三品之中，灵魂最高，灵魂能包草木之生魂和禽兽之觉魂。后二者依于其所附之体，体灭则二者澌灭，灵魂则不随其附之体而灭。天下之物皆由水火土气四者构成，此四者有坏亡之时，而灵魂则不随此四者而亡。灵魂是“神”，它有极大的独立性。中士对此诘难道，何以知人魂属神而禽兽之魂非是。利玛窦的解释是，人魂为身之主宰，而禽兽凭本能行动，其觉魂为身所役使，不能为身之主宰。人则魂为身之主，人的思虑营为受意志指导。虽有欲望，但人能克制。所以人的灵魂是能指挥身之“神”。利玛窦还以人能对外物之形貌进行表象、识别和记忆等为由来证明人的灵魂具有神性。如人见一物，可抽象掉其色声香味触而知其为何物。见一黄牛，可抽象掉其黄色、牛声等而知其为牛。这种抽象活动是神所特有的。又如百雉之城，可在心中方寸之地再现其形。此外人有意志和认知能力，即所谓“司欲司悟二官”，意志属伦理范畴，认知属知识范畴，意志和认知能力都是无形的，所以主管这两类能力的“神”也是无形的。无形而有此能力，它也应属“神”的范畴。
利玛窦这里所谓神，指独立不依，无始无终，无形无声而又能主宰人的意志欲望，虽方寸之地而能精骛八极、思接千古的这种灵动、圆活、反应迅捷而以一应万的品格。《灵言蠡勺》除了描述灵魂的这些特性，又增加了信仰的内容：
亚尼玛是自立之体，是本自在者，是神之类，是不能死，是由天主造成，是从无物而有，是成于赋我之所赋我之时。是谓我体模，是终赖额拉济亚（意译为圣宠），赖人之善行。（《灵言蠡勺》上卷，第1页）
就是说，灵魂是不灭的，它不依赖他物而有，它是天主的产物，是在生命降生之具体时空中被上帝赋予的。灵魂是人之所以为人的根据，是人的形式因，它在地位上高于构成人身的四大（质料因），它依托圣宠和人的善行。
这里利玛窦和《灵言蠡勺》对于灵魂不灭的论证，带有相当多的信仰色彩。他所说的“神”也与中国人所谓鬼神之神大相径庭。但比起某些以布道为直接目的的说教，利玛窦所做的还是要理性得多。利玛窦的卓越之处在于，他企图通过理性论证来教给中国人本属于信仰的东西。他所谓灵魂最主要的功能有两部分，即感觉、表象、记忆、认知、意志等心理活动及作为上帝送给世人的礼物，世人又反过来对上帝感恩，接受上帝的指令这类信仰活动。第一部分是对人的心理活动观察、体验的总结，第二部分则属于启示的内容。利玛窦在宣传福音的同时，也有意无意地把西方中世纪关于精神活动的种种研究成果传了进来。这部分成果对于中国人一向忽视对精神、心理活动本身的研究这一缺憾来说，无疑是有提示和补充作用的。这一点可由这一事实证明：当利玛窦利用他在罗马学院学得的记忆法当众对六经的某些章节倒背如流时，自以为饱学的中国士大夫大为吃惊，许多人甚至表示愿付重金向利玛窦学习此术。《灵言蠡勺》也说：
西国有记含之法，习成者试与一篇书，默识一二过即成诵。从首至尾，又从尾至首，又中间任命一字，顺诵其后，逆诵其前，或更隔数字诵一字，无所不可。又如伯尔西尼国王济禄，兵士四十万皆识其名。般多国王米的利达能说二十二国方言。此皆原本资性，亦因学习。然足征记含在人奇妙无方矣。（《灵言蠡勺》上卷，第18页）
的确，即使像《灵言蠡勺》这样以宣扬“人能记百凡事理而不记天恩，即无所不记如无一记；能记忆天主而不能记忆他事，即一无所记，其为记多矣”（《灵言蠡勺》上卷，第18页）的书籍，也大量地传播了科学的记忆、认知、理解的方法。如它将亚尼玛分为记含者（记忆）、明悟者（理解）、爱欲者（意志）等，用经院哲学细密分析、层层推论的方法，将心理活动的功能、机制、范畴等作了大量论述，这对当时的知识界，尤其是皈依天主教和与传教士往还的士大夫，都不能不说是一种思维方法和论证方法上的促进。
