由于此他不同意王阳明训“格物”为“正物”。他斥责说：“今学谓格物为正物，是舛说也。”（《吴廷翰集》第49页）他的意思是，王阳明训“格物”为“正念头”，己意尚未诚，心尚未正，如何正念头。如果致知诚意正心修身功夫皆在正念头之后，则念头正否之标准何在？所以，格物当以程朱训至物为是。若论功夫先后，则“致知、格物乃穷理之始，穷理乃致知、格物之终”（《吴廷翰集》第48页）。
吴廷翰此论，亦不足以难阳明。王阳明以格物为“正念头”，正是他理论系统中应有之义。在王阳明，格物之“物”为“事”，事包括行为的主体和被从事的对象。王阳明所谓事，大多指伦理行为。格物同时即“致良知”。良知是“所性之觉”，即善的发露呈现，以善的发露呈现为指导、为动机去做事，在行为中改正不善的念头。故良知诚致，则念头必正，“知致必物格”。不是意诚了心正了才可格物，而是格物即所以诚意正心。吴廷翰虽承认孟子“万物皆备于我”，但对心学之完备形态的阳明学，仍是隔膜的。
吴廷翰对王阳明知行合一的批评，在其中的能知必能行，认为能知必能行将导致以知为行。吴廷翰说：
所不取以致知为力行之说者，谓其知得一分便以为行得一分，知得二分便以为行得二分，其始也以行为知，其流也以知为行，则今日之所讲者全无一字着落，其终只成就得一个虚伪。（《吴廷翰集》第54页）
吴廷翰认为，致知与力行是两个范畴，王阳明的知行合一，知到处即能行到，知之多寡即行之多寡，其流弊必然导致以知为行。实际上王阳明的知行合一，其内容早年晚年有不同的侧重点。早年所侧重者，在知与行是一件事的两个方面，知是行为的观念方面，如动机、谋划、措施等；行是行为的实践方面，即将计划措施付诸实行。没有无思之行，也没有无行之思。这就是阳明所讲“知之真切笃实处即是行，行之明觉精察处便是知”、“知是行之始，行是知之成”的真实含义。在这个意义上，知行如车之两轮、鸟之两翼，两者是一件事的两个方面。而他晚年讲知行合一，以知为良知，以行为推致良知的实际行为。故他揭致良知宗旨后即不再提知行合一，知行合一是致良知应有之义。阳明说“真知即所以为行，不行不足谓之真知”。他的知行合一，知指真知，真知不仅动机是良知——至善，而且知道必须将之付施实践，知道如何将之付诸实践。知行合一是应然与实然的合一，是道德行为与知识行为的合一。从这里看，王阳明的知行合一既不是知而不行，也不是以知为行，而是一种不偏于一边的知行观。阳明一生，行为卓荦，知识精湛；他的知不是经生章句之知，他的行不是鲁莽灭裂之行。他的一生就是他知行合一学说的体现。
吴廷翰为了避免以知为行，提出知行两处用功和知行有先后的思想，他说：
知行合一所以必辨其不然者，无他，盖知行两处用工，而本则一耳。若以知即是行，则人之为学只是力行便了，又何必致知。知之与行，自有先后，自有作用，但不可截然为二途耳，岂可混而一之乎？（《吴廷翰集》第56页）
吴廷翰反对知行浑然不分，认为此可导致以知为行。但他知行两处用功，知行自有先后的观点是王阳明所反对的。在王阳明看来，此二者是割裂道德与知识、割裂知与行的温床，是知而不行的根由。王阳明说：“今人却就将知行分做两件去做，以为必先知了然后能行，我如今且去讲习讨论做知的功夫，待知得真了方去做行的功夫，故遂终身不行，亦遂终身不知。此不是小病痛，其来亦非一日。某今说个知行合一，正是对病的药。”（《传习录》上）这里王阳明对割裂知行的弊病提掇得甚是痛切，对提出知行合一的苦心，剖白得甚为清楚。至于吴廷翰以《书经》中“知之匪艰，行之惟艰”与《孟子》“始条理，终条理”之分来论证知行合一之非，更显得理据不足。
