高攀龙以格物知本为功夫纲要，他认为儒家功夫的各个方面，皆是格物后事；不言格物，一切皆邪说。他特别反对泰州龙溪讳言功夫，以悟本体为功夫，他尝说：“谈良知者，致知不在格物。故虚灵之用，多为情识，而非天则之自然，去知善远矣。”（《答王仪寰二守》，《高子遗书》卷八上）意为，现成良知派以良知为先天完足之物，将未经功夫修证的良知推行于事物，故其良知，只是虚灵知觉之用，非道德本体，不能得其必良，须经过“格物”，故格物是致良知的前提。高攀龙不仅以他的这一根本见解批评王门后学，而且直接批评阳明本人，如他说：
阳明于朱子格物，若未尝涉其藩焉。其致良知，乃明明德也。然而不本于格物，遂认明德为无善无恶。故明德一也，由格物而入者，其学实，其明也即心即性；不由格物而入者，其学虚，其明也是心非性。心性岂有二哉？则所从入者，有毫厘之辨也。（《答方本庵》，《高子遗书》卷八下）
二先生（指陆象山、王阳明）学问，俱是从致知入，圣学须从格物入。致知不在格物，虚灵知觉虽妙，不察于天理之精微矣。岂知有二哉？有不致之知也。毫厘之差在此。（《会语》，《高子遗书》卷五）
他认为陆九渊之先立其大，王阳明之致良知，皆是从内至外。而圣学功夫是从外至内，致知落实在格物上。不经过格物获得性理，致知是致虚灵知觉之知。这里高攀龙强调格物之意很明显。但高攀龙认为王阳明无格物功夫，未尝涉朱子藩篱，实不识阳明之学。阳明自青年时谒娄谅问学，即以为“圣学可学而至”，循朱子格物之法。而格竹无得，只说明他不契合朱子的格物方法，并非此后不再格物。阳明自龙场悟道，奠定了心学方向，后经擒宸濠、处忠泰之变，揭致良知之教，渐次将大学之格物致知与孟子之“良知”说融合为一，致良知即格物，物格而后良知致。即知即行，即道德即知识，道德为统领，知识为辅翼，二者融合为一。阳明确实是从朱子学入手，觉扞格不通而自创新说。但他的新说包含朱熹学说的精义，将心学、理学打并为一。他之认为陆九渊之学粗，就是认为他只有先立其大而无致良知、知行合一实功。王阳明实践的良知学可以说弥补了陆九渊功夫论的不足。高攀龙将王阳明与陆象山一例看，认为二者皆功夫粗疏，实不知陆王之学的精义，也不知王阳明与陆象山的区别所在。
高攀龙亦批评王阳明“扫善恶以空念”，他的根据是四句教之“无善无恶心之体”。东林学派对“无善无恶”拒斥甚力。顾宪成即有《证性编》专论此义。东林学者钱一本、吴觐华及同道方学渐、许孚远、冯从吾等亦参加这场论战，与管东溟、周汝登、钱渐庵等持心“无善无恶”的学者进行辩论。高攀龙的观点在为方学渐《性善绎》写的序文中表现得很充分，他指出，论者为贤者讳，以为无善无恶是王龙溪之言而托之阳明，此非确论。无善无恶之说出于王阳明，关于天泉证道的所有记载皆无异辞，关键在于如何理解它。高攀龙认为，无善无恶之“善”，非性善之“善”。四句教第二句谓有善有恶意之动，则首句无善无恶所谓“善”“恶”乃是意，指善恶之念头。所谓“无善无恶心之体”，意谓心中本无善恶之念头。高攀龙此解是符合四句教原意的。但他又认为，他与王阳明的分歧，在他以善为性，王阳明以善为念。阳明四句教首句是说，心中无善恶念头，乃一虚灵明觉而已。实际上王阳明的良知、心体贯通形上形下、未发之性与已发之情。良知是性体显现、流通、省觉于人心者，所谓“所性之觉”。以阳明所谓善为心动念而后有的情，不知良知乃天命之性的显发，这仍然是不知阳明之学。
高攀龙严守顾宪成所定的东林学则，对儒家之外或不纯正的儒家之学拒斥甚严，这鲜明地表现在他对管东溟三教统一说的批评上。
