第四，关于新政权所应实施的经济政策。孙中山回国后，1911年12月29日在上海中国同盟会本部欢迎大会上发表的演说提出，民族主义、民权主义两项目的已将达到，而民生主义至今尚未着手，“今后之中国首须在此处着力”。在中华民国联合会成立大会上，章太炎就此专门阐述了自己的观点。他说：
近来对于民生问题，颇有主张纯粹社会主义者。在欧洲程度已高之国，尚不适用，何况中国？惟国家社会主义，仍应仿行。其法如何？
(一)限制田产。然不能虚设定数，俟查明现有田产之最高额者，即举此为限。
(二)行累进税，对于农、工、商业皆然。
(三)认遗产相续税。凡家主没后，所遗财产与其子弟者，当依其所遗之数抽税。
至若土地国有，夺富者之田以与贫民，则大悖乎理。照田价而悉由国家买收，则又无此款，故绝对难行。如共产主义之限制军备，只可就兵力已充之国言之，而非适用于今日之中国也。若财政问题，现时只宜整理，不应增加。厘正漏规而搜括中饱，改正税则而平均负担，国家收入自必倍增于前日。然富国必先足民，国民经济应为发展，金融机关宜求整理，则统一币制、设立国家银行，实为今日不可缓之事也。
比之《民报》时期倡导的“均配土田”，章太炎这时在土地问题上显然后退了一大步。他在给张謇的信中评论孙中山征收地税的主张说：“社会主义在欧美尚难实行，奚论中土？其专主地税者，尤失称物平施之意。此土本无大地主，工商之利厚于农夫，掊多益寡，自有权度，何乃专求之耕稼人乎？”孙中山的土地方案确实带有很大的空想性，然而，章太炎这时却退到了承认既存土地制度的立场，并以此来反对孙中山土地国有的主张，反映了他在这样一个敏感的根本问题上如何从先前的革命立场的后退，而向江浙资产阶级的要求与意志让步，甚至可以说是主动地去迎合。尽管如此，就他这时整个经济主张而言，所谓仿行“国家社会主义”，所谓“厘正漏规”和“改正税则”，所谓发展“国民经济”、整理“金融机关”、“统一币制，设立国家银行”等等，毫无疑问，仍是要求在新政权建立以后推行一条积极发展资本主义的路线。
综合章太炎这一时期的政治与经济的整个主张可以看出，这位革命家尽管在一些问题上同孙中山存在着分歧，而逐渐与江浙资产阶级代表人物靠拢乃至趋向于合流，但是，他所追逐的一个中心目标，依然是建立一个较为健全的资产阶级共和国。他致力于建立中华民国联合会，他宣布：“本会性质，对于政府立于监督补助地位也。”监督补助，对于新政权来说，是补台，而不是拆台。他的主张，不乏书生气。想使新生的中央临时政府从一诞生起就尽可能地完善，事实上做不到。但是，他的用心，应当说仍然是希望将先前的革命理想转化为事实。
然而，章太炎的追求很快就遭到了阻遏。而他所遇到的一些重要反对者，却正是他先前的革命营垒中的同志。
孙中山回国后，12月30日，在上海召开了中国同盟会本部临时会议，在沪的各省分会负责人应邀出席了这次会议。而章太炎则被摒斥于会外。会上通过一份意见书，对章太炎倡言“革命军起，革命党消”进行了猛烈的抨击，说：“吾党偏怯者流，乃唱为‘革命军起，革命党消’之言，公然登诸报纸，至可怪也。此不特不明乎利害之势，于本会所持之主义亦懵之，是儒生阘茸之言，无一粲之值。”孙中山就任临时大总统后，即提出各部部长名单，交各省代表会讨论。原拟宋教仁掌内务，章太炎掌教育，遭到代表中同盟会一派的反对，经黄兴出面折冲樽俎，改任程德全、蔡元培。章太炎于是又被摒斥于临时政府之外。