2.物类之由在《天主实义》中，利玛窦还向人们回答了物类之所以千差万别的原因。在他看来，物类的差别由此物类的“魂”决定。利玛窦说：
凡物非徒以貌像定本性，乃惟以魂定之。始有本魂，然后为本性。有此本性，然后定于此类。既定此类，然后生此貌。故性异同由魂异同焉。类异同由性异同焉，貌异同由类异同焉。（《天主实义》下卷，《利玛窦中文著译集》第50页）
就是说，有什么样的魂，就有什么样的性质。性质确定了，物属于什么类也就确定了。有什么样的类，就有什么样的貌色形象。性决定于魂，类决定于性，物之形象决定于类。这里的魂有一物类之所以为此类的精神这样的意思，它是一个物类的活生生的特质，是一物类的具体的实在性而非理论上的差异点，有了它物类的特殊性才能更为清楚显豁地表现出来。如果在这个意义上说魂决定一个物类的性质是可以理解的。它和上帝创造物类的说法并不矛盾。就是说，在利玛窦眼里，上帝创造万物时先创造出他的魂，它的本质，然后再按这个本质产生形象。
物类的由来是困扰人类的难题之一。《圣经》说物类是上帝造物时就安排好了的。中国古代典籍中关于物类的起始最流行的说法是禀气说：人与物的差别在于禀气有清浊厚薄智愚通塞的不同，理学家对此言之甚多，作为朱熹重要概念的通俗解释的陈淳《北溪字义》中的说法就很有代表性：
人物之生，不出乎阴阳之气。本只是一气，分来有阴阳，阴阳又分来为五行。二与五只管分合运行，便有参差不齐，有清有浊，有厚有薄。且以人物合论，同是一气，但人得气之正，物得气之偏；人得气之通，物得气之塞。（《北溪字义·命》）为什么会有不同的禀气？是由于气流行过程中的偶然性即“命”使然：
天无言做，如何命？只是大化流行，气到这物便生这物，气到那物又生那物，便是分付命令他一般。（《北溪字义·命》）
中国人将物类不同的基点放在气上，西方人则放在上帝或魂魄上。中国人是就未有物时之纯气状态顺推，西方人是就人物已成之后逆为解释。中国人是就物之自身（气）言说，西方人是就物之外（上帝、魂）言说。中国人因就物自身立论，故其说可信而嫌笼统。西方人因就物之外立论，故其说夹杂信仰成分但有其思辨的深刻处。中国人的说法因笼统、包容而封闭了通向近代生物学、生理学、心理学的大门。西方人因重视其相异而开启了追究相异之因的道路。这里是反观后来中西在物种起源理论上的差异而推论其缘由，但利玛窦讨论物种起源却是直接为他的宗教目的服务的。他论证人魂不同于禽兽之魂意在说明人与禽兽草木是不同类型的东西，不能在轮回中相互转生，以此破佛家轮回之说。利玛窦说：
既知人之体态不同禽兽，则人之魂又安能与禽兽相同哉？故知释氏所云人之灵魂或托于别人之身，或入于禽兽之体而回生于世间，诚诳词矣。夫人自己之魂只合乎自己之身，乌能以自己之魂而合乎他人之身哉！又况乎异类之身哉！（《天主实义》下卷，《利玛窦中文著译集》第51页）
但如果剥去蒙在它上面的神学语言和为佛教所激而有的过甚之论，利玛窦对物类之差异所作的说明包含有极多的合理因素。《天主实义》中有一《物宗类图》，这个图以种加属差的方法对事物的分类法作了系统的说明。如将“物”分为自立者和依赖者，将自立者分为有形者和无形者，将有形者分为能朽和不朽。将能朽分为纯杂两类，将杂分为不成（如雷电属火，稍纵即逝之类）和成两类等等。这张图是在承认上帝造物的前提下对物所作的分类，物类中包括自然物、人及天神、魔鬼，后者属自立者中之无形类。
