章太炎在杭州逗留五日，中间曾回余杭故里参省父母丘墓，其后即回到沪上。这时，正好黄兴刚刚从日本归来，两人相见，“言及国是，嗟叹而已”。孙中山也在5月返国。章太炎经历了将近三年的别离，同这些老战友终于又会合到了一起。连日间，他们共同出席了为北上两院议员举行的饯行宴会、粤省驻沪国会议员与海上诸名流的茶话会、日本驻沪总领事等人举行的“中国国会议员欢送会”、孙中山为招待中日两国人士举行的宴会。在这些会上，章太炎继续大声疾呼，不能要那种“偷安苟且，不辨是非”的“和平”，不能“力避暴徒之名，阳为和平，以求庸人之许可”。他指出：“欲见清明气象，非暴徒不为功。……壬癸之败，患在暴未充分，而岂以暴为患哉！今者帝制余孽，犹未剿除；墨吏贪人，布满朝列；非震以雷霆霹雳之威，仕涂何自而廓清？政治何由而循轨？而欲厉行此事，必不能避暴徒之名！”武昌起义后，章太炎本人便曾竭力想避开暴徒之名，衄缩于悠悠之议，迁延于流俗之言，强作老成，自失素志，经过了血的教育，他醒悟了，懂得了水流迅急，在暴流、瀑布中，一切尘垢污秽，将不容停滞，若水道迂回平缓，绝无暴势，则淤泥腐草，必将填塞于其中。正因为有了这样的认识，当时，章太炎在要求铲除帝制复辟势力方面，态度最为坚决。8月10日，他在给黎元洪的电文中特别强调：“当知宗社党有新旧之分，复辟论有满汉之异。旧宗社党不过反对袁氏一家，项城既亡，主归消灭，即令小小蠢动，其责在地方军警耳；而新宗社党财力雄厚，萌芽潜滋，******可以自主，选举事可以妄干，怀抱与清室遗臣绝异，若非严令征剿，必将滋蔓难图。”8月13日，他与孙中山、黄兴等人共同发起举行了追悼“二次革命”以来死义烈士的大会，亲自撰写了祭文，再次严正指出：“某等以为武昌之师，以戋异族；云南义师，以荡帝制。事虽暂济，而皆不可谓有成功，则何也？异族、帝制之势，非一人能成之，其支党盘结于京师者，不可胜计。京师未拔，正阳之未摧，虽仆一姓，毙一人，余孽犹鸟兽屯聚其间，故用力如转山，而收效如毫毛。遽以是为成功者，是夸诞自诬之论也。”然而，言者谆谆，听者藐藐。原因在于，他并没有真正可以倚仗的军事政治力量。黎元洪当总统，形同赘旒，岑春煊等人所统率的护国军，无意北向。8月下旬，他专程赶到两广护国军都司令所在地广东肇庆，与岑春煊相会。他责问担任副都参谋的李根源：“余孽犹在，段氏专恣，大难未已，何其轻于收束如是？”李根源告以南方军阀相争内情，他也只有“慨叹无已”。
在肇庆盘桓了十多天，黎元洪接连以电函相邀，拟聘请他担任总统府政治顾问，“共商国家大政”。章太炎以“斯电固非诚意”，“又以帝制重犯尚稽诛戮，且有仍拥实权者不及覆举”，拒绝入京。他致电黎元洪说：“炳麟以侨友表示欢迎，亦拟买舟西迈，漫游南洋，归期约在三四月后也。”旋即，他离国去南洋。12月返国之时，因国史馆原馆长王闿运死去，孙中山、岑春煊、吕公望等都致电黎元洪，举荐章太炎继任，章太炎坚拒不受。他说：“鄙意今之中央已如破甑，不须复顾。阿附当事者诚无人格，而抗志猛争者亦为未达时务。豺狼当道，不能尽捕而诛之，驱狼延虎，亦何益焉？待其恶熟，将必****。”因此，他便决计不去北京。
在南洋各地游历与考察期间，他受到了侨胞的热烈欢迎与盛情接待。与在华侨中甚有影响的陈楚楠、简英甫、张永福等人，他多次晤谈。他非常珍视南洋华侨在辛亥革命中的贡献，诚挚地希望他们克服地方主义带来的偏见与畛域，“凡关于政党、学校诸端，联络进行”，成为“将来吾中华民国之隆隆日上”的一根支柱。然而，在南洋，他并没有找到足可与北洋豺狼们抗争的力量与支持。回到上海时，黄兴已早在一个多月前吐血身亡，而北洋军阀的主要头目之一冯国璋则已被选作副总统，眼见“人才日乏，凶暴日长”，他“知大乱之将作”，便留在上海，密切注视着政局的演变。
袁世凯死后，掌握中央与大多数地方军政大权的，仍是由袁一手培植起来的北洋军阀势力，其中，举足轻重的是以段祺瑞为首的皖系军阀与以冯国璋为首的直系军阀。他们相互之间，为了争夺更大的权力与更多的地盘，尔虞我诈，冲突不绝，然而，又都毫无例外地继承了袁世凯的衣钵，企图建立起北洋军阀的全面统治。他们在袁世凯之死的打击下渐渐镇定下来以后，便又向民主力量反扑过来了。而这时，被他们视为障碍的，首先就是袁世凯死后得到恢复的《临时约法》、重新召集的国会以及同他们常常格格不入的总统黎元洪。当1917年到来之后，中国政治舞台上的风风雨雨，就是围绕着是否毁弃《临时约法》、解散国会以及推倒黎元洪而发生的。段祺瑞借用来做文章的题目，是所谓参加第一次世界大战，站到协约国方面对德宣战问题。段祺瑞坚持参战，是为了赢得协约国列强特别是日本的欢心，借机扩张自己的军事力量。他要挟黎元洪，并派遣所谓“公民请愿团”包围国会，胁迫国会批准对德宣战，以这些行动表示了对《临时约法》的极端藐视。更有甚者，即故意纵容“辫子军”首领张勋发动军事政变，假手张勋复辟，造成解散国会、废弃《临时约法》及推翻黎元洪总统的既成事实，然后，由段祺瑞自己出场，赶走张勋，把自己打扮成共和再造者，重建由冯国璋任总统，由他自己控制全部实权的军阀政府。
