体地论述五脏发病机理及证候、治法乃至方药等，充分体现了原书以脏腑辨证为主的特色。
为了使学者系统掌握各篇所述疾病的证治规律，原书在条文的叙述上，常以问答的形式，论述疾病的脉因证治。其书写方法较为灵活。有时开门见山，给疾病明确定义；有时“借宾定主”托出疾病特点；有时把性质相似的条文列在一起，以类比其异同；有时将性质不同的条文列在一起，以资对比说明；有时用许多条文解决一个问题；有时以一条原文说明许多问题。书中有或详于此而略于彼者，须留意其前后呼应；有或详于方而略于证者，示人当以药测证；有或详于证而未列方药者，示人当据证以立方。特别是对人所易知的证候和治法，各篇每多从略；对人所容易忽略的证候和治法，则不厌其详地加以分析、比较、鉴别、说明。