首创以病为纲、病证结合、辨证论治的杂病诊疗体系
原书首创了以病为纲、病证结合、辨证论治的杂病诊疗体系。
首先，原书以病分篇的编写体例，确立了病名诊断在杂病中的纲领地位。
其次，原书各篇篇名均冠以“病脉证治”或“病脉证并治”，则进一步示人病与证相结合、脉与证互参、辨证和论治一以贯之的重要性。
再次，从各篇条文论述方式来看，大多先论述疾病的病因、病机和主要症状，然后分列证候、治法、方药。如《肺痿肺痈咳嗽上气病脉证治》篇：“火逆上气，咽喉不利，止逆下气者，麦门冬汤主之。”文中“火逆上气”言病机，“咽喉不利”言症状，“止逆下气”言治法，“麦门冬汤主之”言处方。又如《腹满寒疝宿食病脉证治》篇：“按之心下满痛者，此为实也，当下之，宜大柴胡汤。”文中“按之心下满痛者”言主症，“此为实也”言辨证，“当下之”言治法，“宜大柴胡汤”言处方。这些在辨明咳嗽上气病、腹满病的基础之上，又反映了将脉因证治与理法方药融为一体的杂病诊疗思路。
创立脏腑经络辨证方法
原书论述诊治杂病，以整体观念为指导思想，以脏腑经络学说为基本论点，认为疾病证候的产生，都是整体功能失调，脏腑经络病理变化的反映。从这一基本论点出发，提出了根据脏腑经络病机和四诊、八纲进行病与证相结合的辨证方法。这一主要精神充分地体现在《脏腑经络先后病脉证》篇。例如，在病因、发病和病机传变方面，以脏腑经络分内外，提出了“千般疚（chèn）难，不越三条”的病因分类；从整体观念出发，根据正气与邪气、人体内部各脏腑间的相互关系，提出了“若五脏元真通畅，人即安和”，以及“见肝之病，知肝传脾”等有关发病和病机传变的理论。在诊断方面，通过四诊举例，结合八纲，把疾病的各种临床表现具体地落实到脏腑经络的病变上，示范性地运用了病与证相结合的辨证方法。这一主要精神贯穿于全书各篇，在具体病证上也得到体现。例如《中风历节病脉证并治》篇，以在络、在经、入腑、入脏对中风病进行辨证；《水气病脉证并治》篇，根据水气病形成的内脏根源及其证候，分为心水、肝水、脾水、肺水和肾水。张仲景所创脏腑经络辨证方法，特别强调凭主症辨证论治，抓住主要矛盾和矛盾主要方面。
在原书中，仲景始终抓住“必伏其所主，而先其所因”，意即分析疾病时应抓住主症，以推求其根本原因。如“胃反呕吐者，大半夏汤主之”和“食已即吐，大黄甘草汤主之”。可见主症不同，治法迥异。大半夏汤证以“胃反”之朝食暮吐、暮食朝吐为主症，其病机为胃虚脾伤，不能磨谷，食物留在胃的时间较长，故治当益气补虚、降逆润肠。而大黄甘草汤主症为“食已即吐”，病机为实热积于胃肠，腑气不通，治当攻下泄热。原书的具体辨证论治有以下几个特点。
（1）辨主症时，当对其病位、病机具体分析。如《呕吐哕下利病脉证治》篇中有三个方剂均由姜、夏组成，均用于寒饮犯胃，但主症却有别。在寒饮呕逆的共性之下包含有各个性，有药物剂量之异。小半夏汤和生姜半夏汤用生姜以散寒，“走而不守”，以治饮盛抑阳的呕吐。而半夏干姜散选干姜温阳“守而不走”，以治中阳不足的寒饮呕逆。生姜半夏汤重用生姜汁以散结通气，治中阳闭郁，不得伸发，气之出入升降受阻，似呕不呕，似喘不喘，似哕（yuě）不哕，彻心中愦愦然无奈者；而小半夏汤则重用半夏以降逆化饮，主治诸呕吐，谷不得下。
（2）不论病程之久暂，凡有是证，则用是方。如《妇人产后病脉证治》篇曰：“产后风续之数十日不解，头微痛，恶寒，时时有热，心下闷，干呕，汗出，虽久，阳旦证续在耳，可与阳旦汤。”此即不以病之长短，只以临床症状辨证，抓住主证治之，但见有其证，即可用其方。
（3）主证不变，主方及治则不变；兼证已变，则“随证治之”。如治疗胸痹病，但见胸痛，便用瓜蒌薤白白酒汤；如因水饮上逆而症见不得卧者，则加半夏以降水饮，成为瓜蒌薤白半夏汤；如再见“胸满，胁下逆抢心”，则加枳实、厚朴、桂枝，以降胸中胁下之气，成为枳实薤白桂枝汤。通阳宣痹的总治则则一。
