就在这时，南北议和开始了。“以大总统饵袁世凯而推翻清室”的空气，早在章太炎回国前就已出现，这时越来越浓烈。在汉口召开的代表会议通过一项决议，说“如袁世凯反正，当公举为大总统”。上海方面，江浙资产阶级的政治代表们，特别是与袁世凯关系很深的张謇、赵凤昌等，尤其积极。连黄兴也在12月9日复汪精卫、杨度的电报中表示，若袁世凯与民军一致行动，推翻清朝，“中华民国大统领一席，断举项城无疑”。在他们看来，一旦把袁世凯争取过来，那么，无论是推翻清朝，建立共和，还是真正实现全国统一，便都有了比较可靠的保证。这一想法，对章太炎显然产生了影响。这些天内他虽然未有公开的表示，但是，对于各省代表会议决定不再在12月16日选举临时大总统，17日又改举黎元洪为大元帅，黄兴为副元帅，议决由黄兴代行大元帅职权，组织临时政府，他都不再表示异议，表明他已默认与袁世凯妥协的主张。1912年1月中旬，他在给孙中山的一封信中说，这时“临时政府将设，群情允同；虚大总统以待北方之英，树大元帅以顺南军之志，名号既就，无所改图”，这反映了他将江浙资产阶级的政治代表们所拟就的所谓政治解决方案，已当做不可改变的既成事实加以接受，故在组织中央政府问题上最终也和他们站到了一起。
从听到武昌起义的消息算起，才两个多月；从离日返国、踏上吴淞江畔的土地算起，也才一个月；时间虽然不长，但章太炎在政治上、思想上却已经历了一次重要的转折。革命的胜利发展来得过于突然，新的急遽发展着的形势，提出了一大堆平常的日子里所无法预料到的非常实际的问题。在权力与利益面前，革命党人内部出现的纷争；立宪派和咨议局上层代表人物倒向革命与共和，同时又要求革命与统一沿着较为温和的路线发展；掌握清朝军事和政治权力的袁世凯及其党羽、部属的“议和”要求及条件；如此等等，各种矛盾错综复杂，扑朔迷离，没有也不可能有一整套预先经过深思熟虑因而早就成熟了的审慎的解决方案。章太炎，由于他在革命党人中的地位，由于他的声望，特别是在江浙一带广泛的社会影响，一回国，便给卷入了这些矛盾的旋涡中心。章太炎企图超越于所有派别、矛盾和冲突之上，“任调人之职，为联合之谋”，然而，实际上，他绝没有，也不可能超然于这些纷争之外。他一住进哈同花园，就门庭若市，从都督、议长到各方面的名流，络绎不绝地前来拜访。各种力量都在把他拉向自己一边。受梁启超指使前来兜售“虚君共和”方案的盛先觉往哈同花园跑了几趟，便在给梁启超的信中不无感慨地说：“觉微闻章太炎左右数人，嚣张浮华，专事阿谀，颇有视太炎为奇货可居之慨，而章太炎似亦竟为所蒙蔽者然。甚矣哉！君子可欺以其方，小人无往而不在也。”“奇货可居”，这四个字确实可以概括当时许多人对待章太炎的态度。而处在这种包围之中的章太炎，不复是当年的阶下囚，也不再是昔日在异国颠沛的流亡者。环境改变，地位改变，他对自己的估计，特别是对他自己处理实际政务的能力所做的估计，都远远超过了他的实际。他自以为是独立的思考与决断，其实，却常常是被他人牵着鼻子跑。先前同孙中山、黄兴的争吵，近日李燮和同陈其美的冲突，程德全、汤寿潜、张謇、赵凤昌等人的颂扬、趋奉、拉拢，使他的“调人”角色越来越具有倾向性。长期从事文字宣传工作，缺乏同实际斗争的直接联系，没有足够的可以凭借的依靠力量，使章太炎急于在国内寻觅和加固自己的社会基础。他以为，江浙资产阶级代表人物可以成为他的知音；他更自信，可以驾驭或领导、指挥这样一支有雄厚经济实力与政治实力的社会力量；其实，情况恰好相反。围绕着军事行动与政权建设等一系列重大决策，他逐步完成了同江浙资产阶级政治势力的结合，但这一结合，从根本上说，主要靠了他本人逐步成为他们政治上的代言人。他不得不放弃自己原先所一直坚持的许多观点与主张，他自以为是顺应了时势与民情，其实，恰恰是顺应了江浙资产阶级的愿望和需求。
第一次“统一共和”之梦及其幻灭
1911年12月25日，从海外归来的孙中山乘轮到达上海，受到各界人士的盛大欢迎。组建临时中央政府的工作，一反前一阶段迟缓拖沓的状态，紧张地进行起来。
