“世有谓释氏只见此心虚灵知觉之妙，不复能向上寻之以知其性，遂至贻祸之酷，其意专指良知之学同于禅耳！岂知见心不见性之说，正自背乎孔孟之训，而非吾之所为尽心也。”（５５６页）他曾在《与友人论学》书中，对“友人”的一些错误观点提出过尖锐批评：“夫格物者，致知之实下手也，不格物则悬空无致力之地，良知从何以致？忽于行持保任，正是不见学问头脑，功夫无着落。良知万物皆备，若体当得物所由来，是良知感应处，则致知格物自不能分为两事，何缘轻得格物？……其云言下直见本体，所谓言下解耳……今曰无难，恐未尝实体认之过也……若真实体认，能知见得之难，则所以求之者，功夫自有着落。”（５５９页）而这个“友人”，其实就是指的王畿，这从文中所引王畿之言予以批驳即可看出：“答书屡空之学，变动不居，周流六虚，无方员（圆）之规矩，而天下之方员从此而出，此入圣之微机，无典要之大法云。此本夫子称颜子之忘贫耳，非其心忘乎！贫则其空不屡，至于屡，即见其学之所至，恐非以空为学也……大抵圣门之教在实地上用功，事即是学，学即是事……今以空为大法，学者从何捉摸，是佛家之说偈语，非夫子之为教也。”（５６１页）“屡空之学，变动不居，周流六虚”，即为王畿之观点； “言下直见本体，所谓言下解耳”，亦为王畿所提倡。
而所谓“言下解”，即“当下解”，孙氏亦对此深表担忧：“只此致良知三字，果能自信当下了彻否？真可忧也。”（５７６页）第二，“提醒良知”。“提醒良知”亦是王阳明的重要命题之一。
阳明《与黄宗贤》云：“若良知一提醒时，即如白日一出，而魍魉自消矣。”［１６１］后其弟子王臣（公弼）将此说概括为“提醒良知”。阳明《与王公弼》云：“来书‘提醒良知’之说，甚善甚善。所云困勉之功，亦只是提醒工夫未能纯熟，须加人一己百之力，然后能无间断，非是提醒之外别有一段困勉之事也。”［１６２］王畿、钱德洪两位高足对这一思想亦多有发挥，如王畿《南游会纪》载：“友人问：‘寻常闲思杂虑，往来憧憧，还须禁绝否？’予谓：‘心之官则思，原是心之职。良知是心之本体，潜天而天，潜地而地，根底造化，贯串人物，周流变动，出入无时，如何禁绝得他？只是提醒良知真宰，澄莹中立，譬之主人在堂，豪奴悍婢自不敢肆，闲思杂虑从何处得来？’”［１６３］ 《桐川会约》载：“今日之会，诸友习染已久，岂敢便谓人人发有必为圣人之志？但人生世间，却须了结此身，寻个做人道路。连日与诸友所论说，无非提醒良知、保护性命之事。不起于意，不动于欲，不作盖藏，一念灵明，便是入圣真种子，便是做人真面目。时时保守此一念，便是熙缉真脉路，无待于外求也。”［１６４］但与龙溪在“提醒良知”后加上“真宰”概念不同，钱德洪在听了弟子有关“提醒本体”的提问后，先是“默而不应”，后才以答非所问的所谓“功夫略见端倪，正好用力”来凸显自己的“见在功夫”论：
