对于章太炎翻然醒悟，孙中山、黄兴等人都亟表欢迎。国民党总部特发通告，称他为“革命先觉，民国伟人”，在4月23日专门举行了全体职员会对他表示欢迎。在欢迎会上，陈其美首先致辞，说：“太炎先生鼓吹革命，本吾国先觉，学问道德皆高尚纯洁，四万万人仰为泰山北斗。此次由北南来，适值宋案发生，先生为民国主张公理人道代表，必有名言伟论，解决民国根本问题。”4月27日，章太炎又被邀出席了在张园举行的黄花岗纪念和林述庆追悼会，与戴季陶等分别在会上发表了演说。不久以前，国民党的机关报《民立报》和戴季陶主编的《民强报》还不停地把他骂做“疯头癫脑”的“章疯子”，对他竭尽揶揄挖苦之能事，即使他说了很中听的话，评论时也不忘先骂他一声“疯子”，然后才说什么“论者多谓疯子未可厚非”。听惯了嘲骂与侮辱性攻击言辞的章太炎，现在从他们那里听到了肯定与赞颂他革命业绩与品格的热情致辞，当然不能不深为感动，倍觉兴奋。双方的误解与前嫌，在这种气氛中，也就逐渐熔解。
在上海，章太炎倾吐了他一年多政治活动中所得到的最深的感受，他终于认识到了，中国迄今为止政治上最主要的病症就是腐败****之病。他称此为“国病”。他说：“兄弟初见南方革命后秩序未复，颇不谓然。即至北京，又到东三省，观察种种现象，实异常腐败，深堪浩叹。盖北方受了腐败****的遗传病，较诸南方革命的激烈病其流毒更甚。吾辈欲扫除劣政治，产出良政治，非先从医治国病、铲除****劣根下手不可。”他还带着负疚的心情谈到：“民国成立，辄曰维持现状。所谓现状，亦未说明。据兄弟看来，民国非维持现状也，乃维持现病耳。若坐视腐败****之病常存留中央，则民国共和终成梦想。故今日吾革党对于建设民国一问题，当仍以猛进的手段，循文明的步调，急求破坏****恶根，拼命力争共和二字，此后方有建设可言。不过主张稳健，与革命时进行稍有不同而已。盖革命乃大破坏，改革不良政治乃小破坏。各国政治之演进，万不能不经破坏就能改良的。”民国共和的梦幻，一次又一次，都破灭了。原因何在呢？在这里，章太炎谈出了他的最新感受，也是他的最深感受。这是他从一次次挫折、失败和幻灭中，从血的教训中总结出来的。对于这位政治幼稚病的重患者来说，这无疑是非常重要的觉悟。
宋案究竟应当如何处理？开始时，孙中山要求起兵讨袁，“武力解决”；而黄兴则主张“法律解决”，凭借法律，揭露与从政治上孤立、削弱袁世凯。不久，法律解决的主张就占了上风。因为国民党方面许多上层领导成员深感自己军力准备非常不足，起兵讨袁没有胜利的把握，袁世凯本人的反革命、反共和的面目尚未充分暴露，“法律解决”有利于从政治上给袁世凯以打击。章太炎来到上海后，则提出：“宋案当以政治解决为妥善。”他说：
自宋案发生，据中外喧传，群知主名之所在。政府若做贼心虚也者……只知招兵购弹，保护权位。国家前途实危险已极。至于人民之大动公愤，亦发于良知，不能自禁。中山、克强均主张稳健，以法律解决。我恐怕做不到。试问杀人正犯能到法庭受审判否？若其不能，此案即非法律所能解决。……政府平日行为极谬，国民已大受痛苦，故宋案发生，国民震怒，几不可遏，此亦公理不灭、人心不死的明证。试问中山、克强能劝止全国民党及国民不追问宋案正犯乎？不反对政府乎？所以，据兄弟看来，宋案当以政治解决为妥善，法律解决相提并进。
章太炎既不赞成孤注一掷的“武力解决”，也不满足于徒然迁延时日的“法律解决”。他提出“政治解决”，就是要求以正式大总统选举为契机，事先进行充分的政治动员，揭露袁世凯统治的种种劣迹与罪恶，造成袁世凯不得不退出候选地位以及不得不下台的政治形势，用所谓政治手段结束袁世凯的统治。
为此，他首先号召全体国民发扬革命先烈时时以民国前途为念、艰苦卓绝地为民国奋斗的“真气”。他说：“今国民真气似已渐趋淡泊。民国政府本国民人人所能监督者，使行使其正当监督之权，政府何敢横恣若此？……使国民真气长此淡泊，则吾将为革命党追悼，为中华民国追悼！若因追念前人之故，而能团结其真气，则民国转祸为福之机在此。惟诸君为之。”
