同年8月15日，日本投降，抗战胜利的消息传来。所里职工心花怒放，狂喜异常：可以回家了！与此同时，经过常书鸿向重庆、向全国呐喊呼吁，国立敦煌艺术研究所改由傅斯年任院长的中央研究院接管的命令也到了。莫高窟的荒凉、闭塞、生活的困苦，使他们早萌归去之心。董希文、张琳走了，李浴、周绍森、乌密风走了，潘洁兹也走了。
常书鸿此刻成了“孤家寡人”。然而，他此刻的决心是：要与莫高窟相伴终生！
常书鸿骑驴到敦煌县城，后乘车辗转到重庆向中央研究院汇报，招兵买马。1946年5月，常书鸿带着新招聘的郭世清（中央大学艺术系毕业生）、刘缦云（南京师范大学艺术系毕业生）、凌春德（国立艺专雕塑系毕业生）、范文（四川省立艺专图案系毕业生）及霍熙亮（国立艺专毕业生），踏上漫漫的敦煌之路。路过兰州时，常书鸿又吸收了有志于敦煌艺术保护研究、向往敦煌已久的段文杰（重庆国立艺专毕业生）同行。
1947年夏天，孙儒涧、黄文馥、欧阳琳、李承仙、薛德嘉、萧克俭及史苇湘先后参加了敦煌艺术研究所的工作。此时，研究所总算有了一点朝气，壁画临摹工作有计划地展开，洞窟编号历经1947年冬至1948年春而圆满完成。同时开始了塑像和壁画编号。至1948年初，《历代壁画代表作选》、《历代藻井图案选》、《历代佛光图案选》、《历代莲座图案选》、《历代线条选》、《历代建筑资料选》及《历代飞天选》完成，选绘壁画临摹本八百多幅。
1948年8月，“敦煌艺展”在南京中央研究院举办。其时，国民党大势已去。教育部命令常书鸿将所展壁画摹本运往台湾。常书鸿不顾个人安危，将壁画摹本全部藏到上海和杭州后，即跑回敦煌，静待国家巨变。
1949年，是新旧中国交替的年份。国民党在中国大陆的反动统治分崩离析，即将寿终正寝。此时，那些往日骑在人民头上作威作福的达官显贵都在卷铺盖寻找自己的出路。而在敦煌莫高窟的常书鸿却处变不乱，心中有数。他谆谆告诫职工们要认清形势，静观时局，坚守岗位。为了防备败兵、土匪在兵荒马乱之际抢劫莫高窟文物，常书鸿在所里组织起防卫小组，日夜布岗放哨，在一些地势险要、便于防守的洞窟贮了干粮、水、武器，以备败兵土匪来犯。
同年9月28日，中国人民解放军来到莫高窟。从此，历尽劫难的莫高窟回到了人民手中。常书鸿与全所职工为即将进军新疆的人民解放军赶画毛主席与朱总司令的像。1950年10月，常书鸿去西安参加了西北第一次文代会。会上，常书鸿被选为西北文联理事、西北美协理事。
1951年4月，在北京开幕的“敦煌文物展”受到新中国领导人周恩来等的高度评价。周恩来等对常书鸿领导的国立敦煌艺术研究所八九年来的工作给予了高度肯定。同年6月，政务院给敦煌文物研究所颁发了奖状。郭沫若书写的奖状说：“敦煌文物研究所全体工作人员在所长常书鸿领导下，长期埋头工作，八年来在极其艰苦困难的条件下，从事敦煌莫高窟壁画的摹绘和研究工作，成绩很大，对我国自北魏、隋唐以来千余年间劳动人民辉煌灿烂的文化遗产，尽了宣扬和保护之功。特呈请政务院批准，发给该所全体工作人员奖状及奖金，以示鼓励。”此刻，只有代表人民利益的人民政府，肯定了常书鸿及其领导的敦煌文物研究所全体工作人员的工作。从此，常书鸿的政治热情、工作热情就像蓄之甚久，发之甚烈的火山。1952年5月，常书鸿提出加入中国共产党的申请，同时将自己在1944年购买的唐人写本文物《蒙求注》捐赠给敦煌文物研究所。同年10月，常书鸿率团考察了天水麦积山石窟和永靖炳灵寺石窟。
1953年6月，常书鸿又任新疆文物考察团副团长，赴新疆考察各石窟。从新疆归来后，他规划了全所重点工作，临摹敦煌图案。次年，在北京故宫举办了“敦煌艺术展”，展出I临摹代表作与整窟临摹作品。
1956年7月1日，经中共张掖地委书记高鹤龄、杜铭介绍，常书鸿加入中国共产党。
