自阳明崛起浙中，门人弟子遍天下，王学蔚为一时潮流，大有掩蔽朱子学之势。其间有服膺朱子学者，起而为朱学鸣，陈建就是其中最坚决、最激烈的一个。
陈建（1497—1567）字廷肇，号清澜，广东东莞人。自幼笃学，年二十三补邑弟子员。嘉靖七年中举人，两次会试皆中副榜。年三十六，选授福建侯官县教谕。七年后升江西临江府学教授。其间受聘主考江西、广西、湖广、云南乡试。不意仕进，有引者皆力辞。年四十八，以母老请归乡，于城北构草堂读书著述其中，后二十年，母卒，遂隐居不出。
陈建在福建时曾与督学潘璜论朱陆异同，作《朱陆编》。任临江府学教授期间辑《周子全书》、《程氏遗书类编》。辞官归家后，取朱子《年谱》、《行状》、《文集》、《语类》及与陆氏兄弟往来书信反复比勘，并修改前《朱陆编》，厘为前、后、续、终四编，共十二卷，名《学蔀通辨》。关于著《学蔀通辨》的命意，陈建在此书总序中说：
《易》曰：“丰其蔀，日中见斗。”深言掩蔽之害也。夫佛学近似惑人，其为蔀已非一日。有宋象山陆氏者出，假其似以乱吾家之真，援儒言以掩佛学之实。于是改头换面，阳儒阴释之蔀炽矣。幸而朱子生同于时，深察其弊而终身力排之，其言昭如也。不意近世一种造为早晚之说，乃谓朱子初年所见未定，误疑象山，而晚年始悔悟，而与象山合。……自此说既成，后人不暇复考，一切据信，而不知其颠倒早晚，矫诬朱子以弥缝陆学也。其为蔀益以甚矣。建为此惧，乃窃不自揆，慨然发愤，究心通辨，专明一实以抉三蔀。
这里的“蔀”，指掩蔽正学者。所谓“三蔀”，一为佛学，二为陆九渊之学，三为朱陆早异晚同之说。《学蔀通辨》分四编，前编明朱陆早同晚异，后编斥陆九渊阳儒阴释，续编抨击佛学，终编申明朱子学以明己学之归向。全书处处斥佛学、斥陆王，辩论意味甚为浓重。
一朱陆早同晚异
朱陆之辩为理学一大公案。朱熹身后至清末，关于这一问题的争论代不乏人。自南宋起就有主张调和朱陆者，如袁桷谓朱陆生同时，仕同朝，他们的争论，属于朋友之间的切磋。又如鄱阳汤汉，力辩二家之同。汤汉门人程绍开，建道一书院，讲朱陆之学于其中。程绍开的弟子吴澄，学本朱熹，兼宗陆九渊，主张折中朱陆。元明参与争论诸家多区分朱陆早岁晚岁学术上的差异，大多主早异晚同之说。如赵汸《对江右六君子策》中就主此意。程敏政《道一编》分朱陆异同为三阶段：始若冰炭相反，中则疑信相半，终则互相依倚。王阳明有《朱子晚年定论》，取朱子《文集》中字句有合于陆九渊之意者，论证朱陆早异晚同。清代孙承泽著《考证晚年定论》，谓朱子四十五岁以后，无一言合于陆象山，亦无一言涉于自悔。李穆堂针对《学蔀通辨》作《朱子晚年全论》，取朱子书信三百余封，“但见书中有一心字，有一涵养字，有一静坐收敛等字，便谓之同于陆氏，不顾上下之文理，前后之语气”（夏炘：《与詹小涧茂才论〈朱子晚年全论〉书》）。其为陆学争门户之意甚为明显。同时之宗朱子学者王懋竑作《朱子年谱》，其中涉及朱陆异同之辩。但王懋竑此书不专为辩朱陆异同，而是对朱熹一生言行加以考论订正。王懋竑之后，夏炘之《述朱质疑》，对王懋竑书有所补正，但不满陈建《学蔀通辨》谓朱熹“四十岁之前合于禅陆”之说。从这里可以看出，朱陆之争是个延续数百年的学术问题，许多学者对之倾注大量心力，但其中不乏门户之争。