为了更为广泛地动员与团结自身的力量，以实现所谓政治解决的任务，章太炎倡义组织“起义同志共络会”。他异常沉重地指出：“往者同人逋逃海外，乞食为生，大众一心，初无倾轧。既而武汉倡义，稍有权利之争。地位有殊，遂分政党。条件未异，门户各分，昔之弟兄，今为仇敌。致令奸人乘间，坐拥高权。……迩者殷顽余毒，布在朝列，小腆犹存，鸮音未隔。能以坚贞之力次第湔除者，非我光复中夏之旧人，更将谁赖？若能乘此剥桡，危心自厉，塞翁失马，正转祸为福之机。……如复晏安鸩毒，自相侮嘲，始以口舌之争，终以戈矛之伐，贤材既尽，民望无归，我同志亡，中国亦丧矣。”章太炎自称其为“告哀”之词，但充分显示了他是如何出自真诚而又如何急切。
为了先行剪除袁世凯的羽翼，章太炎公开致书袁世凯，直斥总统府秘书长梁士诒、参谋本部次长陈宦及袁氏另一亲信段芝贵同国务总理赵秉钧为“四凶”，要求袁世凯立即将他们斥退。理由是佞人不去，不仅宋案难以了结，其他政治问题更无解决的希望。书中警告袁氏：“四凶不去，虽以唐尧之能，天禄于是永终。”袁氏复函章氏，进行狡辩，说梁士诒等从政未能使人满意，乃是由于“《约法》之缚人”。章太炎立即去电驳斥，指出：“宵人作慝，实在公府近昵之中。此皆简在方寸，岂《约法》所能持？欲推诚人才，而梁士诒壅之；欲保全元勋，而陈宦贼之；欲倚任夹辅，而段芝贵乱之。此三凶者，把持重地，荧惑主心，投诸四裔犹惧为祸，况日与聚谋耶？至如赵秉钧之妄用佥壬，变生不意，犹不过奉令承教者耳。”据此，他劝袁世凯不要“委咎《约法》之苛”，而切切实实地采取一些行动，“亟屏元凶，以餍人望”。他的这些函电，当时特别引人注目，因为人们都知道，袁世凯正倚这些凶神恶煞为左右手，而他们也正是在袁世凯的庇护之下方能为祸全国。所以，“四凶”一词，立即不胫而走，被人们广泛引用。
章太炎除去要求亟屏四凶外，在沪还同蒋智由、沈定一等发起组织弭祸会，发布公启说：“为保全大局，力求和平，惟有求大总统退位，并矢言不再任总统。……舍此以外，别无弭祸之方，济变之术。”为了将袁世凯逼下台，他还继续宋教仁生前定下的谋略，力推黎元洪为正式大总统的候选人。为此，他从上海专程赶到武汉，对黎进行游说。在5月13日国民党武汉支部召开的欢迎大会上，他还公开宣扬：“正式总统，急需遴选也。今时有声望者，首推黎氏。况为人长厚，使能驰驱轨范，允可作共和国总统。”而对于袁世凯，他则以不屑一顾的口气说：“政府违法(宋案、借款)，大失民望，总统一席，无人举他。”
章太炎自以为“政治解决”有望，实际情况却是适得其反。他所希冀的起义同志大联合尚未实现，在梁启超等人的积极活动下，共和、民主、统一三党为适应袁世凯的需要于5月29日在北京正式合并成了“进步党”。他所要求的铲除“四凶”等等，袁世凯非但没有加以理睬，反而开动了手上所有舆论工具，对孙中山、黄兴等人肆意诽谤攻讦；5月26日，袁世凯与英、法、德、俄、日五国银行团签订了两千五百万英镑“善后大借款”协议，为向革命者发动军事进攻筹措了充裕的战费，随即便派兵南下，对南方国民党的几个都督直接施加军事压力。章太炎寄希望于黎元洪，可是，这位最善于明哲保身的副总统却首鼠两端，反过来将了他一军，对他说：“君且入都视之。其人苟可谏，安用更置？必不可谏，如君等计耳。”
经过一个多月的奔走活动，“政治解决”始终未得要领，形势反倒越来越紧张，直有“山雨欲来风满楼”的势头。为了做最后一次努力，希望通过同袁世凯“开诚布公”的谈话，劝告袁采取“和解”态度，认真考虑“外患日急，当以全国兵力一致对外”，他决定接受黎元洪的建议进京。即使无结果，也可使黎元洪不再有遁词。恰好这时袁世凯接受王赓等人建议，为笼络章太炎，堵住他的嘴，特别下令授予他勋二位，要他立刻进京受勋，给了他进京的一个名正言顺的由头。他便离开汉口，于5月28日径直到了北京。