高攀龙批评三教合一，目的在扭转当时儒家学者杂于佛道的状况，恢复儒学传统。他曾说：“乙巳仲夏，余游武林，寓居西湖，见彼中士人，半从异教，心窃忧之。”（《异端辨》，《高子遗书》卷三）他对管东溟的批评重在辨正儒佛疑似之处，反对牵强比附，他说：
此翁一生命脉只在统合三教，其种种开合不过欲成就此局。拈出一个周元公，是欲就道理上和合；拈出一个高皇帝，是欲在时事上和合；拈出群龙无首，则欲暗夺素王道统，而使佛氏阴篡飞龙之位。拈出敦化川流，则欲单显毗卢性海，而使儒宗退就川流之列。其他尊儒者不过局面上调停，引儒者之言不过疑似上附合。故无极太极近于虚空法界，则宗之；朝闻夕死近于生死大事，则宗之。然其所谓太极，所谓道，即所谓毗卢遮那者是也。至于阳尊程朱，阳贬狂禅，而究竟则以程朱之中庸、五宗之佛性并斥，更是其苦心勤力处，欲使辟佛者更开口不得也。然举要而言，则枉却一生，劳攘到底，三教殊科耳。（《答泾阳论管东溟》，《高子遗书》卷八上）
他提出，管东溟之崇信周敦颐，是因为周敦颐《太极图说》可以比拟佛道。《太极图说》之“无极而太极”，“太极”乃道家习用语，又可用以比附佛家的本体空。周敦颐的“太极本无极”、“太极生阴阳”，正与道家“有生于无”、佛家“山河大地即清净本原”之说相合。高皇帝指明太祖朱元璋，朱元璋少年时，曾入皇觉寺为行童，明朝开国后，对佛教礼敬有加，认为治国以儒家为主，佛道二教可以帮助儒家进行教化，他对三教关系的基本观点是：“于斯三教，除仲尼之道祖尧舜，传三王，删诗制典，万世永赖。其佛仙之幽灵，暗助王纲，益世无穷，惟常是吉。尝闻天下无二道，圣人无两心。三教之立，虽持身荣俭之不同，其所济给之理一。然与斯世之愚人，于斯三教，有不可缺者。”（《三教论》，《明太祖集》卷十）高攀龙说管东溟拈出明太祖是“时事上和合”，就是指管东溟的统合三教，很大程度上是就佛道二教“暗助王纲，益世无穷”这一角度着眼。
“群龙无首”是《易》乾卦用九爻辞：“见群龙无首，吉。”管东溟在其《易道“六龙无首”合华严十地为首微旨》文中说：“《易》言‘见群龙无首，吉’。而《华严十地品》中却云‘我当于一切众生中为首为胜’。”故高攀龙说他“欲暗夺素王道统，而使佛氏阴篡飞龙之位”。“敦化川流”语本《中庸》“小德川流，大德敦化”，意谓大道使万物化生，万物生生不息。毗卢性海指佛法身遍一切处之境界。高攀龙认为管东溟拈出“敦化川流”就是欲用佛之法身遍一切处之境界取代“敦化”之大道，使儒家退居为佛统辖之川流地位。
高攀龙对“统合三教”的批评，是从维护儒家道统的立场出发，用心不可谓不苦。但统合三教在明代后期是有相当影响力的思潮。这种思潮是当时思想界的风气、士人的好尚，甚至整个文化发展趋势的反映。从更广阔的背景看，从儒释道作为中国传统文化的有机成分而言，对它们进行深入研究，保存各自的特点，使三教在分合消长中，在冲突融摄中发展自己的理论，提高整个中国文化的品位，是处理三教关系的正确立场。对统合三教简单地给以批评，显得局促而褊狭。
三悟与修
高攀龙以格物知本为学问纲领。知本者，知修身为本；格物者，修身之实功。故高攀龙非常重视实修。而高攀龙的本体论，其“浑身是心”，其“六合皆心”，其即心即物的体验，多从悟中得来。故高攀龙一生的功夫特点是悟修并重，行解双至。
高攀龙首先讨论了悟与修的性质，他把悟与修同乾知与坤能相比拟，就各自在整个修养功夫中的作用作了说明，他说：
凡了悟者皆乾也，修持者皆坤也。人从迷中忽觉其非，此属乾知；一觉之后，尊道而行，此属坤能。……必至用力之久，一旦豁然，如《大畜》之上九，畜极而通，曰“何天之衢”，乃如是乎？心境都忘，宇宙始辟，方是乾知。知之既真，故守之必力；细行克矜，小物克谨，视听言动，防如关津，镇如山岳，方是坤能。譬之于谷，乾者阳，发生耳，根苗华实皆坤也。盖乾知其始，坤成其终，无坤不成物也。故学者了悟在片时，修持在毕世。若曰“悟矣”，一切冒嫌疑，毁藩篱，曰“吾道甚大，奈何为此拘拘者？”则有生无成，苗不秀，秀不实，惜哉！（《乾坤说》，《高子遗书》卷三）