南京临时政府成立后，浙督汤寿潜调任交通总长，所遗浙江都督一职，汤寿潜提议由章太炎或陶成章、陈其美代理。章太炎闻讯，即专电汤寿潜及浙江军政人士，表示自己“天性耿介，惟愿处于民党地位”，而大力推荐陶成章，说：“焕卿奔走国事，险阻艰难，十年一日。此次下江光复，微李燮和，上海不举；微朱价人(朱瑞)，南京不下。而我浙之得力敢死队者甚多。是皆焕卿平日经营之力。且浙中会党潜势，尤非焕卿不能拊慰。鄙意若令代理浙事，得诸公全力以助，必为吾浙人之福。”结果，浙督系由全浙军统蒋尊簋所得，而陶成章则更招忌。1月14日，陶成章在上海法租界广慈医院被陈其美所遣的******刺杀身死。陶成章之死，对光复会与章太炎本人都是一大打击。时陶成章“欲以继汤寿潜督浙，与李燮和、林述庆联络一气，左提右挈，而光复会之羽翮张，横绝东南”，而陶一死，“炳麟失其谋主，燮和无与提挈，光复会于是无能为役矣”。为******作传者，称颂蒋此举是为了争“革命正统”、“定革命全局”，说“此为辛亥革命成败最大关键”，说明当时陈其美、******等人为了维护派别利益，排除异己，已经到了如何不择手段的卑劣地步。
章太炎本人的处境，这时也岌岌可危。在陶成章被暗杀之前，素以忠厚著称的蔡元培曾为此事专函孙中山，要求以正确的态度对待章太炎。为此，孙中山函复蔡元培，说明：“至于太炎君等，则不过偶于友谊小嫌，决不能与反对民国者作比例，尊隆之道，在所必讲，弟无世俗睚眦之见也。”陶成章被刺身死后，孙中山、黄兴都立即致电陈其美，对陶之死表示痛悼，要求缉凶严究，并明确要求陈其美“设法保护章太炎君为幸”。但是，章太炎身边潜伏着的威胁并未消除，而他本人，则因此非但对陈其美等完全不信任，即对孙中山、黄兴等人，也“愈起猜疑”。随着隔阂加深，裂痕也越来越大。
事实证明，章太炎的担心不是多余的。陶成章被杀只是一个信号。在陶死后，许多地方，都发生了排斥光复会、杀害光复会成员的事件。其中最为突出的，就是广东都督陈炯明命令将在潮汕光复中功勋卓著的光复会成员许雪秋、****生、梁金鳌等部民军包围缴械，并将许雪秋、****生、陈涌波三人就地枪决。章太炎内心充满了焦虑，亲自给孙中山写了一封信，要求他出面干预，阻止事态继续向坏的方面发展。信中写道：
自癸甲以来，徐锡麟之杀恩铭，熊成基之袭安庆，皆光复会之旧部人也。近者李燮和攻拔上海，继是复浙江，下金陵，光复会新旧部人皆与有力。虽无赫赫之功，庶可告无罪于天下。……纵令一二首领政见稍殊，胥附群伦，岂应自相残杀？仆以吴楚之人，教令不能行于南国，迩以中华民国联合会事，精力俱殚，不皇远及；执事挺生岭海，习其旧常，登高一呼，众山皆应，惟愿力谋调处，驰电传知，庶令海隅苍生，咸得安堵。
同室操戈，使章太炎愤激，也悲痛。这一封信，可以说发自肺腑。他希望结束这一不正常的局面。孙中山对于他的信非常重视，立即给陈炯明和中国同盟会广东支部发了长篇电文，确认“同盟、光复二会，在昔同为革命党之团体”，强调“两会欣戴宗国，同仇建虏，非只良友，有如弟昆。纵前兹一二首领政见稍殊，初无关于全体，今兹民国新立，建虏未平，正宜协力同心，以达共同之目的，岂有猜贰而生阋墙？”然而，陈炯明对孙中山的指示完全置若罔闻，他唯一的应对就是很不客气地回孙中山一电，矢口否认有与光复会“轧轹之事情”。
为了调整同章太炎的关系，孙中山于2月初委任章氏与张静江同为总统府枢密顾问，并函邀章氏赴宁晤谈。聘书说：“执事目空五蕴，心殚九流，撷百家之精微，为并世之仪表，敢奉国民景仰之诚，屈为枢密顾问。”孙中山主动采取的这一行动，使章太炎很感动。2月7日，他在孙中山所派迎接专使但焘的陪同下抵达南京。据报道，章氏当天即与孙中山相晤，“谈组织政党事，甚欢洽”。据陪同章太炎会见孙中山的王绍鏊回忆，时一同在座的还有蔡元培，章太炎对孙中山说：“各省虽已先后独立，但同时也形成了各自为政的局面，情况十分复杂，需要有一个联合的组织，把各地的革命力量团结起来，才能对付袁世凯。”王绍鏊由此得到一个印象，即“章发起成立联合会，原来的意图是拥护孙先生的”。事实上，即在这时，章太炎心中芥蒂也并未消除。因此，他不愿留在南京，理由是“上海、江宁，咫尺地耳，若有献替，邮书半日即至，无必常宿直庐也”，这当然只是借口。