章太炎进京前夕，乌目山僧曾给他一信，说：“今日大局蒙翳，已如堕十重云雾，虽且有拨天手段，未易见功。执事以悲悯之怀，行其直道，申以谠言，固犹是二十年来所抱转移世道之本旨。”信中还附小诗一首，就袁世凯授予他勋二位一事写道：“芝兰避俗赏，松柏有本心。公抱此二义，高尚匪自今。……存心在利济，德量咸所钦。岂待问勋业，虚受名位歆？前世有公论，荣辱非可侵。”这是乌目山僧对章太炎寄予的期望，确也如实地描绘了这一时期章太炎的情操与襟怀。一到北京，章太炎便不停地接见各报记者，以纵谈时局为名，痛斥“政府党之报纸对于孙、黄及国民党恰如仇敌，如蛇蝎，将种种之事，捏造成文，或曰逆贼，或曰暴民，颠倒是非，毫无正鹄”，率直地抨击“今日袁总统之政治，固非前清时代之政治，亦非文明新式之政治，即为一种特别中间的之政治”，而这一政治“固不足以称赞”。谈到袁世凯派兵南下一事时，他指出：“此时若以兵力胜负比较，北方一定可以战胜，但恐民气难抑，最后之胜负即不可知矣，人民糜烂亦不堪设想矣。”他并指出：“南方同人极以国家大局人道为前提，宁肯忍痛含冤，而希望平和之心甚切。凡余所言，颇蒙嘉纳。但不知袁总统之意云何？”这也就是明白宣称，若发生战事，罪责也在袁世凯身上。
在总统府中，他与袁世凯唇枪舌剑，针锋相对地进行了一场争论。袁说：“报纸传克强欲举兵，称为遯初复仇，何诬谬如是？”章太炎立即回击说：“南方报纸亦传公将称帝。道听途说，南北一也。”袁世凯马上辩解，说自己并不敢实行帝制；章太炎便毫不客气地指出：“夫非能安内攘外者，妄而称帝，适以覆其宗族，前史所载则然矣。法之拿破仑，雄略冠世，克戡大敌，是以国人乐推。今中国积弱，俄、日横于东北，诚能战胜一国，则大号自归，民间焉有异议？特患公无称帝之能耳。”一席话，说得袁世凯默然无语，两眼直盯着章太炎，“色悻悻”，“时辰钟过三分，乃曰：‘明日来受勋耳’”。
北京之行，给章太炎又上了一堂很好的课。他不仅看到了“四凶不去，终无宁日”，更看到了袁世凯本人“于革命党人无不忮忌，非迁就即能幸免也”。袁世凯政府与革命党人势不两立，对外国侵略者却卑躬屈膝，以至“与俄定约，断送外蒙”。章太炎清楚地看到，袁世凯的宗旨已经定了，这就是“宁可以民国赠与朋友，不愿以民国交与家人”。想凭口舌劝得袁世凯回心转意，显然不可能。怎么办呢？他想：“惟有任其跳梁，终将自杀。四五年后，或有一线光明乎？必不得已，聚集上江诸贤成一团体，使江苏、浙江、广东诸省化为废墟，或有补救。”正因为有了这样的认识，他在北京只待了七天，6月4日便毅然南返。
经过一年多的迂回曲折之路，章太炎同孙中山、黄兴等原同盟会领导人又汇合到了一起。在国民党交通部召开的茶话会上，他带着痛悔的心情说：
兄弟亦主张革命之一分子。当南北统一时，深恐革命派以从前急进主义演种种激烈手段，或妨害国势之进步，曾随时自加监督，忠告民党同志。而一年以来，从各方面观察，又将民国人物一一比较，觉吾民党终算是有良心的，自始至终尚不违背国利民福四字。所最堪叹息者：(一)民党当日不应退步，遗留腐败官僚之根株；(二)民党不应互相猜忌，争先利用不良政府，使彼得乘机利用政党。此民党失败之总因。今日追悔亦属无益，就民党一方面说，惟有化除意见，联合各省起义同志为一气，合力监督政府，终有政治改良之一日。
武昌起义后，自己急于求成，担心过分激进会把已经宣布赞成共和的立宪党人、旧官僚吓跑，为了联合、统一，不惜使革命中途停顿下来，甚至想用“革命军起，革命党消”和对袁世凯的支持来显示自己的仁厚、宽容和大度。结果呢？革命队伍自身乱了阵脚，纷争不已，而旧军阀、旧官僚、立宪党人的势力却没有受到应有的打击，他们刚刚从慌乱中镇定下来，便气势汹汹地向革命者挥刀砍过来了。这是何等沉痛的教训啊！回头看看自己的覆辙，他痛悔交加。因此，回到上海以后，他便同孙中山、黄兴等人一道为推进反袁斗争而筹划。
6月15日，章太炎在哈同花园同神州女学的教师汤国梨举行了婚礼。1903年以来，章太炎一直鳏居。4月来沪时，经张伯纯、沈和甫介绍，同汤国梨相识。蔡元培担任主婚人，孙中山、黄兴、陈其美等人都盛服出席了婚礼。这次婚礼，表现了章太炎同孙中山等人随着政治上日趋一致，感情上也重趋融洽。
对袁世凯的幻想，这时已进一步破灭了。乌目山僧有《雨中偕太炎、孑民访观云畅谈，归记以诗》一诗，其中写道：
心长雄万夫，气索论当代。
愤控本初弦，天窘柳州对。
罗织遍市朝，金钱恣赊贷。
日月堕旋渊，山川蒙腥秽。
乾坤若倒悬，左右无讷诲。
四凶奉一尊，奇诡极万态。
屯然否塞中，妖氛蔽真。
白宫居斯人，苍生定沦废。
来日知大难，谷稔恐不再。