晚利玛窦一百多年的天主教信徒沙守信有《真道自证》一书，此书对万物的分类和利玛窦极相像。他把万物分成三类：一为纯神，一为纯形，一为兼有神形：
今论万有，其类固多不同，然大概可分为三等焉：一为纯神，一为纯形，一为兼有神形者。其纯神者，如天神与魔鬼是。但此所谓神，非二气之良能，及造化之迹，阴阳之屈伸，人死正气之谓，乃无形象之实体，自立之神也。其纯形者，天地等块然之物是也。有气质，有几何，有轻重，有方圆，有刚柔，有动静。其性属于二气四行之调变。……至论草木禽兽，虽有生魂觉魂之说，然究其魂，实属于质焉。故随质而生，随质而动，随质而灭者也。其兼有神形者，即人是也。其本品介神形之间，立乎中而合乎上下。同于神者，有灵明之体，神魂也；同于物者，有形象之躯，肉身也。神魂……虽向肉躯，合之而成人，然为自立长存，不死之神体也。此人之本业，古今凡圣，无二致也。（《真道自证》卷一，第9~10页）
这一大段解说或可以帮助理解利玛窦的《物宗类图》。其中“纯神”当与《物宗类图》中“有自立者”之下之无形相当。无形之下有“或善如天神属”和“或恶如魔鬼属”二类。其“兼有形神者”相当于“或知觉”中的“能理论者”，其纯形相当于上二者之外的一切类别。利玛窦的《物宗类图》对当时中国人是新鲜的。《荀子》中“水火有气而无生，草木有生而无知，禽兽有知而无义，人有气、有生、有知且有义，故最为天下贵也”（《荀子·王制》）。恐怕是最早讲到人与草木禽兽的本质区别的。但中国人由于受“万物一体”观念的影响和“通天下一气”的本源论的束缚，后世在分类理论的指导下对事物分类法做系统研究的尚不多见。利玛窦的《物宗类图》其分类法与柏拉图《智者篇》中的“通种类”极为相似。如果剥去其上帝创世说这个前提和“始为本魂，然后为本性”之类神学语言，其中的科学因素是显而易见的。这一方面得益于中世纪“费禄苏非亚”（哲学）的无所不包，另一方面得益于西方自亚里士多德以来对自然哲学的重视。这对中国过于重视伦理哲学和政治哲学的倾向是有纠偏作用的。
3.德行之乐乃灵魂之本乐灵魂是最难满足的。灵魂的满足是最高的满足。灵魂的满足在于人的“神性”与“形性”的斗争，这是利玛窦对于灵魂的一种解释。利玛窦说：
一物之生，惟得一心，人则兼有二心：兽心、人心是也。则亦有二性：一乃形性，一乃神性也。故举凡情之相背，亦由所发之性相背焉。人之遇一事也，且同一时也，而有两念并兴，屡觉两逆。如吾或惑酒色，既似迷恋欲从，又复虑其非理。从彼，谓之兽心，与禽兽无别；从此，谓之人心，与天神相同也。人于一心一时一事，不得两情相背并立。（《天主实义》上卷，《利玛窦中文著译集》第28页）
人心兽心神性形性兼于一身，这个分别和假定在基督教中是非常重要的。它告诉人们，人一生下来就有一个摆脱不了的宿命：灵与肉的斗争。这个斗争将伴随人终身，人的形性和神性都需要满足，人心和兽心都是真实的。人有追求圣洁的生活因而与上帝的意志为一的要求，也有满足人的感官需要的意愿，这两个意愿是同等强烈的。两者不并立，非得一方战胜另一方方为心安。但天主教更重视德性的满足，利玛窦说：
