在《检论》定稿以后，章太炎紧接着又对《国故论衡》做了一些增补与修改。《检论》与《国故论衡》，是康宝忠与其弟康心如筹印的“章氏丛书”中的两种。康心如是时办了一个右文社，自有印刷厂，将编印“章氏丛书”当做他们的一项主要业务。“章氏丛书”还汇集了章太炎的《春秋左传读叙录》一卷、《刘子政左氏说》一卷、《文始》九卷、《新方言》十一卷、《岭外三州语》一卷、《小学答问》一卷、《说文部首均语》一卷、《庄子解故》一卷、《管子余义》一卷、《齐物论释》一卷、《太炎文录初编》文录二卷及别录三卷。该书包括了章太炎论学论政的极大部分著作。全部选目都由章太炎本人自行审定。早年尚未成热的《膏兰室札记》与《春秋左传读》未收，《訄书》初刻本、修订本未收，目的显然是要收入他自认最为成熟的学术著作。在编订文录时，他将在《民报》上发表的极大部分战斗文字都编入了“别录”，早先政治上尚未与康、梁决裂时的许多论政论学的文章，武昌起义以后的大量通电、宣言、演讲与文章，则都被摒弃未收，当年同吴稚晖等人笔战的文章，同盟会领导层中发生争吵时发表的许多攻讦性的文章，也被刊落。原因当然是多方面的。革命党人内部的纷争与内讧余痛犹在，他不愿再去揭开这些疮疤，这是他将许多文章刊落的一个重要原因。实践已经证明，先前他轻信过保皇祀孔的说教，他对袁世凯曾寄予很大期望，他对孙中山、黄兴产生过很多误解，当时在这些思想倾向支配下所写的许多东西都错了，当然现在不能将它们继续原封不动地拿出来，这显然是他对许多文章刊落的又一个重要原因。然而，将《民报》上大部分文章编入“别录”，将一部分专门揭露阴谋者丑恶嘴脸的文章删去，也还有另外一个考虑，这就是鲁迅先生所说的：“先生力排清虏，而服膺于几个清儒，殆将希纵古贤，故不欲以此等文字自秽其著作。”这同章太炎从龙泉寺到钱粮胡同这段时期的整个思想倾向是一致的。
在铁锁寒幢之中，章太炎认真进行了思索与总结。不仅对武昌起义以来的经历，而且对自己一生的政治与学术活动，都进行了回顾与总结。《检论》以至整部“章氏丛书”的编订，便是这一思索与总结的成果。“盖皇皇欲揽政权，惟恐一人异己者，当涂之用心也；皇皇欲揽文化权，惟恐一人异己者，保皇党之用心也。二者夹辅，以制一人，虽有贲、育之勇，将焉用之？”袁世凯政治上的野心与阴谋，康有为们在思想文化领域内掀起的滚滚黑潮，是章太炎这时所面临的两大强敌。他孤军犹在奋战。他未忘“政治革命”，尤其未忘在思想文化领域内将先前已经开创的事业坚持下去。“人固有一死，功业已就，没身可以无恨。如下走者，寝疾默化，亦恬漠而终耳。所未忘者，独以国故衰微，民言哤杂，思理而董之也。”可悲的是，“今者世益陵迟，虽欲屏处畎亩，以理余之绪业，固不得矣。”《检论》的写定，《国故论衡》的修改，“章氏丛书”的编选，都表现了章太炎力图借助于这些著作，给他所未竟的事业留下尽可能多的遗产。尽管这时他锋芒已远不如往昔那么凌厉，对胜利已远不如往昔那么充满信心，但是，这些书仍不乏许多真知灼见。这些成果表明，章太炎直到这时，也依然无愧于是一个有学问的革命家。
保卫民国共和的再努力与希望最终破灭
“护国”战争与“护法”战争，是资产阶级民主主义者为保卫民国共和而进行的两次新的大搏战。它们都曾在章太炎的心中燃起新的希望。可是，结局，却又都是希望的破灭。章太炎终于陷入了绝望之中，并久久不能自拔。
1915年夏秋之间，袁世凯复辟帝制的阴谋活动逐步公开化。眼看辛亥革命仅存的“民国”与“共和”这点早已残缺不全的成果就要全部丧失，刚刚结束了“章氏丛书”编订工作，心中得到少许慰藉略微平静的章太炎，又震怒了。在家书中，他大骂杨度、孙毓筠、刘师培等筹安会君子们，痛斥他们要求变更国体的谬论，说：“京师议论日纷，彼冒昧主张者，徒造成亡国之基础。虽暂得富贵，其覆可待。” 力薄被羁，坐视民国共和危亡而不能救，他用七尺宣纸篆书“速死”二字，高悬于壁。他还再次致书袁世凯，说：“某忆元年四月(应为三月)八日之誓词，言犹在耳。公今忽萌野心，妄僭天位，匪惟民国之叛逆，亦且清室之罪人！某困处京师，生不如死，但冀公见吾书，予以极刑，较当日死于满清恶官僚之手，尤有荣耀。”