传教士所谓天主从无中生出最初的有——物之初宗的说法，也同当时中国人的观念极为不同。中国人突出的务实精神和不喜形上思辨的倾向使他们很少关注万物最初的产生。中国人认为，天地是最初的存在，天地的构成元素是气。气是弥漫周遍一切的。气的运行所呈现的条理或气为什么如此运动的根据是理。现实的存在物只有气。理是由气的存在和运动逆推上去才有的概念。从先秦黄老的精气说到汉代的元气说再到宋儒的“太虚即气”说都贯彻了这一观念。这一观念的核心是，气是最初的存在，气是一切存在的前提；气的存在是自明的，在经验上是可以证实的，不需要在气之前再找一个存在者，追问气之所从来是虚妄的、愚蠢的。朱熹哲学中的理气先后问题，以“天地之间有理有气”为正解，其他说法都是被学生逼问而“推上去”的不得已的说法。所以，有是最基本的。中国哲学中大量讨论的“无”多是境界语，表示不为俗事所累，不为外物牵缠，随意所适，无拘无束的状态。老子的“有生于无”，这个无即道。《淮南子》所谓“虚廓生宇宙”之说，这个虚廓也不能认为绝对的虚无，它是对辽远无朕、鸿濛未形的有的一种描述。中国人自始就是朴素的唯物论者，他们对天主从无中生出万物之初宗的说法的怀疑和抵制是自然的。
2.太极与万物一体利玛窦所讲的上帝，既然不是现实时空中的存在，在中国人缺乏形上设定的头脑中，就极易和佛老哲学中的空和无联系起来。中士就曾诘问道：“如空无者，非人非神，无心性，无知觉，无灵才，无仁义，无一善足嘉。即草芥至卑之物犹不可比，而谓之万物之根本，其义诚悖。”（《天主实义》上卷，《利玛窦中文著译集》第17页）针对中士的这一诘难，利玛窦指出，天主绝非无性无才无德，天主的才德较之人来说不啻万倍。天主是五常之德的根源，但它本身无声无息。天主的这种性质很容易使人认之为太极，但天主绝非太极。利玛窦认为，中国和西方都有万物的主宰者的观念。中国人以太极为万物的主宰者。但古代中国的圣哲极少言及太极，它似乎不能作为代表中国宇宙论最高范畴的通行概念。利玛窦根据朱熹订正的周敦颐的《太极图说》，把太极解释成奇偶两观念的形象化、图式化。他反对把太极作为产生天地万物的本源。他借用西方中世纪哲学中区分第一性的质和第二性的质的思想来说明。他称第一性的质为自立者，第二性的质为依赖者。自立者“不恃别体以为物而自能成立”，如天地、鬼神、人、草木、金石、地水火风等。依赖者指“物之不能立，而托他体以为具物”者，如声音、颜色、气味及人的感情等。二者当中，自立者时间上必在先，地位较依赖者为贵。人之身体为自立者，貌色、感情及人伦道德等皆属依赖者。太极依宋儒的解释，为理，则理亦依赖之类。依赖者非本源者，所以它不能作为天地万物的根源。此外，按宋儒的说法，理或在人心或在事物，皆在作为存在的人心、事物之后，在后者不可能为在先者之源。利玛窦得出结论说：
有物则有物之理，无此物之实，即无此理之实。若以虚理为物之源，是无异乎佛老之说，以此攻佛老是以燕伐燕，以乱易乱矣。（《天主实义》上卷，《利玛窦中文著译集》第19页）
利玛窦这里还有一层暗含着的意思：天主只从虚无生出万物之初宗，此后物之化生均靠物本身。就万物的自生自化来说，先有物再有物之理。利玛窦这里理解的理，指人与物的运动规律、理则。而中士对理的理解仍循当时通行的儒家之说：无其理则无其物，理是物的所以然之故，理逻辑上先于物。二者所言的理其实不是一回事。
利玛窦不同意太极是万物的根源的另一理由是，无形无象的理如何能成为有形有象的万物的产生者。按儒家对理的解释，理是“无情意，无计度，无造作”的，就是说，它是没有意识、感情和灵觉的，它没有创造万物的能力。它不能给人和动植物以灵觉。有灵觉的生物只能由有灵觉的生物创造出来。中士的反诘是，既然天主无形声而能生有形声之“物之始宗”，则太极无灵觉也可以生出有灵觉的生物。当然中士的这一类比过于简单。太极之“生”物与天主教所言天主之“生”物是完全不同的。太极或理只是气化生万物的根据和逻辑前提。太极或理没有产生物的功能。太极“生”物是物由气化自生。中士将“太极动而生阳，静而生阴”理解为太极自然生出“灵觉”，其实这个生也不能解释为母生子或天主“生”出万物之“生”。利玛窦或他抨击的对象都没有对中国哲学中“生”的概念作详细的考究。