“明日又问：‘默体良知广大高明，原无妄念可去，才有妄念可去，已自失却广大高明之体矣。今只提醒本体，群妄自消，如何？’先生（绪山）又默而不应。拱极固请。先生曰：‘功夫略见端倪，正好用力，必求此心，真信真悟，才着分解，即已浅矣。’”［１６５］孙应奎的“提醒良知”说，紧跟阳明的思路，而欲与龙溪保持距离。他说：“提醒此良知为主，不使昏昧放逸，则私意无所容，而不正之事无所隐，有以复于至善而心正矣。”（５３９页） “意者，良知感应其几萌动处，善恶介头也。”（５４０页）“提醒良知”，就是一方面要克服“看得致良知太易”的“直见本体”说：“致良知三字，师传口诀，及门者类言依本体便是，固不差，不知本体何以依得随其气质清浊而所以求？ 依本体者，学利困勉多少层数在，非立志勇决，实用其力，而不使一毫放过，则因循自欺，终身迷误而不自觉，其于本体何有？此体固言下即见得，若可持循，殊不知愈精进，愈无穷尽，只觉就手不得。学者狙于初见得，以为此良知矣，而不知愈无穷者，即此良知也……间有谓看得格物太轻者，却亦不知是看得致良知太易耳！”（５４７页）另一方面要“求理于良知”而不可“求理于闻见”：“求理于良知，以致良知为主，拳拳服膺而勿失，则随所见闻，感动触发，为吾致良知之用……求理于闻见，以闻见为主，则因所闻而后闻所未闻，因所见而后见所未见，虽而识而择，亦不能外于良知。但倚于闻见，无本立道生之机，未免忆而中耳，此学术内外之辨也。”（５５９页）至于“良知”的内涵，首先孙应奎认为“良知”即“虚灵不昧之心”：“《大学》明德即虚灵不昧之心也，具众理而应万事矣。”（５５７页）“心本寂然，而其感通者不出于寂然之外，故功夫只翕聚，以复其寂然者而已。”（５５３页）“苟非虚灵，安得有理有事哉？”（５５６页）所以他对陈白沙的“致虚”说也表现出赞赏的态度：“白沙先生致虚之所以立本也……虚是心之本体，舍慎独无以为致虚之功。”（５５２页）同时又认为“天地之撰由良知而后有”，强调“以格物为致知之实地”：“用即天地之撰也，天地之撰由良知而后有。故物者知之物也，知者物之知也，无内外而一之者也。若以吾良知而体其撰，是知与物犹二。格物本于致知，恐功夫犹有先后，似于致知宗旨少差。”“来书格物致知实地，吾儒所以异于禅家者此也云。彼意谓看格物太轻，如前之说以吾学是禅。殊不知正以格物为致知之实地，但恐其于所为实地者，亦未知何如作用有以异于禅耳！”（５６０页）所以他说：“学莫病于虚见，莫要于实得。”（５４２页）总之，孙应奎所理解的良知学说，乃是体用合一的“先天之学”：“抑二先生（指庞弼唐、周谦山，皆为甘泉门人）之学今再传矣，此升降明晦之几也，其能以无隐忧乎？由致知之学而失其宗，则必入于禅矣。何者，不知格物以为功，将专求诸内也。由体认之学而失其宗，则必入于霸矣。何者，拟议于忘助之间而不知顺天理以为则，将用智也。”（５８４～５８５页）第三，调和王、湛。尽管孙应奎对湛甘泉的个别言论颇有微词：
“尝观《甘泉先生文集》，有‘天理正中处为立教’语，盖谓勿忘勿助之间使学者体认之。如此，夫既曰‘天理’，则自无偏倚，而又加‘正中’，不其多乎？”（５５６页）对曾入湛门的许孚远的一些做法也略显惋惜：“吾敬庵必自验有得力处、有致力处，惜乎未遂合并，徒怅然耳！”（５６８页）但是在为学宗旨上，孙氏却认为王、湛“其志同，其旨诀同”，尤其“是二师之继往圣以待来学者，固未始不同也”。
他在送别庞弼唐、周谦山的序文中曾写道：