陈建写《学蔀通辨》的直接诱因是赵汸、程敏政、王阳明之书。此三人皆主朱陆早异晚同，陈建则反其道而行，专论证朱陆早同晚异。但他的论证多就其一点，不及其余。如他举陆九渊少时读书至“宇宙”二字，忽大省悟，援笔书曰：“宇宙内事乃己分内事，己分内事乃宇宙内事。”又曰：“吾心便是宇宙，宇宙即是吾心。”认为陆九渊的学术乃至作略皆“禅宗顿悟之机”。而朱熹早年出入释老，禅学对他影响很大，朱熹后来曾多次追述，如：
熹自少愚钝，事事不能及人，顾尝侧闻先生君子之余教，粗知有志于学，而求之不得其术。盖舍近求远，处下窥高，驰心空妙之域者二十余年，比乃困而自悔。（《答薛士龙书》）
旧来多以佛老之似乱孔孟之真，故每有过高之病，近年方觉其非而亦未能尽革。（《答许顺之书》）
熹于释氏之说盖尝师其人，尊其道，求之亦切至矣。（《答汪尚书书》）
陈建认为，以上足证朱熹早年学禅，所得非浅，至中年始觉其非而返归儒家，与陆九渊早年悟宇宙即是吾心，同样是被禅学浸染。故朱陆早年所学相同。
他又据朱熹关于心的议论，认为朱熹早年专说求心见心，与陆九渊相合。如二十九岁所作《存斋记》：“人之所以位天地之中而为万物之灵者，心而已矣。然心之为体不可以闻见得，不可以思虑求。”三十九岁所作《答何叔京》：“向来妄论持敬之说，亦不自记其云何。但因其良心发现之微，猛省提撕，使心不昧，则是做功夫底本领。本领既立，自然下学而上达矣。”《答何叔京》另一书：“博观之教，此理甚明，何疑之有。若使道可以多闻博观而得，则世之知道者为不少矣。熹近日因事方少有省发处。”陈建征引朱熹这些书信的目的是要证明，朱熹虽早年陷溺禅学，专务求心，但中年觉其非而绝去。陆九渊则持守心学不变。于中亦可见朱陆早同晚异。
朱熹早年确曾学禅，其《文集》、《语类》中追述甚多。但当时学禅是扩大眼界，寻求新的思维方式的助缘，此不可讳亦不必讳。这里所要指出的是，陈建辨析朱陆，尽可按朱陆一生事迹和学术思想比较二人学术内涵、精神气质，甚至行事作略上的种种异同，不必为驳王阳明“早异晚同”之说而特揭“早同晚异”。实际上，朱熹与陆九渊早晚岁皆不同。朱熹的学术有一个发展演变的历程，陆九渊亦然。二人皆持守己说，不肯折节屈从。朱陆在学术趋向上，在思想根据上，在气质偏向上皆不同。陆九渊早年非禅学，朱熹早年亦非禅学。陆九渊“发明本心”、“先立其大”本于《孟子》，“尊德性”出于《中庸》，剥落物欲是宋明理学的一般修养方法。此皆不能证其早年为禅学。即使陆九渊少时悟“宇宙即是吾心，吾心即是宇宙”，亦不必为禅悟。学贵悟，尤其中国哲学，重视对宇宙人生根本道理的体悟、觉解，悟不是禅学专有的方法。许多哲学家的重要思想、重要命题皆来自悟，所谓“一番觉悟一番新”。一见“悟”字即断为禅，对“禅悟”持贬抑态度，这是没有道理的。
陈建论述朱陆早同的另一理由是朱陆早年皆“捐书绝学而苦觅心”。这一点能否作为朱陆早同的证据也是成问题的。《存斋记》中朱熹确曾说人为万物之灵者心而已，但这并不能作为朱熹专觅心的证据。人区别于禽兽主要在其有思维，这本来是一般常识，也是古来贤哲常说的道理。至若陈建所举“良心发现之微，猛省提撕，使心不昧”，更不能作为朱熹专觅心因而与陆九渊早同的证据。因为这是《孟子》第一义，而孟子是理学心学共同尊奉的儒学大师。朱陆的不同绝不在是否承认“良心发现”为修养方法这一点上。不认为道从多闻多见就可得到，这一点也不能作为朱熹早年专觅心的理由。朱熹尊德性道问学并重，他的修养要领是程颐所说“涵养须用敬，进学在致知”。涵养用敬即尊德性，进学致知即道问学，不过朱熹将二者平行并列，还没有后来王阳明那样以致良知统率涵养致知。朱熹主下学而上达，由格物穷理豁然贯通而得一贯之旨，非如陆九渊指斥、后世浅学者所狭隘地理解的那样：朱熹仅主道问学。另外宋明理学所说的“道”指宇宙根本原理，既是事物的一般法则，同时也是人类社会的伦理法则。