与太极相连的是“万物一体”问题。万物一体是宋明理学的重要观念，它表示通过道德修养，人与他生活环境中的一切息息相关，乃至天下物无不是他仁心顾惜怜念的对象，天下物无不是他的道德情怀所抒发、所表现、所关爱的象征物。理学家多以此情怀为修养极致，如张载《西铭》、程颢《识仁篇》、朱熹《仁说》、王阳明《大学问》等就是这种情怀的集中表述。
利玛窦对“万物一体”说持强烈的批评态度。在他看来，只有天主才能与万物为一体，说人与万物为一体，其中包含着将人同于上帝的僭妄。他认为，物都有其所以存在的根据，这个根据可分为内与外两种。他叫做“内分”与“外分”。内分即构成事物的可由事物本身说明的根据，如构成事物的阴阳二气。外分是构成事物的外在根据，如四因说的“作者”（动力因）。最高的外分即天主，因为天主是万物最高的、最后的动力因，天主创造了万物同时又内在于万物：
天主不可离物，天主无形而无所不在，不可截然分而别之。故谓全在于全所，可也；谓全在各分，亦可也。（《天主实义》上卷，《利玛窦中文著译集》第44页）
所谓全在于全所、全在于各分即天主自为他自己或天主表现为具体事物。万物既然是天主的表现，那就意味着剥夺了任何别的东西“与万物为一体”的可能。所以当中士问“人与万物为一”之论可否成立时，利玛窦的回答是：“以人为同乎天主，过尊也；以人与物一，谓人同乎土石，过卑也。”（《天主实义》上卷，《利玛窦中文著译集》第44页）就是说，不管是以人等同于万物之总体或以人等同于具体物，都不能成立。利玛窦此处意在强调天主君临万物、宰制万物、表现为万物的惟一性。人与上帝比是渺小的，不足担此大任。他对于“人与万物为一体”的批评，就是堵塞人的任何僭越的可能，哪怕是隐喻的、象征的。
利玛窦为了加深这一点，他仔细分析了所谓“同体”之“同”的不同方式。他认为所谓同体之同，即同类之意，“如四肢与一身同属一体焉”。这一意义上的万物一体，只是说万物同出一源。中士引“君子以天下万物为一体者也，间形骸而分尔我，则小人矣。君子一体万物，非由作意，缘吾心仁体如是。岂惟君子，虽小人之心亦莫不然”（此语为稍变王阳明《大学问》之句而来）来说明万物一体的意思。利玛窦认为，这样的一体之仁虽在宣扬仁道，而它的结果却是戕害仁义之道。因为按儒家的说法，仁义的施予是由近而远，能近取譬。但施仁义必先假定对方不同于我。如同于我，则仁义不必施。仁者的极致是能施远爱，但凡被施予者皆与我不同。此外，物之不同，正好证明天主保存生养万物不分大小远近“兼切爱恤”之义，正好证明天主造物的多样性。儒者所谓“万物一体”将导致“简上主，混赏罚，除类别，灭仁义”的结果。
利玛窦同中国士大夫在太极与万物一体上的辩论，透过其宗教语言，我们可以看到其中蕴涵的哲学问题，可以看到中西方根本观念的某些差异。如太极观念，中国人的基本看法是，太极是宇宙根本之理。太极不同于具体事物之理。太极之理具有价值的根源和存在的根据这两种最根本的意义。中国人倾向于将两者看做统一的。但物理之上的伦理是一种投射，是体验者把他对宇宙万物的觉解，把他的怀抱、期望甚至情感上的企向都投射在物理身上。太极这一概念包含的意蕴是，伦理原则是本有的，不是后天发生的，所以是神圣的。事物最重要的是它的原则、根据，体现在它之上的人的觉解等。有形质的、可以填充到任何理的框架中的物质性始基——气，它的重要性远逊于太极和理。这里中国人强调的是精神性的东西。这种精神性的东西体现在每一物上。而天主教的核心是一超越的、神圣的存在，它时时强调在可见可感的东西背后有一主宰者、给予者，这一超越的、神圣的存在是万物的终极原因。他貌似亲切而实邈远难寻，世人对他是仰企的、期盼的。如果抽掉这一主宰者的神性，则论证这一终极存在的方式是理性的、逻辑的。中国人对他们的本体世界——伦理性的理的把握是体证的、诗的、象征的。可以说，中国人倾向于无神论。希腊人本来也是无神论者，但他们把完满的观念，把创造者的观念放在现世之外，认为世间的一切都是对现世之外的东西的模仿。这种倾向使他们很容易接受希伯来的上帝观念。全智全能的上帝所具有的“智的直觉”和认识现实世界的理性原则结合在一起。所以利玛窦用理性方式证明的是信仰的对象，甚至可以说他们要证明的对象在证明活动开始之前就是自明的。中士对这一证明过程辩驳甚少，对证明的结论则疑问甚多。这是明末天主教传入中国时一个显著的现象。这和中国人喜好西洋的自鸣钟和三棱镜而不喜好西洋的天主教这一现象是一致的。