以其师甘泉先生，吾师阳明先生，同时倡道继绝学，其志同，其旨诀同，二先生不可作矣。不究其微，则不要其归；不要其归，则不继其志。故博求诸同志，而思以承其绪，其所负荷大矣……泉师旨诀“随处体认天理”，以感应而条理出焉，天然自有者也……勿忘勿助是之谓体认，非有毫发加于天理之外也。吾师以“致良知”为旨诀……良知天然自有之条理谓之天理，天理自然之明觉谓之良知；勿忘勿助以体认此天理，则虽不言格致诚正，而实不离格致诚正以为功。是二师之继往圣以待来学者，固未始不同也……则明之于粤者此学也，明之于浙者此学也。处以此，赠以此，推而明之于天下，亦惟极于此而已矣。（５８４～５８５页）孙应奎的这段话，说明了三个问题：一是阳明“致良知”说与甘泉“随处体认天理”说在本质上是一致的，王、湛二人的学说可以彼此互补、相得益彰；二是无论粤中学者还是浙中学者，都必须“究其微”、“要其归”、“继其志”，亦即会通王、湛，取其精华；三是王学虽为浙学之核心，但浙学中也包含了湛学，换言之，湛学也是明代浙学的组成部分。总之，孙应奎坚持王、湛调和的立场，主张通过阳明的体用、内外合一说来打通王学与湛学。不过，在调和王、湛的同时，他也对湛学滑向“多识多知”的朱子学的倾向提出了警告，并提出了与王畿相近的“无知之旨”说：“夫虚灵知觉之谓心，空空如也，何尝倚于有所知乎？有所焉，不得其正矣……今之病良知者，正缘多识多知，玄觉妙见，穷日夜言之不尽，失却良知本体，非所以语学矣。孔子盖直指虚灵之为良知，使学者日求于无知以自得之也。观绝四之说，则无知之旨益明矣。”（５８３页）欧阳德曾就此与孙应奎展开讨论，并讲述了自己从误入迷途到“深悔痛艾”的痛苦经历：“因思前此虚谈泛说，自己未有道学自修、恂慄威仪之实，而徒以意气语言动人，使有志者习高谈而惊外，无志者疑实行而生厌，误己误人，罪不可逭。近方深悔痛艾，日征月迈，但有懔然，蒙泉何以教之？”［１６６］这无疑是在提醒孙应奎：千万不可重蹈自己的覆辙！
而孙氏则不仅接受了欧阳德的忠告，而且显示出更加坚定的立场，明确反对脱离实际的“玄见虚谈”或“虚谈泛说”，强调“玄见虚谈，须痛涤除，而一瞬一息，皆须真的”（５７５页）。这种求真务实的作风，反映了孙氏在掌握和运用阳明学基本精神上的灵活性。
第四，作《朱子抄》。“朱子之学，无所不通，与门人亦无所不讲。黎氏《语类》以二十六目举其大凡，包括尚有未尽，读者茫无津涯”。于是“明人递相选录，几于人有一编”［１６７］。然所纂动机各有不同。有的见朱子著述最富，辩论亦最多，为把握其思想实质，而作朱子抄，如吕柟的《朱子抄释》二卷：“是编惟摘切要之词，而不甚以攻击为事，于学问大旨，转为简明。然于与陆子静论意见一条，注其下曰：陆氏终近禅。则是非之辨，亦未尝不谨严矣。”［１６８］有的见朱子“早年、晚年，持论或异；门人所记，或以己意增损之，亦往往彼此不同，读者亦莫能决其去取”，于是作朱子抄， “其大意乃在于胜负相争，区分门户，不过借朱子为名，未尝真为明道计也”［１６９］。孙应奎的《朱子抄》便属于后者。他采取阳明《朱子晚年定论》的方法， “乃复取《朱子大全》，撮其要领，自壬午应诏封事纪至《伊川先生年谱》止，分为十卷，名曰《朱子抄》。抄中所录，大有圆平日注解之所未圆处，可以想见朱子晚年面目”［１７０］。此书不仅在规模上要大大超过阳明的《朱子晚年定论》（《朱子晚年定论》只有一卷，而《朱子抄》则有十卷），而且还增加了许多注解，以“圆平日注解之所未圆处”。如果说阳明作《朱子晚年定论》的目的，是通过对新安理学集团有关朱、陆异同之辨的回应来达到与当时的朱子学者争夺话语权的话［１７１］，那么孙应奎作《朱子抄》的目的，便是通过“圆平日注解之所未圆处”的手法来调和朱、王，并使王学与禅学彻底分离。