原书涉及五脏辨证的内容有200多处，六腑辨证的内容有150余处，在以脏腑经络辨证为核心的同时，《伤寒论》的六经辨证，后世概括的八纲辨证，病因辨证（六淫、七情、内生之邪等），温病学中的三焦辨证、卫气营血辨证等诸多辨证方法在书中均有所体现，可谓集多种辨证方法之大成，为后世各辨证方法的发展奠定了良好基础。
脉学的广泛运用
《金匮要略》认为脉象可以反映脏腑经络气血的病理变化以及疾病的吉凶顺逆，因而据脉论理尤具特色。全书有145条论述脉象，为中医脉学的发展做出了贡献。
（1）脉法的整体观仲景在《伤寒杂病论》的自序中，就曾批评了“三部不参”的“窥管”之见，故在《金匮要略》所论脉法，除寸关尺合诊者有180处而外，尚有30处言及寸口、趺阳、少阴及少阳合诊者，如《水气病脉证并治》篇第19条就是以“寸口脉沉而迟”、“趺阳脉伏”、“少阳脉卑，少阴脉细”等多部脉象合参的方法，阐述水气病发生的病机和证情。
（2）脉象与四时、五色的关系原书首篇提出“非其时色脉，皆当病”，提出了“脉”与“时”、“色”相合的观点。
（3）以脉推测病因如“脉紧如转索无常者，有宿食也”，是通过紧脉测知宿食；“脉偏弦者饮也”，示单手脉弦为有水饮。
（4）以脉推测病机如“阳微阴弦，即胸痹而痛”，示胸痹心痛的病机为上焦阳虚，（中）下焦阴邪上乘，本虚标实。
（5）以脉确定病位“病人脉浮者在前，其病在表；浮者在后，其病在里”，是确定病之表里；“诸积大法，脉来细而附骨者……各以其部处之”，是通过脉诊确定积病在上、中、下各部的病位。
（6）以脉主病（诊断）如痉病之脉，“按之紧如弦，直上下行”；“脉微数（shuò）”主百合病；“寸口脉动而弱”主惊悸病。
（7）以脉论症状如“脉虚弱细微者，喜盗汗也”。
（8）以脉鉴别诊断如“脉数虚者为肺痿，数实者为肺痈”。
（9）以脉论治如“脉数而滑者，实也，此有宿食，下之愈，宜大承气汤”；疟病“弦小紧者下之差，弦迟者可温之；弦紧者可发汗、针灸也，浮大者可吐之”；“酒黄疸者……其脉浮者，先吐之，沉弦者，先下之”；或直接指出治法或直接出示方剂。
（10）以脉推测预后如《痰饮咳嗽病脉证并治》篇第34条“久咳数岁，其脉弱者可治，实大数者死……”，是结合病之新久；首篇第12条“脉脱人脏即死，人腑即愈”，是结合脏腑病位；《痉湿喝病脉证治》篇第3条“太阳病，发热，脉沉而细者，名日痉，为难治”，是结合证候；《痰饮咳嗽病脉证并治》篇第20条“脉弦数，有寒饮，冬夏难治”，是结合时令；《呕吐哕下利病脉证治》篇第35条“下利后脉绝，手足厥冷，晬（zuì）时脉还，手足温者生，脉不还者死”，是结合邪正之盛衰；《水气病脉证并治》篇第10条“水病脉出者，死”，是结合病名以言预后。《呕吐哕下利病脉证治》篇第26条“下利手足厥冷，无脉者，灸之不温；若脉不还，反微喘者，死。少阴负趺阳者，为顺也”，是结合趺阳脉有无胃气；《五脏风寒积聚病脉证并治》篇第3条“肺死脏，浮之虚，按之弱如葱叶，下无根者，死”，是结合真脏脉无胃神根。均对临床有重要指导价值。
（11）多脉见一病《妇人杂病脉证并治》篇第8条指出：“……其虽同病，脉各异源”。如同为水气病，石水“其脉自沉”；风水“其脉自浮”，或见“脉浮而紧”，或见“寸口脉沉滑”；皮水“其脉亦浮”，也可反见“沉”脉；正水“其脉沉迟”或“沉小”（亦可见“寸口脉弦而紧”、“少阴脉紧而沉”、“寸口脉浮而迟”、“趺阳脉浮而数”、“伏脉”、“沉绝脉”、“出”脉）；属气分者可见“寸口脉迟而涩”，或“寸口脉沉而迟”、“趺阳脉微而迟”，或“趺阳脉伏”；属血分者可见“少阳脉卑”、“少阴脉细”。总计19种不同的脉象。
（12）一脉见多病原书所载浮、沉、迟、数、弦、紧、大、伏、脱、绝、出、革、细、弱、动、平、虚、实、结、急20种单一脉，每一种单一脉均主多种不同疾病。如单见浮脉者，既主“风”、“风湿”、“风水”、“皮水”、“表虚发黄”，又主上气、咳喘、里虚、女劳疸和衄血、酒疸、五脏绝证。
由上述可知，原书已形成了较严密的脉学体系，充分体现了普遍联系的辩证法观点。黄树曾谓“通观《内经》、《难经》、《伤寒论》、《金匮》之脉法，全是活法，却是定法”（《金匮要略释义》）。《金匮》之脉法，“亦皆《内经》及历代相传之真诀”（清·徐大椿），值得很好地继承与研究。