对“万物一体”的责难，表现出中西方在伦理和宗教、一般和个别上的不同侧重。对万物一体的阐释与发挥，现在多侧重于环境保护方面，但实际上中国人的万物一体观念是个伦理和艺术的观念。“万物一体”、“无一物非我”表示的是主体的境界——艺术和伦理的境界。主体和客体为一，主体的精神、怀抱投射于客体之上，客体变成了主体寄托其胸怀的价值物。主体的生命意识极大地拓展了，宇宙万物变得和主体息息相关。价值变成了自然，自然变成了价值，生命的视野越出一己的束缚之外，与宇宙万象的合规律性与合目的性密合无间。这是一种即伦理即艺术的情怀。在这种观照下，超自然的严酷的律令被消解了，换成了生命意识和家园意识的温情。一切都在欣欣向荣的环境中充满了暖意。对万物一体的批评伴随的是宗教的庄严和人神分途的严酷。在自然主义者眼中，中士的诗意的描绘只是一种象征，而实际存在的是赤裸裸的自然本身。自然间万物的和谐图景只是上帝造就的“初始”合乎逻辑的发展，这里不允许诗意的翅膀自由飞翔，只有在最终的意义上才有“天主”，剩下的是自然。自然事物具有双重性质：它既是上帝的显现，也是自然本身的直接呈现。这个呈现因袭万物各自的特点，而万物一体则由主体的投射略去了其差别，或说这些差别只是加强了万物一体内涵的丰富。万物一体着眼点在一般，利玛窦强调的自然性着眼点在个别。所以，传教士对中国士大夫的精神修养境界是隔膜的。尽管他们也在追求精神修养，但他们强调的不是与宇宙万物为一，而是与至高无上的天主为一。所以，有基督教背景的学人反对“内在超越”这个词及这个词所代表的修养途径。这一点早在利玛窦时代就开始了。
二灵魂
灵魂是天主教论求的重点之一，因为它与行为善恶、救赎、天堂地狱等基本教义及人的各种现实的精神活动有关。由徐光启笔录，传教士毕方济口授的《灵言蠡勺》一书是传教士最早的译著之一，于中可以窥见传教士对灵魂问题的重视。《灵言蠡勺》专讲“亚尼玛”（拉丁文anima，意译为灵魂）之学，本书小引说：
亚尼玛之学，于费禄苏非亚（自注：译言格物穷理之学。按：即哲学）中为最益，为最尊。古有大学，榜其堂曰：认己。谓认己者，是世人百千万种学问根宗，人人所当先务也。……故格物穷理之君子，所以显著其美妙者为此，推而齐家治国平天下。凡为人师牧者，尤宜习此亚尼玛之学，借此理以为齐治均平之术。（《天学初函》，《灵言蠡勺》上卷第1页）
传教士把关于灵魂的学问看做西方一切学问的根宗，且非仅玄理的探讨，而且把它作为修齐治平的基础。中国人对它的探讨则要少得多。由于中国人没有彼岸、灵魂拯救、天堂地狱等超世界的主宰者的宗教观念，他们没有西方那样的灵魂观念，也没有对与灵魂相关的记忆、感觉、表象、推理等的研究。他们倾向于把以上能力看做天赋的，不证自明的。《墨经》中仅有的关于感觉推理等的记述，只是为了理清概念，便于辩论，还不能说是关于它的性质和规则的研究。这些记述在墨子中绝后便寂无嗣响。中国典籍中关于魂魄的讨论也甚为简单，远没有西方人出于宗教热情和纯求知的愿望对灵魂所作的探讨那样深入和广泛。佛教中唯识学虽对与认识相关的问题作过精细的区分与说明。但也没有天主教那样的灵魂观念。传教士关于人的本质，人与动物的区别，天堂地狱诸学说中皆涉及灵魂问题。在这个问题上他们同中国人的冲突是不可避免的。
1.灵魂不灭《天主实义》在讨论灵魂问题时说，现世是人的侨居之地，人的本来家室在后世不在今世。中国人接触到这一点说法时马上想到的是佛教的轮回说。传教士认为天主教所说的灵魂与佛教作为轮回的主体的灵魂是不同的。利玛窦首先对灵魂这个较为笼统的概念作了详细界定，他说：
彼世界之魂有三品，下品名曰生魂，即草木之魂是也。此魂扶草木以生长，草木枯萎，魂亦消灭。中品名曰觉魂，则禽兽之魂也，此能附禽兽长育，而又使之以耳目视听，以口鼻啖嗅，以肢体觉物情，但不能推论道理，至死而魂亦灭焉。上品名曰灵魂，即人魂也。此兼生魂觉魂，能扶人长养，使人知觉物情，而又使之能推论事物，明辨义理。人虽身死，而魂非死。盖永存不灭者焉。（《天主实义》上卷，《利玛窦中文著译集》第26页）