就在临时政府正式成立的日子里，章太炎为了实现他联合各派力量、建立共和政府的计划，加紧进行了活动。1912年1月4日，《大共和日报》创刊，章太炎作为报社社长为它写了发刊词，说：“风听胪言，高位之所有事，直言无忌，国民之所自靖。日报发刊，大义在兹。箴当世之痈疣，谋未来之缮卫，能为诤友，不能为佞人也。”从此，他和当天成立的中华民国联合会有了自己专门的舆论阵地。紧接着，就在这一天下午，中华民国联合会在上海江苏教育总会召开成立大会，正式宣布成立。到会者两百多人。投票选举结果，章太炎得一百二十六票，当选为会长；程德全得八十一票，当选为副会长。继由各省会员互选参议员，结果，江苏为唐文治、张謇；浙江为蔡元培、应德闳；湖南为熊希龄、张通典；湖北为黄侃；安徽为汪德渊、程承泽；四川为黄云鹏、贺孝齐；其他江西、广西、云南、广东、甘肃、贵州等省，各一或二名不等。大会还一致决定，在各省设立分会。中华民国联合会总部设于上海，分设总务、文牍、交际、会计四个科，各科主任干事分别为孟森、王伯群、王绍鏊、张弧，俱由会长指名任命。总会还另设“特务干事”若干名，“由参议会公推名望最著者任之，以维持会务，并力图发展”。首批被推举的就有张謇、赵凤昌、叶楚伧、庄蕴宽等四人。据章太炎自己的说明，“特务干事，即领袖之异名，国有大疑，即当咨访”。给张謇、赵凤昌等以这一名义，实际上就是给他们在联合会中以较一般参议员与干事高得多的地位及大得多的发言权。由此，中华民国联合会便成了武昌起义以来建立的第一个全国性的政治团体。
在《大共和日报》的发刊词和在中华民国联合会成立大会上发表的长篇演说中，章太炎比较系统地阐述了他关于立国的具体设想和建国的主要要求。
第一，关于国家体制问题，章太炎这时转而反对实行美国式的联邦制。他指出：“盖美之各州，本殖民地，各有特权，与吾各省之为行政区划、统一已久者不同，故绝不能破坏统一，而效美之分离。至所谓独立者，对于满廷而言，非对于新建之民国也。”这时，他反倒较多地倾向于法国式的体制，说：“君主世及之制既亡，大总统遂为相争之的。不速限制，又与****不殊。惟有取则法人，使首辅秉权，而大总统处于空虚不用之地。”这就是实行内阁制，而不是实行总统制。但是，全盘照搬法国体制，也不能解决中国所有实际问题，因此，他又反复强调：“今日人情偏党，省界亦深，政党未成，一人秉钧，其乡人又连茄而至。草创之初，诚无善术矣。法、美两制，皆不适于中区。”中国究竟建立什么样的国家体制方才最适合，章太炎经过回国以来这段时间的反复思考，终于认定：“因地制宜，不尚虚美，非欲尽效法兰西、美利坚之治也。……君主立宪本起于英，其后他国效之，形式虽同，中坚自异。民主立宪起于法，昌于美。中国当继起为第三种，宁能一意刻画、施不可行之术于域中耶？”
第二，关于政权的构成或政权的具体形式问题，章太炎基本上坚持了先前在《代议然否论》中所提出的主张。他于立法、司法、行政三权分立之外，又着重阐述了教育与纠察二权独立的必要性，一再说明：“三权分立之说，现今颇成为各国定制。然吾国于三权而外，并应将教育、纠察二权独立。盖教育与他之行政关系甚少，且教育宗旨定后，不宜常变，而任教授者，又须专门学识，故不应随内阁为进退。纠察院自大总统、议院以至齐民，皆能弹劾，故不宜任大总统随意更换。”在给临时大总统孙中山的一封信中，他特别论述了尊重纠察权独立的重要性：“私衷过虑，以为天下恒少善人，况承满政府腐败之余，贪墨生心，奸欺得志，非督以威刑，格以绳墨，旧染将不可涤除。独于执事尊重纠察一事，有所采择，亦以救弊宜然耳。”建国伊始，纠察一事，他视为急务之一，正是出于这种考虑。他以为，在纠察院建立起来以前，应当特别重视发挥报章在这一方面的作用：“报章之作，所以上通国政，旁达民情，有所弹正，比于工商传言。粤当扰攘之世，法律未颁，议员未选，托之空言，亦以救世。是故不侮鳏寡，不畏强御，是新闻记者之职也。……诸新闻记者，其当不务谄媚，不造夸辞，正色端容，以存天下之直道。”