由于该书今已不存，所以我们只能从时人有关《朱子抄》的评论中了解它的大致内容。王学权威欧阳德的评论是：
来教“丝毫假即全体假，无此丝毫即本体直达”，警发多矣。说到此，须造到此，始是修辞立诚。不然，总是虚见虚谈，无益于学。《朱子抄》未曾详观，大意与先师采刻《定论》同意，而序中发明却似未尽。末后引朱子新得数语，其命意发端犹是旧学。以此为定见，恐未足破疑解惑，而反助之波也。以合之尽其大为存心，朱子意本不如此，异时恐有援此为辨者。
省去文字，休养静观，亦起人疑。学得其道，多识前言往行，亦是畜德。苟失其道，虽休养静观，省去文字，亦未有入手处也。尊意如何？“以通其故”一语，上下不相承。“注述”二字，古不并用，此犹是小疵。凡此等论学传世之文，前辈往往反复商榷，不肯轻出，今即入刻，犹可及改否？然语意雍容，气象宽大，殊无矜逸猛隘之态，足知近来学力所进，而观者之所感必深矣。中间数觉有局缩处，却恐是气习消磨未尽，而用意收敛调停简择不得，矢口而发，故尔以此益见得学尚有进步处，须精义乃入神也。道远，无由面承。语多直致，谅不以为罪。［１７２］欧阳德未详细研读《朱子抄》即已知道该书“大意与先师采刻《定论》同意”，说明孙应奎编纂此书的目的是人所皆知的。然欧阳德仅通过对该书序文及末后所引“朱子新得数语”，便断定“序中发明却似未尽”， “其命意发端犹是旧学，以此为定见，恐未足破疑解惑，而反助之波也”，则显得过于武断。这可能说明，欧阳德不“详观”此书，不是因为没有时间，而是因为对孙氏之作甚为不满，于是随手一翻后便大发议论，给人以不屑一顾之感觉。在欧阳德看来，《朱子抄》虽然在形式上是“语意雍容，气象宽大，殊无矜逸猛隘之态”，但在内容上却是“矢口而发”，粗制滥造，不求甚解，问题多多。因此，若把孙氏所选内容作为朱子“定见”，不仅不能破解朱、王之间的分歧，反而会加剧朱子学者对王学的攻击。欧阳德的这段评论，实际上反映了两人在对阳明学基本精神的把握上存在差异，亦即究竟是“省去文字，休养静观”呢？还是“多识多知”， “学得其道”？
“三教合一”鼓吹者管志道的评论是：
唯载有答吴斗南、陈卫道等书，则犹未必出自悟后心境。
盖朱子尝有祭禅师祭文，称其具正遍知而自谦一莫能窥；亦重佛证，而解《金刚经》“诸相非相”之旨，以为离相即名为佛。
此出暮年真悔真悟，正不必为之讳也。然而，讲良知之流敝势必淫于狂禅，孙公或先见而预间之耶？是《抄》大有功于考亭，可与文成公之《定论》相表里。［１７３］认为该书不仅“大有功于考亭”，而且可与阳明《朱子晚年定论》
“相表里”，只是觉得孙氏讲的“良知之流敝势必淫于狂禅”未必正确。说明管志道的评论要比欧阳德的正面、积极许多，所以管氏赞成重梓该书。但管氏基于个人的思想立场，要求孙氏不必避讳朱子“暮年真悔真悟”的“佛证”、禅语，则可以说是把“六经注我”的方法发挥到了极致。欧阳德与管志道对《朱子抄》的不同评价，进一步凸显出王门内部的意见分歧。