朱熹主张由格物致知入手而求道，但并不认为道仅靠多闻多识、泛观博览而得。其中体验、觉解、比拟、贯通，是由格物所得的具体物理向宇宙伦理法则转换提升的关键的、不可或缺的步骤。所以朱熹认为道不由多闻博观而得，并不能作为朱陆早同晚异的理由。陈建指出上引书信皆朱熹四十一岁以前所写，以此驳斥程敏政“朱子晚年深悔其支离之失而有昧于陆子之言”及王阳明《朱子晚年定论》所谓“朱子晚岁大悟旧说之非，痛悔极艾”等语则可，以此证明朱陆“早同”则不可。
陈建证明朱陆早同晚异的第二个论点是，朱熹中年方认识陆九渊，其说多去短集长、疑信相半之言，晚年始觉其弊而攻之。陈建谓朱熹一生有“二关”、“三节”、“三实”。所谓“二关”，一为“逃禅返正关”，指朱熹早年泛滥于禅学，见李侗之后方返归儒家正学。所以朱熹“浸淫禅学”也深，其识禅学之弊也确，即入室操戈之意。二为“朱陆始同终异关”，指朱陆早岁学问趋向宗旨同而晚岁异。所谓“三节”，指朱熹早年驰心于禅学，中年深喜陆九渊，晚年排斥禅学陆学。所谓“三实”，指朱子晚年排斥禅学、排斥陆学、发明正学确实无疑。“学者察此二关三节三实，无丰蔀之患矣。”（《学蔀通辨》前编中第12页）
陈建之二关三节三实，其实是一个意思，即朱熹早年学禅，返归儒家后排击禅学陆学，发明孔孟正学。以此笼统说朱熹，也未为不可。但以朱子早年学禅为朱陆“早同”的根据，则大误。说朱子中年方识象山，此亦自明的事实。但说朱熹“中岁私嗜象山，晚岁排斥禅学陆学”，则为大误。事实上，朱熹见陆九渊之前，先闻其学问趋向，已断其为禅学。如淳熙元年（1174）朱熹四十五岁时致吕子约书中已有“陆子静之贤闻之盖久，然似闻有脱略文字、直趋本根之意，不知其与《中庸》学问思辨然后笃行之旨又如何耳”。又有答吕子约另一书亦说：“近闻陆子静言论风旨之一二，全是禅学，但变其名号耳。竞相祖习，恐误后生。恨不识之，不得深扣其说，因献所疑也。然恐其说方行，亦未必肯听此老生常谈，徒窃忧叹而已。”此二书陈建采入《学蔀通辨》前编，以证朱熹中年方识象山。但实际上此中透露的消息是，朱熹未见陆九渊，已断其为禅，非“疑信相半”，更非“晚年始觉其弊而攻之”，亦无“私嗜象山”之意。朱熹此时怀忧虑之心，并想与陆九渊质疑，此亦朱陆鹅湖相见的原因之一。初见陆九渊时，朱熹年已四十六岁，上距任同安主簿时往见李侗而确立学问大旨已二十二年。朱熹己丑之悟后，思想已成熟，其代表作《四书或问》、《四书集注》已基本完成，后来只是在字句上的修饰增删。代表其哲学思想的重要著作《太极图说解》、《西铭解义》等都已完成。以后虽然在枝节问题上有改变或发展，但其学问的各项基本点都已确立，一直到逝世，也没有根本的改变。朱熹对于陆九渊之学，一直持批评态度。有时为防止矛盾激化和继续保持彼此间的友谊，也有一些调停两可之语，但这不代表朱熹真正的思想和一贯的态度。朱熹对陆九渊“操持谨质，表里不二”亦有推挹之语，但远逊于其友吕祖谦对陆九渊的褒崇。他请陆九渊到白鹿洞为诸生讲《论语》一节，并将讲义刻石，亦只表示他赞赏陆九渊此次演讲，并不表示他同意陆九渊的根本主张、学问趋向。至于王阳明《朱子晚年定论》采辑朱子书信中“涉于自悔”语，皆朱熹自纠其书本上用力太多、践履上不足之意，丝毫不意味朱熹同意陆九渊的学问主张，更不意味朱熹从自己所持守的地方退却而折向心学。故陈建说朱熹中年“私嗜象山”，其为无稽语甚明。