表达了他宁可一死，亦不与帝制共存的决心。他托人在温州青田刘基墓旁购置了墓地，自写了一块墓碑，并撰写了《终制》一文，用代遗嘱。他在《终制》中，将自己的一生与明初功臣诚意伯刘基做了对比。对自己因“少好婞直，功成不改”而遭致倾陷，以及“不能知人择主”，他深觉痛心；对于坚持建都北京，“不意狂狡据之，以方命圮族也，卒乎民政顿挫，伦党府怨，姗谤丛于一身，正刳心箸地犹不足自明其款诚，而息人之谪言”，他尤为悲哀。他评介自己“性行功状”与刘基相类，但遭际与刘基却大不相同，原因在于“遭世隆污”相异。《终制》最后又一次表示：“今旦暮绝气，而宅兆未有所定，其为求文成旧茔地足以容一棺者，侂焉安处。”宁为玉碎，不为瓦全，视死如归，这种气节使很多人深为感动，直到后来，鲁迅还称“速死”条幅“实为贵重文献”。
1915年12月12日，踌躇满志的袁世凯宣布接受“推戴”为皇帝，13日在居仁堂接受百官朝贺。12月31日，他又下令改民国五年为洪宪元年，利令智昏地准备正式登极，用中华帝国取代中华民国。“居仁堂下恋黄帏，天上申猴坐玉扉。”章太炎不甘坐以待死，他一边与几个学生“坐谈玄远”，由他的弟子吴承仕记录整理为《菿汉微言》，一边积极行动起来，秘密策划倒袁事宜。是时马叙伦等人“不愿在袁皇帝‘辇毂之下’混事，赶在他‘登极’以前”辞职离京，行前，马叙伦专门赶到钱粮胡同“去和章先生商议倒袁的事”，章太炎嘱他到上海“找张謇先生商量”。蔡锷、唐继尧组织护国军据云南起兵反袁的消息传来后，章太炎大为兴奋。时西南一些将领与黎元洪的秘书瞿瀛、郭泰祺等秘密策划让黎元洪脱身出京，“代行大总统职权于南中”，章太炎从瞿瀛等处了解到这一计划，非常支持，立即“密书授人致黎公，劝决策”。后来，由于黎元洪向其妾黎本危走漏了风声，被黎本危告密，黎未能成行，章太炎为之扼腕良久。
陷于进退维谷境地的袁世凯为了摆脱政治上的被动局面，2月23日，下令延缓登极，3月22日，宣布撤销承认帝制案，23日告令废止洪宪年号。形势的发展，使章太炎又一次萌动了离京南下的念头。就在袁世凯宣布恢复民国纪年的这一天，他给在教育部任参事的许寿裳写了一信，要他立即就商于教育总长张一麐，以到印度研究佛学为由，让张一麐向袁氏进言，放他出京。这当然又是一相情愿的空想。袁世凯并非不知道云、贵与印度是多么接近，更非不知道章太炎一旦离京便无法控制，对于这一请求根本没有置理。
继云南、贵州、广西相继独立之后，4月6日、12日，广东、浙江也宣告独立。由于在这些省份起领导与核心作用的是一批地方军阀与原立宪派分子，他们反袁，但并不反对整个北洋军阀势力；而像广东龙济光，本是袁世凯的爪牙，被形势所迫，才不得不宣布独立；浙江更名为独立，实是中立；这些状况，使护国军方面不可能集中全力讨伐袁世凯。与此同时，袁世凯则加紧玩弄政治手段，4月22日任命段祺瑞取代徐世昌为国务卿，并宣称，将依据《临时约法》转向实行责任内阁制。时局究竟应当如何发展？章太炎异常焦虑。他不顾袁世凯不得议论时政的禁令，亲笔撰写了一份《对于时局之意见书》，坚决反对南军向北方妥协，或苟且偷安搞所谓省自治。意见书中写道：
帝制不应生于民国，一法吏所知耳。乃其所以召斯大衅者，岂徒以帝制为一因邪？帝制取消亦已匝月，而行事与帝制未起以前相等。非独国人不可欺也，虽外人之觇国者亦目击而得之矣。且人情所患，莫甚于寇邪报复。辛亥之役，贪人酷吏，一切未加诛夷，及统一，而卒受其蹂躏。今南军所称为首恶者，在位泰半如故也。纵令兵挫饷屈，强欲相从，而不得不戒于前事。然则丈夫固决死耳，虽丁壮疮痍，老弱饷馈，蹀血千里，尽城郭为虚，犹愈他日毙于佞人文墨之中也。况其克捷， 而可羁以就抚邪？
意见书强烈反对一些地方军阀所倡导的“自治”，指出，这只能“恣令各省将军招募无限”、“纵是残虐之夫而使坐拥高权”，使“中央君主之制既去，而地方君主之制又兴”。意见书更要求人们警惕“清廷复辟之祸”，注意一些军阀、官僚、政客图谋乘机恢复清王朝统治的动向，为此，意见书建议南军考虑，万一不能实现统一时，则采用建立南北朝的方案，以确保“太行、勃海之域”为中国之版图。