以上吴廷翰对陆王的批评，表明他基本上是一个朱子学者，对心学所以兴起的缘由缺乏洞察力，对心学尤其王阳明学说的精义缺乏深切了解。除了在宇宙本体的论述上有一些新颖之处，在格物、知行诸方面都未能提出新的观点。
三修养功夫论
吴廷翰的功夫论，以理学“十六字心传”为根据，主张在人欲上求中道。
“十六字心传”，理学家旨奉为圭臬。吴廷翰的解释是，道心即在人心中，人心中择善固执，就是道心。所以道心不是后天之知与先天之性吻合，而是行为合乎善的标准。所以修养功夫在“因人心道心而求所谓中”，非离人欲而别求天理。他说：
“人心惟危”数语，圣贤授受，万世言性言心者无以加焉。由此则为正道，出此则为邪说，为异端。盖圣贤之言心，合于性而言也，故因人心道心而求所谓中。（《吴廷翰集》第36页）
人欲，只是人之所欲，亦是天理之所有者，但因其流荡，而遂指其为私欲耳。其实，本体即天理也。圣人之学，因人之欲而节之，则亦莫非天理，而非去人欲以为天理，亦非求天理于人欲也。《书》曰：“民生有欲，无主乃乱。”所谓“主”者，亦只节其欲以治其乱而已，岂能使民之尽去其欲乎！（《吴廷翰集》第37页）
他认为，所谓私欲，不是本来就有的与天理相对的欲望，私欲指人的日常欲望的过与不及。所以理欲同源。人欲得乎中，即是天理，流荡失所即私欲。求天理不在人欲之外，而是节制人欲使合于中道。这里吴廷翰的思想，并非与程颐、朱熹之“存天理，去人欲”不同，不过其“人欲”与程朱所谓“人欲”所指不同。程朱之“人欲”，是吴廷翰所谓“私欲”。程朱倡导去人欲，吴廷翰倡导节制人欲使合于中道，其间并无大的差别。程朱与吴廷翰的不同，在于“道心”、“人心”的来源不同。朱熹以主体对天理的知觉为道心，道心出自理；主体对欲望的知觉为人心，人心出自情。吴廷翰的道心是对人欲的节制使合于中道。道心的来源在人欲，天理是人欲之不爽失。朱熹的天理最后的根源在天命天性等形而上领域。吴廷翰所谓天理的最后根源在人欲，是在形而下的气的领域中寻一中道。
吴廷翰对于义利的解释与此相关。他说：“义利亦只是天理，人欲不在天理外也。”又说：“义利原是一物，更无分别。故曰‘利者，义之和也’。又曰：‘利物足以和义’。盖义之和处即是利，必利物而后义乃和。”（《吴廷翰集》第66页）亦是在利上求义，人心中求道心。
吴廷翰以求中为功夫宗旨，所以他服膺《中庸》。但他对“中庸”二字的解释与前人不同。他强调“时中”之意，他说：
“天命之谓性，率性之谓道，修道之谓教”，只是此中。天下之理，中焉止焉。然而曰庸者何也？盖所谓中者，乃常理也。言中而不言常，恐人以此为高妙而求中于无所着落之处，故以庸足之。其实只是中也。“君子而时中”，随时变易以为中，乃所以可常而不易也。若执其一定以为常，则时有穷，道有变，而反不可常矣。故庸之义，盖以足中而不离乎中也。（《吴廷翰集》第37页）
吴廷翰之意，在改变一些理学家以中为确然不易的外在准则，改变以为中出于天因而望之生畏以致操持过严、戕生害性的弊端。他认为，《中庸》全部精义在首三句，但以往的解释中三句的形上意味太重。其实《中庸》首三句不过说“中”字，天下之理亦不过说一“中”字。这个“中”字以“庸”为补充。“庸”即平常。而“常”有“恒常”与“平常”两义。吴廷翰以“庸”字之两义补充“中”，认为惟“平常”才是可亲可即的，故可随时变易而求中。而惟有随时变易，才能为恒常之理，否则即为无生命力的死板教条。“中”在于“常”，惟常可补“中”。吴廷翰这里有两个精彩的意思，一是伦理原则只有与实际处境相联系，才是普遍的，有生命的。二是变与常是一对矛盾体，惟变才能常，常中必包含变。这是他以“庸”补“中”的用意所在。