尽管敦煌文物研究所隐藏于祁连山的峡谷中，但1957年使中国知识分子蒙难的风暴仍肆虐横行到了该所。在1957年的那场风暴中，青年画家毕可噩运临头，最终饿死在夹边沟。敦煌文物研究所的史苇湘、李其琼、孙儒涧被戴上了右派分子“帽子”。那时的敦煌文物研究所，其实不过是仅有十多位知识分子的小单位。而就是这么一个十多个知识分子的小单位，竟然有4名青年画家被戴上右派分子的“帽子”。其比例之高，可能创造了全国之最。从此，在敦煌莫高窟神圣的艺术殿堂里，竟然游荡着被冤屈而死的幽灵……
此年6月，常书鸿去北京筹备敦煌艺术赴日展览。
时过二十多年以后，当常书鸿撰写回忆录《九十春秋》时，对1957年敦煌文物研究所酿成的冤案只字没有提起。这可能是常书鸿对那几位蒙难者深怀愧疚，也可能他当时对自己的那一页历史还缺乏直面的勇气吧。
1959年9月，常书鸿任兰州艺术学院院长并参加甘肃省的党代会。1960年，常书鸿任兰州艺术学院常书鸿画室导师。1962年常书鸿任甘肃省文联主席、甘肃省美协主席。1964年，常书鸿当选全国人大代表。
历史总喜欢捉弄人。1957年过去的10年之后，即1966年，“文化大革命”的风暴在中国刮起。常书鸿被冠以“反动学术权威”的头衔，由敦煌文物研究所揪出、批判。有人说，这是历史的轮回。
1978年10月，常书鸿的敦煌文物研究所所长职务恢复，又任甘肃省文化局副局长。
1982年2月，常书鸿任国家文物局顾问。1994年6月，常书鸿在北京去世，享年91岁。
（三）
王子云，安徽人，早年任教于国立西湖艺术院（现中国美术学院）。王子云曾和林风眠、潘天寿一起到日本举办美展。他的油画《西湖之雨》，因融会中西画法而备受画坛关注。1930年底，他以西湖艺术院“驻欧洲代表”身份赴法国留学。次年就成功举办了个人画展。王子云在欧洲游学八年，曾专攻雕塑。南京中山陵那尊汉白玉的孙中山坐像，即为王子云和他的老师维多朗斯基联袂创作。1937年初，他从巴黎回国，初衷是回来搬家，准备定居巴黎。7月8日凌晨，在从济南开往青岛的火车上，他听广播得知中国军队在北平郊外和日本侵略军开战，当天即致电国立杭州艺术专科学校校长林风眠，表示愿与同仁共赴国难。第二天，王子云便接到林风眠回电，国立杭州艺专决定聘他为一级教授。
王子云在法国巴黎学习时。对德国哲学家温克尔曼的《古代艺术史》很感兴趣。温克尔曼派的最大特色是注重田野调查，认为任何一个民族的艺术都有和其物质环境与社会背景的血肉联系。这种带有实证意味的治学方法，影响了王子云的艺术生涯。1940年，他主动向国民政府教育部建议组成西北文化艺术考察团，对遍布于田野山间的艺术文物进行考察。此建议得到批准并任命王子云为团长。此后，他对河南、陕西的艺术文物进行了实验性考察，并又到敦煌深入考察一年半之久。
在此期间，他拍摄敦煌壁画照片120张，拍摄敦煌城市及乡村照片83张。其中月牙泉的照片，是上个世纪40年代初所罕见的照片，极为珍贵。他和调查团同仁共临摹敦煌莫高窟壁画84幅。其中《五百强盗得眼图》、《萨陲王子饲虎图》、《伎乐飞舞图》均为长达6米以上的巨制。王子云对美术各门类均有深厚的造诣，对中外文化交流有确切的了解，也深知文化艺术考察对民族精神振兴的作用。他放弃比较优裕的城市书斋生活，蹈艰历险，洞幽烛微，深入研究敦煌艺术，并有很多独到之处。例如他在一部著作里写道：“唐代文化备极发达，对外来艺术吸收融化，优越之民族形式随处显露，此在敦煌佛教艺术中，充分表现出莫高窟中之唐塑像。已不复如魏塑之趋于西方化而呈现东方式之风格；壁画亦由浓厚之渲染变为流利之线描，色彩则富丽明快，画面结构复杂紧凑，随处呈现歌舞升平之灿烂境界。题材方面，因当时东西僧俗往来频繁，经典翻译亦多，故多采取佛经变相故事，唯其作风终未失东方固有民族艺术之面目。”（《从长安到雅典——中外美术考古游记》）。
王子云在对敦煌文物进行考察的同时，还正式具文向国民政府教育部提出建立敦煌艺术研究所。1943年1月，王子云把所率领的西北史地考察团在西北及敦煌莫高窟临摹的作品在重庆、西安举办“敦煌艺术及西北民俗写生画展”。此画展犹如国立敦煌文物研究所的催生礼炮。