这份意见书未能刊于报章，油印分发各地。上海《中华新报》因意见书中“并无一语及于袁之退位”，甚至“为袁逆回护，颂扬现责任内阁”，断定它“绝不类章氏手笔”，而系“袁逆之作伪”。其实，这是很大的误解。意见书对于帝制发生原因的分析，绝非“为袁逆回护”，而正是要求人们清醒地认识，不能仅仅满足于袁世凯一人退位，而必须注意给产生帝制的整个社会政治势力以毁灭性的打击，意见书中有“乃者帝制已取消矣，责任内阁已建设矣”这样的字句，并非颂扬，而正是嘲讽，因为章太炎紧接着就说明了这些统统都是以“虚名”骗人。这份意见书的中心，其实就是要求已经宣布独立的南方五省千万不要满足于已得的一点成果，“自以为表里山河足以自守而无他患也”，而要深刻认识到，如果不给产生帝制的整个社会势力以坚决打击，那就又要重蹈辛亥之役的覆辙，因此，应当以决死的斗志，坚持将护国战争进行下去，即使一时做不到一统全国，也要力争一个南北朝局面，无论如何不能“羁以就抚”，重新听命于“北廷”。这份意见书，正是章太炎为阻遏南军之中正在滋长蔓延的以袁一人退位为条件而息兵的妥协倾向，匆匆写出的。出于同样的动机，在5月8日西南方面建立了军务院以后，眼看身为两广护国军都司令的岑春煊“所部桂军，不出湖南，顾日与龙济光竞”，他又写了密书，“示以方略”，从他被严密监视着的住所，托日本正金银行的银行职员携出“展转达之”《太炎先生自定年谱》，民国五年。。为了早日脱身去南方，直接参加护国战争，5月18日，他在日本海军军官增田大佐、柴田大尉的安排下，企图换上和服出走，乘火车去天津转道南下，由于被巡警总厅发觉，中途被强行截回。结果，这使他对于南方实际状况的系念更有增无减。
6月6日，袁世凯一命呜呼，7日，黎元洪以副总统身份继任总统。章太炎当天就写信给黎，要求解除对他的监禁。然而，当时实权总揽于国务总理段祺瑞之手，身任内务总长的王赓借口大局未定，恐人加害于章，迟迟不肯撤走军警。经浙江都督吕公望、军务院副抚军长岑春煊等通电吁请，章太炎本人一再力争，直到袁世凯殒命旬之后，他方才恢复了行动自由。
袁世凯死后，章太炎首次发表政见，重申他在《对时局之意见书》中已经提出的论点：“国事多艰，殷忧犹在，叛人未戮，昏制未除。”对于“****殒命”之后，“义师锐气，反似折伤”，表示深为忧虑。6月20日，他前往总统府向黎元洪辞行，便提醒黎：“清世达官，其心难任也。”只有“南方不屈”，黎的地位方才能够有所保障。26日午后4点半钟，他由京奉路快车出京，次日由天津乘日本天潮丸轮船经大连去沪，7月2日抵达上海。7月3日，他就是否取消南方各省独立及军务院问题，致电黎元洪、岑春煊等人，反对贸然取消独立，反对取消军务院。在给黎元洪的电报中，他说：“迩来饕功偷事之徒，日以取消独立、拥护中央为口柄。不知民意寄于独立，国蠹本在中央。国蠹未除，先违民意，则虽《约法》、国会之彰彰者，亦适为奸回利用矣。以此********，涂民耳目，辛亥覆辙，必将复见于今。此炳麟所为扼腕增欷者也。”在给岑春煊的电报中，他说：“近闻道路传言，有取消军务院计划。斯事若行，则民气挫折，而奸回得志，元首等于赘旒，国会受其蹂躏。公瞻有百里，当为全国生民请命，不应袭政客之浮谈，作和平之甘语，以长天下惰气也。”他要求军务院继续自己的军事行动，“叛徒未戮，出师何患无辞！余孽犹存，仔肩卸于何地？”这些电文与谈话，说明章太炎是多么真诚地希望保存南方护国军力量，将反对种种“国蠹”的战斗坚持到真正取得胜利，使护国战争不再重蹈辛亥之役的覆辙。
章太炎到沪以后，像凯旋将军一样受到欢迎，3日出席了浙江省在沪国会议员主持的欢迎会，4日出席了沪海道尹周晋镳主持的欢迎会。浙江省都督吕公望派省参议院议长张翅、副议长龚宝铨专程到沪迎接。7月5日，章太炎乘快车抵杭州，出席了省参议会举行的盛大欢迎会。在所有这些欢迎会上，章太炎都告诫人们，不要以为《约法》回复、国会召集，共和即可实现，而要警惕帝制遗孽及其他各种“包藏祸心，貌赞成而心反对”的势力的活动。他甚至痛哭失声，说：“辛亥以来，与吾人以经验者至众。诸君多身处局中，必有能痛念前尘者矣。”然而，尽管他一再呼吁继续保存军务院，军务院还是于7月14日宣告解散了。