吴廷翰还主张将《大学》和《中庸》的不同修养功夫综合起来，互相补充，使之贯通为一。吴廷翰认为，《大学》功夫是经，《中庸》功夫是纬，经重顺而有序，纬重横贯旁通。修养功夫应该经纬错综，他说：
圣贤言学，经纬错综无所不可。《大学》自格致以至修身，乃其自然之序顺而施之，经也。若戒惧慎独，则格、致、诚、正自然之功横而贯之，纬也。……必通于经纬之说，然后知博约、精一之旨与格致诚正、戒惧慎独之义，横来竖去，并行而不悖矣。（《吴廷翰集》第38页）
《大学》与《中庸》，历代学者多有人认为是两种完全不同的功夫系统，但区分标准与吴廷翰完全不同。吴廷翰认为《中庸》重在讲戒惧慎独的内心修养功夫，与《大学》讲整个修养目标的不同步骤完全两样，而内心修养实可贯穿于各修养步骤中。各修养步骤中的始终戒惧，是纵中之横，在戒惧状态中进行不同的功夫步骤，是横中之纵。《中庸》的博约、精一与《大学》的三纲八目绾合一起，纵横交错。在主张戒惧慎独与格致诚正经纬交错的基础上，吴廷翰主张“尊德性”与“道问学”统合为一。他说：
不道问学无以为尊德性之始，不尊德性无以为道问学之终。而尊之道之未有不由于戒惧慎独。（《吴廷翰集》第71页）
这里吴廷翰以道问学为始事，尊德性为终事，即统一的功夫的两个方面。二者的正确关系是“道问学以尊德性，尊德性必道问学”。道问学是尊德性的手段，尊德性必须经由道问学。而尊德性与道问学必须以戒惧诚敬贯穿始终。
对于“一贯”，吴廷翰也有精到的发挥，他说：
天下之理不出乎一，故自一而得天下之理。所谓“易简而天下之理得”者，即此。此一贯之本旨也。然此自圣人事，大贤以下，未能如此，故必于贯上用功。久则一以贯之。（《吴廷翰集》第68页）
一贯之说，即其博约说。贯，谓多，一谓总；贯谓分殊，一谓理一。学贵能广博然后加以贯通。直接把握“一”，是很少人能做得到的，绝大多数人只能先于分殊上用功，然后“一以贯之”。所以，他反对心学，以为心学之弊在“只说大根本、大头脑，不求诸贯而径求诸一”（《吴廷翰集》第68页）。他甚至认为儒家与异端的分别，也在于对一与贯的关系处理不同：
圣人之一，以一统乎贯也。异端守一而已，曾何贯之有？儒释之分，正在于此。不知一而泛求诸贯，非圣人之学也。舍贯而径求诸一，亦非圣人之学也。故圣人之学必“一以贯之”，盖合内外之道。（《吴廷翰集》第68页）
这里的异端指佛家道家。儒家既求宇宙根本之理，以此为伦理原则，行动纲领，但也寻求具体事物之理，以此为经国治民，利用厚生的基础。异端只解精神修养，无家国之事，故无求于具体事物之理，这是从一与贯的角度区分儒家与异端，是对前人辟佛的援用。
吴廷翰思想受王廷相影响甚大，但他更多地是以朱熹思想为根底，尽管他对朱熹过于强调理的观点不惬于心。此外，吴廷翰有强烈的独立精神，对儒家经书敢于大胆怀疑，如他说：“《礼记》之言，有纯者，有纯杂相半者，有最杂者。纯杂相半者，孔门之徒之所记述而或有误者也。其极杂，则汉儒穿凿附会而乱其真矣。”“《孝经》一书，多非孔子之言，出于汉儒附会无疑。”又说：《周礼》“区区法制，散乱易置之余，未能尽信也”（以上见《吴廷翰集》第153~155页）。他对天文也有较深的研究，《椟记》中对岁差、干支星宿之位、日躔、黄道昼夜长短增减等的研究也有一定价值。