辩证的治疗观
一、普遍联系的统一整体观念
1.治未病（既病防传）
《脏腑经络先后病脉证》篇第1条强调了肝实之病多传变至不旺之脾，此时“当先实脾”。根据五行生克制化的理论，脏腑疾病有先后传的规律，故仲景对于邪气实的脏（腑）病，预测到必传其所克、所制约的脏（腑），从而提出了治本脏同时兼实他脏，以防传变的整体治疗法则，具有重要的临床指导意义。
仲景还将这种“既病防传”的治疗思想灵活地运用于对具体病证的治疗。如《痉湿暍病脉证治》篇见“太阳病，无汗而小便反少，气上冲胸，口噤不得语，欲作刚痉，葛根汤主之”，说明病邪尚在太阳之表，但已开始内传阳明，“口噤不得语”可征，乃为刚痉欲作之初，而非已作之后。张仲景为了杜绝病邪由太阳之表完全传人阳明之里，发展为“卧不着席，脚挛急、必龄齿……”等阳明里热之痉病（可与大承气汤，见该篇第13条），故特制葛根汤发汗解表、升发津液，“乘其未盛而夺之”，为既病防传之实例。
2.根据五行生克制化理论，防止矛盾转化的治法
首篇“十七句”是在阐明当肝虚脾不旺时，为何要用补脾的药物进行治疗。因为要解决肝虚这一主要矛盾，除了要用酸味直补本宫而外，为了防止主要矛盾逐渐转化，导致心脾两虚，肺金乘木，便采取了防微杜渐的治法，兼扶心脾，补土制肾，水火相济，使火能制金，金不乘木，“则肝自愈”，这种防止矛盾转化的治法对临床实践具有重大的指导意义。
3.上病下取
病证虽表现在上焦，但其病本在下焦或中焦，可用本法治之。如《痰饮咳嗽病脉证并治》篇第26条：“支饮胸满者，厚朴大黄汤主之”，此为饮热互结胸胃，可用逐饮荡热，行气开郁，上病下取。
4.下病上取
若病证虽表现在下焦，但其病本在上焦或中焦者，可用本法治之。如虚寒肺痿症见“必遗尿，小便数，所以然者，以上虚不能制下故也”，则可用温肺复气、暖上制下的甘草干姜汤治疗。
5.内病外治
“百合病一月不解，变成渴者，百合洗方主之。”百合病本心肺阴虚内热，由于“肺合皮毛，其气相通”，用药汁洗其外，亦可通其内，以达到清热养阴，润燥止渴效果。
6.外病内治
《疮痈肠痈浸淫病脉证并治》篇第6条云：“病金疮，王不留行散主之。”凡刀斧等金属器械所伤，必然会导致营卫气血失运，故用行气血、和阴阳法以治之。方后云：“小疮即粉之，大疮但服之，产后亦可服。”说明内服外用均可，但主要在内治。
二、灵活运用对立统一观点
1.扶正与祛邪兼顾
（1）扶正为主，佐以祛邪这种治则一般用于以正虚为矛盾主要方面的脏腑病证或经络病证，当然也照顾到祛邪的一面。如《血痹虚劳病脉证并治》篇第6条云：“虚劳诸不足，风气百疾，薯蓣丸主之。”因人体阴阳气血诸不足，易受外邪侵袭，治疗时应着重扶正调补，不能一味祛风以重伤正气，反使风邪不得外解，故仲景在调理、健运脾胃和养血滋阴药中，佐以祛风散邪药，此扶正即所以祛邪之意。原书扶正以祛邪的方剂虽为数不多，但这些方剂都有补益或调理脾肾的作用。因为内伤杂病至后期，多出现脾肾虚衰证候，并由此而影响其他脏腑的功能，促使病情恶化，因此调理脾肾是治疗内伤杂病治本的原则。
（2）祛邪为主，佐以扶正此种治则一般用于以邪实为矛盾主要方面的脏腑经络病证。内伤失治防外感，虚劳失治防变实，原书中的多数方剂即以祛邪为主，当然与此同时，也注意扶正的一面。如治疟母的鳖甲煎丸，其祛邪为主的药物虽然较多，但又佐以人参、阿胶、桂枝、芍药等补益气血、调和营卫之品；大黄廑虫丸是治干血劳的名方，若单治虚劳，补正必碍邪，单化“干血”，攻邪必伤正，故仲景在一派活血逐瘀药中用了大剂量扶正的地黄、芍药、蜂蜜、甘草，寓有祛邪即所以安正之意。
仲景在首篇中还提出了攻邪“当随其所得”的原则：“夫诸病在脏，欲攻之，当随其所得而攻之，如渴者，与猪苓汤。余皆仿此。”因病邪在里锢结不解，往往与体内有害物质如痰、水、瘀血、宿食等相结合，故医者当随其所得之病因施以恰当治法。“病痰饮者，当以温药和之”，以及对水气病、宿食病、瘀血疾患的治疗，都体现了这一原则。