章太炎反对加入协约国，理由是“欧人交战，各有利害，我无与焉”，且列强相争，中国作为“羸弱者****其间”，势必“无益于彼，而有害于自身”。。因此，他当然更反对参战。时梁启超支持段祺瑞参战主张最力，章太炎与谭人凤联名通电，痛斥“梁启超欲借绝交以兴战祸，是将以全国军民之生命财产供其一人之牺牲”，要求黎元洪、******及参众两院将梁“加以放斥”。当段祺瑞一手操纵的“公民请愿团”殴打和胁迫议员的事件发生后，他与孙中山、岑春煊、唐绍仪等一再联名通电，要求“将伪公民犯法乱纪之人捕获锄治，庶保国会尊严，而杜宵人之指嗾”。时正值一年前被袁世凯派人暗杀的陈其美举殡归葬，他送了一副挽联：“愿君化彗尾，为我扫幽燕。”表示了对北洋军阀统治的极端痛恶。
对于冯国璋、段祺瑞等人阴谋假手张勋复辟来实现他们野心的事态，他早已有所察觉，并早就一再提醒黎元洪注意。当黎元洪病急乱投医，企图以旧官僚李经羲取代段祺瑞，并引张勋入京时，他更焦急万分地致电黎元洪：“愿公严持大法，勿求解决于势贵，与狐谋皮，决定见卖。”他斥责李经羲“前以阿附袁氏，获嵩山四友之尊，是为帝者宾师，非民国辅相也”，系“首倡变乱之人”，要求国会拒绝承认李经羲为国务总理。当段祺瑞以出走天津相要挟，皖系军阀则纷纷据地而“独立”，直系军阀也据地而宣布“中立”之时，章太炎与孙中山联名连续发表了《严斥中立电》、《主张彻底澄清电》、《致陈竞存电》、《请大总统勿受调和电》，要求两广、云、贵、川、湘等省“出义师而申讨”，“以甲兵为大刑”，要求黎元洪等“奉大法以治国，依民意以诛暴”，千万不可违法曲从，调和降伏。
7月1日，张勋在京拥戴溥仪复辟。章太炎与孙中山、唐绍仪、谭人凤、柏文蔚、汪兆铭、海军总长程璧光、海军总司令萨镇冰等人，齐集于上海环龙路六十三号孙中山宅邸，经过会议磋商，“一致决定拥护共和，出师讨逆”。7月6日，他和孙中山等人即乘海琛舰离沪赴粤，7月10日，舰抵汕头。受孙中山委托，他与陈炯明、朱执信先行一步，于13日晨到达广州，与广东督军陈炳焜、广东省长朱庆澜联络洽谈。17日，迎孙中山至黄埔。这时，张勋复辟已作鸟兽散，而段祺瑞则重任国务总理，把持了中央大权。段祺瑞支持冯国璋取代黎元洪为总统，拒绝恢复《临时约法》与国会，而假惺惺地要召集临时参议院，实际上就是要用一个各省军阀的代表会来取代国会。面对这一形势，孙中山决定以“护法”为旗帜，号召议员南下。8月25日，齐集于广州的议员举行了“非常国会”，坚持《临时约法》必须恢复，国会的地位必须得到承认，决定在广州设立中华民国军政府，领导戡定叛乱，实现上述目标的斗争。9月1日，孙中山被非常国会选举为军政府大元帅，10日宣誓就职。章太炎则在新组建的军政府中担任了秘书长。
民国元年刚制定《临时约法》及建立国会时，章太炎并不视为珍贵。然而，五年多来围绕着民主与****、共和与帝制所发生的激烈而曲折的实际斗争，使他清楚看到，《临时约法》也好，国会也好，尽管都不完善，却都体现了民主与共和的精神，代表了辛亥革命的成果，因而，袁世凯及其衣钵继承者必欲去之而后快。而对于《临时约法》与国会究竟采取什么态度，也正可以检验出谁是真正拥护民国共和，谁是反其道而行之。章太炎在解释为什么以“护法”为号召时说：“中国今日是非不明，顺逆不分，搅得一团充分之大糟，那还成一个国家？……夫共和国家，以法律为要素，法存则国存，法亡则国亡。合法者则为顺，违法者则为逆。持一法字以为标准，则可判别一切顺逆矣。”确认和维护《临时约法》的权威与效力，就可以比较清楚地分清是非顺逆，组织力量，扫除妖孽。所以，“护法”的目标，是铲除所有破坏《临时约法》的反动力量，“新组一真正共和国家”。对此，他直言不讳地说：“今日救亡之策，即在护法，护法即先讨逆。余此次与孙中山来粤，即欲切实结合多数有力者，大起护法之师，扫荡群逆，凡乱法者必诛，违法者必逐，然后真正共和之国家始得成立。所谓法治精神，人民幸福，庶有实现之一日。”