关于朱陆之辩的全过程，学界已有基本可信的研究结论。鹅湖之会，第一天因陆九渊兄弟作诗意涉讥讽，两人不欢而散，后两天亦因彼此尖锐对立且不欲退让迁就，故亦未有实质性进展。此后朱熹与陆九渊之兄陆九龄晤面于信州铅山，彼此谈论虽未尽合，但陆九龄“每谈事必以《论语》为证”，已多讲践履实行，非如陆九渊劈头即为笼罩、过高之语。陆九龄并赞美朱熹的《中庸解》。铅山之会，气氛较融洽，远非鹅湖之会剑拔弩张。铅山晤后一年，陆九龄即逝世，朱熹闻讣，伤惋久之，并有祭文述二人交谊。朱熹与陆九渊南康相会，是因陆九渊请朱熹为陆九龄写墓志铭，朱熹请陆九渊讲《论语》“君子喻于义”于白鹿洞书院，二人关于彼此学问趋向的争论未有展开，只略约提到即止。朱熹对此次相会亦只说“子静旧日规模终在”，“合下有些禅底意思，又是主张太过”。陈建所谓朱熹对陆学“去短集长，疑信相半”，此语甚不确。朱熹于淳熙七年答吴茂实书中有曰：
陆子寿兄弟近日议论与前大不同，却方要理会讲学。其徒有曹立之、万正淳者来相见，气象皆尽好。却是先于性情持守上用力，此意自好。但不合主张太过，又要得省发觉悟，故流于怪异耳。若去其所短，集其所长，自不害入德之门也。（《与吴茂实一》，《朱子文集》卷四十四）
然此书明言要陆学之徒去其所短集其所长，并非说己学对于陆学要去短集长。要陆学之徒集长者，集“性情持守上用力”之长；去其所短者，去其“主张太过，省发觉悟，流于怪异”之短。朱熹此信明寓箴规劝诫之意，非调停两家之说。淳熙十三年朱熹答诸葛诚之书中确有“兼取二家之长”之语，但此书为朱陆二派门下因曹立之墓表激起旧怨，双方态度激愤，朱熹为抑此激愤而劝诫同志，书云：
示喻竞辩之端，三复惘然。愚意比来深欲劝同志者兼取二家之长，不可轻相诋訾。就有未合，亦且置勿论，而姑勉力于吾之所急。不谓乃以曹表之故，反有所激。……子静平日所以自任，正欲身率学者一于天理而不以一毫人欲杂于其间，恐决不至如贤者之所疑也。义理天下之公，而人之所见有未能尽同者，正当虚心平气，相与熟讲而徐究之，以归于是，乃是吾党之责。而向来讲论之际，见诸贤往往皆有立我自是之意，厉色忿词，如对仇敌，无复少长之节，礼逊之容。盖尝窃笑，以为正使真正仇敌，亦何至于此！（《朱子文集》卷五十四）
陈建在引此书后评案说：
朱子因门人竞辩之过，故作此书以解之。“平日自任……”之云，盖如象山之意而言，犹是中年疑信相半之说也。或乃指此为朱子晚年尊陆之证，误矣。（《学蔀通辨》前编中第8页）
谓此书不能作朱子晚年尊陆之证，其说甚是。但从此书中朱熹赞扬象山“身率学者一于天理而不以一毫人欲之私杂于其间”，并批评门徒对陆学的过激态度二事上得出结论说朱熹对陆九渊“中年疑信相半”，却是不能成立的。朱熹对陆九渊本无“中年疑信相半”之事，终其一生对陆学攻击甚力。并且朱熹的攻击，多集中于陆学之功夫论方面，即陆九渊不大讲读书穷理，以发明本心为全部功夫这个方面。但陆学亦理学中的一派，理学中总的方面，如强调道德修养，以孔孟之教为行事立身的准则，宇宙基本原理与伦理原则一而不二，以存天理、去人欲为修养基本内容等，二家本无不同。不同者，在修养途径、功夫次序。所以朱熹对陆九渊之学决不会在所有方面皆加以攻击，他对陆学中符合理学基本原则的地方亦必有褒扬赞许之语。据这类话语即说朱熹对陆学“疑信相半”是轻率和片面的。