第三，关于立法的原则和立法的工作。章太炎在论述新政权的立法工作时，同论述国家体制时一样，反对全盘照抄美国与法国，主张必须考虑到中国的实际情况。他说：“中国本因旧之国，非新辟之国。其良法美俗应保存者，则存留之，不能事事更张也。盖中国与美绝不同，美为新建之国，其所设施，皆可意造，较中国易，无习惯为之拘束也。与法亦悬殊，法系破败之国，推翻一切，而中国则不然，如悉与习惯相反，必不能行。”他又说：“夫推舟于陆，行周于鲁，世知其不能也。政治、法律皆依习惯而成，是以圣人辅万物之自然而不敢为。其要在去甚，去奢，去泰。若横取他国已行之法，强施此土，斯非大愚不灵者弗为。”在这些论说中，章太炎触及了法的基础这样一个根本性的问题。他看到了，法绝不是凭借某些个人的意志和灵感就能确定并为社会所接受的。“政治、法律皆依习惯而成”，“辅万物之自然而不敢为”，都突出了法的基础是不依个人的意志为转移的那些自然形成的现实生活秩序。鼎革之际，立法是非常必要的，但是，现成地将西方的法律照搬到中国来，章太炎以为，这条路将走不通。“去甚，去奢，去泰”，即适应现实生活的变化，对于表现为国家统治意志的法不断进行调整，使之更能体现人们的所谓共同利益，在章太炎看来，方才是新政权立法所应遵循的正确方针。所以，他主张首先重视对国势民俗的综合考察与了解，并以此作为立法的基础。为此，他专门写了一篇《先综核后统一论》，说：“尝观医者视疾，必先诊脉而后处方，未有悬拟一方以待疾至者，亦未有以一方兼治众疾者。夫于政事亦然。往者清政府诸议官，不审民情，徒鉴往律之弊，而勿能斟酌国俗，贸然取则日本，上睎唐律，作新刑律以更旧制，终于为世酿嘲，斯武断之罪也。……夫诚欲统一者，不在悬拟一法，而在周知民俗，辅其自然，故其事必从综核起。”特别是“赋税之则，刑律之条”，章太炎以为，“其事细如牛毛，其乱棼如讨羽，顺而理之，后或可以渐革。逆而施之，在今日已跋踬不行矣……闭聪塞听，不详事状，而欲以意施行，则同受顽固之名也亦宜”。为此，他建议：“政府当遣十数大使于各省，分科巡视，知其政俗，以告执政，以周知天下之故。其清政府退官废吏，审知向日利病者，政府固当引为顾问，议院亦当取为师资。”
根据三权分立的原则，章太炎坚持立法工作应有专门的立法机构负责。1911年12月31日，临时参事会议决以阳历为中华民国纪元。章太炎为此发表了两则宣言，对此提出异议。他说：“仆非反对阳历，乃反对用阳历者之不合法制。”为什么呢？“阳历诚便于从事，然改变人民所用之旧贯，非民选议员，不得有决议之权。今以都督府代表擅议，故曰少数；有其议而不颁历书，故曰空言。”在中华民国联合会成立大会上，蔡元培提议请愿临时政府组织民选参议院，获得全体与会者赞成。以中华民国联合会的名义致临时大总统孙中山的请愿书上写道：“民国自成立以来，一切制度诸多草创，现虽组织临时政府，行政一端，略归统一，而立法机关，尚形阙如。……夫共和政治之精神，在伸张民权，而伸张民权之机关，即在民选议院，此诚今日所当亟，而不可草率所将事者也。”请愿书指出，前此由都督府代表组成参事院，并由行政官员参与立法，只是一时权宜之计，不可视为永久定制。为“达众庶之隐，而通上下之情”，请愿书要求孙中山“通告各省，召集省议会，选举议员，速赴南京，组织参议院”。孙中山复函指出：“临时政府所枕戈不遑者，方在破虏一事，民选议员，当俟北虏破灭后议之，在此时不特理有不可，盖于势有不能也。”针对这封复书，中华民国联合会再次向孙中山提出，由都督府代表会改成的参议会不应议定具有“永远经制”性质的法律，“有万不得已一时急于施行者，但可取用章程格令等名，不得以法律名义颁布”，“庶几权限划清，思无出位”。在这个问题上，章太炎也好，蔡元培也好，可以说，都书生气十足，没有充分考虑到立即建立民选议院的现实可行性。然而，他们希望新政权从它一建立起，就严格遵循三权分立的原则，充分尊重立法的独立性与严肃性，这一点却是无可置疑的。