夫德之为业，人类本业也。闻其说无不悦而愿急事焉。但被私欲所发者，先已篡人心而擅主之，反相压难，愤激攻伐。大抵平生所行，悉供其役耳。是以凡有所事，弗因义之所令，惟因欲之所乐。睹其面容则人，观其行，于禽兽何择乎？盖私欲之乐，乃义之敌，塞智虑而蒙理窍，与德无交。世界之瘟病，莫凶乎此矣。他病之害止于躯壳，欲之毒药，通吾心髓而大残元性也。（《天主实义》下卷，《利玛窦中文著译集》第55页）
这里说求德是人的本业，人的身体的欲求之所以必须满足只是因为它是养身因而求德的先决条件。在满足欲望的目的和方法上，有君子小人之别：
君子欲饮食，特所以存命；小人欲存命，特所以饮食。夫诚有志于道，怒视是身若寇仇，然不获已而姑畜之。且何云不获已欤？吾虽元未尝为身而生，但无身又不得而生，则服食为腹饥之药，服饮为口渴之药耳。谁有取药而不惟以其病之所要为度数焉者？（《天主实义》下卷，《利玛窦中文著译集》第55页）
这里视身如寇仇，自不如中国哲学之践形尽性为通达，确有基督教禁欲主义的意味。但我们也可以从中看出，基督教贬低人的肉体是为了抬高人的灵魂。灵与肉的斗争越强烈，则灵魂战胜肉体的行为越是高尚，其意义也越大。人越是圣洁，满足天主所要求于人的就越高。人的高尚、圣洁的获得，全赖人的神性、人的德性。所以，肉体是灵魂的驿站，饮食是疗饥的药饵。以驿站、以药饵为务而忘记了人肩负的使命，则是本末倒置。
为了更好地奉行基督教的禁欲生活，利玛窦主张斋素正志的方法。斋素即薄饮食、淡滋味、制****，正志即以诚身修道为惟一目标。利玛窦说：
君子常自习其心，快以道德之事，不令含忧困而有望乎外。又时简略体肤之乐，恐其透于心而侵夺其本乐焉。夫德行之乐，乃灵魂之本乐也，吾以兹与天神侔矣；饮食之娱，乃身之窃愉也，吾以兹与禽兽同矣。吾益增德行之娱于心，益近至天神矣；益减饮食之乐于身，益逖离禽兽矣。吁！可不慎哉！（《天主实义》下卷，《利玛窦中文著译集》第56页）
道德行为是能够带给人快乐的，这种快乐的享受者是人的灵魂。感官愉悦的享受者是身体，身体之乐是短暂的，快乐之后随即陷入空虚。灵魂的快乐是长久的，可以积累和熏习其他情感的。德行之乐是道德行为带来的自然后果，不是人刻意追求的目的。因此，人只要去行道德之事，心灵的愉快是自然而有的。心灵的愉快有被身体的愉快占据的可能。为了使心灵的愉快显现得充分，必须节制感官愉快。
德行能够带给人快乐，这种快乐不同于肉体感官的快乐，这一点是中国儒家学说和基督教哲学共同的。如孟子的“万物皆备于我，反身而诚，乐莫大焉”，就是对人因道德行为而得到的心理愉悦的承认。朱熹的“胸次悠然，上下与天地同流”和王阳明的“良知本自乐”都表达了这一意思。王艮的《乐学歌》也说：“人心本自乐，自将私欲缚。私欲一萌时，良知还自觉。一觉便消除，人心依旧乐。乐是乐此学，学是学此乐。不乐不是学，不学不是乐。”但中西在德行之乐上有一点较大的差异，这就是西方人更强调在灵与肉的厮杀搏斗中实现乐。这个乐更是灵魂战胜****之后的胜利的喜悦。而在中国儒家主流学说中本心之乐则更强调本来意义的愉悦，前者的背景是“罪感文化”，乐是原罪清除后的情感补偿。后者的背景是“乐感文化”，乐是对心体本来状态的回复。如无私欲障蔽，乐是在心中直接显现的、时时发散的，是与善的意志伴随的喜悦。这种乐不同于“七情”之乐，不是因外感而有的心理情感反应，而是一种本有的、体验得到的和乐。这一点尤为理学中心学一派所强调。
三伦理