这有限的或有条件的“欢洽”也转瞬即逝。因为他立即就“顾问”了两件事，而且，都同孙中山以及黄兴发生了激烈的争执。
第一件事，是关于汉冶萍借款。日本早已企图攫取汉冶萍煤铁公司，这时，利用南京临时政府极度的财政困难，通过盛宣怀作中介人，以五百万日元作诱饵，诱迫南京临时政府同日本三井、正金财团签订将汉冶萍公司改为中日合办的条约。章太炎刚回上海，便听到了这一消息，他“不胜诧绝”，立即给孙中山写了一信，说：“大冶之铁，萍乡之煤，为中国第一矿产，坐付他人，何以立国？”为了免于国丧主权，他要求孙中山“速与挽回”。当时，临时政府府库空虚，连最为急迫的军饷都发不出，环观各省，又无一钱供给中央，因此，孙中山答复章太炎说：“此事弟非不知利权有外溢之处，其不敢爱惜声名，冒不韪而为之者，犹之寒天解衣付质，疗饥为急。”要求章太炎见谅。章太炎与孙中山又往复辩论。后因举国舆论哗然，汉冶萍公司绝大部分股东坚决反对，孙中山也看到了日本方面与盛宣怀的不良居心，取消了已签的草约。章太炎在这个问题上的“顾问”，应当说无可厚非，孙中山本人对他也未因为曾有分歧而心存鄙弃之意。然而，在许多人眼中，他却被看成专门和孙中山作对。
第二件事，是紧接在汉冶萍借款一事之后，围绕着定都南京还是定都北京而发生的争论。
就在章太炎从南京回到上海的时候，南北议和已经进入结束阶段。2月12日，清帝发布了退位诏书；次日，袁世凯致电南京临时政府，承认“共和为最良国体”；同一天，孙中山咨文向参议院辞去临时大总统职务，并推荐袁世凯继任。为了便于制约袁世凯，孙中山、黄兴都力主建都南京，迫令袁世凯南下就职。
章太炎起初对南北议和并不热心。岑春煊对章太炎说过：“在清宜死社稷，在南宜北伐，无议和理。”章太炎“颇是之”。正是基于这样一种态度，对于南北议和中种种交涉，他几乎全未置喙。然而，面对光复会受到摧残、排挤的严酷事实，他对南京临时政府渐渐失去了信任；边警告急，沙皇俄国乘机在外蒙策划“独立”，在内蒙古与新疆制造混乱，日本与其他列强也在不断施展阴谋，使他对南京临时政府政令不出石头城的软弱无力、无所作为状态日益不满，转而对袁世凯产生了幻想，以为南北议和成功，将可早日结束南北分裂局面，稳定国内，共同对付外来侵略势力。这就是他所述的：“以南府昏缪，自翦羽翼，不任燮伐，假手袁氏，势自然也。”在述及对袁世凯的看法时，他特别强调说：“夫国人所以推袁项城者，岂以为空前绝后之英乎？亦曰国家多难，强敌乘之，非一时之雄骏，弗能安耳。”
建都何处最为合适，返国以后，章太炎变动了好几次。起初，南北对峙，他急于推动已经独立的各省早日建成统一的中央政权，力主建都于首义之区武昌；南北议和期间，袁世凯态度尚捉摸不定之时，他曾设想建都于中原平陆“邺洛之间”，“庶几控制北维，不忧疏逖”。这时，外患日亟，清廷在北方又仍保留相当势力，而袁世凯又信誓旦旦忠于共和，“永不使君主政体再行于中国”，章太炎便建议仍然建都于北京。在《致南京参议会论建都书》中，他列数建都北京之利和不建都北京之害时说：
中国幅员既广，以本部计，燕京虽偏在北方，以全邦计，燕京则适居中点，东控辽、沈，北制蒙、回，其力足以相及；若徙处金陵，威力必不能及长城之外，其害一也。
北方文化已衰，幸有首都，为衣冠所辐辏，足令烝烝丕变；若徒处金陵，安于燠地，苦寒之地，必无南士足音，是将北民化为蒙古，其害二也。
逊位以后，组织新政府者当为袁氏，若迫令南来，则北方失所观望，日、露已侵及东三省，而中原又失重镇，必有土崩瓦解之忧，其害三也。
清帝尚处颐和园，不逞之徒思拥旧君以倡乱者，非止一宗社党也，政府在彼，则威灵不远，足以镇制；若徙处南方，是纵虎兕于无人之地，非独乱人利用其名，蒙古诸王亦或阴相拥戴，是使南北分离，神州幅裂，其害四也。