高攀龙认为，悟是突然有得，一旦因物相触而觉前此之非，心地开朗，宕开一境。修是在此突然有得的基础上下渐进工夫。悟靠积久之学力，蓄积既厚，一旦而通。但知之真，还要靠守之力。守之力即修，而且修比悟更重要，因为“了悟在片时，修持在毕世”。悟是一点开明，修是使之巩固。如乾坤，乾是开始，坤是遂成。乾是奠立根基，坤是成长壮大。所以在“悟”与“修”两者中，高攀龙更强调修，强调“成”。这一点虽是针对王学中现成良知派“悟本体即是功夫”，专在悟上着眼，不用具体实修功夫，“一悟无余事”这种弊病，但也是他自己学问途程中辛苦体验所得。在重修这一点上，高攀龙与顾宪成及后来的刘宗周、黄宗羲同一主张。
高攀龙对悟与修的功夫指向也作了说明，并以之批评对悟的正确方向的偏离，他说：
默而识之曰悟，循而体之曰修。修之则彝伦日用也，悟之则神化性命也。圣人所以下学而上达，与天地同流，如此而已矣。……今之悟者何如邪？或摄心而乍见心境之开明，或专气而乍得气机之宣畅，以是为悟，遂欲举吾圣人明善诚身之教，一扫而无之。决堤防以自恣，灭是非而安心，谓可以了生死。呜呼！其不至于率禽兽食人而人相食不止矣。（《重锲近思录序》，《高子遗书》卷九上）
高攀龙承认悟在学中的重要性，认为悟是学问精进不可少的步骤，悟对学者来说十分可贵，小悟则小进，大悟则大进。世人以悟为禅家作派而讳言之，实不足取。但悟是对宇宙根本道理有所见，它的形式是心中恍然有觉。悟必有修相辅，修是在人伦日用中对所悟之理加以实践，它的形式是见诸实行。这样悟与修夹持而行，境界才能不断长进。朱熹所谓“上下与天地同流”，是境界的极致，但也是从逐渐的悟与修得来。他所指斥的悟者，是或对心的妙用偶有所得，或是因情绪突然遇机宣畅而一时痛快淋漓，这样的悟皆是气机鼓荡，皆是“见光景”，皆于宇宙人生根本道理无所觉，因此都不能算是真正的悟，至于有此悟而恃任之，废却明善诚身的实际功夫，演成恣纵不加节制的风习，则偏离了儒家的修身方向。
高攀龙强调修，但他主张悟基础上的修，以上达为目的的下学；对修而不悟及悟而不澈者，他都持批评态度。他说：
修而不悟者，徇末而迷本；悟而不澈者，认物以为则。不知欲修者正须求之本体，欲悟者正须求之功夫。无本体无功夫，无功夫无本体。（《冯少墟先生集序》，《高子遗书》卷九上）
修是具体功夫，是下学；悟是对道体有所觉，为上达。修而不悟，囿于下学之内，悟而不修，空有知觉。修者，应是修其悟之所得，故修以悟为基础；悟者应经功夫积累而成。本体功夫是体用关系，二者不离不杂。无本体之功夫，功夫为支离，无功夫之本体，本体为空寂。必须悟为知道，修为履道，下学而上达，即功夫即本体。如果违背了此正途，悟或修都有弊病：“不悟之修，止是装饰；不修之悟，止是见解。二者皆圣人所谓文而已，岂躬行之谓哉！”（《答萧康侯》，《高子遗书》卷八上）
高攀龙在悟修两样功夫中，虽着重提掇修这一方面，以针砭功夫上的脱略，但他实际上认为若要性地通透，悟字最为重要。悟上不透，功夫都无着落。所以如果说他强调修只是针对少数高朗明快颖悟特达之人而发，强调悟却是针对绝大多数循规蹈矩的儒者而发。对于前辈学人，他最钦敬的方面是透悟。他也以是否有透悟比较前辈学者所得深浅。比如他尝评论陈献章、吴与弼、薛瑄诸大儒：“说者谓康斋不及白沙透悟。盖白沙于性地上穷研极究，以臻一旦豁然；康斋只是行谊洁修，心境静乐，如享现成家当者。即敬轩先生，亦不见作此样工夫。